foire aux questions faq jean-françois dufayard, marilyne summo, felix homa
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Foire aux questions
FAQ
Jean-François Dufayard, Marilyne Summo, Felix Homa
Ajout de fichier
• Problème• Vous avez ajouté un fichier dont le format n’a pas été reconnu (roadmaps)
• Solution• (1) Cliquez sur le stylo et (2) changer le format (change data type new type)
2
1
Détection automatique de format de fichier
Liens cassés
• Problème• Un de mes fichiers Galaxy dont l’accès m’a été donné à partir des Librairies
partagées n’est plus accessible (bug à une exécution)
• Solution• Remettre le fichier déplacé ou supprimé à son emplacement d’origine • Supprimer et recréer un nouveau lien symbolique valide
• Explication• Le fichier correspond à un lien symbolique qui a été rompu
Taille limite de fichier
• Chaque processus est limité à 6 Go de RAM=> Limite de taille implicite pour les fichiers en entrées
• Pas de limite pour le stockage (pour l’instant)– Supprimez les historiques dont vous n’avez plus
besoin
Historiques
• Donner des noms explicites
• Plusieurs historiques peuvent avoir le même nom
Nommage des historiques
Fichiers cachés
• Les fichiers cachés apparaissent Lors de la suppression d’un fichier Après l’exécution d’un workflow
• Delete• Suppression réversible.
• Delete permanently• Suppression définitive
Suppression de l’historique courant
Suppression des historiques
Affichez les historiques supprimés
• Veuillez contacter le service bioinformatique
Copier les données de l’historique vers le server
Workflows
Si rien n’est coché tout est coché
Fichier de sortie
• Ne pas essayer de modifier le workflow• Contacter la plateforme bioinformatique
Briques manquantes
QCM pour un champion
Je commence par charger les fichiers dans un nouvel historique
Je dispose de données NGS sur mon pc que j’aimerais analyser via galaxy, que faire ?
J’attends que quelqu’un me contacte
Je contacte l’équipe IDJe contacte l’équipe ID
Je le partage immédiatement avec tout le monde
J’ai un workflow tellement génial que…
Je le partage uniquement avec mes amis/collègues
Je le garde que pour moi
Je le partage immédiatement avec tout le monde
Je le garde que pour moi
Je le partage uniquement avec mes amis/collègues
Tant pis, Je cherche un autre galaxy
J’ai besoin d’un outils qui n’est pas sur galaxy
Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte l’équipe Bioinformatique
Je brule un cierge et j’attends
Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte l’équipe Bioinformatique
Pas grave, je laisse les valeurs par défauts
J’utilise un outil que je ne connais pas du tout…
Allo les bioinfos…
Je me renseigne auprès de mes collègues
Je lis la documentation associée
Allo les bioinfos…
Je me renseigne auprès de mes collègues
Je lis la documentation associée
Classe, c’est la preuve que je m’investis beaucoup dans mon travail
J’ai plusieurs historiques de plus de 20Go
Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer
Je suis courtois, je supprime pour faire de la place aux autres
Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer