Sistematika MikrobiaSistematika Mikrobia

Nama Mata Kuliah : Sistematika MikrobiaNama Mata Kuliah : Sistematika Mikrobia

Bobot : 4 SKS (3-1)Bobot : 4 SKS (3-1)

Kode : BIO 220Kode : BIO 220

Status : Wajib Status : Wajib

Prasyarat : Mikrobiologi, Teknik Prasyarat : Mikrobiologi, Teknik

BiokimiaBiokimia

Dosen : L. Sembiring, M.Sc., Ph.D.Dosen : L. Sembiring, M.Sc., Ph.D.

Tujuan pengadaan matakuliahTujuan pengadaan matakuliah Memeperkenalkan konsep mutakhir yang melandasi Memeperkenalkan konsep mutakhir yang melandasi klasifikasi, tatanama dan identifikasi mikrobia.klasifikasi, tatanama dan identifikasi mikrobia.Menjelaskan peranan sistematika mikrobia dalam ilmu Menjelaskan peranan sistematika mikrobia dalam ilmu hayati.hayati.Memaparkan cakupan dan kepentingan Memaparkan cakupan dan kepentingan keanekargaman taksonomis mikrobia.keanekargaman taksonomis mikrobia.Menekankan pentingnya perangkat lunak dan Menekankan pentingnya perangkat lunak dan databasedatabase dalam sistematika mikrobia. dalam sistematika mikrobia.Memperkenalkan takson mikrobia representatif yang Memperkenalkan takson mikrobia representatif yang berperan penting dalam bidang pertanian, lingkungan berperan penting dalam bidang pertanian, lingkungan dan kesehatan.dan kesehatan.

Kompetensi mahasiswaKompetensi mahasiswa Pemahaman yang menyeluruh mengenai prinsip dasar Pemahaman yang menyeluruh mengenai prinsip dasar

dan praktek sistematika mikrobia.dan praktek sistematika mikrobia. Pengetahuan mengenai konsep yang mendasari Pengetahuan mengenai konsep yang mendasari

pengembangan klasifikasi fenetik dan filogenetik.pengembangan klasifikasi fenetik dan filogenetik. Pemahaman tentang metode yang dipakai untuk Pemahaman tentang metode yang dipakai untuk

mengidentifikasi mikrobia.mengidentifikasi mikrobia. Pengetahuan mengenai pokok pikiran dalam tatanama Pengetahuan mengenai pokok pikiran dalam tatanama

organisme (mikrobia).organisme (mikrobia). Pengetahuan mengenai cakupan dan kepentingan Pengetahuan mengenai cakupan dan kepentingan

keanekaragaman mikrobia.keanekaragaman mikrobia. Pemahaman mengenai pentingnya perangkat lunak dan Pemahaman mengenai pentingnya perangkat lunak dan

databasedatabase taksonomis. taksonomis. Kemampuan mengklasifikasi dan mengidentifikasi Kemampuan mengklasifikasi dan mengidentifikasi

mikrobia.mikrobia.

Outcome pembelajaranOutcome pembelajaran

Pengetahuan dan PemahamanPengetahuan dan Pemahaman Kemampuan (Kemampuan (ability/intelectual skillability/intelectual skill)) Ketrampilan (Ketrampilan (Practical SkillPractical Skill)) Kemampuan manajerial dan alih ilmuKemampuan manajerial dan alih ilmu Sikap (Sikap (AtitudeAtitude))

Outcome pembelajaranOutcome pembelajaran

A. Kognitif :A. Kognitif : TahuTahuPahamPahamAplikasiAplikasiAnalisisAnalisisSintesisSintesisEvaluatifEvaluatif

B. Afektif (sikap:B. Afektif (sikap: attitude attitude))

C. Psikomotorik (C. Psikomotorik (Practical SkillPractical Skill))

Cara evaluasi dan PenilaianCara evaluasi dan PenilaianA. Kuliah:75%A. Kuliah:75%1. Ujian sisipan : 25 %1. Ujian sisipan : 25 %2. Ujian akhir : 60%2. Ujian akhir : 60%3. Tugas : 15 % 3. Tugas : 15 % B. Praktikum : 25%B. Praktikum : 25% Nilai kuliah (K)= 0,25 (US) + 0,60 (UA) + 0,15 (T) Nilai kuliah (K)= 0,25 (US) + 0,60 (UA) + 0,15 (T) Nilai Total = 0,75(K) + 0,25(P)Nilai Total = 0,75(K) + 0,25(P)Komponen tugasKomponen tugas: : A. Tugas mandiri: tugas latihan dan Kuis A. Tugas mandiri: tugas latihan dan Kuis B. Tugas kelompok: presentasi makalahB. Tugas kelompok: presentasi makalah Sayarat ikut ujian: kehadiran Sayarat ikut ujian: kehadiran 75% 75%

Bentuk Soal UjianBentuk Soal Ujian

A. Pilihan ganda: ( 1 skor/nomer)A. Pilihan ganda: ( 1 skor/nomer) B. Isian singkat: 1 skor/poin)B. Isian singkat: 1 skor/poin) C. Esai: bobot/nomerC. Esai: bobot/nomer

Standar PenilaianStandar Penilaian

Sistem PAN (Penilaian Acuan Normal)Sistem PAN (Penilaian Acuan Normal) Sistem PAP (Penilaian acuan Patokan)Sistem PAP (Penilaian acuan Patokan) A A 80 80 66 66 B B 80 80 56 56 C C 66 66 46 46 D D 56 56 E E 46 46

Metode pembelajaranMetode pembelajaran

A. A. OrientasOrientasi : Ceramah & Diskusii : Ceramah & DiskusiB. B. Latihan Latihan : : Tanya-jawab dan KuisTanya-jawab dan Kuis Tugas mandiri (Tugas mandiri (buku, jurnalbuku, jurnal dan dan internetinternet)) Peragaan di depan kelas Peragaan di depan kelas Tugas kelompok (penulisan dan presentasi Tugas kelompok (penulisan dan presentasi

makalah)makalah)C. C. Umpan balikUmpan balik : penjelasan atas tugas : penjelasan atas tugasD. D. Tindak lanjutTindak lanjut : evaluasi pencapaian dan : evaluasi pencapaian dan tindakan perbaikan atau pengulangantindakan perbaikan atau pengulangan

Metode pembelajaranMetode pembelajaran

Student-Centered Learning (SCL)Student-Centered Learning (SCL)

Active learning/individual learningActive learning/individual learning Colaborative learningColaborative learning Group discussion learningGroup discussion learning Project-based learningProject-based learning

01. 01. 0505/0/099/2/2012012 Pengantar ke arah studi sistematika (1x) Pengantar ke arah studi sistematika (1x) Sistematika, Taksonomi dan Klasifikasi (1x) Sistematika, Taksonomi dan Klasifikasi (1x) 02 02 1212/0/099/201/20122 Klasifikasi numerik-fenetik (2 x) Klasifikasi numerik-fenetik (2 x) 03. 03. 1919/09/20/09/201212 Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi) Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi) (2x) (2x) 04. 04. 2626/09/ 20/09/ 201212 05. 05. 0303//1010/201/2012 2 Klasifikasi molekular-filogenetik (2x)Klasifikasi molekular-filogenetik (2x)06. 06. 1010//1010/201/20122 Klasifikasi molekular-filogenetik (2x) Klasifikasi molekular-filogenetik (2x)07. 07. 1717/10/2/10/2012012 Tatanama mikrobia ) (2x) Tatanama mikrobia ) (2x)08. 08. 2424/10/201/10/20122 Identifikasi Mikrobia (2x) Identifikasi Mikrobia (2x) 09. 09. 3131/10/201/10/20122 Ujian Tengah Semester (2x)Ujian Tengah Semester (2x)10. 10. 0707/1/111/201/20122 Ujian Tengah Semester (2x)Ujian Tengah Semester (2x)• 1414/11/201/11/20122 Keanekaragaman Bakteria : Domain Bakteria (2x)Keanekaragaman Bakteria : Domain Bakteria (2x)12. 12. 2121/11/201/11/2012 2 Keanekaragaman Archaea : Domain Archaea (2x) Keanekaragaman Archaea : Domain Archaea (2x)• 2828/11/201/11/20122 Keanekaragaman Protista (2x) Keanekaragaman Protista (2x)• 0505/1/122/201/20122 Keanekaragaman Protozoa (2x)Keanekaragaman Protozoa (2x)• 1212/1/122/201/20122 Keanekaragaman Algae (2x)Keanekaragaman Algae (2x)• 1919/12/201/12/20122 Keanekaragaman Fungi, Keanekaragaman Fungi, • 26/26/12/2010 12/2010 Keanekaragaman Keanekaragaman Water molds Water molds dan dan Slime moldsSlime molds18. 20-21/12/2010 Peranan 18. 20-21/12/2010 Peranan Culture CollectionCulture Collection dalam studi sistematika mikrobia (2x) dalam studi sistematika mikrobia (2x)19. 27-28/12/2010 Rekapitulasi Perkuliahan dan Diskusi Kelompok 19. 27-28/12/2010 Rekapitulasi Perkuliahan dan Diskusi Kelompok

Rencana Topik Kuliah

Tugas KelompokTugas Kelompok

Menyusun suatu Tulisan (Menyusun suatu Tulisan (PaperPaper) ) mengenai Topik yang ditugaskanmengenai Topik yang ditugaskan

Menyusun bahan Presentasi yang diambil Menyusun bahan Presentasi yang diambil dari Tulisandari Tulisan

Mempresentasikan Tugas di depan kelas Mempresentasikan Tugas di depan kelas selama 15 mneit dengan rincian:selama 15 mneit dengan rincian: Presentasi oral (10 menit)Presentasi oral (10 menit) Diskusi (5 menit)Diskusi (5 menit)

Daftar Tugas KelompokDaftar Tugas Kelompok

Kelompok I : Pengantar SismikKelompok I : Pengantar SismikKelompok II : Klasifikasi Numerik- Prinsip dasarKelompok II : Klasifikasi Numerik- Prinsip dasarKelompok III : Klasifikasi Numerik- AplikasiKelompok III : Klasifikasi Numerik- AplikasiKelompok IV : Klasifikasi Kimiawi – ProteinKelompok IV : Klasifikasi Kimiawi – ProteinKelompok V : Klasifikasi Kimiawi – LipidKelompok V : Klasifikasi Kimiawi – LipidKelompok VI : Klasifikasi molekular- DNA FingerprintingKelompok VI : Klasifikasi molekular- DNA FingerprintingKelompok VII : Klasifikasi molekular- Analisis FilogenetikKelompok VII : Klasifikasi molekular- Analisis FilogenetikKelompok VIII : Tatanama mikrobiaKelompok VIII : Tatanama mikrobiaKelompok IX : Identifikasi mikrobiaKelompok IX : Identifikasi mikrobiaKelompok X : Keanekaragaman Bakteria (Phylum 1 – 5)Kelompok X : Keanekaragaman Bakteria (Phylum 1 – 5)Kelompok XI : Kenakergaman Bakteria (Phylum 6 - 10)Kelompok XI : Kenakergaman Bakteria (Phylum 6 - 10)Kelompok XII : Kenakergaman Bakteria (Phylum 11– 15)Kelompok XII : Kenakergaman Bakteria (Phylum 11– 15)Kelompok XIII : Kenakergaman Bakteria (Phylum 16 – 19)Kelompok XIII : Kenakergaman Bakteria (Phylum 16 – 19)Kelompok XIV : Keanekaragaman Bakteria (Phylum 20 – 23)Kelompok XIV : Keanekaragaman Bakteria (Phylum 20 – 23)Kelompok XV : Keanekaragaman ArkhaeaKelompok XV : Keanekaragaman ArkhaeaKelompok XVI : Keakeragaman ProtozoaKelompok XVI : Keakeragaman ProtozoaKelompok XVII : Keanekaragaman AlgaeKelompok XVII : Keanekaragaman AlgaeKelompok XVIII : Keanekaragaman Fungi,Slime molds & Water moldsKelompok XVIII : Keanekaragaman Fungi,Slime molds & Water moldsKelompok XIX : Peran Kelompok XIX : Peran Culture CollectionCulture Collection dalam studi Mikrobia dalam studi Mikrobia

. . Buku AcuanBuku Acuan

1. 1. Goodfellow, M. 2000Goodfellow, M. 2000. Microbial Systematics: Background and Uses. In . Microbial Systematics: Background and Uses. In Applied Microbial SystematicsApplied Microbial Systematics ( F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) ( F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publisher.Kluwer Academic Publisher.2. 2. Stackebrandt, E., Tindall, B., Ludwig, W. & Goodfellow, M. 1999Stackebrandt, E., Tindall, B., Ludwig, W. & Goodfellow, M. 1999 . . Prokaryotic Diversity and Systematics. In Prokaryotic Diversity and Systematics. In Biology of The ProkaryotesBiology of The Prokaryotes (J.W. Langeler, G. Drews & H.G. Schlegel, Eds.), Blackwell Science, (J.W. Langeler, G. Drews & H.G. Schlegel, Eds.), Blackwell Science, Thieme Stuttgart, New York.Thieme Stuttgart, New York.3. 3. Goodfellow, M. & O’Donnell, A.G. (Eds.) 1993Goodfellow, M. & O’Donnell, A.G. (Eds.) 1993. Handbook of New Bacterial . Handbook of New Bacterial Systematics. Systematics. Academic Press, Harcourt Brace & Company Publishers, London. Academic Press, Harcourt Brace & Company Publishers, London.4. 4. Priest, F.G. & Austin, B. 1995Priest, F.G. & Austin, B. 1995. . Modern bacterial taxonomyModern bacterial taxonomy. Chapman & Hall.. Chapman & Hall.5. 5. Atlas, R.M. 1997Atlas, R.M. 1997. . Principles of MicrobiologyPrinciples of Microbiology, 2nd ed., Wm. C. Brown, 2nd ed., Wm. C. Brown Publishers.Publishers.6. 6. Sneath, P.H.A., (Ed.) 1992Sneath, P.H.A., (Ed.) 1992. . International Code of Nomenclature of Bacteria, International Code of Nomenclature of Bacteria, 1990 Revision1990 Revision. The American Society for Microbiology, Washington, D.C. The American Society for Microbiology, Washington, D.C7. Kirshop, A.E. & Doyle, A. (Eds.) . 19917. Kirshop, A.E. & Doyle, A. (Eds.) . 1991. . Maintenance of Microorganisms Maintenance of Microorganisms and Cultured Cells: A Manual of Laboratory Methodsand Cultured Cells: A Manual of Laboratory Methods. Academic Press, . Academic Press, Harcourt Brace Jovanovich Publishers, London.Harcourt Brace Jovanovich Publishers, London.8. Logan, N.A. 19948. Logan, N.A. 1994. . Bacterial SystematicsBacterial Systematics. Blackwell Scientific Publications, . Blackwell Scientific Publications, Oxford, UK.Oxford, UK.

Pengantar Sistematika MikrobiaPengantar Sistematika Mikrobia Sistematika: Sistematika: ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup serta hubungan antar sesamanya, baik hubungan yang serta hubungan antar sesamanya, baik hubungan yang bersifat kemiripan (fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan bersifat kemiripan (fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan (filogenetik).(filogenetik). Tiga bidang kajian sistematika:Tiga bidang kajian sistematika:

KlasifikasiKlasifikasi Tatanama (Nomenklatur)Tatanama (Nomenklatur) IdentifikasiIdentifikasi

TaksonomiTaksonomi : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar, : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar, prinsip serta aturan klasifikasi.prinsip serta aturan klasifikasi. Klasifikasi Klasifikasi : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan (similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner).(similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner). IdentifikasiIdentifikasi: proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang : proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan.diketahui sebelumnya atau bukan. Tatanama:Tatanama: cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode tatanama.tatanama.

Sejarah klasifikasi mahluk hidupSejarah klasifikasi mahluk hidup::Aristoteles (- mid 1800-san) : Dunia Plantae; Aristoteles (- mid 1800-san) : Dunia Plantae; Dunia AnimaliaDunia Animalia E. Haeckel (1866) : Dunia Plantae;E. Haeckel (1866) : Dunia Plantae; Dunia Animalia; Dunia Animalia; Dunia ProtistaDunia Protista E. Chatton (1937) : Prokaryotae;E. Chatton (1937) : Prokaryotae; EukaryotaeEukaryotae R.H. Whittaker (1969): Dunia Monera R.H. Whittaker (1969): Dunia Monera Dunia Protista Dunia Protista Dunia Fungi Dunia Fungi Dunia Plantae Dunia Plantae Dunia AnimaliaDunia Animalia Carl Woese (1978): Domain BakteriaCarl Woese (1978): Domain Bakteria Domain Arkhaea Domain Arkhaea Domain EukaryaDomain Eukarya Carol J. Bult (1996) : selesai Carol J. Bult (1996) : selesai sequencingsequencing genom genom Methanococcus janashiiMethanococcus janashii (Arkhaea) (Arkhaea) Solomon Solomon et alet al. (1999 - 2002): Dunia Bakteria. (1999 - 2002): Dunia Bakteria Dunia Arkhae(bakteria)Dunia Arkhae(bakteria) Dunia Protista Dunia Protista Dunia Fungi Dunia Fungi Dunia Plantae Dunia Plantae Dunia AnimaliaDunia Animalia

Dasar klasifikasi:Dasar klasifikasi:

Aristoteles ( 400 SM – 1800-an) : kenampakan morfologi luar Aristoteles ( 400 SM – 1800-an) : kenampakan morfologi luar

E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi

E. Chatton (1937) : struktur organisasi internal sel (prokaryotik &E. Chatton (1937) : struktur organisasi internal sel (prokaryotik & eukaryotik)eukaryotik)

R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel;R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel; nutrisi; struktur nutrisi; struktur organisasi selularorganisasi selular

Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular)Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular) 16S rRNA (Arkhaea & Bakteria)16S rRNA (Arkhaea & Bakteria) 18S rRNA (Eukarya)18S rRNA (Eukarya)

Sistem klasifikasi:Sistem klasifikasi:

Fenetik: Fenetik: berdasarkan kemiripan sifatberdasarkan kemiripan sifat

Filogenetik: Filogenetik: berdasarkan hubungan berdasarkan hubungan evolusievolusi

Dasar (Pendekatan) sistem Dasar (Pendekatan) sistem klasifikasi:klasifikasi:

Klasifikasi klasik monotetikKlasifikasi klasik monotetik Klasifikasi numerik-fenetik- politetikKlasifikasi numerik-fenetik- politetik Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi)Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi) Klasifikasi molekular (taksonomi Klasifikasi molekular (taksonomi

molekular)molekular) Taksonomi polifasikTaksonomi polifasik

Klasifikasi dan Hierarki Taksonomis:Klasifikasi dan Hierarki Taksonomis:

Hierarki TaksonomisHierarki Taksonomis

Dom ainDom ain EukaryaEukarya BakteriaBakteria ArkhaeaArkhaea

DuniaDunia PlantaePlantae BakteriaBakteria ArkhaeaArkhaea

PhylumPhylum Anthophyta Anthophyta ProteobacteriaProteobacteria CrenarcheotaCrenarcheota

ClassisClassis MonocotyledoneaeMonocotyledoneae Gamma ProteobacteriaGamma Proteobacteria ThermoproteiThermoprotei

OrdoOrdo CommelinalesCommelinales EnterobacterialesEnterobacteriales Sulfolobales Sulfolobales

FamiliaFamilia PoaceaePoaceae EnterobacteriaceaeEnterobacteriaceae SulfolobaceaeSulfolobaceae

GenusGenus ZeaZea SalmonellaSalmonella SulfolobusSulfolobus

SpeciesSpecies Zea maysZea mays S. dysenteriaeS. dysenteriae Slf. MetallicusSlf. Metallicus

Tatanama (Nomenklatur):Tatanama (Nomenklatur): International Code of Bacterial NomenclatureInternational Code of Bacterial Nomenclature (Sneath, (Sneath,

1992).1992). International Code of Botanical NomenclatureInternational Code of Botanical Nomenclature (Greuter (Greuter et alet al., .,

1994)1994) International Code of Zoological NomenclatureInternational Code of Zoological Nomenclature (Ride (Ride et alet al., .,

1985)1985) Sistem binomialSistem binomial: : nama spesies terdiri dari dua katanama spesies terdiri dari dua kata Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa LatinBahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin Nama genus : Nama genus : diawali dengan huruf kapital e.g. diawali dengan huruf kapital e.g. BacillusBacillus Penunjuk spesies : Penunjuk spesies : ditulis dengan huruf kecil e.g. ditulis dengan huruf kecil e.g. subtilissubtilis Nama spesies : Nama spesies : Bacillus subtilisBacillus subtilis

Konsep spesies:Konsep spesies:

NomenspeciesNomenspecies: share the same : share the same type straintype strain

TaxospeciesTaxospecies : similarity index : similarity index 70 70

(numerical taxonomy)(numerical taxonomy) GenospeciesGenospecies: genetic exchage : genetic exchage

Genomic speciesGenomic species: DNA relatedness value: DNA relatedness value 70%70%

Microbial SystematicsMicrobial Systematics: microbial : microbial diversity & relationship diversity & relationship

Classificassion:Classificassion: Nomenclature:Nomenclature: Identification: Identification:

ClassificationClassification

ClassificationClassification: process & product: process & product TaxonomyTaxonomy : theoretical study of : theoretical study of

classification classification Artificial classification :Artificial classification : special special

purposepurpose Phenetic classsification:Phenetic classsification: Phylogenetic (phyletic) Phylogenetic (phyletic)

classification:classification:

NomenclatureNomenclature

Bacteria & ArchaeaBacteria & Archaea:: International Code of Nomenclature for Bacterial International Code of Nomenclature for Bacterial Approved List of Bacterial Name 1 January 1980. Approved List of Bacterial Name 1 January 1980. Valid publication (IJSB ---IJSEM (2000)Valid publication (IJSB ---IJSEM (2000) Type strain must be designatedType strain must be designated

Fungi & AlgaeFungi & Algae:: International Code of Botanical Nomenclature International Code of Botanical Nomenclature

Protozoa:Protozoa: International Code of Zoological Nomenclature International Code of Zoological Nomenclature ::

Modern SystematicsModern Systematics

IdentificationIdentification : microbial ecology, industrial : microbial ecology, industrial biotechnology, diagnostic biotechnology, diagnostic hospital microbiologyhospital microbiology Current trendsCurrent trends : Modern microbial : Modern microbial systematicssystematics Chemistry: Chemistry: chemosystematicschemosystematics Molecular biology: Molecular biology: molecular systematicsmolecular systematics Data handling: Data handling: numerical phenetic numerical phenetic systematicssystematics

ChemotaxonomyChemotaxonomy

1. Chemotaxonomy1. Chemotaxonomy: : amino acids, lipids, amino acids, lipids,

polysacharides, proteins, enzymes, polysacharides, proteins, enzymes,

whole-cell whole-cell GCGC HPLCHPLC PyMS (Pyrolysis Mass Spectrometry)PyMS (Pyrolysis Mass Spectrometry) Electrophoresis Electrophoresis

Numerical phenetic taxonomyNumerical phenetic taxonomy Numerical phenetic taxonomyNumerical phenetic taxonomy: phenotypic test & : phenotypic test & computer analysiscomputer analysis CulturalCultural : : colonial morphology, pigmentationcolonial morphology, pigmentation MorphologicalMorphological : : cell shape, staining reaction, motilitycell shape, staining reaction, motility PhysiologicalPhysiological : : growth temp., anaerobic growthgrowth temp., anaerobic growth BiochemicalBiochemical : : acid from carbohydrates, nitrate reductionacid from carbohydrates, nitrate reduction NutritionalNutritional : : carbon sourcescarbon sources ChemotaxonomicChemotaxonomic: : amino acids, cell wall, membrane lipidsamino acids, cell wall, membrane lipids Inhibitory testsInhibitory tests: : sensitivity to antibioticssensitivity to antibiotics SerologicalSerological : : agglutinationagglutination GenomicGenomic : : mol % GC, DNA-DNA reassociationmol % GC, DNA-DNA reassociation

Molecular systematicsMolecular systematics

Molecular systematics (phylogenetic):Molecular systematics (phylogenetic): nucleic acids analysisnucleic acids analysis (evolutionary (evolutionary relationships: relationships: phylogeny treephylogeny tree))

DNA sequencing (16S, 18S rDNA) DNA sequencing (16S, 18S rDNA) DNA-DNA hybridizationDNA-DNA hybridization Molecular fingerprintingMolecular fingerprinting

Polyphasic systematicsPolyphasic systematics

Polyphasic systematicsPolyphasic systematics: : integrated use integrated use of genotypicof genotypic and phenotypic dataand phenotypic data

Congruence: Congruence: chemotaxonomic, chemotaxonomic, numerical phenetic and molecular numerical phenetic and molecular systematicssystematics

Five Kingdom & Three DomainFive Kingdom & Three Domain

Tree of Life: Three DomainTree of Life: Three Domain