perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer
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Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer. Yanara Astudillo Silva Genómica y proteómica Curso 2011: 2012. Introducción. Perfil de expresión génica:. Expresión génica: Proceso por el cual la inf . almacenada en DNA es traducida a proteínas. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer
Yanara Astudillo SilvaGenómica y proteómica
Curso 2011: 2012
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Introducción
Perfil de expresión génica:
Expresión génica: Proceso por el cual la inf. almacenada en DNA es traducida a proteínas.
Perfil de expresión génica: medida de expresión de varios genes en una célula en un momento dado
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TécnicasGen reportero Northern blot Western blot La hibridación fluorescente in situ SAGE
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TECNICA DESCRIPCIÓN
VENTAJA DESVENTAJA
MICROARRAYS
• Superficie• Hibridación probe- target • Fluorescencia• Análisis de imagen
• Diseño personalizado• Ensayos simultáneos• Alta capacidad
• Inversión• Incompatibilidad•Artefactos
qRT-PCR • Fluoróforos• cDNA
ARN- tejido en parafina
desarrollo y la validación de sondas, limitaciones en número de genes que se puede ensayar
RNA- SEC clonación cDNA (RNA inf.)
Detecta mutacionesVariantes spliceFusion genes, cambion nivel exp
Caro y consume mucho tiempo
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AplicacionesEstudio expresión de genes (sanos/enfermos,
salvajes/mutantes, tratados/no tratados…)Clasificación de enfermedadesIdentificación de genes característicos en una
patologíaPredicción de respuestas a un tratamientoDetección de mutaciones y polimorfismos de
un único gen (SNP)
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Diagnóstico/ pronóstico CáncerPulmón, hígado, mama, próstata, leucemia,
etc.Clasificación subtiposDiagnósticoPronosticar
Medir respuesta tratamientoSupervivencia paciente
Buscar nuevos targets
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Cáncer de pulmónProducido por:
Proliferación incontrolada célulasCausa:
TabacoExp- carcinógenosGenéticoExp. MineralesEtc…
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Tipos:Células no pequeñas
Carcinoma células escamosas Adenocarcinomas Carcinoma de células grandes, carcinoma adenoescamoso carcinoma no diferenciado.
Células pequeñas
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967 muestras (x3)420 analizados1995-2008 30 mi RNA’s Purificación RNATratamiento heparinaTranscripción reversaAmplificaciónPCR cuantitativa
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Resultados
No hay correlación entre plasma y suero
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No hubo diferencias en plasma
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Suero plasma
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99 casos adenocarcinoma58 casos células escamosasNo hay diferencias de expresión entre los dos
tiposComparación controles:
Adenocarcinoma miR- 146b: reducidoCélulas escamosas: miR-221, mir-let- 7a:
reducidos
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Materiales y métodos:
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• Materiales y métodos:
– Análisis Microarray:– Agilent: array de baja densidad de
todo el genoma 44k –Hibridización: pool 65 muestras
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Resultados
72 genes Verde: baja
regulaciónRojo: alta regulación
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72 genes Verde: baja
regulaciónRojo: alta regulación
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profiling reveals distinct adenocarcinoma subclasses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13790–13795 (2001).
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Heegaard NH, Schetter AJ, Welsh JA, Yoneda M, Bowman ED, Harris CC (2011) Circulating microRNA expression profiles in early stage non-small cell lung cancer. Int J Cancer