การทําเอนไซม ให บริสุทธิ์ · 2012-08-29 ·...
TRANSCRIPT
การทาเอนไซมใหบรสทธ
นลน วงศขตตยะ
เทคโนโลยชวภาพ คณะวทยาศาสตร
มหาวทยาลยแมโจ
ทาไมตองทาเอนไซมใหบรสทธ
ปนดดา สารปนเปอน ไมตองการ?
โป ป ป ณฐกต โปรตนปนเปอน?
พมพทอง เพอการศกษาอยางละเอยด โดยเฉพาะ
วระวรรณ ศกษาปฏกรยา จรงปาว?
ไ ไ อาภาพร กน เปนเอนไซมเปาหมายหรอไม
วรญญา ใชประโยชนทางการคาญญ
เอกชย เพอใชอยางจาเพาะ
สดารตน เพอเพมประสทธภาพ
อาภาพร ทราย ศกษาคณสมบต
ส ส ป ส เกษมสนต เพอทดสอบประสทธภาพ
อญชล เพอศกษาการใชประโยชนหลายๆดาน เชน การแพทย ฯลฯ
ปยะพร ทราบการทาปฏกรยาอยางถกตอง
วมลสร ศกษาโครงสราง วมลสร ศกษาโครงสราง
ผสด ดดแปลง ใชประโยชน
สพตรา ศกษาปรมาณ วาจะใชเทาไร ในปฏกรยา
สารสา ศกษากจกรรมของเอนไซม
ทาไมตองทาใหบรสทธ
เพอทราบการทางานของเอนไซม-ทราบเมตาบอลซม และวถของเอนไซม จะไดรปฏกรยา ไคเนตกส การควบคมการทางานเอนไซม, จะไดรปฏกรยา ไคเนตกส การควบคมการทางาน
หากทราบการทางานในภาวะปกตแลว เมอมภาวะไมปกตจะไดแกไข ไ ไ ไ และทราบขอมลไดตรงจด เชน ภาวะไมมเอนไซม แลคเตส ยอยนม
สามารถออกแบบยา ทเปน 3D structure ได เพมมลคาใหตวเอนไซม เปนยา
อนๆอกมากมาย อนๆอกมากมาย
Vdo Tipranavir
อะไมเลส
เชอแบคทเรย S11 (1/10) ดน บานสารสา สวน บรเวณตนกลวย
Activity 0.001488 U/ml 1.4 mU/ml สารอนๆทโปรตน ปน
หวงวา activity amylase higher Media C glucose (control), soluble starch, กากถวเหลอง, แปงขาวเจา
ไ ทาไมตองแบคทเรย
เอกชย วงชวตสน สกดไดใชเวลาสน
ใ ใ ไ ไ ไ เกษมสนต ใชในอสาหกรรมได ธรกจได นาลาย??? ขยะแขยง ผลตไดเรอยๆ
ปฏบตการ enzyme purification
S11 amylase ??? U/ml culture conditionmedia Thurs culture condition media Thurs
C, media, temp, time, pH, aeration Prot?? Lowry method – std‐ BSA
Crude enz (NH4)2SO4 chromatographyg p y
Enzyme/protein purification สกดเอนไซมจากไหน?
b ll l เซลลพช เซลลสตว เซลลจลนทรย นาเลยงเซลล subcellular fractions (e.g. mitochondria, membranes)
ทาอยางไรใหคงสภาพกจกรรมของเอนไซมเหมอนเดม
Physical boundaries of protein stability Physical boundaries of protein stability pH, Temperature, salt concentration, oxygen sensitivity, storage, mechanical forcessensitivity, storage, mechanical forces
ทาเอนไซมใหบรสทธมขนตอนอยางไร
สกดเอนไซมใหออกมาอยในรปของของเหลว
ไ ใ ทาเอนไซมใหบรสทธดวยขนตอนการแยกสารตางๆ
ตรวจสอบความบรสทธของเอนไซมจ ข
ไ ใ ใ ป ไ ไทาเอนไซมใหอยในรปของเหลวไดอยางไรDisruption and homogenization of cells, tissue, etc
ใชเทคนคตางๆ เชน shearing, grinding, sonication, F h ll di tiFrench pressure cell disruption
Isolation of organelles; solubilization of gmembranes
Excreted proteins Excreted proteins
เอนไซมจากธรรมชาตอาจจะมนอย ทาใหเพมขนไดอยางไรเอนไซมจากธรรมชาตอาจจะมนอย ทาใหเพมขนไดอยางไรRecombinant DNA technology is a very useful tool for
protein purificationprotein purification
for 'overproduction' of proteins using i texpression vectors
for application of 'tags' to proteins pp g p for excretion of proteins into the culture mediummedium
Enzyme/protein purificationEnzyme/protein purificationแลวจะวดคาอะไรบาง
How is purification measured?How is purification measured? Enzyme activity (U/ml) crude enz + soluble
h DNS d l (1)starch = sugar DNS std = glucose (1) Prot Lowry method crude (2)y ( ) Specific activity (U/g protein) 10 l /20 t10amylase/20 prot
10 amylase/10 prot highy / p g Purification tablePh i l h d SDS PAGE l fil i Physical methods: SDS‐PAGE, gel filtration
Purification table Total amount of enzyme (U): Activity (U.ml‐1) x volume (ml)
Specific activity (U.mg1): Activity (U.ml‐1) / protein content (mg.ml‐1) Activity (U.ml ) / protein content (mg.ml )
Yield (%):T l f f ifi i / l f Total amount of enzyme after a purification step / total amount of enzyme before that step
Purification factor: Specific activity of enzyme after a purification step / specific activity before
that stepp
E / t i ifi tiEnzyme/protein purificationวธทาใหโปรตนบรสทธ ตวอยางวธทาใหโปรตนบรสทธ
1. Precipitation methods2 Separation based on
ตวอยาง
1. Ammonium sulfate precipitation2. Separation based on
molecular size3. Separation based on charge
p p2. Gel filtration3. Ion‐exchange chromatography
4. Separation based on specific interaction with other biomolecules
4. Bio‐affinity chromatography5. Hydrophobic interaction
chromatography5. Separation based on other
principles
chromatography
การตรวจสอบความบรสทธของเอนไซม
Quantitation of total protein Spectrophotometry method Chemical method
Lowry method Bardford method
Assay of enzymatic activityS bstrate red ction Substrate reduction
Product production
ใ ไ ความสามารถจาเพาะในการทางานของเอนไซม การเพมความ
บรสทธ และปรมาณผลผลต
ความสามารถจาเพาะในการทางานของเอนไซม (specific activity)
จานวนหนวยของเอนไซมตอมลลกรมของโปรตน จานวนหนวยของเอนไซมตอมลลกรมของโปรตน
คาการเพมความบรสทธ (fold purification) ของเอนไซม
การเพมความบรสทธ = ความสามารถจาเพาะในการทางานของเอนไซมในแตละชนสวน
ความสามารถจาเพาะในการทางานเอนไซมทจดเรมตน ความสามารถจาเพาะในการทางานเอนไซมทจดเรมตน
ปรมาณผลผลต (yield)
ปรมาณผลผลต = จานวนหนวยของเอนไซมหลงจากขนตอนทาใหบรสทธ
จานวนหนวยของเอนไซมในขนตอนการเตรยมเรมตน× 100%
Purification table (example)Purification table (example)
Step Volume Total Total Specific YieldPurification
activity protein activityfactor
(ml) (U) (mg) (U/mg) (%)_____________
CE (1) 500 3,000 15,000 0.2100 ‐‐
AS (2) 100 2,400 4,000 0.680 3.080 3.0
IEC (3) 45 1,440 500 2.948 14.5
GF (4) 50 1,000 125 8.033 40.0
_________ __________________________________________________ Steps: (1) Crude cell extract; (2) ammonium sulfate fractionation; (3) ion exchange chromatography; (4) gel filtration.
Ammonium sulfate precipitation การละลายของโปรตนจะเปลยนแปลงไปตามความเขมขนของประจ (ionic strength ซง
แปลงาย ๆ วาความเขมขนของประจ) และความเขมขนของเกลอในสารละลาย โดยการละลาย ของโปรตนเพมขนเมอใชความเขมขนของเกลอตา ๆ เรยกปรากฏการณนวา การเพมการละลาย
ดวยเกลอปรมาณนอย (salting-in) แตเมอเพมความเขมขนของประจหรอเพมความเขมขนของเกลอ การละลายของโปรตนจะเรมลดลง และทความเขมขนของประจสง ๆ การละลายของของเกลอ การละลายของโปรตนจะเรมลดลง และทความเขมขนของประจสง ๆ การละลายของโปรตนจะลดลงจนถงจดทโปรตนตกตะกอนเกอบสมบรณในสารละลาย ปรากฏการณนเรยกวา
การตกตะกอนดวยความเขมขนของเกลอทใสลงไปในสารละลาย (salting-out)
โปรตนกบไอออนของเกลอเขาแยงจบโมเลกลอสระของนา กลาวคอ ทความเขมขนของเกลอสง ๆ พนธะโมเลกลของนาจะถกจบดวยไอออนของเกลอเปนสวนใหญ พนธะโมเลกลของนาจงไมๆ พนธะโมเลกลของนาจะถกจบดวยไอออนของเกลอเปนสวนใหญ พนธะโมเลกลของนาจงไมเพยงพอทจะจบกบโปรตน ทาใหโปรตนจบกนเองมากกวาจบกบโมเลกลของนา และตกตะกอนในสารละลาย
What do you need to do?
What technique do you want to use? Ion exchange Size exclusion Hydrophobic interaction Affinity Affinity
Ion exchange chromatographyIon exchange chromatography
Separates compounds based on their charges
Resin type C ation exchanger Anion exchanger
Net charge of com pound of
+ -com pound of interestC harge of resin - +C harge of resin - +
Size exclusion chromatography
Size exclusion chromatography/gel filt tifiltration
Separates molecules by size
Hydrophobic interaction Hydrophobic interaction
chromatographyg p y Separates molecules based on their hydrophobicityhydrophobicity
Affinity chromatography
The desired molecules bind to the matrix‐b d li d hil th t f thbound ligand while other components of the mixture that have no affinity for the ligand are washed through the column