utilidad de la genómica en la salud humana
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Utilidad de la genómica en la salud humana - Manuel Hermida - Massive sequencing data analysis workshop -Granada 2011TRANSCRIPT
Utilidad de la Genómica en la Salud Humana
Manuel Hermida Prieto
INIBIC La Coruña
Gregor Johann Mendel (1822 – 1884)
El sarcómero
MCH: proteinas de generación
CARDIOPATÍAS FAMILIARES:
base genetica compleja y de reciente conocimiento:-Muchos genes: >50-Muchas mutaciones > 5000
el estudio del genoma aportará más conocimiento
Miocardiopatías:HipertoficaDilatadarestrcitivaNo compactadaDisplasia/miocardiopatía del ventriculo derecho
CanalopatíasSindrome QT largoSindrome QT cortoSindrome BrugadaTaquicardia ventricular catecolaminergica polimórfica
Cardiomyophaties
HCMMCD
DAVD
MCR
Hemocromatosis Amiloidosis
LVNC
79% +
35% de poblac
45% en <50a
13% en >50a
30% +
10% de poblac
8% en <50a
13% en >50a
41% +
8% de poblac
9% en <50a
8% en >50a
8% +
47% de poblac
38% en <50a
67% en >50a
REVERSE APICAL
NEUTRAL SIGMOID
ECHO-GUIDED GENETIC TESTING IN HCM
(Binder J et al. Mayo Clinic Proc 2006;81:459-467)
MCD: proteínas de tracción!
Displasia/miocardiopatia del ventrículo derecho
CANALOPATÍAS
IKs:
Na+
Na+
K+
Ca2+
IKs: Kv11.1(KCNQ1)+MinK (KCNE1)
IKr:Kv7.1 (KCNH2)+MiRP1 (KCNE2)
Ito:ICa:
IKur: Kv1.5 (KCNA5)+Kvβ2.1 (KCNAB2)
-85 mV
0 mV
K+
INa: Nav1.5 (SCN5A)+
(SCN1-3B)
K+
Fase 0
Fase 1Fase 2
Fase 3
Fase 4
K+
K+
IK1: Kir2.1 (KCNJ2)
Kv4.3 (KCND3)+KChIP2 (KCNIP2)
Cav1.2 (CACNA1C)+2 (CACNB2)+ 2/ (CACNA2D1-2)
KCNQ1
Los canales de K+ son tetrámeros de subunidades alfa que forman un poro conductor hidrófilo al disponerse de
forma simétrica dos a dos
Síndrome de QT largo (SQTL): prevalencia 1:5000
Síndrome de QT corto (SQTC)
Síndrome de Brugada (SB): prevalencia 1-5:10000
-Motor y tracción-Unión celular-Canales
Están en las bases moleculares de CF
Aplicabilidad clínica estudios genéticos
Enfermedad Gen %
genotip
Score
TS CACNA1c 100 5.5
RWLQTS KCNQ1,KCNH2,SCN5A,KCNE1,KCNE2 >50 4.5
JLN LQTS KCNQ1,KCNE1 >50 4.5
AS KCNJ2 50 4.5
DCM-CD LMNA/C 30-50 3.5
HCM MYH7,MYL3,MYL2,ACTC,TNNT2,TPM1,
TNNI3,MYBPC3,TTNC
>50 3
CVPT RyR2,CASQ2 >50 3
ARVC PKP2,DSP,JUP 30-50 2
BrS SCN5A <30 1.5
DCM MYH7,TNNT2,TNNI3,PM1 <10 0.5
SQTS KCNQ1,KCNH2,KCNJ2 0 0.5
PCCD SCN5A 0 0.5
FAF KCNQ1,KCNE2 0 0.5
SSS HCN4,SCN5A 0 0.5
LVNC Cypher/ZASP 0 0.5Priori, Napolitano. Circulation 2006
2000 individuals
HCM = 1/500
CLINICAL DIAGNOSIS
HCM
…700 different mutations
BEFORE
Symptoms / Clinical tests
NOW
M1 M2 M3
HCM1 HCM2 HCM3
Silent carrier
Relative of a carrier
= 4 ??
Genetic diagnosis
Medical knowledge managment
Prognosis 1
Treatment 1
Risk 1
Prognosis 2
Treatment 2
Risk 2
Prognosis 3
Treatment 3
Risk 3
CLINICAL APPLICATION
Individualized medicine
La genética es un problema para los clínicos
1.-No tienen formación en genética
2.-habitualmente la prescripción del análisis se realiza por prestigio omediante proyectos de investigación
3.-algunos pacientes la demandan pq han oído hablar de ella. Se han creadomuy altas expectativas
4.-Sin embargo la interpretación del resultado es máscompleja de los previsto: ya no son trisomias o cromosomasfrágiles o enfermedades monogenéticas con un únicamutación responsable.
• Hay un exceso de información
• Hay un defecto de conocimiento
• Las preguntas en medicina
• ¿que tengo?
• ¿qué me va a pasar?
La genética es un problema para los clínicos
7.- Por tanto la formación del clínico es una cuestión pendiente de resolver. Cómo y quien transmite la información al paciente.
8.-En España aún no existe especialidad de genética reconocida
9.-Otros países otros modelos: el consejero genético: se preocupa de aspectos psicológicos relacionados con la herencia.
El problema es:
¿cómo se empaqueta la información de los análisis bioinformáticos en un formatocomprensible para un no especialista en genéticao un consejero genético?
El problema no acaba cuando se indentifica una mutacion, sino que
empieza
La genética es un problema económico
1.-La genética es cara
2.-La tendencia es externalizar este tipo de servicios en la sanidad pública.
3.-Los hospitales desarrollan estrategias defensivas: solicitar a los médicos datos sobreel valor del diagnóstico, sobre como modificara el tto, si hay o no alternativas y cualesson las bases científicas que lo sostienen.
4.-Quién paga y cuanto.
¿El futuro?
La genética bajará de precio
Qué esperan los clínicos de la NGS?
Se mantendrá el problema de la transmisión de información muy compleja
Mensaje:
la importancia del empaquetado final y la necesidad de la confianza mutua.