Работа с международными он-лайнресурсами по биоразнообразию

Яцюк И.И.Кафедра микологии и фитоиммунологииХНУ им. В.Н. Каразина

Что такое GBIF

Global Biodiversity Information Facility (Глобальный центр сбора информации о биоразнообразии)

Международная структура по сбору данных о разнообразии с открытым доступом, создана в 2001 году

-Данные доступны всем желающим бесплатно,

-Позволяет организациям публиковать данные стандартизованным образом,

-Обобщенные данные о биоразнообразии дают базу для масштабных исследований и решений о сохранении биоразнообразия и рациональном его использовании

Успешность GBIF

Доступны данные о находках более 1, 5 млн видов, собранные за 3 столетия, переданные сотнями организаций-участников

Виды представлены более чем 500 миллионами находок

GBIF как источник данных уже цитируется в более 1000 индексируемых публикаций

Как устроен GBIF

Международная сеть участников, чаще всего стран или крупных организаций. Каждая страна-участник обеспечивает создание и работу своего «узла сбора данных» со своим персоналом.

“Узлы” осуществляют сбор, обработку и хранение данных из институтов, заповедных территорий, музеев и т.д.

Работа узла, как правило, финансируется государством-участником.

Украины среди стран-участников нет.

Как получить доступ к данным?

Достаточно зарегистрироваться

Доступные данные в GBIF1) Данные о находках - информация о находках видов (наблюдения в

природе, гербарные образцы, коллекции и т.д. )2) Данные о видах – систематическое положение, ассоциированные виды3) Наборы данных – чеклисты, коллекции отдельных гербариев и т.д.

Пример: коллекция Siphonaptera Zoologisches Forschungsinstitut und Museum Alexander Koenig

4) Данные по странам – облегчает поиск и обработку данных в рамках выбранной страны

Как работать с данными о находках?

Необходимо оформить запрос с помощью существующих фильтров.Некоторые из них:

Scientific name – научное название видаLocation – позволяет указать на карте полигон, данные для которого нас интересуют Country – выбор страны, в которой сделаны находкиPublishing country – страна, которая внесла данные в GBIFCollector – автор находкиRecord number – номер находки (гербарный номер образца)Basis of record – тип сбора данных (наблюдение, образец и т.д.)Dataset – выбираем набор данныхYear – выбираем находки за определенный год или диапазон летMonth - месяц или диапазон месяцевCollection code – код гербария (коллекции)Type status – позволяет найти типовые образцы (изотипы, лектотипы, неотипы и др.)

Как работать с данными о находках?

После обработки запроса база выдаст таблицу с данными о находках. Выбор полей таблицы можно настроить.

Как работать с данными о находках?

Выбранные таким образом данные и метаданные к ним можно скачать.

Мы получаем zip-архив, в котором содержатся разделенные табуляцией .txt файлы и .xml файлы.В .txt файлах содержится информация о находках, способе их цитирования, авторских правах. Открываются в Excel или OpenOfficeCalc, импортируются в другие программы.xml файлы содержат информацию о структуре набора данных.

Как работать с данными о видах?

В строку поиска вводим научное название вида. Справа выбираем наборы данных, которыми мы будем пользоваться.

Как работать с данными о видах?

Открывается информация о виде (таксономическое положение, синонимы, народное название, описание, изображение, ссылки и т.д.). Также открывается настраиваемая карта находок с геопривязкой.

Как работать с наборами данных?

Как и в предыдущем случае, показывается информация о наборе данных и карта находок, содержащихся в нем. Также, во вкладках “stats” и “activity”, можно посмотреть активность скачивания датасета и распределение находок по таксонам и способу получения данных.

ПримерыОценить распространение вешенки покрытой (P.calyptratus) в Западной Европе с привязкой к местности. Также нужно оценить встречаемость этого вида в Германии с 2008 по 2014 годы.

ПримерыЕсть ли данные по находкам грибов в Украине, предоставленные другими странами? Сколько видов грибов для Украины содержится в GBIF?

Как публиковать данные?Система работает с тремя типами данных:

-данные о находках-чеклисты-метаданные

GBIF предлагает набор инструментов для сбора и передачи данныхДанные подаются и хранятся в виде стандартизованного формата –Darwin Core Archive (DwC-A)

Как публиковать данные?Внести данные через организацию-участник GBIF

Украина не является страной-участником GBIF, ни одна из организаций в нашей стране не является публикующей организацией (publisher institution).

Предлагается возможность подавать данные через ближайшие страны-участники и их узлы.

Инструмент Nodes Portal Toolkit (NPT) Startup разработан для стран с ограниченным веб-присутствием. Предназначен для разработки порталов по биоразнообразию для отдельных стран или по отдельным тематикам.

Другие ресурсы:

Encyclopedia of Life – ресурс, ориентированный на хранение описаний, фото, видео и звукозаписей. Позволяет загружать материалы из Flickr, Youtube, Inaturalist и др. Используются карты из GBIF и Discoverlife. Научные материалы подаются также в формате DWC-A

DiscoverLife – ресурс, также предоставляющий карты находок с геоданными. Используются данные в основном американских проектов по отдельным группам организмов.

- возможность компоновать персональные коллекции из имеющихся находок- создание сообществ - возможность упрощенно создавать определительные ключи для отдельных территорий