calcul distribué pour l'imagerie médicale sorina pop rafael silva tristan glatard jres11
TRANSCRIPT
Calcul distribué pour l'imagerie médicale
Sorina PopRafael Silva
Tristan Glatard
JRES’11
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
SommaireSommaire
• Introduction
• La plateforme
• Amélioration des performances
• Résultats
• Conclusion
2/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
IntroductionIntroduction
• BesoinsPartage d’applications et des donnéesRessources pour le calcul et le stockage
• Applications ciblesSimulations
(images et radiothérapie)Etudes paramétriques
• Ressources distribuées et hétérogènesGrille EGI (VO biomed) : 1,5 PB de stockage et plus de150 clusters Clusters locaux
• ParallélisationBalayage de paramètresDécoupage des entrées Partitionnement du nombre d’événements en plusieurs taches indépendantes (Monte-Carlo)
3/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
SommaireSommaire
• Introduction
• La plateforme
• Amélioration des performances
• Résultats
• Conclusion
4/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
FonctionnalitésFonctionnalités
• Gestion des droits d’utilisateursAccès aux applicationsAccès aux données
• Transfert de fichiers Gestion d'espaces privés
et partagés.
• Exécution et suivi de workflows de traitement d’image
Accès à des statistiques de performance et utilisation
• Catalogue et visualisation de modèles 3D
5/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
ExécutionExécution
6/15
Web browser
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
SommaireSommaire
• Introduction
• La plateforme
• Amélioration des performances
• Résultats
• Conclusion
7/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
Equilibrage de charge (I)Equilibrage de charge (I)
Parallélisation statique d'une simulation GATE. Les tâches les plus longues (échouées et re-soumises) pénalisent l'ensemble de la simulation.
Worker :Simule P/n particules
8/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
Equilibrage de charge (II)Equilibrage de charge (II)
• Figure 2: Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission.
Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission.
Worker : Tant que “stop” non reçu:
Simule 1 particuleFin tant que
Master : Tant que p ≠ P p ←# particules simulées Fin tant que Stoppe tous les workers
9/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
SommaireSommaire
• Introduction
• La plateforme
• Amélioration des performances
• Résultats
• Conclusion
10/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
UtilisationUtilisation
• 70 utilisateurs enregistrésUne quinzaine d’utilisateurs réguliers
• Une dizaine d’applications en productionApplications Années CPU Nb de workflowsGATE 7.53 101Cartographie 1.08 33FIELD & Simri 0.94 117Filtrage MeanShift 0.64 25TOTAL 10.19 276
Activité des principales applicationsdu 01/01/11 au 01/09/11
11/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
Exemples de résultatsExemples de résultats
Etude paramétrique de la perfusion hépatique
Simulation avec le logiciel GATE.
Simulation échocardiographique obtenue avec le logiciel FIELD-II
12/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
ConclusionConclusion
• La grille comme outil quotidienDe plus en plus d’utilisateurs et d’applications
• A améliorerOrdonnancement des dernières tâchesGestion de donnéesFaciliter le portage de nouvelles applications
• Accès : https://vip.creatis.insa-lyon.frApplications existantesPortage de nouvelles applications
• Accès aux ressources de la VO biomedhttp://wiki.healthgrid.org/LSVRC:Biomed
13/15
Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011
RemerciementsRemerciements
• Projets ANRRadiotherapy simulation: hGATE (2010-2012)Image simulation: VIP (2010-2012)
• France-Grilles
• MOTEUR2Johan Montagnat ; CNRS I3S
• Pilot jobsJakub T. Moscicki ; CERNA. Tsaregorodtsev, V. Hammar ; CPPM
• EGI supporthttps://gus.fzk.de
14/15
Merci pour votre attention!Merci pour votre attention!
Questions?