these e - faye these-  · kandioura noba, professeur titulaire, ... mohamed faye mes frères

Download THESE E - faye THESE-  · Kandioura NOBA, Professeur Titulaire, ... Mohamed Faye mes frères

Post on 15-Sep-2018

226 views

Category:

Documents

0 download

Embed Size (px)

TRANSCRIPT

  • UNIVERSITCHEIKHANTADIOPDEDAKAR(U.C.A.D.)

    FACULTEDESSCIENCESETTECHNIQUES

    DEPARTEMENTDEBIOLOGIEVEGETALE

    TTHHEESSEE Prsente en vue de lobtention du titre de

    DDOOCCTTEEUURR DDEE 33mmee CCYYCCLLEE

    Spcialit : Gntique et Amlioration des Plantes

    Par

    M. Issa FAYE

    Sur le sujet :

    Soutenue le 22 Mai 2010 devant la commission dexamen :

    Kandioura NOBA, Professeur Titulaire, UCAD Prsident Tahir A. DIOP, Professeur Titulaire, UCAD Membre

    Ousmane NDOYE, Matre de Recherche, ISRA/CERAAS Membre

    Mback SEMBENE, Matre de Confrences, UCAD Membre Abdou NDIAYE, Maitre de Recherche, ISRA/CRZ Membre

    Contrle gntique de la dormance des graines fraches chez des varits darachide (Arachis hypogaea L.) de type Spanish et recherche de marqueurs microsatellites lis au caractre

  • Je rends grce Dieu et je prie sur le Prophte Mohamed (PSL)

    Je ddie ce travail

    mes parents,

    mon pouse, Aminata Tine

    notre fils, Mohamed Faye

    mes frres et surs

    et mes amis

    en guise de reconnaissance pour leur patience, leurs soutien et encouragements.

  • Remerciements

    Ce travail a t ralis grce la collaboration entre trois institutions que sont lUCAD,

    lISRA et le CIRAD. A travers cette collaboration, nous avons eu le privilge de bnficier de

    lappui de plusieurs personnes dont les conseils clairs ont permis de raliser ce travail.

    Au Dr Ndoye, je voudrais saisir cette occasion qui mest offerte pour lui dire toute ma

    gratitude pour avoir assur ma supervision au sein de lISRA. Par ailleurs, je lui serais

    reconnaissant jamais pour avoir coordonn les activits de cette thse et avoir t disponible de

    nous fournir les conseils pratiques et pertinents, puiss dune solide exprience quil a de cette

    belle culture, larachide. En outre, grce ses bonnes relations au niveau international, il ma

    permis de bnficier de beaucoup de formations ltranger, pour renforcer mes capacits dans le

    domaine de la slection et de la gntique molculaire. Ces diffrentes formations ont t

    supportes par plusieurs programme notamment le programme Collaborative Research Support

    Program financ par lAgence Amricaine pour le Dveloppement Internationale (USAID), le

    programme Generation Challenge Program fnanc par la Fondation Bill Gates. Au cours de

    ces diffrentes formations, il ma t donn loccasion de faire connaissance avec des chercheurs

    chevronns avec qui jentretiens des changes scientifiques trs enrichissants. Que les bailleurs

    de ces programmes soient vivement remercis ici.

    Au Professeur Tahir A. Diop, jexprime ma sincre gratitude pour avoir cru ce projet de

    recherche depuis que nous le lui avons prsent. Il a t toujours disponible chaque fois que

    besoin en tait. Il ma ouvert sa porte grandement. Par ailleurs, il ma toujours encourag

    persvrer dans lexcellence.

    Mes sincres remerciements vont galement aux autres membres du Jury qui ont accept

    de donner de leur temps et de leur savoir pour valuer et amliorer ce travail. Par ailleurs, je leur

    suis redevable pour avoir reu leurs enseignements la Facult des Sciences et Techniques de

    lUCAD. En fait, je me rappelle toujours de mes cours de lAEA avec Professeur Noba et de mes

    sances de travaux pratiques en licence avec Dr Sembne. Je remercie Dr Abdou Ndiaye,

    slectionneur lISRA pour la documentation quil a mise ma disposition ds que je venais

    dentamer ce travail et pour lhonneur quil ma fait en accepter dtre membre du Jury.

    Je suis spcialement redevable lInstitut Sngalais de Recherche Agricole (ISRA) qui

    ma accueilli pour ce travail. Lappui de lISRA ma permis dune part de recevoir une allocation

    mensuelle de la Direction Gnrale de lISRA pendant toute la dure de cette thse et dautre part

  • pour mavoir donn lappui technique ncessaire latteinte des objectifs que nous nous tions

    assigns. Je voudrais par la mme occasion exprimer vivement ma reconnaissance tout le

    personnel du CNRA travers la personne de son Chef de Centre, Dr Ndiaga Ciss qui ma

    beaucoup encourag quand je venais dentamer ce travail. Que lquipe de larachide au CNRA

    de Bambey, soit particulirement remercie pour son dvouement et sa grande contribution ce

    travail depuis son dbut. Je remercie Ameth Sy, technicien au CNRA, pour mavoir appris faire

    des croisements chez larachide. Remerciements vont lgard de Dr Bassirou Sine et de

    Cheikhou Dram tous deux au CERAAS respectivement pour avoir relu le document et mavoir

    assist pour sa finalisation.

    Mes sincres remerciements vont galement lendroit de Dr Jean-Franois Rami du

    CIRAD pour mavoir initi lanalyse de donnes de cartographie gntique et pour les

    discussions intressantes que jai eues avec lui. Je remercie galement Danil Foncka, ct de

    Dr J-F Rami, qui a accept dtre mon tuteur en biologie molculaire quand je suis arriv au

    CIRAD. Que tout le personnel du Dpartement Amlioration des Plantes de cette institution

    (DAP-CIRAD) notamment Ronan Rivallan, Hlne Vignes, Jean-Baptiste Bassne, soit remerci

    ici pour avoir donn un coup de main au squenceur et pour les belles invitations qui ont rendu

    agrable mon sjour Montpellier. Du ct de lICRISAT, je suis redevable Papaiah pour sa

    disponibilit et son appui technique. Je men voudrais si javais termin cet avant-propos sans

    dire merci Dr Omar Diouf et Dr Modou Sne qui mont encadr pour lobtention du DEA au

    CERAAS et qui ont recommand ma candidature auprs de Dr Ousmane Ndoye pour ce poste

    dallocataire de recherche lISRA.

    Jexprime toute ma gratitude mon pouse, Aminata Tine, qui a vite compris la charge de

    travail qui pesait sur mes paules et qui a fait preuve de patience et de comprhension pendant

    toute la dure de cette thse, ponctue par des absences rptes et dinnombrables week-end

    passs au bureau ou au laboratoire.

    Je remercie trs sincrement mes parents qui ont continu mencourager et me soutenir

    durant tout ce temps alors que je venais juste de finir ma formation lEcole Normale Suprieure.

    En fin, je ne saurais trop remercier Dr Mark Burow de lUniversit A&M du Texas (USA)

    pour son soutien de tous les instants.

  • LISTE DES ABREVIATIONS ET SIGLES Termes scientifiques

    ADN: Acide dsoxyribonuclique

    AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism

    BSA: Bulk Segragation Analysis ou analyse de mlanges en sgrgation

    cM: Centimorgan

    d: effet dadditivit

    Gs: Gain gntique escompt

    H2: Hritabilit au sens large

    h2 : Hritabilit au sens strict

    h: effet de dominance

    i: effet dinteraction dignique du type additif x additif

    j: effet dinteraction dignique du type additif x dominance

    JAS: Jours aprs semis

    bp /Kb: base-pair (paire de bases) /Kilobase ou Kilo-paire de bases

    l: effet dinteraction dignique du type dominance x dominance

    MATAB: Mixed Alkyl Trimethyl Ammonium Bromide

    Nm: nombre minimum de gnes

    PCR: Polymerase Chain Reaction (Raction de polymrisation en chane)

    QTL: Quantitative trait loci

    RAPD: Random Amplified Polymorphism DNA

    RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism

    SAM: Slection assiste par marqueurs

    SSR: Simple Sequence Repeat

    Taq: Thermus aquaticus

  • Institutions CERAAS: Centre dEtudes Rgional pour lAmlioration de lAdaptation la Scheresse (This,

    Sngal) CIRAD: Centre de Coopration International en Recherche Agronomique pour le Dveloppement

    (Montpellier, France) CNRA : Centre National de Recherches Agronomiques (ISRA, Bambey-Sngal) CRSP: Collaborative Research Support Program (USAID, USA) Embrapa: Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Brsil) GCP: Generation Challenge Program (CIMMYT, Mexique) ICRISAT: International Crops Research Institute for Semi-Arid Tropics (Patancheru, Inde) ISRA: Institut Sngalais de Recherches Agricole (DG: Route des Hydrocarbures-Bel-air, Dakar) UCAD: Universit Cheikh Anta Diop (Dakar, Sngal)

  • LISTE DES FIGURES

    Figure1.Duredecycleestim(enjours)satisfaitpourlesvaritsdarachideduBassinArachidierauSngalenrapportaveclalongueurdeshivernages(Khalfaoui,1991a).....................................................3Figure2.CartevaritaledelarachideauSngal(ClaveletNdoye,1997).................................................4D=dormance,ND=nondormant................................................................................................................9Figure3.a)unpieddelavaritFleur11avecrepousses;b)unpieddelavarit7330sansrepousse(CNRAen2008,photo,Faye)......................................................................................................................10Figure4.Pieddarachideenphasedefructification(flchesmontrentdesboutonsfloraux)(daprsFaye,2009)............................................................................................................................................................11Figure5.Unpieddarachideavecprsencedungynophoreinsrdirectementaucolletetissudunefleursouterraine(daprsFaye,2009)........................................................................................................13Figure6.Relationsentreledveloppementdelagraine,lesfacteursenvironnementaux,ladormance/germinationdesgraines(DaprsLietFoley,1997).................................................................17Figure7.Schmatisationdunmicrosatelliteentourparlessquencesflanquantes..............................28Figure8.Schmadecroisementseffectu