esame prenatale non invasivo del cariotipo fetale€¦ · rilevato cariotipo fetale con...
TRANSCRIPT
Esame Prenatale Non Invasivo del Cariotipo Fetale
Esempi di casi clinici
Esempio di un recente caso clinico (Caso 1)
Paziente di 31 anni
5
Risultato Negativo
Anomalie fetali ecografiche(ipoplasia del cervelletto; ventricolomegalia)
Rianalisi con Amniocentesi
20^ settimana di gestazione
12^ settimana di gestazione
Del5p15.33-13.2
Chr. 5Chr. 5
PrenatalSafe® KaryoArray-CGH
cfDNALiquido
Amniotico
34 Mb
Identifica una delezione 5p confermata con array-CGH
Paziente di 32 anni
5
Risultato Negativo
Anomalie fetali ecografiche
Amniocentesi
21^ settimana di gestazione
13^ settimana di gestazione
(difetto interventricolare, piede torto, intestino iperecogeno, dismorfismo facciale, arteria ombelicale unica)
Esempio di un recente caso clinico (Caso 2)
Del18p11.32-p11.31
Chr. 18
PrenatalSafe® KaryoArray-CGH
cfDNALiquido
Amniotico
3,8 Mb
Del18q21.32-q2321,3 Mb
Identifica due delezioni (18p e 18q) confermate con array-CGH
Chr. 18
Paziente di 32 anniPortatrice di traslocazione reciproca 46,XX,t(7;9)(p15;q22)
Gravidanza ottenuta con PMA
Risultato Patologicorilevato cariotipo fetale con traslocazione sbilanciata
Anomalie fetali ecografiche
Villocentesi
12^ settimana di gestazione
11^ settimana di gestazione
(labiopalatoschisi; idrocefalia tetraventricolare, ipoplasia cuore)
Chr. 7
Chr. 9
Esempio di un recente caso clinico (Caso 3)
Risultato confermato
PrenatalSafe® KaryoArray-CGHcfDNAVilli Coriali
PrenatalSafe® KaryoArray-CGHVilli Coriali
Dup7p22.3p21.2 15 Mb Dup9p24.3-q31.1 107.5 Mb
cfDNA
Identifica una traslocazione sbilanciata confermata con array-CGH
Paziente di 35 anni
Amniocentesi(cariotipo tradizionale)
13^ settimana di gestazione
Risultato Negativo(Cariotipo fetale 46, XY)
Esempio di un recente caso clinico (Caso 4)
Anomalie fetali ecografiche(Sospetta Sindrome di DiGeorge)
20^ settimana di gestazione
Sindrome di DiGeorge
Amniocentesi
PrenatalSafe® KaryoArray-CGH
cfDNALiquidoAmniotico
Del22q11.21Sindrome di DiGeorge
Identifica una gravidanza con sindrome di DiGeorgePlus
4 Mb
Chr.22
Paziente di 33 anni(non consapevole di essere portatrice di traslocazione cromosomica)
Risultato Patologicorilevato cariotipo fetale con delezione 13q33.1q34 di 11.4 Mb
Anomalie fetali ecografiche
Villocentesi
15^ settimana di gestazione
12^ settimana di gestazione
(Igroma Cistico e Sacci Giugulari)
Esempio di un recente caso clinico (Caso 5)
Paziente portatrice di traslocazione reciproca
46,XX,t(13;20)(q33;q13.3)
Risultato confermato
Chr. 13 Chr. 20
(cfDNA)
Del13q33.1q34 11.4 Mb
Identifica una traslocazione sbilanciata di origine materna
Dup20q13.33 1.9 Mb
Array-CGH(CVS)
Chr. 13 Chr. 20
(cfDNA)Array-CGH
(CVS)PrenatalSafe® KaryoPrenatalSafe® Karyo
Paziente di 40 anni
Risultato Patologicorilevata duplicazione 18p
Villocentesi
12^ settimana di gestazione
11^ settimana di gestazione
Esempio di un recente caso clinico (Caso 6)
Risultato confermato
Identifica una duplicazione 18p confermata con array-CGH
Chr. 18
Paziente di 38 anni
Risultato Patologicorilevata duplicazione 11p
Amniocentesi
16^ settimana di gestazione
10^ settimana di gestazione
Esempio di un recente caso clinico (Caso 7)
Risultato confermato
Chr. 11
PrenatalSafe® KaryoArray-CGH
cfDNALiquido
Amniotico
Dup11p15.4p15.1
16 Mb
Dup11p15.4p15.1
16 Mb
Identifica una duplicazione 11p confermata con array-CGH
Paziente di 35 anni
Risultato Patologicorilevata Delezione Xp
Amniocentesi
16^ settimana di gestazione
12^ settimana di gestazione
Esempio di un recente caso clinico (Caso 8)
Risultato confermato
PrenatalSafe® KaryoArray-CGH
cfDNALiquido Amniotico
delXp22.33p11.1
58.5 Mb
Identifica una Delezione Xpconfermata con array-CGH
delXp22.33p11.1
58.5 Mb
Paziente di 40 anni
NIPT(screening 5 cromosomi)
Trisomia 21 non rilevataRilevata CNV materna
Identificata causa del risultato Falso Positivo riportato dal
test eseguito da altro laboratorio
13^ settimana di gestazione
Risultato PositivoAlto Rischio per Trisomia 21
Esame eseguito da altro laboratorio
Esempio di un recente caso clinico (Caso 9)
Riduce il rischio di falsi positivi determinati da CNV materni
PrenatalSafe® KaryocfDNA
Array-CGHPrelievo ematico gestante
Riduce il rischio di falsi positivi determinati da CNV materni
Chudova et al., 2016 NEJM
Riduce il rischio di falsi positivi determinati da CNV materni
Strom et al., 2017 NEJM
Paziente di 42 anni
Risultato Patologicorilevata Trisomia 9
Amniocentesi
16^ settimana di gestazione
14^ settimana di gestazione
Esempio di un recente caso clinico (Caso 10)
Risultato confermato
Trisomia 9 a mosaico (20%)
Identifica una Trisomia 9 a mosaico confermata con cariotipo
PrenatalSafe Karyo®
Chr. 9
L’esito di PrenatalSafe Karyo® e dello studio del cariotipo tradizionale concordano su una Trisomia 9 (a mosaico)
46,XX[80]/47,XX,+9[20]
Paziente di 40 anni
Risultato Patologicorilevata Trisomia 22
Amniocentesi
16^ settimana di gestazione
10^ settimana di gestazione
Esempio di un recente caso clinico (Caso 11)
Risultato confermato
Trisomia 22 a mosaico (16%)
Identifica una Trisomia 22 a mosaico confermata con cariotipo
PrenatalSafe Karyo®
Chr.22
L’esito di PrenatalSafe Karyo® e dello studio del cariotipo tradizionale concordano su una Trisomia 22 (a mosaico)
46,XY[42]/47,XY,+22[8]
Paziente di 31 anni
Risultato Patologicorilevata Trisomia 7
Amniocentesi
16^ settimana di gestazione
12^ settimana di gestazione
Esempio di un recente caso clinico (Caso 12)
Risultato confermato
Trisomia 7 a mosaico (4%)
Identifica una Trisomia 7 a mosaico confermata con cariotipo
PrenatalSafe Karyo®
Chr. 7
L’esito di PrenatalSafe Karyo® e dello studio del cariotipo tradizionale concordano su una Trisomia 7 (a mosaico)
46,XX[48]/47,XX,+7[2]
Studio Prospettico
Fiorentino et al., submitted
Background Conventional cfDNA-based NIPT approaches focus on detection of common
trisomies and sex-chromosome aneuploidies.
This leaves a gap of approximately 17% of clinically relevant chromosomal/subchromosomal abnormalities that would go undetected.
Previous studies have shown the potential of extending conventional NIPT to detect fetal microdeletion syndromes from maternal plasma (Peters et al., 2011; Srinivasan et al., 2013).
Other studies showed how genome-wide cfDNA testing can contribute in lowering the incidence of false positive results generated by maternal copy number variants (Snyder et al., 2015; Chudova et al., 2016).
At present, there are limited data available on the potential of genome-wide screening to detect rare autosomal trisomies and structural chromosome anomalies in a general population of pregnant women.
Aim of the study
From December 2015 through May 2016, genome-wide cell-free fetal DNA(cfDNA) testing was offered to pregnant women undergoing conventionalcfDNA-based non-invasive prenatal testing (NIPT) for common fetalaneuploidy.
We aimed to compare the performance of the two test in a general obstetricalpopulation.
Demographic and pregnancy characteristics
Characteristics n
No. of eligible patients 12.114
Maternal age-yr- Mean ±SD 35.3±4.1
- Min-max 20-58
Gestational age at sample collection -wk- Mean ±SD 12.3±2.1
- Min-max 10-29
Indications for NIPT
- Parental Anxiety 3804 (31.4%)- Advanced maternal agea 4446 (36.7%)- Positive prenatal screen 1199 (9.9%)- Fetal ultrasound abnormality 472 (3.9%)- Prior pregnancy with fetal aneuploidy 157 (1.3%)- More than one indication 2035 (16.8%)
Results of samples tested
Total
No. of patients analyzed 12.114
Samples with a call - no. (%) 12.078 (99.7)
Total cancellations - no. (%) 182 (1.5)
- Samples with low FF - no. (%) 145 (1.2)
- Samples with assay failure - no. (%) 36 (0.3)
Samples with a conclusive result - no. (%) 11.932 (98.5)
Chromosomally abnormal results
- Genome-wide cfDNA screening - no. (%) 196 (1.6)
- Conventional cfDNA screening - no. (%) 166 (1.4)
Pregnancies confirmed as chromosomally abnormal - no. (%)
- Genome-wide cfDNA screening - no. (%) 169 (1.4)
- Conventional cfDNA screening - no. (%) 151 (1.3)
Clinically relevant chromosomal abnormalities classes detected by genome-wide cfDNA analysis
Types of chromosome anomalies detected by conventional and genome-wide cfDNA testing
^ Clinically relevant chromosomal abnormalities, not detected by conventional cfDNA screening, potentially resulting in the birth of babies with chromosomal anomalies, have been considered as false negative.
§ A P-value of less than 0.05 was considered to indicate statistical significance (**).
Performance of conventional cfDNA screening vs. genome-wide analysis
Conventional cfDNA
screening
Genome-wide cfDNAscreening
P-value§
No. of pregnancies assessed 11.932 11.932Clinical relevant chromosomal abnormalities detected - no. (%)
166 196
Pregnancies confirmed as chromosomally abnormal - no. (%)
151 169
False Positive 15 27
False Negative 12* 0
True Positive 151 169
True Negative 11.754 11.736
Sensitivity 92.64% 100.00% <0.001
Specificity 99.87% 99.77% 0.064
Positive Predictive Value (PPV) 90.96% 86.22% 0.161
Negative Predictive Value (NPV) 99.90% 100.00% <0.001
Performance of the Genome-wide cfDNA screening
Conclusion
The clinical utility of expanding NIPT to cover the entire genome iscontroversial, especially in low-risk pregnancies. In fact, it pertains a risk ofoverdiagnosis with a higher number of false positives because ofchromosomal rearrangements which are confined to the placenta, potentiallyleading to an increase in unnecessary invasive testing.
The results of this study demonstrate that a high specificity may bemaintained while extending the screen to all chromosomal abnormalities.