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Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (1/55)

Multi Dimensional Acquisition (Version 7.5) Multi Dimensional Acquisitionを用いることで次にあげる最大 6次元の情報を任意に組み合わせ、画像取得を容易に行うことができます。

※フィルターホイール・Z軸モータ・XYステージなどの制御をするためには、それぞれの機器用のデバイスドライバが必要です。

• CCDチップによる 2次元情報(X・Y) • フォーカス面情報(Z) • 波長情報(λ) • 時間情報(T) • ステージポジション情報(P)

1次元 4次元

2次元 5次元

3次元 6次元


ダイアログ内の各ボタンの説明

(Snap) Wavelengthsタブで設定されているイルミネーション・露光時間・自動露光有無・オートフォーカス有無に基づいて画像を 1枚スナップ撮影しますなお取得画像は、自動的には保存されません

Snap, Acquire を用いた画像取得時のビニング(Binning)の設定を行います。 (Live) Wavelengths設定を使用してライブ画像表示を開始します。再度ク

リックしますとライブ画像表示を停止します

ライブ画像取得時のビニング(Binning)の設定を行います。

(Full Chip) 使用している CCDカメラの全画素を用いて画像取得します

(Center quadrant) 使用している CCD カメラの中央部（全体の 1/4 画素）のみを用いて画像取得します

(Active Region) Snap ボタンで取得した画像に興味領域ツールでエリアを作成し、そのエリアを用いて画像取得します

データ取得を開始します

次のタブへ進みます。

前のタブへ戻ります。

Multi Dimensional Acquisitionダイアログボックスを閉じます

データ取得設定に関する情報を表示します

データ取得設定を条件ファイルとして保存します

保存済条件ファイルを読み出します


タイムラプス測定を行う場合(T) 1. Mainタブで Timelapseにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。

2. Savingタブの Select Directoryをクリックして画像保存先を設定して、Base Nameに保存する画像の基本名を入力します。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。


3. Timelapseタブで時間設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。

3-1. Experiment Lengthボックス内の Number of time pointsに何ポイント画像取得を行うかを設定します “0”と入力した場合は、オペレータが実験を終了させるまでデータ取得を続けます。

3-2. タイムラプス実行時の画像間インターバル時間を Time Intervalで設定しますなお、インターバル時間が短すぎた場合は、ワーニング表示されます。

※ Duration（実験総時間）は、上記設定に基づき自動計算されます。Durationに数値を入力することも可能です。その場合は Number of time pointが変更されます。

4. Wavelengthタブでイルミネーション（波長）を設定します。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。


4-1. Illuminationのリストから使用する波長設定を選択します。

4-2. Exposureに 4-1で選択した波長設定における露光時間を入力します。

4-3. Auto Expose欄で自動露光に関する設定を行います。

Every Acquisition：毎回行う、First Time Point：初回のみ行う、Never：行わない（蛍光画像取得の場合は Neverを推奨します）、Every Nth Acquisition：設定した数値毎に行う自動露光を行う場合は、目標輝度値を何カウントにするか使用中の CCDカメラに合った値をTarget Intensityに設定して下さい。

4-4. Acquire欄で画像取得に関する設定を行います

Every Time Point：毎回画像取得する、First Time Point：初回のみ画像取得する、First and Last Time Point：初回および最終回のみ画像取得する、Every Nth Time Point：設定した数値毎に画像取得する。

4-5. Auto Focus欄でオートフォーカスに関する設定を行います ※Z制御ドライバが組み込まれていない場合は使用できません。

Every Acquisition：毎回行う、First Time Point：初回のみ行う、Never：行わない、Every Nth Acquisition：何回かごとに行う。オートフォーカスを行う場合は、スキャン範囲や精度を Configure…で設定して下さい。Algorithm欄では、20倍以上の対物レンズを使用している場合は、Directional Avgを、それ以外は Standardを推奨します。


5. Displayタブで画像取得中の画像表示設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。

Image display settingsボックスで取得画像表示設定を行います。 Default: 標準的な設定で画像表示を行う。 Minimize Images during acquisition: 画像取得中に画像を表示しない。 Custom: Previewをクリックしますとプレビューウィンドウが表示され、表示画像の倍率・スケール調整ならびに表示位置を調整できます。調整が終わりましたら Startをクリックしますと画像取得を開始します。なおこのダイアログボックス内の Live をクリックしますとライブ画像を表示できますので、実験開始前にフォーカスの再調整やサンプルの位置確認を行うことができます。 Cancelをクリックしますと画像取得をキャンセルします。Intervalの数値を変更しますとインターバル時間の変更も可能です。 ※Custom を選択した場合は、そのまま画像取得を開始します。Default, Minimize Images during acquisitionの場合は、次の Summaryタブで確認または Acquireをクリックして画像取得開始します。


6. Summaryタブで画像取得全体の設定を確認します。Acquireをクリックしますと画像取得を開始します。

7. 画像取得が開始されると次のようなダイアログボックスがインターバル時間中に表示されます。表示中Pauseをクリックしますと次のようなダイアログボックスが表示されますので、ここでインターバル時間の変更やライブ画像(Liveをクリック)の表示が行えます。Resumeをクリックしますと再開します。Cancel をクリックしますと途中で画像取得を中止することができます。


電動 XYステージを使用して多点でデータ取得を行う場合(P) 1. MainタブでMultiple Stage Positionsにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Stageタブで多点の位置設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。


3-1. 目視あるいはライブ画像を表示（をクリック）させながら電動 XYステージ付属のジョイスティックを用いて登録したいステージポジションを探します。

3-2. 位置が決まりましたら Position Label欄に適当な名称をつけ、ボタンまたは F11キーを押します。この操作を登録したいステージポジション数回、繰り返し行います。 Offset Z for travel to this positionにチェックを入れてポジション登録することで、このポジションに移動する際、Z travel offset欄で指定したステージ量だけあらかじめ対物レンズを退避させた後にステージ移動を行いますこの機能は、正立顕微鏡でWELLプレートを使用する場合などに大変有効です。

各ボタンの説明：現在のステージポジション位置を Positions：リストの最後に追加します追加時すでに同名のステージラベルが存在する場合はメッセージボックスが表示されるので、上書きしてよければはい(Y)をクリックします。


：Positions：欄のハイライトされているポジションのあとに現在のステージポジション位置を追加します。：Positions：欄リストより不要なステージポジションを削除します。

：Positions：欄のハイライトしたポジションを上方に移動します。：Positions：欄のハイライトしたポジションを下方に移動します。


3-3. 登録が行われると次のようにPositions欄にステージポジションラベルと位置情報が組み込まれます。

3-4. 登録されたステージポジションの確認を行いたい場合は、Positions欄の希望する Position Label名をマウスで選び、続けてMove to Positionをクリックします。これにより電動ステージが指定場所へ移動します。（Position2を選択した例）。






No Auto Expose：自動露光を行わない（蛍光画像取得の場合は Neverを推奨します）、Auto Expose On：自動露光を行う自動露光を行う場合は、目標輝度値を何カウントにするか使用中の CCDカメラに合った値をTarget Intensityに設定して下さい。

4-4. Auto Focus欄でオートフォーカスに関する設定を行います ※Z制御ドライバが組み込まれていない場合は使用できません。

No Auto Focus：オートフォーカスを行わない、Auto Focus On：オートフォーカスを行うオートフォーカスを行う場合は、スキャン範囲や精度を Configure…で設定して下さい。Algorithm欄では、20倍以上の対物レンズを使用している場合は、Directional Avgを、それ以外は Standardを推奨します。



Image display settingsボックスで取得画像表示設定を行います。 Default: 標準的な設定で画像表示を行う。 Minimize Images during acquisition: 画像取得中に画像を表示しない。 Custom: Previewをクリックしますとプレビューウィンドウが表示され、表示画像の倍率・スケール調整ならびに表示位置を調整できます。調整が終わりましたら Startをクリックしますと画像取得を開始します。なおこのダイアログボックス内の Live をクリックしますとライブ画像を表示できますので、実験開始前にフォーカスの再調整やサンプルの位置確認を行うことができます。 Cancelをクリックしますと画像取得をキャンセルします。 ※Custom を選択した場合は、そのまま画像取得を開始します。Default, Minimize Images during acquisitionの場合は、次の Summaryタブで確認または Acquireをクリックして画像取得開始します。



7. 画像取得が開始されると次のようなダイアログボックスが表示されます。表示中 Esc キーを押しますと途中で画像取得を中止することができます。


多波長データ取得を行う場合(λ) 1. MainタブでMultiple Wavelengthsにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Wavelengthsタブで Number of Wavelengthsに画像取得を行う波長数を入力します。（最大8）を選びます。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。


4. W1タブで 1番目に画像取得を行う波長の設定を行います。イルミネーション、露光時間、自動露光、オートフォーカスを行うか否かの設定を行います。なお画像間でイメージシフトが生じる場合は、Alignment Croppingでイメージ位置調整(XY)が可能です。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。






4-4. Auto Focus欄でオートフォーカスに関する設定を行います。 ※Z制御ドライバが組み込まれていない場合は使用できません。

No Auto Focus：オートフォーカスを行わない、Auto Focus On：オートフォーカスを行うオートフォーカスを行う場合は、スキャン範囲や精度を Configure…で設定して下さい。Algorithm欄では、20倍以上の対物レンズを使用している場合は、Directional Avgを、それ以外は Standardを推奨します。

4-5. Alignment Croppingに波長間でのイメージシフト値(XY pixels)を入力する。イメージシフトが生じる場合のみに設定してください。

5. W2タブで 2番目に画像取得を行う波長の設定をW1同様に行います。W3以降も同様に行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。



8. 画像取得中 Escキーを押しますと途中で画像取得を中止することができます。


Z軸スキャンデータを取得する場合（Z） 1. Mainタブで Z Seriesにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。








4. Z Series タブで Z 軸スキャンの設定を行います。設定が終わりましたら▶Next をクリックします。

4-1. Z軸スキャンを行う際の基準面を確認します。ライブ画像を表示（をクリック）させながらサンプルの焦点が合った場所を探します。Interactive settings欄の Current Position:に数値入力をする、テキストボックス脇のスピンボックス(▲▼)をマウスでクリックする（またはマウスのホイールで上下にスクロール）、Z 軸モータ付属デジポットや電動顕微鏡のフォーカスノブを用いるのいずれかで焦点を合わせます。

4-2. Settings for acquisition series欄の Range Around Currentにチェックを入れます。

4-3. 使用している対物レンズの倍率にあわせて MetaMorph が Z 軸スキャンステップの推奨値(Recommended Step Size)を表示しますので、Step Sizeに推奨値を入力します。（Rangeとの兼ね合いで、推奨値がそのまま使用できない場合は、MetaMorphが自動計算し推奨値に近い値を自動入力します）。※対物レンズの倍率および NA 値が設定させていませんとRecommended Step Sizeは表示されません。


4-4. Rangeにスキャン幅を入力します。（Rangeに入力するとMetaMorphは自動的に Number of Stepsを計算します。逆にNumber of Stepsを指定すると自動的にRangeを計算します）。

4-5. データ取得中に使用しているシャッターを解放したままにしておきたい場合は、Keep shutter open between stepsにチェックを入れます。（データ取得速度は向上されますが、サンプルへのダメージをより与えることとなりますのでご注意ください。）

Range Around Current機能を使用しない場合① Range Around Currentのチェックを外します。Set Top To Current、Set Bottom To Currentボタンが有効になりますのでライブ画像を表示（をクリック）させながらスキャンを行う上限位置(Top)ならびに下限位置(Bottom)を設定します。

Range Around Current機能を使用しない場合②

Range Around Currentのチェックを外します。ライブ画像を表示（をクリック）させながらサンプルに焦点が合ったポジションを探します。Recommended Step Sizeを Step Sizeに入力後、Number of Stepsで何ステップ画像取得したいか指定後 Center Around Currentをクリックし Topと Bottom位置を自動取得します。※Number of Stepsが偶数になった場合は、必ず奇数になるよう Number of Stepsを調整してください。対物レンズの倍率およびNA値が設定させていませんと Recommended Step Sizeは表示されません。





7. 画像取得中 Escキーを押しますと途中で画像取得を中止することができます。


Multi Dimensional Acquisition実行中に Journalを使用する場合 1. Mainタブで Run Journalsにチェックを入れます。

2. Journalタブを選びます。どのステップで Journalを使用したいかチェックを入れ、Select…をクリックして Journalを指定します。 Before each image：画像取得前に実行、After each image：画像取得後に実行、Start of acquisition：データ取得開始時に実行、End of acquisition：データ取得開始後に実行


多次元データ取得する場合(T・λ・Z) 1. Mainタブで Timelapse, Multiple Wavelengths, Z Seriesにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Timelapseタブでタイムラプスのための諸設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。下記は 11タイムポイント、インターバル時間 1分で設定されています。


4. Wavelengthsタブ、W1, W2, W3タブで、多波長のための諸設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。下記は 3波長(1.DAPI, 2.FUTC, 3.Rhodamine)設定しています。

5. Z Series タブで Z 軸スキャンのための諸設定を行います。設定が終わりましたら▶Next をクリックします。

Loop orderの設定 Acquire wavelength set at each Z：各 Z軸位置において波長切替を行い、この操作をスキャン範囲で繰り返します。 Acquire Z series for one wavelength at a time：1波長で Z軸を全てスキャンし、続いて波長を切り替えこの操作を繰り返します。Keep shutter open between stepsをチェックするとシャッターは開放状態で Z 軸スキャンを行いますのでデータ取得時間は短縮されますがサンプルへのダメージが強くなる可能性がありますのでご注意ください。


8. 画像取得が開始されると下記左のダイアログボックスが表示され現在の状態が表されます。Esc キーを押しますと途中で画像取得を中止することができます。インターバル時間中にPauseをクリックしますと下記右ダイアログボックスが表示されますので、ここでインターバル時間の変更や各波長におけるライブ画像(Liveをクリック)の表示が行えます。Resumeをクリックしますと画像取得を再開します。Cancel をクリックしますと途中で画像取得を中止することができます。


多次元データ取得する場合(T・P・λ・Z) 1. Mainタブで Timelapse, Multiple Stage Positions, Multiple Wavelengths, Z Seriesにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Timelapseタブでタイムラプスのための諸設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。下記は 11タイムポイント、インターバル時間１分で設定されています。


4. Stageタブで、ポジション登録を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。下記は 4ポジション登録されています。

5. WavelengthsタブとW1, W2, W3タブで、多波長画像取得のための諸設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。下記は 3波長(1.DAPI, 2.FUTC, 3.Rhodamine)設定しています。


6. Z Series タブで Z 軸スキャンのための諸設定を行います。設定が終わりましたら▶Next をクリックします。

Loop orderの設定 Acquire wavelength set at each Z：各 Z軸位置において波長切替を行い、この操作をスキャン範囲で繰り返します。 Acquire Z series for one wavelength at a time：1波長で Z軸を全てスキャンし、続いて波長を切り替えこの操作を繰り返します。Keep shutter open between stepsをチェックするとシャッターは開放状態で Z 軸スキャンを行いますのでデータ取得時間は短縮されますがサンプルへのダメージが強くなる可能性がありますのでご注意ください。




9. 画像取得が開始されると下記左のダイアログボックスが表示され現在の状態が表されます。

Esc キーを押しますと途中で画像取得を中止することができます。インターバル時間中にPauseをクリックしますと下記右ダイアログボックスが表示されますので、ここでインターバル時間の変更や各ポジション、各波長のライブ画像(Live をクリック)の表示が行えます。Resume をクリックしますと画像取得を再開します。Cancel をクリックしますと途中で画像取得を中止することができます。


Streamデータ取得を行う場合 ※Streamデータ取得には使用できないカメラ・周辺機器があります。 1. Mainタブで Streamにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。




4. Streamタブで Stream Exposure Time(ms)にストリーム画像取得の露光時間を設定します。Configure Camera Mode…をクリックし使用しているカメラの諸設定を行います。Stream Toで RAMにデータ保存する(RAM)のかハードディスクにデータ保存する(Hard Disk)のかを指定します。


5. Displayタブで画像取得中の画像表示設定を行います。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。 Image display settingsボックスで取得画像表示設定を行います。 Default: 標準的な設定で画像表示を行う。 Minimize Images during acquisition: 画像取得中に画像を表示しない。 Custom: Previewをクリックしますとプレビューウィンドウが表示され、表示画像の倍率・スケール調整ならびに表示位置を調整できます。調整が終わりましたら Startをクリックしますと画像取得を開始します。なおこのダイアログボックス内の Live をクリックしますとライブ画像を表示できますので、実験開始前にフォーカスの再調整やサンプルの位置確認を行うことができます。 Cancelをクリックしますと画像取得をキャンセルします。 ※Custom を選択した場合は、そのまま画像取得を開始します。Default, Minimize Images during acquisitionの場合は、次の Summaryタブで確認または Acquireをクリックして画像取得開始します。



Stream（タイムラプス）データ取得を行う場合 ※Streamデータ取得には使用できないカメラ・周辺機器があります。 1. Mainタブで Timelapse, Streamにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Timelapseタブで、Experiment Length欄の Number of time pointsに取得したいタイムポイント数（画像取得枚数）を入力します。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。



5. Streamタブで、Stream Timeにチェックを入れ Stream Exposure Time(ms)にストリーム画像取得の露光時間を設定します。Configure Camera Modeをクリックし使用しているカメラの諸設定を行います。Stream Toで RAMにデータ保存(RAM)するのかハードディスクにデータ保存(Hard Disk)するのかを指定します。



7. Summaryタブで画像取得全体の設定を確認します。Acquireをクリックしますと画像取得を開始します。画像は自動的に保存されます。


Stream（多波長）データ取得を行う場合 ※Streamデータ取得には使用できないカメラ・周辺機器があります。

1. MainタブでMultiple Wavelengths, Streamにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Wavelengthsタブで Number of Wavelengthsに波長数を入力し、▶Nextをクリックします。

4. W1タブで Streamにチェックを入れ Illumination（イルミネーション）を選択します。W2, W3タブでも同様の設定を行います。▶Nextをクリックします。


5. Stream タブで Steam Multiple Wavelengths にチェックを入れます。Stream Exposure Time(ms)にストリーム画像取得の露光時間を設定します。Configure Camera Modeをクリックして使用しているカメラの諸設定を行います。Stream Toで RAMにデータ保存(RAM)するのかハードディスクにデータ保存(Hard Disk)するのかを指定します。


Stream（Zスキャン）データ取得を行う場合 ※Streamデータ取得には使用できないカメラ・周辺機器があります

1. Mainタブで Z Series, Streamにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Wavelengthタブでイルミネーション（波長）を設定し、▶Nextをクリックします。


4. Z Seriesタブで Z軸スキャン幅を設定し、▶Nextをクリックします。

5. Stream タブで Steam Multiple Wavelengths にチェックを入れます。Stream Exposure

Time(ms)にストリーム画像取得の露光時間を設定します。Configure Camera Modeをクリックして使用しているカメラの諸設定を行います。Stream Toで RAMにデータ保存(RAM)するのかハードディスクにデータ保存(Hard Disk)するのかを指定します。


Stream（多波長、Zスキャン）データ取得を行う場合 ※Streamデータ取得には使用できないカメラ・周辺機器があります

1. MainタブでMultiple Wavelengths, Z Series, Streamにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。



4. W1タブで Stream, Z Series with the wavelengthにチェックを入れ Illumination（イルミネーション）を選択します。W2, W3タブでも同様の設定を行います。▶Nextをクリックします。



6. StreamタブでSteam Z, Stream Multiple Wavelengthsにチェックを入れ、Stream Exposure

Time(ms)にストリーム画像取得の露光時間を設定します。Configure Camera Modeをクリックして使用しているカメラの諸設定を行います。Stream Toで RAMにデータ保存(RAM)するのかハードディスクにデータ保存(Hard Disk)するのかを指定します。


Stream（タイムラプス、多波長、Zスキャン）データ取得を行う場合 ※Streamデータ取得には使用できないカメラ・周辺機器があります。 1. Mainタブで Timelapse, Multiple Wavelengths, Z Series, Streamにチェックを入れ、▶Nextをクリックします。


3. Timelapseタブで、Experiment Length欄の Number of time pointsに取得したいタイムポイント数（画像取得枚数）を入力します。設定が終わりましたら▶Nextをクリックします。



5. W1タブで Stream, Z Series with the wavelengthにチェックを入れ Illumination（イルミネーション）を選択します。W2, W3タブでも同様の設定を行います。▶Nextをクリックします。



7. Streamタブで Stream Time, Steam Z, Stream Multiple Wavelengthsにチェックを入れ、Stream Exposure Time(ms)にストリーム画像取得の露光時間を設定します。Configure Camera Modeをクリックして使用しているカメラの諸設定を行います。Stream Toで RAMにデータ保存(RAM)するのかハードディスクにデータ保存(Hard Disk)するのかを指定します。


注意：設定に不備がある場合は次のように不備があるタブ内にアラートが表示されます。Status欄のコメントをチェックし、設定を修正して下さい。


アドバイスに基づき、Stream Time のチェックを外すとエラー表示がなくなり Status欄が OKとなる。

以上

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