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Supercomputación en Euskadi - 12 de abril de 2013 1 / 29
IZO-SGI SGIker
Txema Mercero eta Edu Ogando
SGIker
http://www.ehu.es/SGI
Twitter: @izosgi Facebook: IZO-SGI
12 de abril de 2013
Resumen
• Resumen
SGIker
IZO-SGI
HPC en la UPV/EHU
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SGIker
IZO-SGI
HPC en la UPV/EHU
SGIker
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SGIker
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• Organigrama
IZO-SGI
HPC en la UPV/EHU
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Servicios Generales de Investigación SGIker
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SGIker
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• Organigrama
IZO-SGI
HPC en la UPV/EHU
Supercomputación en Euskadi - 12 de abril de 2013 4 / 29
Los Servicios Generales de Investigación (SGIker), creados por la
UPV/EHU, nacen con la vocación de responder y servir de apoyo a la
Investigación, estando a disposición del propio Organismo, de
otros Institutos Públicos y de la Empresa.
Los SGIker disponen de recursos técnicos y humanos de primera línea,
siendo su objetivo ofrecer apoyo a la investigación al más alto nivel,
con un instrumental moderno y con equipos de alta tecnología.
Los SGIker tenemos 29
unidades y mas de 360
projectos usarón los
recursos el pasado año.
Servicios Generales de Investigación SGIker
• Resumen
SGIker
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• Organigrama
IZO-SGI
HPC en la UPV/EHU
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Figura 1: Organigrama
Aréas Científicas
• Materiales y Superficies • Apoyo Tecnológico
• Biomedicina y Biotecnología • Ciencias Histórico-Geográficas
• Medio Ambiente • Ciencias Sociales
• Servicios Comunes
IZO-SGI
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SGIker
IZO-SGI
• El GRID Péndulo
• Recursos: Cluster
Arina
• Datos técnicos
• Galería
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• Datos 2011
• Uso 2011
• Techo de cristal
HPC en la UPV/EHU
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El GRID Péndulo
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• Uso 2011
• Techo de cristal
HPC en la UPV/EHU
Supercomputación en Euskadi - 12 de abril de 2013 7 / 29
Clúster de cálculo científico que utiliza los ordenadores de las aulas
docentes informáticas durante el horario en que dichas aulas
permanecen inactivas. GRID que utiliza los ordenadores de las
aulas como nodos de cómputo.
Recursos: Cluster Arina
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Arina
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Datos técnicos
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• Techo de cristal
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1 sistema (más el grid Péndulo).
Datos técnicos
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Arina
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• Uso 2011
• Techo de cristal
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
Datos técnicos
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
De 4 a 12 cores por nodo.
Datos técnicos
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
De 4 a 12 cores por nodo.
De 4 a 128 GB de RAM por nodo.
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
De 4 a 12 cores por nodo.
De 4 a 128 GB de RAM por nodo.
Servidores de gestión y /home en alta disponibilidad.
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
De 4 a 12 cores por nodo.
De 4 a 128 GB de RAM por nodo.
Servidores de gestión y /home en alta disponibilidad.
Discos locales de scratch.
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
De 4 a 12 cores por nodo.
De 4 a 128 GB de RAM por nodo.
Servidores de gestión y /home en alta disponibilidad.
Discos locales de scratch.
2 sistemas de archivos globales de alto rendimiento (Lustre) de
4.7 y 22 TB netos.
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
De 4 a 12 cores por nodo.
De 4 a 128 GB de RAM por nodo.
Servidores de gestión y /home en alta disponibilidad.
Discos locales de scratch.
2 sistemas de archivos globales de alto rendimiento (Lustre) de
4.7 y 22 TB netos.
Red de interconexión Infiniband (10-40 Gb/s).
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1 sistema (más el grid Péndulo).
1368 cores de cálculo, itanium2 y x86-64.
De 4 a 12 cores por nodo.
De 4 a 128 GB de RAM por nodo.
Servidores de gestión y /home en alta disponibilidad.
Discos locales de scratch.
2 sistemas de archivos globales de alto rendimiento (Lustre) de
4.7 y 22 TB netos.
Red de interconexión Infiniband (10-40 Gb/s).
4 Nodos con 8 tarjetas Nvidia Fermi.
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El IZO-SGI también gestiona el uso del 20 % del cluster de
Ikerbasque/I2basque.
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Todo el software necesario para administración y monitorización
(comercial, libre y propio).
Datos técnicos
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Todo el software necesario para administración y monitorización
(comercial, libre y propio).
Actualizaciones de infraestructura (mayores) en 2004, 2006,
2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).
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Todo el software necesario para administración y monitorización
(comercial, libre y propio).
Actualizaciones de infraestructura (mayores) en 2004, 2006,
2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).
Apoyo en la infraestructura y personal TIC de la UPV/EHU.
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Todo el software necesario para administración y monitorización
(comercial, libre y propio).
Actualizaciones de infraestructura (mayores) en 2004, 2006,
2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).
Apoyo en la infraestructura y personal TIC de la UPV/EHU.
CPD con todos los servicios.
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Todo el software necesario para administración y monitorización
(comercial, libre y propio).
Actualizaciones de infraestructura (mayores) en 2004, 2006,
2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).
Apoyo en la infraestructura y personal TIC de la UPV/EHU.
CPD con todos los servicios.
Aire acondicionado, SAI, grupo electrógeno, doble rama
eléctrica, sistema antiincendios, copia de seguridad en CPD
secundario, operadores, acceso electrónico, camaras de
seguridad, monitorización, DMZ, firewall perimétrico, etc
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Todo el software necesario para administración y monitorización
(comercial, libre y propio).
Actualizaciones de infraestructura (mayores) en 2004, 2006,
2008, 2010 y 2011 (56 ⇒ 1400 cores).
Apoyo en la infraestructura y personal TIC de la UPV/EHU.
CPD con todos los servicios.
Aire acondicionado, SAI, grupo electrógeno, doble rama
eléctrica, sistema antiincendios, copia de seguridad en CPD
secundario, operadores, acceso electrónico, camaras de
seguridad, monitorización, DMZ, firewall perimétrico, etc
Hay 1 cálculo lanzado el 1 de Enero de 2012 en Arina.
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Centro de Proceso de Datos
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Un cluster es equipamiento científico específico y de precisión.
Ha de estar bien configurado, balanceado y optimizado.
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OBJETIVO:
Que nuestros usuarios esten contentos.
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Ocultar toda esta complejidad, el cluster ha de ser fácil de usar.
No hay por que ser un experto en linux, aunque saber algo ayuda.
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Ocultar toda esta complejidad, el cluster ha de ser fácil de usar.
No hay por que ser un experto en linux, aunque saber algo ayuda.
Creamos aplicaciones personalizadas para facilitar el uso de Arina.
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Servicio local, flexible y de cercanía.
Para poder ofrecer estos servicios, el uso del mismo es facturado.
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5.8 millones de horas de cálculo consumidas.
68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
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5.8 millones de horas de cálculo consumidas.
68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
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5.8 millones de horas de cálculo consumidas.
68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
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8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
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74 % de ocupación en Arina.
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8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
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5.8 millones de horas de cálculo consumidas.
68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
2012
11.3 millones de horas de cálculo consumidas.
98382 cálculos realizados sólo en Arina.
79 % de ocupación en Arina.
40 Grupos de Investigación y 69 artículos
Más de 350 cuentas activas. 100 Mandaron cálculos el 2012.
17 % de uso externo.
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68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
2012
11.3 millones de horas de cálculo consumidas.
98382 cálculos realizados sólo en Arina.
79 % de ocupación en Arina.
40 Grupos de Investigación y 69 artículos
Más de 350 cuentas activas. 100 Mandaron cálculos el 2012.
17 % de uso externo.
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68991 cálculos realizados sólo en Arina.
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39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
2012
11.3 millones de horas de cálculo consumidas.
98382 cálculos realizados sólo en Arina.
79 % de ocupación en Arina.
40 Grupos de Investigación y 69 artículos
Más de 350 cuentas activas. 100 Mandaron cálculos el 2012.
17 % de uso externo.
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68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
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11.3 millones de horas de cálculo consumidas.
98382 cálculos realizados sólo en Arina.
79 % de ocupación en Arina.
40 Grupos de Investigación y 69 artículos
Más de 350 cuentas activas. 100 Mandaron cálculos el 2012.
17 % de uso externo.
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5.8 millones de horas de cálculo consumidas.
68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
2012
11.3 millones de horas de cálculo consumidas.
98382 cálculos realizados sólo en Arina.
79 % de ocupación en Arina.
40 Grupos de Investigación y 69 artículos
Más de 350 cuentas activas. 100 Mandaron cálculos el 2012.
17 % de uso externo.
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5.8 millones de horas de cálculo consumidas.
68991 cálculos realizados sólo en Arina.
74 % de ocupación en Arina.
39 grupos de investigación y 57 artículos.
8.8 puntos en la encuesta de satisfacción.
2012
11.3 millones de horas de cálculo consumidas.
98382 cálculos realizados sólo en Arina.
79 % de ocupación en Arina.
40 Grupos de Investigación y 69 artículos
Más de 350 cuentas activas. 100 Mandaron cálculos el 2012.
17 % de uso externo.
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Diseño de moléculas que detienen el avance del cáncer.
Design, Synthesis, and Functional Evaluation of Leukocyte Function Associated Antigen-1 Antagonists in Early and Late
Stages of Cancer Development, Journal of Medicinal Chemistry Eider San Sebastián, Tahl Zimmerman, Aizpea Zubia,
Yosu Vara, Elyette Martin, Finton Sirockin , Annick Dejaegere, Roland H. Stote, Xabier Lopez, David Pantoja-Uceda, María
Valcárcel, Lorea Mendoza, Fernando Vidal-Vanaclocha, Fernando P. Cossío, and Francisco J. Blanco.
Altas Energías
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Extreme dynamics and energetics of
Coulomb explosions of Xe clusters.
www.rsc.org/pccp Volume 11 | Number 1 | 7 January 2009 | Pages 1–196
ISSN 1463-9076
Physical Chemistry Chemical Physics
PERSPECTIVE
Haran et al.
Collapse transition in proteins
COVER ARTICLE
Jortner et al.
Extreme dynamics and energetics of Coulomb explosion of Xe clusters 1463-9076(2009)11:1;1-8
Prof. Andreas Heidenreich
Desarrollo y aplicación el PNOF
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39/C
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0184
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Resuelven la ecuación de Schrödinger usando PNOF.
Xabier López, Jon M. Matxain, Fernando Ruíperez, Jesus Ugalde
Ribose Found in the Gas Phase
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Interpretan experimentos con la ayuda de los métodos teóricos.
Prof. José A. Fernández y Dr. Emilio Cocinero
Supramolecular Assembly of Diplatinum Species through
Weak PtII-PtII Intermolecular Interactions
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Supramolecular Assembly of Diplatinum Species through Weak PtII-PtII Intermolecular Interactions: A Combined
Experimental and Computational Study, Chemistry - A European Journal 2012. Alejandro Pérez Paz, Leonardo A. Espinoss
Leal, Mohammed-Reza Azani, Alejandro Guijarro, J. Sanz Miguel, Gonzalo Givaja, Oscar Castillo, Rubén Mas-Ballesté, Félix
Zamora, Angel Rubio
Estudio de aspectos estructurales en Epigenética
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El sistema consiste en la proteína, el ADN, moléculas del disolvente
e iones de sodio y cloro. 35477 átomos en total.
Teoría simple y sistema complejo.
Dr. Ronen Zangi
Propiedades electrónicas de aislante topológicos
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InSbT2 Bulk band inversion.
Resolución de la ecuación de Schr̈odinger en materiales.
Dr. Maia García Vergniory
Ventilación y comfort en edificios
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Prof. Gustavo Esteban
DNA new generation sequencing techniques
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Secuenciación del
transcriptoma del muble.
Información genómica para
construir micro-arrays.
Estos permitirán entender
los cambios producidos por
la contaminación en el
transcriptoma en
biomarcadores.
Prof. I. Cancio
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Muchos grupos de investigación, muchos de ellos grandes
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Página del Servicio:
http://www.ehu.es/sgi
Blog del Servicio:
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Twitter: @izosgi
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Eduardo Ogando (Dr. Física)
CIDIR Bizakia
Tel 946015022
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Txema Mercero (Dr. Química)
Kimika Fakultatea (Donostia)
Tel 943015312
jm.mercero@ehu.es
Gracias por su amable atención.
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