réseaux géniques et métaboliques : vers des modèles intégrés
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Réseaux géniques et métaboliques :vers des modèles intégrés
Réunion du groupe de travail « Analyse dynamique de réseaux de régulation biologiques »
Grenoble, 6-7 mai 2004
2
Modèles des fonctions cellulaires
Les biologistes distinguent plusieurs fonctions cellulaires, avec des bases moléculaires différentes
Type d’interactions moléculaires, échelle de temps, nombre de molécules
Différents types de modèles pour différentes fonctions cellulaires
Metabolisme
Régulation génique
Réplication et réparation de l’ADN
Transduction des signaux
Mobilité Cellule
3
Modèles intégrés de la cellule
Fonctions cellulaires sont étroitement couplées en réalité
Vue globale de la cellule demande des modèles intégrés : « cellules virtuelles »
Premier pas : modèles intégrés des réseaux géniques et métaboliques
Metabolisme
Régulation génique
Réplication et réparation de l’ADN
Transduction des signaux
MobilitéCellule
4
Modèles intégrés : débuts
Importance des modèles intégrés est réalisée dès les débuts de la biologie moléculaire
Modèle de Goodwin (1963) de l’auto-inhibition d’un gène
Thèmes encore pertinents aujourd’hui : Intégration de différents types d’interactions moléculaires
Hiérarchies temporelles
E
F E GG
R R
F R R e 2 m 2 e.
m 1 1 m. 2
2 + e 2
F R R
M
5
Modèles intégrés : l’ère post-génomique
Disponibilité des outils expérimentaux à haut débit a changé le contexte des modèles intégrés
Emergence de nouveaux thèmes : Echelle génomique : réseaux complexes de grand taille
Outils informatiques d’analyse et de simulation
Couplage entre modélisation et expérimentation
6
Programme
14h15-15h15 : Athel Cornish-Bowden (CNRS, Marseille)
Analyse stochiométrique du métabolisme : un outil puissant pour le dessin des médicaments
15h45-16h45 : Jean-Philippe Vert (Ecole des Mines, Paris)
Analyse et reconstruction de voies métaboliques
16h45-17h45 : Julien Gagneur (CellZome, Heidelberg)
Étudier le métabolisme à l’équilibre : une approche par contraintes
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