Réseaux géniques et métaboliques :vers des modèles intégrés

Réunion du groupe de travail « Analyse dynamique de réseaux de régulation biologiques »

Grenoble, 6-7 mai 2004

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Modèles des fonctions cellulaires

Les biologistes distinguent plusieurs fonctions cellulaires, avec des bases moléculaires différentes

Type d’interactions moléculaires, échelle de temps, nombre de molécules

Différents types de modèles pour différentes fonctions cellulaires

Metabolisme

Régulation génique

Réplication et réparation de l’ADN

Transduction des signaux

Mobilité Cellule

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Modèles intégrés de la cellule

Fonctions cellulaires sont étroitement couplées en réalité

Vue globale de la cellule demande des modèles intégrés : « cellules virtuelles »

Premier pas : modèles intégrés des réseaux géniques et métaboliques

Metabolisme

Régulation génique

Réplication et réparation de l’ADN

Transduction des signaux

MobilitéCellule

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Modèles intégrés : débuts

Importance des modèles intégrés est réalisée dès les débuts de la biologie moléculaire

Modèle de Goodwin (1963) de l’auto-inhibition d’un gène

Thèmes encore pertinents aujourd’hui : Intégration de différents types d’interactions moléculaires

Hiérarchies temporelles

E

F E GG

R R

F R R e 2 m 2 e.

m 1 1 m. 2

2 + e 2

F R R

M

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Modèles intégrés : l’ère post-génomique

Disponibilité des outils expérimentaux à haut débit a changé le contexte des modèles intégrés

Emergence de nouveaux thèmes : Echelle génomique : réseaux complexes de grand taille

Outils informatiques d’analyse et de simulation

Couplage entre modélisation et expérimentation

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Programme

14h15-15h15 : Athel Cornish-Bowden (CNRS, Marseille)

Analyse stochiométrique du métabolisme : un outil puissant pour le dessin des médicaments

15h45-16h45 : Jean-Philippe Vert (Ecole des Mines, Paris)

Analyse et reconstruction de voies métaboliques

16h45-17h45 : Julien Gagneur (CellZome, Heidelberg)

Étudier le métabolisme à l’équilibre : une approche par contraintes