izo-sgi sgiker - upv/ehu · 2013. 4. 12. · datos técnicos •resumen sgiker izo-sgi •el grid...

Supercomputación en Euskadi - 12 de abril de 2013 1 / 29

IZO-SGI SGIker

Txema Mercero eta Edu Ogando

SGIker

http://www.ehu.es/SGI

Twitter: @izosgi Facebook: IZO-SGI

12 de abril de 2013

http://www.ehu.es/SGI

Resumen

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HPC en la UPV/EHU


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Servicios Generales de Investigación SGIker

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• Organigrama

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HPC en la UPV/EHU


Los Servicios Generales de Investigación (SGIker), creados por la

UPV/EHU, nacen con la vocación de responder y servir de apoyo a la

Investigación, estando a disposición del propio Organismo, de

otros Institutos Públicos y de la Empresa.

Los SGIker disponen de recursos técnicos y humanos de primera línea,

siendo su objetivo ofrecer apoyo a la investigación al más alto nivel,

con un instrumental moderno y con equipos de alta tecnología.

Los SGIker tenemos 29

unidades y mas de 360

projectos usarón los

recursos el pasado año.

Servicios Generales de Investigación SGIker

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• Organigrama

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Figura 1: Organigrama

Aréas Científicas

• Materiales y Superficies • Apoyo Tecnológico

• Biomedicina y Biotecnología • Ciencias Histórico-Geográficas

• Medio Ambiente • Ciencias Sociales

• Servicios Comunes

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• El GRID Péndulo

• Recursos: Cluster

Arina

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• Uso 2011

• Techo de cristal

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El GRID Péndulo

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Arina

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• Uso 2011


HPC en la UPV/EHU


Clúster de cálculo científico que utiliza los ordenadores de las aulas

docentes informáticas durante el horario en que dichas aulas

permanecen inactivas. GRID que utiliza los ordenadores de las

aulas como nodos de cómputo.

Recursos: Cluster Arina

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Datos técnicos

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• Uso 2011


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1 sistema (más el grid Péndulo).

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• Uso 2011


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1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.

Datos técnicos

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• Uso 2011


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De 4 a 12 cores por nodo.

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• Uso 2011


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De 4 a 128 GB de RAM por nodo.

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• Uso 2011


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Servidores de gestión y /home en alta disponibilidad.

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• Uso 2011


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Discos locales de scratch.

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HPC en la UPV/EHU








2 sistemas de archivos globales de alto rendimiento (Lustre) de

4.7 y 22 TB netos.

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4.7 y 22 TB netos.

Red de interconexión Infiniband (10-40 Gb/s).

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HPC en la UPV/EHU









4.7 y 22 TB netos.

Red de interconexión Infiniband (10-40 Gb/s).

4 Nodos con 8 tarjetas Nvidia Fermi.

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HPC en la UPV/EHU


El IZO-SGI también gestiona el uso del 20 % del cluster de

Ikerbasque/I2basque.

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Todo el software necesario para administración y monitorización

(comercial, libre y propio).

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HPC en la UPV/EHU




Actualizaciones de infraestructura (mayores) en 2004, 2006,

2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).

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HPC en la UPV/EHU





2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).

Apoyo en la infraestructura y personal TIC de la UPV/EHU.

Datos técnicos

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2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).


CPD con todos los servicios.

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2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).



Aire acondicionado, SAI, grupo electrógeno, doble rama

eléctrica, sistema antiincendios, copia de seguridad en CPD

secundario, operadores, acceso electrónico, camaras de

seguridad, monitorización, DMZ, firewall perimétrico, etc

Datos técnicos

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HPC en la UPV/EHU





2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).



Aire acondicionado, SAI, grupo electrógeno, doble rama

eléctrica, sistema antiincendios, copia de seguridad en CPD

secundario, operadores, acceso electrónico, camaras de

seguridad, monitorización, DMZ, firewall perimétrico, etc

Hay 1 cálculo lanzado el 1 de Enero de 2012 en Arina.

Galería

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Centro de Proceso de Datos

Galería

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Galería

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Un cluster es equipamiento científico específico y de precisión.

Ha de estar bien configurado, balanceado y optimizado.

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HPC en la UPV/EHU


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OBJETIVO:

Que nuestros usuarios esten contentos.

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HPC en la UPV/EHU


Ocultar toda esta complejidad, el cluster ha de ser fácil de usar.

No hay por que ser un experto en linux, aunque saber algo ayuda.

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HPC en la UPV/EHU


Ocultar toda esta complejidad, el cluster ha de ser fácil de usar.

No hay por que ser un experto en linux, aunque saber algo ayuda.

Creamos aplicaciones personalizadas para facilitar el uso de Arina.

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Servicio local, flexible y de cercanía.

Para poder ofrecer estos servicios, el uso del mismo es facturado.

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5.8 millones de horas de cálculo consumidas.

68991 cálculos realizados sólo en Arina.

74 % de ocupación en Arina.

39 grupos de investigación y 57 artículos.

8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.

Datos 2011

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HPC en la UPV/EHU





39 grupos de investigación y 57 artículos.

8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.

2012




40 Grupos de Investigación y 69 artículos

Más de 350 cuentas activas. 100 Mandaron cálculos el 2012.

17 % de uso externo.

Uso 2011

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HPC en la UPV/EHU


0

200

400

600

800

1000

1200

1400

Dec Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec

Cores en uso

Núm

ero

de c

ore

s

Mes

Techo de cristal

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Uso en 2012

0

200

400

600

800

1000

1200

1400

1600

Dec Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct

Cores en uso

75 %

100 %

Mes

Núm

ero

de c

ore

s

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• Drug Design

• High Energies

• Química Cúantica

• Química-Física

• Supramolecular

Chemistry

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• CFD

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Drug Design

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Chemistry

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• Genómica

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Diseño de moléculas que detienen el avance del cáncer.

Design, Synthesis, and Functional Evaluation of Leukocyte Function Associated Antigen-1 Antagonists in Early and Late

Stages of Cancer Development, Journal of Medicinal Chemistry Eider San Sebastián, Tahl Zimmerman, Aizpea Zubia,

Yosu Vara, Elyette Martin, Finton Sirockin , Annick Dejaegere, Roland H. Stote, Xabier Lopez, David Pantoja-Uceda, María

Valcárcel, Lorea Mendoza, Fernando Vidal-Vanaclocha, Fernando P. Cossío, and Francisco J. Blanco.

Altas Energías

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• Supramolecular

Chemistry

• Biofísica


• CFD

• Genómica

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Extreme dynamics and energetics of

Coulomb explosions of Xe clusters.

www.rsc.org/pccp Volume 11 | Number 1 | 7 January 2009 | Pages 1–196

ISSN 1463-9076

Physical Chemistry Chemical Physics

PERSPECTIVE

Haran et al.

Collapse transition in proteins

COVER ARTICLE

Jortner et al.

Extreme dynamics and energetics of Coulomb explosion of Xe clusters 1463-9076(2009)11:1;1-8

Prof. Andreas Heidenreich

Desarrollo y aplicación el PNOF

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Dow

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doi:1

0.10

39/C

1CP9

0184

B

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Resuelven la ecuación de Schrödinger usando PNOF.

Xabier López, Jon M. Matxain, Fernando Ruíperez, Jesus Ugalde

Ribose Found in the Gas Phase

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Interpretan experimentos con la ayuda de los métodos teóricos.

Prof. José A. Fernández y Dr. Emilio Cocinero

Supramolecular Assembly of Diplatinum Species through

Weak PtII-PtII Intermolecular Interactions

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Supramolecular Assembly of Diplatinum Species through Weak PtII-PtII Intermolecular Interactions: A Combined

Experimental and Computational Study, Chemistry - A European Journal 2012. Alejandro Pérez Paz, Leonardo A. Espinoss

Leal, Mohammed-Reza Azani, Alejandro Guijarro, J. Sanz Miguel, Gonzalo Givaja, Oscar Castillo, Rubén Mas-Ballesté, Félix

Zamora, Angel Rubio

Estudio de aspectos estructurales en Epigenética

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El sistema consiste en la proteína, el ADN, moléculas del disolvente

e iones de sodio y cloro. 35477 átomos en total.

Teoría simple y sistema complejo.

Dr. Ronen Zangi

Propiedades electrónicas de aislante topológicos

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InSbT2 Bulk band inversion.

Resolución de la ecuación de Schr̈odinger en materiales.

Dr. Maia García Vergniory

Ventilación y comfort en edificios

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Prof. Gustavo Esteban

DNA new generation sequencing techniques

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Secuenciación del

transcriptoma del muble.

Información genómica para

construir micro-arrays.

Estos permitirán entender

los cambios producidos por

la contaminación en el

transcriptoma en

biomarcadores.

Prof. I. Cancio

Resumen

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Un servicio con experiencia.

Recursos computacionales de última generación puestos a

punto y en producción.

Recursos humanos técnica y científicamente preparados.

Cobertura y apoyo de una gran institución, la UPV/EHU.

Muchos grupos de investigación, muchos de ellos grandes

usuarios de HPC con gran nivel de exigencia, la calidad de

servicio que se les ofrece se traslada a todos los investigadores.

Un entorno profesional para profesionales.

Más Información

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Página del Servicio:

http://www.ehu.es/sgi

Blog del Servicio:

http://www.ehu.es/ehusfera/hpc

Twitter: @izosgi

Facebook: IZO-SGI

Eduardo Ogando (Dr. Física)

CIDIR Bizakia

Tel 946015022

[email protected]

Txema Mercero (Dr. Química)

Kimika Fakultatea (Donostia)

Tel 943015312

[email protected]

Gracias por su amable atención.

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