LAPORAN RESMI

BORANG

No. Dokumen

FO-UGM-BI-07-09

LAPORAN PRAKTIKUM UNTUK GOLONGAN/INDIVIDU

Berlaku sejak

03 Maret 2008

Revisi

00

Laboratorium mikrobiologi

Revisi

00 dari 18

17

BORANG

No. Dokumen

FO-UGM-BI-07-09

LAPORAN PRAKTIKUM UNTUK GOLONGAN/INDIVIDU

Berlaku sejak

03 Maret 2008

Revisi

00

Laboratorium mikrobiologi

Revisi

00 dari 18

LAPORAN PRAKTIKUM

SISTEMATIK MIKROBIA

KLASIFIKASI BAKTERI DENGAN METODE

TAKSONOMI NUMERIK FENETIK

Disusun Oleh:

NAMA: AFINA DINA KAMILA

NIM: 10/301634/BI/8490

GOL/NO: Selasa- Lab Anatomi Hewan

ASISTEN: RINATU SISWI

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

FAKULTAS BIOLOGI

UNIVERSITAS GADJAH MADA

YOGYAKARTA

2012

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Mikrobia merupakan organisme kosmopolitan dan mempunyai tingkat keanekaragaman yang sangat tinggi. Oleh karena itu, diperlukan suatu pengelompokan agar mudah dikenali dan dapat dimanfaatkan dalam berbagai bidang. Bakteri adalah anggota terbesar mikrobia. Klasifikasi atau pengelompokan Bakteri bisa dilakukan berdasarkan adanya kesamaan sifat (karakter).

Taksonomi adalah suatu ilmu klasifikasi yang terdiri dari dua bagian besar yaitu identifikasi dan nomenklatur (Madigan et a.l , 2003). Menurut Priest and Austin (1993), tujuan klasifikasi mikrobia adalah untuk mengelompokan mikrobia kedalam kelompok-kelompok tertentu, sehingga nantinya bisa digunakan sebagai acuan dalam identifikasi. Menurut Prescoot et al. ada dua macam klasifikasi yaitu klasifikasi fenetik dan klasifikasi filogenetik. Klasifikasi fenetik adalah klasifikasi yang didasarkan atas kesamaan karakter fenotipik. Klasifikasi filogenetik adalah klasifikasi yang di dasarkan adanya hubungan evolusioner.

Pada era modern ini untuk mempelajari keanekaragaman Bakteri bisa menggunakan sistematik molekuler dan taksonomi numerik. Taksonomi numerik adalah suatu metode klasifikasi pengelompokan unit taksonomi ke dalam tingkatan takson dengan menggunakan karakter yang setara (Goodfellow and ODonnell, 1993). Menurut Boune et al.(2001) klasifikasi unit taksonomi menggunakan numerik fenetik ini, didasarkan atas konsep taksospesies. Konsep taksospesies menyatakan bahwa strain dikelompokkan berdasarkan tingkat kesamaan sifat yang tinggi. Menurut Prescoot et al (1999) didasarkan konsep taksospesies, dua strain dapat dikelompokkan dalam suatu takson ketika memiliki tingkat kesamaan sifat 70%. Menurut (Priest and Austin(1993) OTU( Operational taxonomic unit) adalah disebut juga strain. Unit paling representatif untuk mempelajari karakter dalam taksonomi adalah OTU.

Ada dua analisis komputasi similaritas yaitu Ssm (Simple Matching Coefficient) dan Sj (Jaccard Coefficient). Ssm adalah analisis similaritas yang ditentukan oleh proporsi karakter yang ada dan tidak ada pada kedua strain yang dibandingkan. Sedangkan Sj adalah analisis similaritas yang mengabaikan adanya sifat double negatif diantara dua strain yang dibandingkan (Prescoot et al, 1999).

Tahap-tahap dalam klasifikasi nemerik fenetik meliputi pengumpulan karakter, analisis karakter menggunakan Ssm atau Sj, pembuatan matriks similaritas, klustering analisis, pembuatan dendogram dan penentuan strain yang digunkan ke dalam satu takson (Prescoot et al, 1999). Menurut Boune et al .(2001) setelah pembuatan dendogram, perlu dilakukan uji kofenetik korelasi untuk menentukan validasi dari dendogram yang telah dibuat. Menurut Priest and Austin (1993) banyak metode yang digunakan dalam klustering analisis misalnya UPGMA (Unweighted pair group method with arithmetic averages). Metode ini adalah metode yang banyak digunakan dalam klustering analisis.

Untuk itu, diperlukan suatu percobaan untuk mengetahui metode analisis mana yang memiliki keunggulan yang terbaik.

Permasalahan

Permasalahan yang akan dibahas antara lain i) Bagaimana mekanisme reaksi biokimia yang terjadi pada uji sifat biokimia untuk 6 strain? ii) Bagaimana proses klasifikasi numeric fenetik yang dilakukan dalam percobaan ini? iii) Apa perbedaan hasil metode kuantitatif Ssm dan Sj?

Tujuan

Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mempelajari mekanisme reaksi biokimia yang terjadi pada uji sifat biokimia, mengetahui kedekatan yang dilihat dari karakter fenetik 6 strain bakteri A, B, C, D, E dan F menggunakan metode analisis komputasi similaritas Ssm dan Sj menggunakan algoritme average lingkage (UPGMA) serta untuk membandingkan kedua metode yang menghasilkan klasifikasi yang mendekati akurat.

METODE

Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain mikroskop cahaya, pipet tetes, lampu bunsen, tabung reaksi, ose, gelas benda, gelas penutup, petridisk. Bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah 6 strain Bakteri yaitu A, strain B, stain C, strain D, strain E, strain F yang telah ditumbuhkan pada medium agar tegak, media agar miring, media nutrien cair, medium agar padat, medium pati agar, medium glukosa cair, medium sukrosa cair, medium laktosa cair, medium BCPM, medium susu agar, dan medium tripton. Selain itu ada preparat pengecatan gram, reagen Erlich, eter, H2O2(Hidrogen peroksida), methylen blue, larutan JKJ, larutan asam sulfanilat dan larutan naftilamin.

Cara Kerja

Pengumpulan dan Pengamatan Karakter

Dilakukan penentuan karakter yang akan diamati yaitu sebanyak 53 karakter. Karakter-karakter ini meliputi morfologi koloni, morfologi sel, serta uji biokimia bakteri. Kemudian dilakukan pengamatan terhadap semua strain yang telah ditumbuhkan pada berbagai medium yang telah tersebut diatas, terhadap semua karakter yang telah ditentukan.

Morfologi Bakteri

Pengamatan terhadap morfologi Bakteri ini didasarkan pada sifat strain Bakteri yang ditumbuhkan pada berbagai medium, yaitu antara lain:

Media Streak Plate

Dilakukan pengamatan terhadap karakter yang ada meliputi: bentuk koloni (Irregular, Amoboid, Circular, Myceloid, Reguler), permukaan koloni (mengkilat, tidak mengkilat), bentuk tepi(Lobate, Undulate, Crenate, Entire), bentuk struktur dalam(Finely Granular, Wavy Interlaced, Coarsely Granule, Opaque), warna(putih, krem, kuning) serta elevasi(Convex Rugose, Convex, Effuse, Low Convex).

Media Agar Tegak

Dilakukan pengamatan terhadap karakter yang meliputi pertumbuhannya dalam medium (sedang,tipis), dan bentuk pertumbuhan(Villous, Beaded, Rhizoid).

Media Agar Miring

Dilakukan perngamatan terhadap karakter yang meliputi pertumbuhannya dalam media (lebat/ sedang), dan bentuk pertumbuhannya (Filiform, Spreading, Echinulate, Rhizoid, Bead).

Media Nutrien Cair

Dilakukan pengamatan terhadap karakter yaitu pertumbuhan (menutup permukaan, menggumpal di dasar dan tersebar merata) dan kekeruhan(jernih, agak keruh, keruh).

Morfologi Sel

Dilakukan pengamatan terhadap karakter yang meliputi bentuk sel (batang, bulat), pengecatan gram (positif , negatif)..

Pengujian Sifat Biokimia

Sifat-sifat biokima yang diuji antara lain, kemampuan memfermentasikan karbohidrat (glukosa, laktosa dan sukrosa), kemampuan menghidrolisis pati dengan menetetesi koloni dengan larutan jkj, kemampuan menguraikan protein (pembentukan indole, peptonisasi, fermentasi, pencairan gelatin, hidrolisis kasein), kemampuan mereduksi berbagai senyawa (nitrat, Methylen blue, Hidrogen peroksida).

Analisis Data

Koleksi Data

Karakter-karakter dari ke-6 strain yang didapat dikonstruksikan dalam table n x t, dengan n yang merupakan karakter-karakter yang digunakan dan t adalah strain yang digunakan.

Perhitungan nilai similaritas

Semua karakter yang ada dianalisis, kemudian dihitung tingkat kemiripan antara semua kemungkinan pasangan strain. Tingkat kemiripan ditentukan dengan menggunakan dua cara yaitu Simple Matching Coeficient (Ssm) dan Jacard Coeficient (Sj).

Rumus yang digunakan adalah sebagai berikut :

( a + d )

Ssm = X 100 %

( a + b + c + d )

( a )

Sj = X 100 %

( a + b + c)

Keterangan

a =Jumlah karakter yang ( + ) untuk kedua strain

b =Jumlah karakter yang ( - ) untuk strain pertama dan ( +) bagi strain kedua

c =Jumlah karakter yang ( +) untuk strain pertama dan ( - ) bagi strain kedua

d =Jumlah karakter yang ( - ) untuk kedua strain (Priest and Austin, 1993)

untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam tabel matriks similaritas.

Clustering analysis dan Konstruksi Dendogram

Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas (Ssm dan Sj ) maka dilakukan pengklasteran dalam tabel analisis kluster dengan menggunakan algoritme pengklasteran dengan menerapkan metode Unweighted Pair Group Method With Average (UPGMA). Berdasarkan analisis kluster yang diperoleh selanjutnya dikontruksikan dalam dendogram untuk mengklasifikasikan strain Bakteri dengan cara membuat gambar bagan dendogram.

Analisis Korelasi Kofenetik

Dari dendogram yang telah ada kemudian diketahui nilai similaritas yang diturunkan dari nilai dendogram untuk membentuk matriks turunan dendogram. Kemudian nilai similaritas asli dan nilai similaritas hasil turunan dendogram dimasukkan dalam rumus kofenetik korelasi.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Ada 6 strain Bakteri yang dibandingkan menggunakan53 karakter Keseluruhan karakter dan sifat masing-masing strain terhadap setiap karakter sebagai berikut.

No

Karakter

Strain

A

B

C

D

E

F

Bentuk koloni

1

Amoboeid

-

+

-

-

-

-

2

Circular

-

-

-

+

-

-

3

Toruloid

+

-

+

-

-

-

4

Irregular

-

-

-

-

+

-

Elevasi

5

Low Convex

+

+

+

+

-

-

6

Convex

-

-

-

-

+

-

7

Convex papillate

-

-

-

-

-

+

Bentuk tepi koloni

8

Undulate

-

+

-

-

-

-

9

Lobate

-

-

+

-

+

-

10

Lacerate

+

-

-

-

-

-

11

Entire

-

-

-

+

-

+

Struktur Dalam

12

Finely granular

-

-

-

+

-

+

13

Coarsly granular

+

-

-

-

+

-

14

Smooth

-

-

+

-

-

-

15

Arboresent

-

+

-

-

-

-

Warna koloni

16

Merah

-

-

-

+

-

-

17

Krem

+

+

+

-

+

+

Daya Tembus

18 Opaque

+

+

+

-

+

-

19 Translucent

-

-

-

+

-

+

Bentuk pertumbuhan pada medium tegak

20

Filiform

+

-

+

+

-

+

21

Echinulate

-

+

-

-

-

-

22

Villous

-

-

-

-

+

-

Pertumbuhan pada medium miring

23

Tipis

-

-

-

+

+

+

24

Sedang

+

-

-

-

-

-

25

Tebal

-

+

+

-

-

-

Bentuk pertumbuhan pada medium miring

26

Filiform

-

-

-

+

-

-

27

Echinulate

-

-

+

-

+

-

28

Beaded

+

+

-

-

-

-

29

Spreading

-

-

-

-

-

+

Kilat permukaan

30

Mengkilat

+

-

-

+

+

-

31

Tidak mengkilat

-

+

+

-

-

+

Pertumbuhan pada medium cair

32

Kekeruhan

+

+

-

-

+

+

33

Flocculant

-

-

-

-

+

+

34

Sediment

+

+

+

+

-

-

Bentuk sel

35

Kokus

+

-

+

+

-

-

36

Basilus

-

-

-

-

-

+

37

Koma/fibrio

-

+

-

-

+

-

Pengecatan gram

38

Positif

-

+

+

+

-

-

39

Negatif

+

-

-

-

+

+

Sifat Bakteri

40

Aerob

-

-

-

+

-

-

41

Anaerob

+

+

+

-

-

-

42

Aerob fakultatif

-

-

-

-

+

+

Fermentasi gula

43

Glukosa

-

+

+

-

+

-

44

Sukrosa

-

-

-

-

+

-

45

Laktosa

-

-

-

-

-

-

46

Hidrolisis Pati

-

-

-

+

+

-

47

Pembentukan Indol

+

+

-

+

-

-

48

Peptonisasi Susu

+

+

+

-

+

+

49

Fermentasi Susu

-

-

-

+

-

-

50

Hidrolisis Kasein

-

-

-

-

-

-

51

Reduksi Nitrat

-

+

+

+

-

-

52

Reduksi H2 O2

+

+

+

+

+

-

53

Reduksi Metilen Biru

-

-

+

+

-

-

Kemudian, semua karakter dan strain dianalisis menggunakan dengan 2 metode yaitu metode Ssm (Simple Matching Coefficient) dan Sj (Jaccard Coefficient), dan diperoleh data-data sebagai berikut:

Tabel 2. Matriks Similaritas(Ssm)

A

B

C

D

E

F

A

B

66.04

C

67.92

71.7

D

54.72

47.17

56.60

E

58.49

50.94

52.83

39.62

F

56.60

49.05

50.94

52.83

60.38

Tabel 3. Matriks Similaritas Sj

A

B

C

D

E

F

A

B

35.71

C

37.04

44.44

D

22.58

17.65

25.81

E

26.67

21.21

21.87

11.11

F

17.86

12.90

13.33

16.67

25

Nilai similaritas yang ada, digunakan untuk analisis kluster yang didasarkan pada metode UPGMA dan didapat data sebagai berikut

Tabel 4. Analisis Kluster( Ssm)

Ssm

A

B

C

E

F

D

100

A

B

C

E

F

D

71.7

A

(BC)

E

F

D

66.98

{A(BC)}

E

F

D

60.38

{A(BC)}

(EF)

D

53.14

[{A(BC)}(EF)]

D

50.188

[[{A(BC)}(EF)]D]

Tabel 5. Analisis Kluster (Sj)

Sj

A

B

C

D

E

F

100

A

B

C

D

E

F

44.44

A

(BC)

D

E

F

36.375

{A(BC)}

D

E

F

25

{A(BC)}

D

(EF)

22.01

[{A(BC)}D]

(EF)

17.70

[ [{A(BC)}D](EF)} ]

Dari data di atas, dapat dikonstruksikan dendogram untuk masing-masing uji Ssm dan Sj sebagai berikut:

A 70

B

C

E

F

D

100

50.188

53.14

60.38

66.98

71.7

90

80

71.

Gambar 1. Dendogram Ssm

A

B

C

D

E

F

70

17.70

25

22.01

36.375

44.44

50

60

80

90

100

Gambar 2. Dendogram Sj

Untuk menguji keakuratan dendegram diatas, dilakukan uji kofenetik korelasi untuk kedua dendogram diatas. Data analisis kofenetik korelasi didapat dari hasil matrik pertama dan matriks turunan dendogram sebagai berikut.

Tabel 6. Matriks Turunan analisis Ssm

A

B

C

D

E

F

A

B

66.98

C

66.98

71.7

D

50.188

50.188

50.188

E

53.14

53.14

53.14

50.188

F

53.14

53.14

53.14

50.188

60.38

Tabel 7. Matriks Turunan analisis Sj

A

B

C

D

E

F

A

B

36.375

C

36.375

44.44

D

22.01

22.01

22.01

E

17.7

17.7

17.7

17.7

F

17.7

17.7

17.7

17.7

25

Hasil uji kofenetik korelasi untuk Ssm adalah sebesar 85.85 %dan Sj sebesar 90.50 %.

Pembahasan

Sifat biokimiawi yang diujikan meliputi hidrolisis pati, fermentasi karbohidrat, peruraian protein meliputi pembentukan indol, peptonisasi dan fermentasi susu, hidrolisis kasein dan pencairan gelatin. Reaksi reduksi senyawa meliputi Reduksi nitrat, reduksi peroksida dan reduksi methylene blue.

Hidrolisis pati reaksi positif ditandai dengan adanya zona jenih disekitar koloni. Hidrolisis dapat terjadi karena adanya enzim amylase yang mampu menguraikan makromolekul amilum menjadi karbohidrat dengan rantai yang yebih pendek. Reaksi fermentasi meliputi fermentasi sukrosa, glukosa dan fruktosa dengan indicator red phenol. Fermentasi dapat terbentuk karena menguraian karbohidrat dengan sedikit supply oksigen. Reaksi positif ditandai dengan adanya perubahan warna merah menjadi kuning yang mengindikasikan adanya asam yang terbentuk, serta adanya gelembung yang menandakan adanya CO2 yang terbentuk.

Pembentukan indol mengindikasikan koloni mengsekresikan protein tryptophan. Peptonisasi dan fermentasi susu dilakukan untuk mengetahui kemampuan Bakteri dalam meguraikan protein susu. Reaksi positif untuk peptonisasi ditandai dengan warna ungu terang, dan fermentasi akan ditandai dengan penggumpalan susu dan warna putih. Pencairan gelatin dilakukan untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menguraikan gelatin. Reaksi positif ditandai dengan gelatin mencair.

Reduksi senyawa dilakukan untuk mengetahui kemampuan bakteri mereduksi senyawa sehingga dapat dibedakan dan diklasifikasikan menurut karakternya. Reduksi nitrat , raeksi positif ditandai dengan warna merah yakni mengindikasikan adanya nitrit yang bereaksi dengan asam sulfanilat dan larutan naftilamin. Reduksi hydrogen peroksida ditandai reaksi positif dengan adanya gelembung udara saat diteteskan di atas koloni, gelembung udara terbentuk karena koloni bakteri mampu mengoksidasi hydrogen peroksida menjadi oksigen. Reduksi methylene blue ditandai dengan hilangnya warna biru karena kemampuan bakteri untuk mereduksi reagen tersebut.

Metode Ssm (Simple Matching Coefficient) dan Sj (Jaccard Coefficient) digunakan untuk mengklasifikasikan strain A, B, C, D, E, dan F. Dari hasil dendogram Ssm &Sj yang didapat, jika dihubungkan dengan konsep taksospesies, maka bisa diketahui kedekatan diantara keenam strain yang digunakan.Dapat dikatakan satu spesies ketika indeks similaritas lebih atau sama dengan 70 %.

Jika diuji dengan metode Ssm, keenam strain tersebut dapat diklasifikasikan menjadi 5 spesies. Kelima spesies tersebut antara lain spesies pertama adalah strain B dan C. Empat spesies lain adalah strain A, D, E dan F. Pada dendogram Ssm, dapat dilihat bahwa strain yang bergabung pertama kali adalah strain B dan C pada nilai indeks similaritas 71.7. Hal ini dikarenakan kedua strain tersebut memiliki sifat double positif dan double negatif yang lebih tinggi bila dibandingkan kemungkinan pasangan strain yang lain. Setelah itu, kemudian pasangan ini bergabung lebih dahulu dengan strain A pada IS 66.98. Pada IS 60.38 E bergabung dengan F. Selanjutnya dilanjutkan bergabungnya strain {(E )(F)} ke dalam pasangan strain {(B,C),(A)} (Tabel 1). Dan pada nilai 50.188% semua strain bergabung.

Sedangkan jika ke-6 tersebut diuji dengan metode Sj dan didasarkan pada konsep taksospesies maka ke-6 strain tersebut dapat hasil bahwa keenam strain tersebut berbeda. Hasil dari analisis kluster untuk Sj berbeda dengan Ssm, hal ini dikarenakan pada uji Sj sifat double negatif diabaikan. Karena hal inilah, nilai indek similaritas untuk mendekatkan kedua strain juga berbeda. Pada lampiran(Tabel 6), dapat dilihat bahwa kebanyakan kemungkinan pasangan strain, lebih banyak memiliki kesamaan dalam hal sama-sama tidak memiliki suatu karakter. Ketika hal ini terjadi maka bisa dipastikan kalau nilai indeks similaritas untuk ke-6 strain pada uji Sj lebih kecil bila dibandingkan Ssm.

Untuk menguji validitas dari dendogram yang dibuat, maka dilakukan uji kofenetik korelasi. Setelah dianalisis dengan kofenetik korelasi menunjukkan nilai r sebesar Ssm 85.85% dan Sj sebesar 90.50%. Jika dilihat dari nilai r kedua metode tersebut maka, bisa dikatakan bahwa hasil klasifikasi numerik fenetik untuk ke-6 strain menggunakan metode Ssm dan Sj mendekati keadaan yang sebenarnya (memiliki tingkat akurasi yang tinggi). Jika kedua metode tersebut dibandingkan, dapat dilihat bahwa dalam percobaan ini, metode Sj memiliki tingkat keakuratan lebih tinggi dibandingkan dengan metode Ssm. Hal ini dikarenakan pada metode analisis Sj sifat double negatif diabaikan. Sifat double negatif tidak bisa mengintepretasikan kedekatan dua strain karena kedekatan diantara dua buah strain sangat ditentukan oleh kesamaan memiliki suatu karakter untuk kedua strain. Sedangkan pada Ssm, ada penggunaan sifat double negatif pada analisisnya, hal ini membuat adanya karakter pertimbangan lain untuk mendekatkan kedua buah strain. Sehingga pasti ada perbedaan hasil klasifikasi pada kedua metode tersebut. Dalam klasifikasi numerik fenetik jika ingin memperoleh hasil klasifikasi yang memiliki tingkat akurasi tinggi, maka diperlukan karakter sebanyak mungkin untuk mendekatkan dua buah strain yang dibandingkan. Biasanya karakter yang digunakan lebih dari 50. Dalam percobaan ini penggunaan 53 karakter untuk mencarai kedekatan ke-6 strain yang digunakan telah memenuhi syarat yang telah ditentukan.

SIMPULAN

Klasifikasi numerik fenetik dengan menggunakan metode analisis Ssm mengelompokkan 6 strain menjadi 5 spesies. Sedangkan jika diuji dengan metode Sj keenam strain tersebut dapat dikelompokkan menjadi 6 spesies. Hasil klasifikasi numerik fenetik menggunakan metode Sj memiliki tingkat akurasi lebih tinggi dibanding Ssm.

DAFTAR PUSTAKA

Boune,D.K., R.W. Castenholz, G.M. Garritg. 2001. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 2nd ed. Springer. New York.

Goodfellow, G.M., and A.G. O Donnell. 1993. Handbook of Bacteria Systematics. Academic Press Harcourt Brace&Caompany, Publisher. London : 29-57.

Madigan, M.T., J.M.Martinko, and J. Parker. 2003. Brock Biology of Microorganism 9th ed. Prentice Hall. USA : 50-67.

Pelczar, M.J.Jr., dan E.C.S. Chan. 1986. Dasar- Dasar Mikrobiologi(terj.). Penerbit UI-PRESS. Jakarta: 34-38.

Prescott, L.M., J.P. Harley, and B.A. Klein. 1999. Microbiology. Mc Graw Hill Company, Inc. New York : 14-16.

Pyatkin, F. 1967. Microbiology. MR Publishers. Moskow.

Priest, F., and B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy 2nd ed. Chapman& Hall. London : 26-28.

LAMPIRAN

Tabel 8. Tabel perhitungan Ssm dan Sj 16Perhitungan Klustering Ssm dan Sj 16

Tabel 9. Tabel analisis Kofenetik Korelasi (Ssm) 17Perhitungan Koefisien Korelasi Dedogram(Ssm) 17

Tabel 10. Tabel analisis Kofenetik Korelasi (Sj) 18Perhitungan Koefisien Korelasi Dedogram(Sj) 18

Laporan Sementara 18

Tabel 8. Tabel perhitungan Ssm dan Sj

Nilai A

Nilai B

Nilai C

Nilai D

SSM

SJ

AB

10

8

10

25

66.03774

35.71429

AC

10

8

9

26

67.92453

37.03704

AD

7

11

13

22

54.71698

22.58065

AE

8

10

12

23

58.49057

26.66667

AF

5

13

10

25

56.60377

17.85714

BC

12

8

7

26

71.69811

44.44444

BD

6

14

14

19

47.16981

17.64706

BE

7

13

13

20

50.9434

21.21212

BF

4

16

11

22

49.0566

12.90323

CD

8

11

12

22

56.60377

25.80645

CE

7

12

13

21

52.83019

21.875

CF

4

15

11

23

50.9434

13.33333

DF

4

16

16

17

39.62264

11.11111

DE

5

15

10

23

52.83019

16.66667

EF

7

13

8

25

60.37736

25

( A + D )

Ssm = X 100 %

A+B+C+D

( A )

Sj = X 100 %

A+B+C

Perhitungan Klustering UPGMA

Ssm

A-BC= (AB+AC)/2= 67.0

D-ABC=( AD+DB+DC)/3= 60.4

ABCD-EF=(AE+AF+BE+BF+CE+CF+DE+DF)//8= 50.7

Sj

A-BC= (AB+AC)/2= 36.37

D-ABC=( AD+DB+DC)/3= 22.01

ABCD-EF=(AE+AF+BE+BF+CE+CF+DE+DF)//8= 17.7

Tabel 9. Analisis Kofenetik Korelasi (Ssm)

Ssm

X

Y

X2

Y2

XY

A-B

66.04

66.98

4361.2816

4486.3204

4423.3592

A-C

67.92

66.98

4613.1264

4486.3204

4549.2816

A-D

54.71

50.188

2993.1841

2518.835344

2745.78548

A-E

58.49

53.14

3421.0801

2823.8596

3108.1586

A-F

56.6

53.14

3203.56

2823.8596

3007.724

B-C

71.69

71.7

5139.4561

5140.89

5140.173

B-D

47.17

50.188

2225.0089

2518.835344

2367.36796

B-E

50.94

53.14

2594.8836

2823.8596

2706.9516

B-F

49.05

53.14

2405.9025

2823.8596

2606.517

C-D

56.6

50.188

3203.56

2518.835344

2840.6408

C-E

52.83

53.14

2791.0089

2823.8596

2807.3862

C-F

50.94

53.14

2594.8836

2823.8596

2706.9516

D-E

39.62

50.188

1569.7444

2518.835344

1988.44856

D-F

52.83

50.188

2791.0089

2518.835344

2651.43204

E-F

60.38

60.38

3645.7444

3645.7444

3645.7444

835.81

835.82

47553.4335

47296.60952

47295.92204

Perhitungan Koefisien Korelasi Dedogram(Ssm)

(

)

%

85.85

0.8585

)

)

82

.

835

(

)

60

.

47296

15

)(

)

81

.

835

(

09

.

47553

15

((

)

82

.

835

835.81x

(

)

47295.92

15

(

)

)

(

)(

)

(

)

(

)

(

2

2

2

2

2

2

=

=

-

-

-

=

-

-

-

=

r

r

x

x

x

r

y

y

n

x

x

n

y

x

xy

n

r

Keterangan Rumus: n: jumlah pasangan strain

Tabel 10. Analisis Kofenetik Korelasi (Sj)

Sj

X

Y

X2

Y2

XY

A-B

35.71

36.375

1275.204

1323.141

1298.951

A-C

37.04

36.375

1371.962

1323.141

1347.33

A-D

22.58

22.01

509.8564

484.4401

496.9858

A-E

26.67

17.7

711.2889

313.29

472.059

A-F

17.86

17.7

318.9796

313.29

316.122

B-C

44.44

44.44

1974.914

1974.914

1974.914

B-D

17.65

22.01

311.5225

484.4401

388.4765

B-E

21.21

17.7

449.8641

313.29

375.417

B-F

12.9

17.7

166.41

313.29

228.33

C-D

25.81

22.01

666.1561

484.4401

568.0781

C-E

21.87

17.7

478.2969

313.29

387.099

C-F

13.33

17.7

177.6889

313.29

235.941

D-E

11.11

17.7

123.4321

313.29

196.647

D-F

16.67

17.7

277.8889

313.29

295.059

E-F

25

25

625

625

625

349.85

349.82

9438.46

9205.84

9206.41

Perhitungan Koefisien Korelasi Dedogram(Sj)

(

)

%

50

.

90

0.9050

)

)

81

.

349

(

)

108

.

9205

15

)(

)

85

.

349

(

464

.

9438

15

((

)

81

.

349

85

.

349

(

)

045

.

9206

15

(

)

)

(

)(

)

(

)

(

)

(

2

2

2

2

2

2

=

=

-

-

-

=

-

-

-

=

r

r

x

x

x

x

r

y

y

n

x

x

n

y

x

xy

n

r

Keterangan Rumus:

n: jumlah pasangan strain