türk ulusal bilim e-altyapısı 2015 · gösterdiği ilginç özellikler ve uygulama...

TÜRK ULUSAL BİLİM e-ALTYAPISI

Türk Ulusal Bilim e-Altyapısı T.C. Kalkınma Bakanlığı tarafından desteklenmektedir.

TRUBA 3

TÜBİTAK ULAKBİM, kuruluşundan iti-baren sırası ile araştırma ağları, yüksek başarımlı hesaplama, veri yoğun hesapla-ma ve bilimsel veri ambarları servislerini sunmaktadır. Sağlanan hizmetlere günü-müz itibarı ile bakıldığında e-altyapıların sürekli ve sağlıklı işleyebilmesi için gerekli bütün bileşenleri içerdiği görülmektedir. Bulut hesaplama ve yeşil bilişim teknolo-jileri (Green IT) gibi yeni teknolojik ge-lişmelere yönelik projeler, merkezler ve üretilen politikalar yakından takip edilerek e-altyapının tüm bileşenleriyle birlikte ça-lışılabilirliğine büyük önem verilmektedir.Yüksek başarımlı hesaplama, veri yoğun hesaplama, bilimsel veri ambarları ve bu-lut hesaplama gibi servisler TÜBİTAK ULAKBİM Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama Grubu tarafından işletimi ya-pılmakta olan ve 2010 yılı sonuna kadar TR-Grid, 2011 itibariyle TRUBA olarak adlandırılan altyapıda sağlanmaktadır.TÜBİTAK ULAKBİM, 2003 senesinde ku-rum bütçesi ile satın aldığı 128 adet PC ile yüksek başarımlı hesaplama çalışmalarına

başlamış, daha sonra gerek ulusal araştır-macılardan gelen talep, gerekse uluslararası projelerde kazanılan deneyim ve başarıların etkisiyle TUGA (Türk Ulusal Grid Altyapı-sı / TR-Grid) projesini gerçekleştirmiştir. TÜBİTAK Bilim Kurulu onayı ile TARAL kapsamında desteklenen TUGA projesi kap-samında 2006-2008 döneminde altyapı des-teklenmiş ve önemli ölçüde genişletilmiştir.2009 yılında DPT Araştırma Altyapısı Proje Çağrısına başvurularak “TR-Grid Araştırma e-Altyapısının Güçlendirilmesi” projesi su-nulmuştur. Bu proje kapsamında eski adı ile TR-Grid olarak adlandırılan TRUBA, 2011 yılı sonuna kadar DPT tarafından destek-lenmiştir. 2012 yılından itibaren bir önceki projenin devamı niteliğindeki “Türk Ulusal Bilim e-Altyapısını Güçlendirme” projesi ile Kalkınma Bakanlığı’ndan alınan destek ile altyapının genişletilmesi ve mevcut tekno-lojilerle güncelleştirilmesi sürdürülmektedir.TRUBA, 100 farklı üniversiteden 1100’den fazla araştırmacıya bilimsel çalışmalarına katkıda bulunmak üzere doğrudan hizmet veren, farklı kamu kurumları ve araştırma

enstitüleriyle ortak projeler gerçekleştiri-len ve kuruluşundan itibaren 12 Avrupa Birliği Çerçeve Program projesinde yer alınmasını sağlayan ulusal anlamada stra-tejik önemi büyük bir ulusal e-altyapıdır.Kurulu olan ve geliştirilen ulusal e-altyapı-nın uluslararası düzeye rekabetçiliği sağla-yacak şekilde gelişmesi ve geliştirilmesine destek verebilecek halde güçlendirilmesi için TÜBİTAK ULAKBİM bünyesinde bulunan TRUBA Danışma Kurulu ile birlikte hareket edilmektedir. TRUBA Danışma Kurulu 2010 Temmuz ayında TÜBİTAK Bilim Kurulu Kararı ile oluşturulmuştur. TRUBA Danış-ma Kurulunda Kalkınma Bakanlığı, TÜBİ-TAK, üniversiteler, kamu, savunma sanayii ve özel sektörden temsilciler yer almakta-dır. TRUBA Danışma Kurulu, Türkiye’de e-altyapıların bütün paydaşları için strate-ji, politika ve teknik danışmanlık sağlayan ulusal anlamda ve benzer altyapıları işleten çoğu ülkede benzeri olmayan bir kuruldur.

Önsöz

4 www.truba.gov.tr

1130 Kayıtlı kullanıcı

31 Desteklenen ARDEB projesi 570

Bildirilen yayın sayısı50M 2014 senesinde kullanılan çekirdek saat

3 Ulusal altyapı projesi

12AB Çerçeve Programı projesi

2 M€Toplam AB Çerçeve Program proje hibeleri

10,000 İşlemci çekirdeği

2 Pbyte Yüksek performanslı depolama

106Farklı üniversite

SAYILARLA TRUBA

TRUBA 5

Yıllara göre bildirilen yayın sayısı

SAYILARLA TRUBA

TRUBA kaynakları, yüksek başarımlı hesaplama, grid he-saplama ve federe bulut altyapısı olmak üzere fark-lı hesaplama alanlarında hizmet vermektedir. Gün içeri-sinde, mevcut kaynakların kullanımı en yüksek noktaya erişebilmektedir. Ortalama aylık kullanımı 4M çekirdek/saat’tir.

TRUBA kaynaklarının kullanımının en önemli çıktısı araştırmacı-larımızın yayınlarıdır. Araştırmacılarımızın http://www.truba.gov.tr/basariolcutleri/yayinlar/ adresinde verilen teşekkür örneklerinde olduğu gibi TRUBA kaynaklarını kullandıklarını yayınlarında yer vermeleri beklenmektedir. http://www.truba.gov.tr/basariolcutleri/yayinlar/yeniyayin/ web sayfası aracılığı ile yıl içerisindeki yayınları-nın Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama Grubuna bildirilmesi, ya-yın sayısının ve bilgilerinin toplanması açısından önem taşımaktadır.

Ocak 2013-Ocak 2015 Hesaplama kaynağı kullanımı

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014

Makale Tez Diğer

0,00 M

1,00 M

2,00 M

3,00 M

4,00 M

5,00 M

6,00 M

6 www.truba.gov.tr

Grup Üyeleri

Yrd. Doç. Dr.Emine Deniz Tekin([email protected])

“Kendiliğinden-Toplanma” (Self-Assembly) mo-lekül düzeyinden galaksilere kadar, organik olan ya da olmayan nesnelerde, yapısal organizasyonu oluşturan en temel mekanizmadır. Çeşitli çekici ve itici kuvvetlerin etkisi altında bir araya gelen moleküller daha büyük yapıları oluştururlar. Ken-diliğinden-Toplanma mekanizması kullanılarak fonksiyonel nano-malzemelerin üretilmesi bilim insanları arasında çok çalışılan bir alandır. Or-ganik moleküller arasından Peptit-Amfifil (PA) molekülerinin uygun fizyolojik koşullar altında bir araya gelerek bir boyutlu silindirik nanolif-leri ve sonunda jel oluşturmaları ilaç salınımı, rejeneratif tıp ve doku mühendisliği çerçevesin-de kan damarı yapımı ve hücre dışı matrisi taklit edebilecek doku iskelesi (yapay hücre dışı matris) geliştirilmesinde kullanılma potansiyeline sahip-tirler. PA molekülü suyu sevmeyen (hidrofobik) alkil grubunun bir peptit sekansının N-ucuna kovalent olarak bağlanmasıyla oluşturulmaktadır. Genel olarak çalışmalarımızda, TRUBA kaynak-larında GROMACS paket programını kullanarak, moleküler dinamik yöntemiyle, PA moleküllerin-den oluşturduğumuz silindirik nanoliflerin yapısal

özelliklerini ve Kendiliğinden-Toplanma sürecinin temelinin teorik olarak anlaşılmasını hedefledik.

“Odd–even effect in the potential energy of the self-assembled peptide amphiphiles” [E. D. Tekin, Chemical Physics Letters, 614, 204–206, (2014)] başlıklı çalışmamızda, değişik büyüklüklerde oluşturulan PA tabanlı nanoliflerin minimum enerjilerinin nanolifi oluşturan katman sayısının tek/çift olmasına ve her bir katmanda bulunan PA moleküllerinin tek/çift sayıda olmasına bağlı olduğu ortaya çıkmıştır. Toplam 120 tane yapının her biri için enerji en iyilemeleri yapılmış olup şu sonuca varılmıştır: çift tabakalı yapılardan birinin

benzetimi yapılıyorsa, minimum enerji her bir tabakada tek sayıda PA bulunduran yapılardan birinde görülürken, tek tabakalı yapılardan biri-nin benzetimi yapılıyorsa, minimum enerji her bir tabakada çift sayıda PA bulunduran yapılardan birinde görülmektedir. Bu çalışmalar TÜBİTAK tarafından desteklenen 112T452 no’lu 3501-KA-RİYER projesi çerçevesinde gerçekleştirilmiştir.

(Solda) Bir tane Peptit Amfifil (PA) Mo-lekülü. (Ortada) 2 katmandan oluştu-rulmuş 20 PA molekülü. (Sağda) 20 kat-mandan oluşturulmuş 200 PA molekülü.

Peptit-Amfifil Moleküllerinin Kendiliğinden Toplanma Mekanizmasıyla Nanolif Oluşturması

ARAŞTIRMA PROJELERİ

TRUBA 7


Bilkent Üniversitesi Ulusal Nanoteknoloji Araştırma Merkezi (UNAM) ve Malzeme Bilimi ve Nanotekno-loji Enstitüsünde temel olarak 2-boyutlu ultra ince sistemler üzerinde araştırmalarımızı sürdürmekteyiz.

Gelişen bilim ve endüstri daha büyük teknolojik bek-lentileri ve buna paralel çözülmesi gereken yeni prob-lemleri beraberinde getirmektedir. Bu gereksinimleri karşılamak için nano-ölçekte ve üstün özelliklere sahip malzemelerin tasarımı, üretimi ve mevcut sorunların giderilmesi konularında araştırmalar tüm dünyada yoğun şekilde sürmektedir. Bu konuda, özellikle son yıllarda, tek atomik tabaka grafin sentezinin mümkün olduğunun gösterilmesinin ardından 2-boyutlu tek veya birkaç atomik katmanlı ultra-ince malzemeler hem deneysel hem de teorik çalışmaların odağı haline gelmiştir. Doğada üç boyutlu halde var olan malzeme-lerin nano-ölçekte 2-boyutlu forma indirgenmesinin sağladığı ilginç kuantum etkileri günümüz teknolo-jisine çok önemli yenilikler getirecektir. Tek tabaka formunda sentezlendiğinde mekanik deformasyon-lara karşı çok daha dirençli malzemeler haline gelen ultra-ince yapılar çok yüksek hızlarda yük iletimine olanak sağlamalarının yanı sıra kolayca ayarlanabilir termal ve optik özelliklere sahiptirler. Sahip oldukları özellikleriyle bu tipteki malzemeler nano-elektronik, optik algılayıcılar, atomik hassasiyete sahip kimyasal

sensörler ve enerji depolama sistemleri gibi sahalarda kullanılabilmektedir. Gelişen fabrikasyon teknikleri ile bu uygulamaların daha da artması beklenmekte ve berabe-rinde deneysel ve endüstriyel araştırmalara yön verecek hassas teorik ve modelleme ça-lışmalarına olan gereksinimi artırmaktadır.

TRUBA kaynaklarını kullandığımız ça-lışmalarımızda, 2-boyutlu ultra-ince yapıların tasar-lanması, işlevselleştirilmesi ve uygulama alanlarının kuantum mekaniğine dayalı hassas yoğunluk fonksi-yoneli kuramı teknikleri ile modellenmesi yapılmak-tadır. Şu aşamada çalışılan sistemler 3 bölüme ayrılabilir: (a) Grup IV (Grafen polimorfları, Si [silisen], Ge [germanen], Sn [stanen]) (b) Grup III-V bileşikleri (BP, BN, ve AlN) (c) geçiş metali-kalkojen [MX2] yapıları (MoS2, MoSe2, WS2). İncelenmesi düşünülen gra-fin benzeri ultra-ince bileşik yapıların bazı-ları (Silisen, BN, ZnO, SiC, MoS2, MoSe2, NiTe2, vb.) sentezlenmiş, bu sistemlerin gösterdiği ilginç özellikler ve uygulama alan-larının çeşitliliği, gerek bu sistemler gerekse alternatif yapılar üzerindeki deneysel ve te-orik çalışmaları yoğun şekilde artırmıştır.

Bu temel motivasyonla, farklı grup IV, III-V, ve geçiş metali-kalkojen bileşik sistemlerin ultra-in-ce yapılarının farklı fazlarının modellenmesi ve ka-rarlılık testleri yapılmaktadır. Aynı zamanda kararlı yapıların katkılanma (doping) ve germe/çekme ile işlevselleştirilmesi, elektronik, manyetik ve optik özelliklerinin modifiye edilmesi üzerinde çalışılmak-tadır. Bu analizler malzemelerin olası nano-cihaz

uygulamaları için önem arz etmektedir. Paralel olarak, bu yapılar kaplama malzemesi olarak düşünülmekte, yüzey aktiviteleri, su ve diğer moleküllerle etkileşimi (oksitlenme, karbon yakalama gibi) incelenmekte ve kapladığı yüzeylerle etkileşim özellikleri araştırıl-maktadır. Çalışmalar yurt içi ve yurt dışından teorik ve deneysel araştırmacılarla işbirliği içinde yürütül-mektedir. Elde edilen bulgular ışığında bu sistem-lerin farklı uygulamalar ve nano-cihazlar için yapı malzemesi olarak kullanılabileceği öngörülmektedir.

Bunlara ek olarak grubumuzda Kalsiyum Sili-kat Fazlarının (Çimento) Reaktivitesi, inklüz-

yon kompleksleri yardımıyla ilaç teslimi ko-nularında da araştırmalar yürütülmektedir.

(Solda) (a) Grup IV, (b) Grup III-V (c) ve geçiş me-tali-kalkojen sistemlerinin 2-boyutlu ve ultra-ince mo-del atomik yapıları. (Sağda) Tek atomik katman MoS2 yapısının oksijen atomu ve molekülü ile etkileşimi

2-boyutlu Ultra-İnce Yapıların Tasarlanması, İşlevselleştiril-mesi ve İleri Teknoloji Uygulamalarında Kullanılması

Grup Üyeleri

Yrd. Doç. Dr. Engin Durgun([email protected])

Yrd. Doç. Dr. Semran İpek

Dr. Deniz Keçik

Dr. Hüseyin Şener Şen

Yıldız Gözde Sağlam

Lütfiye Hallıoğlu

Abdüllatif Önen

(a) (b) (c)

8 www.truba.gov.tr

Grup Üyeleri

Prof. Dr. Çetin Kılıç([email protected])

Dr. Sümeyra Gü-ler-Kılıç

Mehmet Aras

Gebze Teknik Üniversitesi bünyesinde araş-tırmalar yapan grubumuz tarafından, TRUBA kaynakları kullanılarak, gerçekleştirilen çalış-malar, genel olarak, hesaplamalı yöntemlerle atomistik (nano)malzeme tasarımı ve keşfine yöneliktir. Çeşitli teknolojik uygulamalarda kul-lanılan veya kullanım potansiyeline sahip mal-zemelerin yapı, özellik ve davranışları ilk-pren-sip yöntemleri kullanılarak incelenilmektedir. Spintronik uygulamalarında kullanılabilecek kat-manlı yarıiletkenler ve nanomalzemeler, yoğun şekilde araştırdığımız sistemler arasındadır.

Güncel araştırma-geliştirme faaliyetlerinde en çok çaba sarfedilen konulardan birisi manyetik alan kullanmadan spin manipülasyonunun yapılabi-

leceği mimariler tasar-lamaktır –ki bunun yolu spin-yörünge etkileşmesi artırılmış malzemeler ge-liştirmekten geçmektedir. Grubumuzda, bu arayış-lara paralel olarak, BiTeI kristali gibi katmanlı ya-rıiletkenlerin ve ağır-me-

tal katkılanmış çinko oksit (ZnO) nanotel-leri gibi düşük-bo-yutlu yarıiletkenlerin malzeme özellikleri hesaplamalı yöntem-lerle incelenmekte-dir. Bu amaçla, ko-lineer-olmayan spin yoğunluk fonksiyo-neli teorisi çerçe-vesinde ilk-prensip hesaplamaları kul-lanılarak, spin-yö-rünge etkileşmesinin yarıiletken bant ya-pısı üzerindeki etkileri araştırılmaktadır. Çalışmalarımız, ultra ince ZnO nanotellerin biz-mut ile yüzey-katkılanmasının hem spin-yörünge kaynaklı etkilere hem de (belirli bir konfigürasyo-na bağlı olarak değiş-tokuş ve/veya Rashba-tipi ya-rılmalar oluşan) bant yapısının spin-bağımlı olarak modifikasyonuna neden olabildiğini göstermiştir. Günümüzde, Rashba-tipi yarılma gösteren, sadece bir kaç tane bir-boyutlu sistem bilinmektedir ve p

orbitallerinden kaynaklanan manyetik momen-ti olan malzemeler nadirdir. Bu nedenle, bizmut katkılı çinko oksit nanotellerin, bu orijinal feno-menlerle alakalı olarak, potansiyelinin ortaya çı-karılması görev edinilmiştir. Bu yöndeki çalışmala-rımız, TÜBİTAK tarafından desteklenen 114F155 numaralı proje kapsamında gerçekleştirilmektedir.

(Solda) BiTeI kristalinin atomik yapısı ve elektro-nik yük yoğunluğu (Sağda) Bizmut katkılı çinko oksit nanotelinin iletkenlik bantı durum yoğunluğu

Spintronik Uygulamaları için Katmanlı ve Düşük-Boyutlu Yarıiletkenlerin Hesaplamalı Yöntemlerle İncelenmesi


TRUBA 9


Farklı kurum/üniversiteler (Meteoroloji İşleri Genel Müdürlüğü/Niğde Üniversitesi, Çukurova Üniversite-si, Karabük Üniversitesi, Yıldırım Beyazıt Üniversitesi ve Tel Aviv Üniversitesi) ve bölümlerden (Biyosistem

Mühendisliği, Bilgisayar Mühendisliği, Tarımsal Yapı-lar ve Sulama Bölümü ile Jeofizik, Atmosfer ve Yerbi-

limleri Bölümleri ) araştırmacıların bir araya gelerek herhangi resmi bir proje kapsamın-da olmadan tamamen TÜBİTAK TRGrid/TRUBA’nın ücretsiz sağladığı olanaklar ve

çalışma grubundaki araştırmacıların bireysel katkılarıyla Bölgesel İklim Mo-dellerinin senaryo ve analiz verileriyle farklı alanlarda ve çözünürlükte çalış-tırılması, değerlendirilmesini ve farklı alanlara (kuraklık, tarımsal üretim, hidroloji vb.) uygulanmasını içeren çalışmalarımıza 2010 yılında TRGrid/TRUBA kullanıcı sertifikalarının alın-masıyla başladık. Genel olarak benzeşim çalışmalarımızda Şekil 1 ve Şekil 2 de belirtilen Ortadoğu ve MedCORDEX alanlarını kullandık. 2010 yılından 2015 yılına ka-dar aralıklı olarak süren çalışmalarımızda 20’nin üzerin de model run’ı başlattık. Girdi ve çıktı ve-rilerinin boyutu 50 TB’ı, çalışma süresi 2.500.000 cpu/saat’i geçmiştir. Çalışmalar sonucunda şu

ana kadar 1 doktora 1 yüksek lisans tezi, SCIE ve SCI kapsamında 2 makale yayınlanmış ayrıca pek çok

ulusal ve uluslararası kongre/sempozyum/çalıştay/panel bildirisi sunulmuştur. Çalışma grubu üyeleri ça-lışmalarında sağladığı HPC olanakları için TUBİTAK TRGrid/TRUBA’ya, teknik ve idari destek için TRGrid/TRUBA personeline sonsuz teşekkürlerini sunar.

(Solda) MedCORDEX DOMAIN (Sağda) Ortadoğu DOMAIN

İKLİM GRUBU ÇALIŞMALARI

Grup Üyeleri

Prof. Dr. Sevilay Topçu([email protected])

Doç. Dr. Simon O. Krichak

Yrd. Doç. Dr. Baha Şen

Yrd. Doç. Dr. Burak Şen

Dr. Recep Kılınç

Arş. Gör. Emrullah Sonuç

10 www.truba.gov.tr

Grup Üyeleri

Doç. Dr. Cenk Selçuki ([email protected])

Doç. Dr. Nursel Acar Selçuki

Altan Kara

Cemal Köprülüoğlu

Saltuk Mustafa Eyrilmez

Moleküler model-leme molekül sis-temleri için oluş-turulan modelleri hesapsal yöntemler yardımıyla ince-leyen bilim ala-nıdır. Kullanılan yöntemler kuan-tum mekaniksel yöntemler (QM),

klasik mekanik yöntemler (MM) ya da bunların bileşkesi olan kuantum mekaniksel/klasik meka-nik yöntemler (QM/MM) olarak üç ana grupta toplanabilir. Özellikle deneysel çalışmaların sü-reç ve maliyetini azaltması, deneysel çalışmaları tamamlayıcı rolü nedeni ile son derece popüler ve yaygın bir alan olarak dikkat çekmektedir.

Grubumuzda temel olarak biyokimyasal mole-küller için oluşturulan model sistemlerde, biyo-moleküllerin diğer biyomolekül ve/veya metal iyonları ile olan etkileşimleri incelenmektedir. Bu

çalışmalarda ku-antum mekaniksel bir yaklaşım olan Yoğunluk Fonksiyo-neli Teorisi metod-ları (Density Func-tional Theory, DFT) ağırlıklı olarak kullanılmaktadır. Genel olarak çalış-malarımızda ami-no asitler, nükleobazlar ve küçük peptidler kullanılmaktadır. Biyolojik önemleri nedeni ile bunların geçiş metali iyonları ile etkileşimleri öncelikli çalışma alanımız olarak belirlenmiştir.

Bu çalışmalar kapsamında çeşitli projeler yürü-tülmüş, CM0902 “Molecular machineries for ion translocation across biomembranes” COST aksiyo-nuna Türkiye adına yönetim komitesi üyesi (Ma-nagement Committee Member) olarak katılınmış ve proje başarı ile tamamlanmıştır. Bu aksiyon kapsamında TÜBİTAK’a sunulan ve kabul edilen

109T616 nolu “Biyolojik Sis-temlerdeki Ba-kır İyonu-Pep-tid Etkileşim Me k an i z m a -larının Model O r g a n i z m a Saccharomyces Cerevisiae’deki Atx1 Prote-ininde Yer Alan MXCXXC Motifi Kullanılarak Moleküler Modelleme Yoluyla İncelenmesi” baş-lıklı proje başarı ile sonuçlandırılmıştır. Bu çalış-madaki hesaplamaların önemli bir kısmı TRU-BA kaynakları kullanılarak gerçekleştirilmiştir.

Soldaki: Sigma faktör etkileşim bölgesi ve Arg409 yapısı arasındaki etkileşimin moleküler mekanik ile minimize edilmiş görüntüsü. Ortadaki: MACA-AC peptidinin B3LYP/6-31G* seviyesinde optimi-ze edilmiş yapısı. Sağdaki: MACTGC peptidinin B3LYP/6-31G* seviyesinde optimize edilmiş yapısı

Biyomoleküllerin Diğer Biyomolekül ve/veya Metal İyonları ile Olan Etkileşimleri


TRUBA 11


Bu çalışmada laboratuar boyutlarındaki ön-karışımsız (non-premixed), ön-karışımlı (premixed) ve katman-laştırılmış (stratified) türbülanslı alevlerinin LES/PDF yöntemi kullanılarak sayısal olarak incelenmesi amaç-lanmaktadır. Türbülanslı alevlerin akış alanı LES yönte-mi ile hesaplanırken, kimyasal reaksiyonlar ve kimyasal reaksiyonların türbülans ile etkileşimleri PDF metodu ile modellenmektedir. Stiff kimyasal kinetik denklem-lerinin çözümü için ISAT metodu kullanılmaktadır.Bu proje kapsamında türbülanslı alevlerin sayısal ola-rak modellenmesi için large eddy simulasyonu (LES)/ probability density function (PDF) yöntemini temel alan yeni bir simülasyon yazılımı geliştirilmiştir. LES/PDF metodunun LES bileşeni için gerekli olan yazılım Koç Üniversitesinde Doç. Dr. Metin Muradoglu’nun danışmanlığında doktora öğrencisi Hasret Türkeri ta-rafından açık kaynak kodlu OpenFOAM kütüphanesi kullanılarak geliştirilmiştir. PDF metodu için gerekli olan yazılım Amerika’daki Cornell Üniversitesi’nde Prof. Stephen B. Pope ile yapılan işbirliği ile temin edilmiştir. LES ile PDF bileşenlerinin birleştirilmesi Hasret Türkeri tarafından Cornell Üniversitesi’n-deki bir yıllık bir çalışma sonucunda başarılmıştır.LES yönteminde filtre edilmiş kütle ve momentum korunum denklemleri sonlu-hacimler yöntemi kulla-nılarak çözülürken, PDF yöntemindeki kimyasal bile-şenlerin ortak olasılık yoğunluk fonksiyonun hareket denklemi ise Monte Carlo tabanlı partikül kodu ile çözülmektedir. Bu yöntemde akış kavramsal parçacık-lar ile temsil edilmektedir ve fiziksel ve bileşen uzayın-daki hareketleri hesaplamak için her bir parçacık için

stokastik diferansiyel denklemler çözül-mektedir. Tipik bir LES/PDF simülasyo-nu yüz binlerce son-lu hacim elemanı ve milyonlarca parçacık içerebilmektedir. Bu ise LES/PDF simü-lasyonlarında çok bü-yük miktarda hesap-lama kaynağı ihtiyacı ortaya çıkarmaktadır. Bununla birlikte LES/PDF metodunda ortalama kimyasal reaksiyon terimleri kapalı yapıda olduğundan (literatürdeki diğer yan-ma modellerinde olmayan bir durum) literatürdeki en üstün yanma modeli olma özelliğini taşımaktadır.Geliştirilen yeni LES/PDF simülasyon metodu lite-ratürde ön-karışımsız türbülanslı yanma için hedef alev seçilen Sandia Flame D türbülanslı alevine uy-gulanmıştır. Bu simülasyonlarda yaklaşık 750 bin sonlu hacim elemanı ile 25 milyon parçacık kulla-nılmıştır ve simülasyonlar hesaplama alanı domain decomposition yöntemi ile bölünerek paralelleştiril-miştir. TRUBA sistemlerinde 96 çekirdek ile yapılan simülasyonlar yaklaşık 15 günde tamamlanmıştır ve elde edilen sonuçlar İspanya’daki ERCOFTAC 2014 konferansında sunulmuştur. Daha sonraki adım

olarak Cambridge Üniversitesi tarafından geliştiri-len katmanlaştırılmış türbülanslı yanma (Cambri-dge Stratified Flame) düzeneğinin simülasyonları yapılmaya başlanmıştır. Elde edilen ara sonuçlar Fransa’daki ICNC 2015 konferansında sunulacaktır. İleriki aşamalarda; bu çalışmada geliştirilen sayısal si-mülasyon yazılımı ile çok değişik ortamlardaki karma-şık yanma düzeneklerinin (kömür yanması, jet motorla-rı içerindeki yanma, roket motoru içerisindeki yanma) sayısal simülasyonlarının yapılması planlanmaktadır.

LES/PDF/ISAT: Sırasıyla soldan sağa, Sandia Fla-me-D alevi, jet girişinden itibaren 20D ve 60D uzaklıktaki sıcaklık kontörleri, CO kütle oranının 0.4D kesitindeki deneysel verilerle karşılaştırılması.

Türbülanslı Yanmanın Large Eddy Simulasyonu (LES) / Pro-bability Density Fonksiyonu (PDF) Yöntemi ile Modellenmesi

Grup Üyeleri

Doç. Dr. Metin Muradoglu ([email protected])

Prof. Stephen B. Pope

Hasret Türkeri

12 www.truba.gov.tr

Grup Üyeleri

Dr. Niyazi Bulut([email protected])

Dr. Jacek Klos

Duygu Çimenoğlu

Faruk Arslan

Hanifi Kebiroğlu

Kuantum mekaniğinde temel hareket denklemi Scrödinger denklemidir. Zamana bağlı ya da za-mandan bağımsız Schrödinger denkleminin çözü-müne dayanan kuantum mekaniksel hesaplamalar sonucunda, kimyasal reaksiyonlar için integral te-sir kesitleri ve hız sabitleri gibi fiziksel büyüklükler elde edilebilir. Elde edilen bu kuantum mekanik-sel büyüklükler, moleküler seviyedeki kimyasal reaksiyonların detaylı olarak anlaşılmasını sağlar.

NASA’nın son zamanlarda Hubble Uzay Teleskopu ile 13 milyar yıl öncesine ait olan 3 bine yakın yeni galaksinin (yıldız kümesi) spektroskopik inceleme-lerden sonra varlıklarının ispatlanması, yıldızlar arası bölgelerdeki kimyasal reaksiyonların teorik olarak çalışılması önem kazanmıştır. Yıldızlar arası bölgelerde sıcaklık 10 K dereceye kadar düşebil-mektedir. Böyle bir ortamda oluşan kimyasal süreç-ler ile yıldızların oluşumu ve yok olması (ölümü) hakkında fikir elde edebilmek için teorik olarak

kuantum mekaniksel metotlar kullanılmak-tadır. Ilgili ortamlarda gerçekleşen reaksi-yonların reaksiyon ihtimaliyetleri (Şekil 1.) , tesir kesitleri (Şe-kil 2.) ve reaksiyon hız sabitleri gibi kuantum

mekaniksel büyüklüklerin elde edilmesi evrenin oluşumu hakkında bilgiler vermektedir. Bu amaçla TRUBA altyapısını kullanarak TÜBİTAK destekli biri bitirilmiş ve biri de şu anda devam etmekte olan projelerimde astrofizikte önemli olan bazı atom ve molekül etkileşmelerinin reaktif ve inelas-tik saçılmaları kuantum mekaniksel ve kuasi-klasit metotlar kullanılarak incelenmiştir. Bu çalışmalar-da amaç moleküler seviyede atom-molekül etkileş-melerinde tesir kesiti ve reaksiyon ya da saçılma hız sabitleri gibi kuantum mekaniksel büyüklükleri hesaplamaktır. Bu büyüklükler modellenerek evre-nin oluşumu ve de süreç ile birlikte bazı değişim-lerin yorumlanması amaçlanmıştır. Bütün çalışma-larımız TÜBİTAK altyapısındaki TRUBA/TR-Grid kaynakları kullanılarak yapılmaktadır. Bunun için, paralel programlama (LAM-MPI destekli) kullanı-larak çok uzun hesaplama zamanı gerektiren ya da bilgisayar hafızası bakımından tek işlemcide çalı-

şılması mümkün olmayan hesaplamalarımız aynı anda birden fazla işlemci üzerine paylaştırılarak hesaplanabilmektedir. TBAG-109T447 nolu ve ‘’An Investigation of the Atom Diatom Reactive Scatte-ring Problems by a Quantum Wave Packet Method and Quasiclassical Trajectory Approximation’’ isimli biten ve şu anda devam etmekte olan TBAG-112T827 nolu ve ‘’ Teorik Astrokimya: Reaksiyon Dinamik ve Kinetiklerinin Kuantum Mekaniksel Metotlar ile Hesaplanması’’ isimli proje kapsamın-da TRUBA altyapısı etkin olarak kullanılmaktadır.

(Ortada) Reaksiyon ihtimaliyeti. (Sağda) Toplam reaksiyon tesir kesiti.

Atom-Molekül Etkileşmelerinin Teorik Metotlar ile İncelenmesi


TRUBA 13

ULUSAL ALTYAPI ve AB PROJELERİ

14 www.truba.gov.tr

Doç. Dr. Hasan Şahin (University of Antwerp, Fizik Bölümü)

Nanoboyutlu malzemelerin teorik olarak incelenmesi amacı ile Bilkent Üniversitesi UNAM’da başladığım doktora çalışmalarıma Bel-çika’nın Antwerp Üniversitesi Fizik Bölümünde doktora sonrası araştırmacı olarak devam etmekteyim. Grubumla birlikte yaptığım çalışmalarımda nanoboyutlu malzemelerin yapısal, elektronik, manyetik ve titreşimsel özelliklerini karakterize ederek yapılan de-neysel çalışmalara ışık tutmaktayız. Malzemelerin boyutlarının nano ölçeğe kadar küçültülmesi ilginç kuantum etkilerinin ve dolayı-sıyla yepyeni fonksiyonlara sahip teknolojik ürünlerin ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Laboratuvar ortamında sentezlenmesi oldukça zahmetli olan nanoboyutlu malzemelerin karakteristik özelliklerinin önsel olarak belirlenebilmesi hızla ilerleyen nanotekno-loji araştırmaları açısından büyük öneme sahiptir. Bu motivasyon ile yürüttüğüm çalışmalarımda TRUBA kaynakları kullanmaktayım.

Nanoteknoloji alanındaki yoğun çalışmalar bu alanda dünya çapında bir rekabeti de beraberinde gerektirmektedir. 2007 yılından itibaren TRU-BA kaynaklarını kullanarak 42 bilimsel yayına katkıda bulunma fırsatı edindim. Bu çalışmalar Nature, Physical Review Letters, Physical Review B, Nano Letters ve ACS Nano gibi prestijli dergilerde yayınladı ve bunlara 1650’den fazla atıf yapılmıştır. TRUBA tarafından sağlanan hesapla-ma kaynaklarının kapasitesi ve personelinin sağladığı işbirliği zamanlama ve kalite anlamında dünyadaki diğer araştırma grupları ile rekabet edebilmeyi mümkün kılmıştır. Türkiye’deki nanoteknoloji araştırmaları ve temel bilimler açısından TRUBA büyük bir öneme sahiptir. TÜBİ-TAK ULAKBİM Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama Grubu çalışanlarına sağladığı hızlı destek ve işbirliğinden dolayı teşekkürü borç bilirim.

Dr. Mine İlk Çapar (Ege Üniversitesi, Fizik Bölümü)

“Sıvı Kristallerde Yüzey Etkileri” başlıklı 107T638 numaralı TÜBİTAK Kariyer Proje çalışmalarımı yürütmek üzere, projedeki bursiyer öğrenciler ile birlikte, 2008 yılında eski adı ile TR-Grid’i kullanmaya başladık. Çalışmalarımız temel olarak sıvı ve sıvı kristallerin moleküler dinamik simülasyon yöntemleri ile incelenmesi üzerinedir. Simülasyonları, paralel hesaplama ile TR-Grid kümelerini kullanarak çok daha kısa sürelerde tamamlama imkanı bulduk. Lisansüstü öğrencilerimizle birlikte, TRUBA hesaplama ve depolama kaynak-larını kullanmaya devam etmekteyiz. Çalışmalarımızı yürütürken karşılaştığımız her türlü teknik sorunda, bizlere hızlı bir şekilde destek olan TRUBA ekibine teşekkür ederiz.

Doç. Dr. Mehmet Ferdi Fellah (Bursa Teknik Üniversitesi, Kimya Mühendisliği)

TR-Grid’i ilk kez 2004 yılında kullanmaya başladım. O zamanlar “ULAKBİM Yüksek Başarımlı Bilgi İşlem Merkezi” adı altında masaüstü bilgisayarlarla oluşturulmuş 128 işlemcili küme bilgisayar sistemi olarak faaliyet gösteriyordu. Daha sonraki yıllarda gerçekleşen gelişimi ile sistemin doktora tezim kapsamında ve başka konularda yaptığım teorik katalitik tepkime hesaplarının tamamlanmasında çok ciddi katkı-sı olmuştur. Halen katalitik tepkime mekanizmalarının belirlenmesi için yaptığım teorik hesaplarımın bir kısmının yürütülmesinde siste-mi aktif olarak kullanmaktayım. Sistemin kendisini kullanmak ayrıca küme bilgisayar sistemi üzerine olan bilgilerimin artmasına da çok katkı sağlamıştır. Ayrıca sistemin işleyişini sağlayan TÜBİTAK ULAKBİM ekibi her türlü teknik desteği mümkün olan en kısa sürede sağla-maya çalışmaktadırlar. Bu vesile ile böyle bir sistemi ülkemize kazandıran ve sistemin işleyişini sağlayan herkese teşekkürlerimi sunarım.

KULLANICI YORUMLARI

TRUBA 15

Prof. Dr. Semih Ergintav (Boğaziçi Üniversitesi, Jeodezi Anabilim Dalı)

TÜBİTAK 1007 kapsamında 2005-2010 yılları arasında gerçekleştirilen TURDEP (105G109) projesinde toplanan büyük hacimdeki yer bilimleri verisinin işlen-mesi amacıyla çözüm ararken, TRUBA’yı ve ona destek veren ekibi tanıdık. Bu sa-yede, hayal edebileceğimizin ötesinde, güçlü işlem gücü ve disk alanı sağlayan TRUBA ile birçok uluslararası projede yönlendirici olacak şekilde sorumluluk-lar alabildik, araştırmalar gerçekleştire-bildik. Ülke genelinde toplanmış olan 20 yıllık GPS verisini, TByte’larca sismoloji verisini, onlarca TByte hacmindeki uydu radar verilerini aktif şekilde çok kısa sü-rede işleyerek, ülkemizdeki afet tehlike-sini sürekli izleme olanağına kavuştuk. Sonuçlarımızı, bu sayede uluslararası platformlarda ses getirecek şekilde payla-şabildik. TRUBA’yı oluşturan, yüksek ve-rimle çalıştıran tüm ekibe teşekkür ederiz.

Onur Tan (TÜBİTAK Yer Bilimleri Enstitüsü)

TRUBA (TR-Grid) alt yapısını ilk olarak TÜRDEP (TÜBİTAK 105G109) projesine ait yüksek hacimli deprem verilerinin yedek-lenmesi için 2008 yılında kullanmaya başladım. Yüksek hesaplama gücü ile veri analizi de yapabildiğimiz bu yapı içerisinde, pro-jeler kapsamında ürettiğimiz verilerin yedeğinin tutulması ve istediğimiz zaman ulaşabilme imkanı çok önemli bir unsur olmuş-tur. Yürütücülüğünü yaptığım “Sinop Nükleer Güç Santrali İçin Yer Değerlendirme Parametrelerine Yönelik Araştırmalar (2012-2016)” projesi içerisinde Kalite Yönetim Sistemi gereği verilerin farklı ve güvenli bir mekanda ikinci yedeğinin tutulması zorunlulu-ğu TRUBA alt yapısı ile karşılanmaktadır. Bu yapının varlığı yeni ulusal ve uluslararası projelerin alınmasında da önemli bir destek sağlamaktadır.

Doç. Dr. Ziyadin Çakır (İstanbul Tek-nik Üniversitesi, Jeoloji Mühendisliği Bölümü)

TRUBA’yı 2010 yılında “Türkiye Diri Fayları Boyunca Meydana Gelen Kabuk Deformas-yonunun Yapay Açıklık Radar İnterferomet-risi (InSAR) Yöntemiyle İncelenmesi isimli” TÜBİTAK 1001 araştırma projesinde kullan-maya başladık. Çok fazla sabit disk, işlemci gücü veya hafıza alanı gerektirmediğinden, konvensiyonel InSAR veri işlemi kişisel ma-saüstü bilgisayarlarda yapılabilmektedir. Ancak yeni bir teknik olan InSAR zaman se-risi analizileri için yüksek miktarda, işlemci gücü, disk ve özellikle hafıza gerektirmekte-dir. TRUBA’yı kullanmaya başladıktan sonra, kişisel bilgisayarlarda tamamlanması hafta-larca süren bir InSAR zaman serisi hesapla-ması TRUBA’nın sunduğu paralel işlemci gücü sayesinde bir kaç gün içinde sonlanma-ya başladı. TRUBA sayesinde tüm Türkiye’yi kapsayan çok fazla miktardaki görüntüyü çok hızlı bir şekilde işleme imkanına kavuştuk.

KULLANICI YORUMLARI

Marmara denizinde deprem tehlikesi amacı ile bilgi toplamada kullanılan VICTOR denizaltısı

16 www.truba.gov.tr

Paydaşlar:

DSİTÜBİTAKAtatürk ÜniversitesiCumhuriyet Üniver-sitesiDokuz Eylül Üniver-sitesiGazi ÜniversitesiKocaeli ÜniversitesiSakarya ÜniversitesiSüleyman Demirel Üniversitesiİskenderun BelediyesiKocaeli ÜniversitesiDoğa Hareketleri Araş-tırma Vakfı

T.C Başbakanlık Afet ve Acil Durum Yöneti-mi Başkanlığı (AFAD) tarafından, ülkemizde çeşitli kurum/kuruluş, üniversiteler ve araştır-ma merkezleri tarafından kurulan tüm sismik istasyonlarından gelen verilerin bir merkez-de toplanması, düzenlenmesi, saklanması ve kullanıcılar ile paylaşılması amacıyla AFAD - Türkiye Deprem Veri Merkezi kurulmuştur.

Bu merkezin kurulmasında TÜBİTAK-ULAK-BİM ile teknik işbirliğine yapılmıştır. AFAD –TDVM’ne gelen tüm veriler, TRUBA hesaplama kaynakları kullanılarak bu alandaki uluslararası standartlara çevrilerek, TRUBA depolama kay-naklarında saklanmakta ve paylaşıma sunul-maktadır. Tüm veriler hem AFAD kaynaklarında hem de TRUBA kaynaklarında saklanmaktadır. AFAD-TDVM sayesinde araştırmacıların çalışma yapmaları için gereken verilere ulaşması sağlana-rak, bilimsel çalışmalardaki rekabet ve kalite artma-sı ve buna bağlı olarak sismolojik problemlerin çö-zümlerinde yenilikler sağlaması hedeflenmektedir.

Türkiye Deprem Veri Merkezi’nin Amerika, İn-giltere, Japonya ve Avrupa’daki benzeri örnekleri olmasına rağmen Ortadoğu, Kafkasya, Arap Yarı-madası ve Orta Asya’da benzeri bulunmamaktadır. Türkiye Deprem Veri Merkezi’nin, amaçlarından birisi de bu bölgelerdeki sismoloji merkezleri ile antlaşmalar yapıp, bahsedilen bölgelerdeki sis-molojik verileri içeren Bölgesel Veri Merkezi’ne dönüşmesi, Türkiye’nin bu alanda da önder ülke

olması hedefine ulaşmasını sağlayacaktır. Veriye ulaşan yerbilimci sayısının artması ile sismoloji alanında yapılan çalışma sayısı artacaktır. Yapılan çalışmalardan elde edilen sonuçlar ise genç araş-tırmacıların çalışmalarına katkıda bulunacaktır.Bugün AFAD-TDVM çatısı altında 12 kurum/kuruluş ve üniversiteden veri toplanmaktadır. İleri yıllarda bununda artması beklenmektedir.

Başbakanlık Afet ve Acil Durum Yönetimi BaşkanlığıTürkiye Deprem Veri Merkezi Projesi (AFAD-TDVM)

KURUMSAL İŞBİRLİKLERİ

TRUBA 17


Coğrafi Bilgi Sistemleri Genel MüdürlüğüGerçek (True) Ortofoto ve Coğrafi Veri Üretimi Projesi

Doğal Afet Sigortalar Kurumu(DASK) tarafından ihalesi yapılmış olan ve Tek-nik Koordinatörlüğü Çevre ve Şehircilik Bakanlığı Coğrafi Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü tarafından yürütülen “Gerçek (True) Ortofoto ve Coğrafi Veri Üretim İşi” projesi gerçekleştirilmektedir. Pro-

je kapsamındaki ~40.000 km2 alanda kentlerin yerleşim ce gelişme alanlarını kapsayacak şekilde; kıyı bölgelerinde, sosyal, kültürel, sanayi ve turizm alanla-rında, il, ilçe ve büyük beldelerde, yük-sek çözünürlüklü ortofoto üretimi, yol ve bina sayısal verilerinin üretimi veri-lerinin bilgi sistemleri ile uyumlaştırıl-ması çalışmaları gerçekleştirilmektedir.

Kapsam, maliyet, zaman ve kullanılan teknoloji bakımından Türkiye’de bir ilk olma özelliğinin yanında, dünyada da sayılı projelerden bir tanesidir. Coğrafi veri üretimi gerçekleştiren tüm birimle-rin temel görüntü altlığı oluşturularak proje ile, yoğun işlem gerektiren 1/1000

ölçeğinde gerçek(t rue) orto-fotoların üretimi yüksek ba-şarımlı hesaplama ortamında gerçekleştirilmektedir. Bu teknoloji kullanılarak pro-je süresinde ve maliyetinde % 30 tasarruf sağlanmıştır. Yüksek çözünürlüklü orto-foto üretim aşamalarında öncelikli olarak planlanan uçuşlar dahilinde havadan fotoğraf çekimi ile baş-

lamaktadır. Sonrasında ilgili imaj dos-yalarının veri depolama alanlarına aktarılma sı, depolanan imajlar üzerinde ölçü ve dengeleme yapılması, yüksek başarımlı hesaplama sunucuları kullanı-larak true orto foto, sayısal yüzey modeli ve her bir piksel için nokta bulutu verisi üretimi gerçekleştirilmektedir.Projenin tamamlanmasının ardından elde edilen

veriler, tüm kamu kurumları ve beledi-yelere ücretsiz olarak servis edilecektir.

Proje tamamlandığında, planlama-proje-lendirme, kentsel dönüşüm, şehirleşme, belediye hizmetleri, kaçak yapı takibi, ka-rar destek, afet planlaması, acil durumlar gibi çalışmalara etkinlik ve hız kazandı-racaktır. Plan ve proje çalışmaları için ye-terli kaynak bulamayan belediyelerimizin maliyetlerini azaltmasının yanında; çevre projeleri, uygulama projeleri ve planlama çalışmalarındaki süreçleri de kısaltacaktır. Bunların yanında Doğal afetler sonrasın-da kısa sürede hasar tespiti yapılabilecek, anında müdahale edilmesi için gerekli or-ganizasyonun düzenlenmesi amacı ile ko-ordinasyon çalışmaları yürütülebilecektir.

Paydaşlar:

18 www.truba.gov.tr

TÜBİTAK Yer Bilimleri


TÜBİTAK MAM Yer ve Deniz Bilimleri Enstitüsü olarak TRUBA kaynakları, bir TÜBİTAK 1007 projesi olan TURDEP (105G019) kapsa-mında farklı disiplinlerde toplanan yüksek hacimdeki verilerin işlenmesi ve yedeklenmesi amacı ile kullanılmaya başlanmıştır ve aktif ola-rak kullanılmaya devam edilmektedir. Farklı projeler kapsamında işletilen sürekli GPS ağlarına ait GPS verilerinin kısa sürede işlenmesi ve yedeklenmesinde TRUBA kaynaklarının kullanımı önem taşımaktadır. Elde edilen yoğun verinin yedeklenmesi ve hızlıca işlenmesi açısın-dan TRUBA, sadece enstitümüz çalışmaları için değil ülke genelinde sürdürülen araştırma projelerine önemli bir katma değer sağlamaktadır.

TRUBA 19


Yüksek Enerji Fiziği Çalışmaları

Ülkemizin CERN ile ilişkisi 1961 yılında ve ilk defa Türkiye’ye tanınan gözlemci statüsü ile baş-lamıştır. Bu tarihten itibaren bireysel çabalarla başlatılan bilimsel çalışmalar daha sonra Tür-kiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) ve Türkiye Atom Enerjisi Kurumu (TAEK) tarafından münavebeli olarak sağlanan mali destekler ile bir ölçüde kurumsal bir du-ruma gelmiştir. Bu kurum ile yarım yüzyıldır sürmekte olan ilişkilerimiz, parçacık fiziğinin ülkemizdeki gelişimine katkıda bulunmuştur.

Ülkemizde CERN ile ilişkili olarak yürütülen bi-limsel faaliyetler büyük ölçüde TÜBİTAK tara-fından koordine edilmiş ve desteklenmiş, ancak 2006 yılında Başbakanlıkça yapılan görevlendir-

me ile TAEK, CERN ile ilgili ülkemizde yürütü-len faaliyetleri koordine etmek, bilimsel faaliyet-lere katılmak, ülkemizde yürütülen çalışmalara mali destek sağlamak ve CERN çalışmalarında ülkemizi temsil etmek üzere görevlendirilmiştir.

Ülkemiz ile CERN arasındaki ilişkinin çerçeve-sini belirleyen TAEK-CERN İşbirliği Anlaşması 14 Nisan 2008 tarihinde Cenevre’de imzalanmış-tır. 2005 yılından itibaren dahil olunan EGEE projeleri kapsamında CERN deneylerinde orta-ya çıkan verilerin işlenmesi ve saklanması için TRUBA kaynakları Tier-3 Merkez olarak hizmet etmiştir. 2008 yılında imzalanan işbirliği çerçe-vesinde, TRUBA kaynakları arasında işletilen iki site CMS ve ATLAS deneyleri için Tier-2

Merkez olarak hizmet vermeye başlamıştır.

13 Aralık 2012 tarihinde başlayan CERN’e or-tak üyelik müzakerelerinde Tier-2 merkezlerin performansı da değerlendirmelerde yer almış-tır. Müzakere süreci sonucunda 12 Mayıs 2014 tarihinde Ortak Üyelik Anlaşması CERN’de düzenlenen törenle imzalanmıştır. CERN Ortak Üyelik Anlaşması, TAEK’in de temsil edildiği TBMM’nin 22.01.2015 tarihli Genel Kurulunda oybirliği ile uygun bulunmuştur.Tier-2 merkezler dışında EGI altya-pısına dahil olan grid sitelerinde Bel-le-II deneyine destek verilmektedir.

CERN ile MoU imzalayan Paydaşlar:

Çukurova ÜniversitesiAnkara ÜniversitesiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiUludağ ÜniversitesiBoğaziçi Üniversitesiİstanbul ÜniversitesiDoğuş ÜniversitesiYıldız Teknik ÜniversitesiKaratay ÜniversitesiNiğde Üniversitesi

20 www.truba.gov.tr

Derleyiciler ve debug araçları

Gcc 4.4.7 Intel Composer Xe 2013Parallel StudioIntel InspectorIntel IPPIntel VtuneCuda 5.5Cuda 4.4

Altyapıda Çalışan Uygulama ve Kütüphaneler:

ALTYAPI

Uygulamalar

Gaussian09VaspAmberAbinitLammpsGromacsQuantum EspressoNamd; CharmmSiesta

RCpmdOpenFoamGamessComsolAbaqusWien2KMolProMeep

OctaNSPFlukaOctaveAnsys14Matlab

Matematik kütüphaneleri

MklAcml 4.4Acml 5.1FftwBlasLapackScalapack

MPI kütüphaneleri

OpenmpiIntel MpiMvapich

TRUBA 21

ALTYAPI

Yüksek Başarımlı Hesaplama Kaynakları

MERCANLARKULLANIM: HPC UÇ SAYISI: 192

TFLOPs: 42.4 BELLEK/Çekirdek: 5.33 GB

ÇEKİRDEK: 4603 AĞ: 4x QDR IB

CPU SAAT/YIL: 35.365.680

Mercan sunucuları 2011 yılında hizmete gir-miştir. Bu ailedeki her bir sunucu üzerinde 2 x AMD Opteron 6176 işlemci ve 128 GB ECC DDR3 hata korumalı bellek bulunmaktadır. Bir-birlerine, diğer sunucu ailelerindeki sunuculara ve merkezi dosya sistemine 40Gbit QDR Infini-band arayüzü ile bağlıdır. Küme üzerinde ağır-lıklı olarak MPI uygulamaları koşturulmaktadır.

LEVREKLERKULLANIM: HPC UÇ SAYISI: 111

TFLOPs: 41.2 BELLEK/Çekirdek: 16 GB



Levrek suncuları 2013 yılının başında hizmete girmiştir. Her bir hesaplama sunucusu üzerinde 2 x Intel E-5 2690 işlemci ve 256 GB ECC DDR3 hata korumalı bellek bulunmaktadır. Single, mid1, mid2 ve long kuyruklarına gönderilen işler bu sunucular üzerinde koşmaktadır. Genel olarak MPI uygulamaları koşturulmaktadır. Bu ailedeki sunucular birbirlerine, diğer sunucu ai-lelerindeki sunuculara ve merkezi dosya sistemi-ne 40Gbit QDR Infiniband arayüzü ile bağlıdır.

CUDAKULLANIM: HPC UÇ SAYISI: 16

GPU: 32 M2090




Bu hesaplama kuyruğundaki her bir sunucu üzerinde 2 x Intel 2680 V3 işlemci ve 256 GB ECC DDR3 hata korumalı bellek bulunmak-tadır. Her biri 16’şar adet Nvidia M2090 cuda kartı barındıran harici 2 adet GPU genişleme kutusundaki cuda kartları 16X PCIe kablo-su ile sunuculara ikişerli olarak bağlanmıştır. Her bir kartta 6GB ECC DDR5 hata korumalı bellek ve 512 adet cuda çekirdeği bulunmak-tadır. Bu kuyrukta sadece CUDA desteği olan uygulamalar çalıştırılmaktadır. Ağırlıklı olarak NAMD kullanıcıları bu kuyruğu tercih etmek-tedir. Ayrıca 6 adet Nvidia c1060 GPU kartı da bu kuyruktaki sunuculara destek vermektedir.

LEVREKV2KULLANIM: HPC UÇ SAYISI: 48




2014 yılının sonunda hizmete girmiş bu sunucu ailesindeki suncularda 2 x Intel 2680 V3 işlemci ve 256 GB ECC DDR3 hata korumalı bellek bu-lunmaktadır. Sunucular levrekv2 ve tom kuy-ruklarına hizmet vermektedir. Bu ailedeki sunu-cuların toplam teorik performansı 40TFlops’dur. Diğer sunucu ailelerinde olduğu gibi, bu ailedeki sunucular da birbirlerine, diger sunucu ailele-rindeki sunuculara ve merkezi dosya sistem-lerine 40GBit QDR Infiniband ağı ile bağlıdır.

SAGEKULLANIM: HPC UÇ SAYISI: 84


ÇEKİRDEK: 672 AĞ: 4x DDR IB


Bu hesaplama kümesi TÜBİTAK enstitülerin-den SAGE'nin kullanımına sunulmuş özel-kul-lanım bir hesaplama kümesidir. Küme her biri 14'er adet blade sunucu içeren toplamda 6 adet blade şasesi ve kümeye adanmış 4 adet yüksek performanslı sunucu tarafından sunulan 82 TB lik parallel dosya sisteminden oluşmakta-dır. Küme üzerindeki sunucular birbirlerine ve dosya sistemine 20Gbit DDR Infiniband ağı ile bağlıdırlar. Her bir sunucuda 8 çekirdek ve 24 GB ECC hata korumalı bellek bulunmaktadır.

22 www.truba.gov.tr

Dağıtık Hesaplama Kaynakları

ALTYAPI

CMS Tier-2 KULLANIM: GRID UÇ SAYISI: 42


ÇEKİRDEK: 336 AĞ: Gigabit Ethernet


CERN'de gerçekleştirilen yüksek enerji fiziği de-neylerinden biri olan CMS deneyi ile ilgili hesap-lamaların yapıldığı grid sitelerinden biri olarak hizmet vermekte olan bu kümede her biri 14'er blade sunucusu barındıran 3 adet şase bulun-maktadır. Toplamda 336 çekirdek ile destek veri-len deneyin yıllık cpu-saat kullanımı 2.7 milyon saat kadardır. Her bir sunucuda 8 çekirdek ve 24GB ECC hata korumalı bellek bulunmaktadır.

ATLAS Tier-2KULLANIM: GRID UÇ SAYISI: 6

TFLOPs: 2.5 TFLOPs BELLEK/Çekirdek: 2.5 GB



CERN'de gerçekleştirilen yüksek enerji fiziği deneylerinden biri olan ATLAS deneyi ile il-gili hesaplamaların yapıldığı grid sitelerinden biri olarak hizmet veren bu kümede 6 adet 48'er çekirdekli ve 128'er GB bellekli sunucu bulunmaktadır. Bu kümedeki sunucular 2010 yılında envantere girmiş ve 2014 yılına kadar HPC kullanıcılarının hesaplamalarında kul-lanılmışlar, daha sonra ATLAS hesaplamala-rında çalıştırılmak üzere yapılandırılmışlardır. ATLAS deneyine yıllık 2.5 milyon cpu-saat ve 288 adet çekirdekle katkıda bulunulmaktadır.

FEDERE BULUTKULLANIM: BULUT UÇ SAYISI: 6

TFLOPs: 2.5 TFLOPs BELLEK/Çekirdek: 2.5 GB



Bu kümede 6 adet 48’er çekirdekli ve 128’er GB bellekli sunucu bulunmaktadır. Bu kümedeki sunucular 2010 yılında envantere girmiş ve 2014 yılına kadar HPC kullanıcılarının hesaplamala-rında kullanılmışlar, daha sonra EGI Federeted Cloud altyapısında çalıştırılmak üzere yapılandı-rılmışlardır. TRUBA Federe Bulut sitesi OpenS-tack yazılım platformu ile oluşturulmuştur.

TRUBA 23

ALTYAPI

TR-Grid Sertifika Otoritesi

Ülkemiz araştırmacılarının, hem TRU-BA kaynaklarında yetkilendirilmesi hem de yer aldığımız Avrupa Birliği Çerçeve Programları projeleri-ne dahil olan araştur-ma altyapılarında yet-kilendirilebilmesi için TÜBİTAK ULAKBİM, 2005 yılından itibaren EUGridPMA(Euro-pean Grid Policy Ma-nagement Authorties) oluşumu içerisinde “TR-Grid CA(Certi-fication Authority)” olarak yer almaktadır.

TRUBA üyelik iş-lemlerinin son adımı olan sertifika süreci, araştırmacılarımıza

kişisel bir sertifika sağlayarak, bu ser-tifika ile TRUBA kaynaklarına bağ-

lanmanın yanısıra, uluslararası sanal organizasyonlara/deneylere üye olmak

ve deneylerde yetkilen-dirilmek için kullanı-labilmektedir. İlgili de-neyler için ayrılmış olan uluslararası hesaplama ve veri depolama kay-naklarının kullanımına olanak sağlamaktadır.

TRUBA, 2008 yılından itibaren Yüksek Enerji Fiziği deneyleri ara-sında yer alan ATLAS ve CMS deneyleri için Tier-2 Merkez olarak da hizmet vermektedir.

24 www.truba.gov.tr

“Investigation of bond dilution effects on the magnetic properties of a cylindrical Ising nanowire”,Yuksel, Y; Akinci, U; Polat, H.,PHYSICA STATUS SOLIDI B-BA-SIC SOLID STATE PHYSICS Volume: 250 Issue: 1 Pages: 196-206, January 2013

“Reaction mechanism of ruthenium-catalyzed azide-alkyne cycloaddi-tion reaction: A DFT study”,Boz, E; Tuzun, NS.,JOURNAL OF ORGA-NOMETALLIC CHEMISTRY Volume: 724 Pages: 167-176, January 2013

“Classification and Ranking Approaches to Discriminative Langua-ge Modeling for ASR”,Dikici, E; Semerci, M; Saraclar, M; Alpaydin, E.,IEEE TRANSACTIONS ON AUDIO SPEECH AND LANGUA-GE PROCESSING Volume: 21 Issue: 2 Pages: 291-300, February 2013

“MORPHOLOGICAL PROPERTIES OF PYRROLE AND PHENYLENE ROD-COIL DIBLOCK COPOLYMERS BY DISSIPATIVE PARTICLE DYNAMICS”,-Yildirim, E.; Yurtsever, M.,JOURNAL OF THEORETICAL & COMPUTATIO-NAL CHEMISTRY Volume: 12 Issue: 1 Article Number: 1250100, February 2013

“Size Dependence in the Stabilities and Electronic Properties of alpha-Graphyne and Its Boron Nitride Analogue”,Ozcelik, VO; Ciraci, S., JOURNAL OF PHY-SICAL CHEMISTRY C Volume: 117 Issue: 5 Pages: 2175-2182, February 2013

“Polyhydrides of the Alkaline Earth Metals: A Look at the Extremes under Pressure”,Hooper, J; Altintas, B; Shamp, A; Zurek, E., JOURNAL OF PHYSI-CAL CHEMISTRY C Volume: 117 Issue: 6 Pages: 2982-2992, February 2013

“Metallization of magnesium polyhydrides under pressure”,Lo-nie, DC; Hooper, J; Altintas, B; Zurek, E.,PHYSICAL REVIEW B Volume: 87 Issue: 5 Article Number: 054107, February 2013

“Adsorption of alkali, alkaline-earth, and 3d transition me-tal atoms on silicene”,Sahin, H; Peeters, FM. ,PHYSICAL RE-VIEW B Volume: 87 Issue: 8 Article Number: 085423, February 2013

“Luminescence of BODIPY and Dipyrrin: An MCSCF Comparison of Ex-cited States”,Buyuktemiz, M; Duman, S; Dede, Y.,JOURNAL OF PHYSI-CAL CHEMISTRY A Volume: 117 Issue: 7 Pages: 1665-1669, February 2013

“Adsorption and absorption of boron, nitrogen, aluminum, and phosphorus on silicene: Stability and electronic and phonon proper-ties”,Sivek, J; Sahin, H; Partoens, B; Peeters, FM. ,PHYSICAL RE-VIEW B Volume: 87 Issue: 8 Article Number: 085444, February 2013“Phonon softening and direct to indirect band gap crossover in stra-ined single-layer MoSe2”,Horzum, S; Sahin, H; Cahangirov, S; Cu-dazzo, P; Rubio, A; Serin, T; Peeters, FM. ,PHYSICAL REVIEW B Volume: 87 Issue: 12 Article Number: 125415, March 2013

“Effects of Charging and Electric Field on Graphene Oxide”,Top-sakal, M; Gurel, HH; Ciraci, S.,JOURNAL OF PHYSICAL CHE-MISTRY C Volume: 117 Issue: 11 Pages: 5943-5952, March 2013

“Molecular structure and elastic properties of thermotropic liqu-id crystals: Integrated molecular dynamics-Statistical mechanical theo-ry vs molecular field approach”,Capar, MI; Nar, A; Ferrarini, A; Frezza, E; Greco, C; Zakharov, AV; Vakulenko, AA. ,JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Volume: 138 Issue: 11 Article Number: 114902, March 2013

“H-2(nu=0,1) + C+(P-2) -> H+CH+ STATE-TO-STATE RATE CONSTANTS FOR CHEMICAL PUMPING MODELS IN ASTROPHYSICAL MEDIA”,Zan-chet, A; Godard, B; Bulut, N; Roncero, O; Halvick, P; Cernicharo, J.,ASTROP-HYSICAL JOURNAL Volume: 766 Issue: 2 Article Number: 80, April 2013

“Application of multivariate heavy-tailed distributions to residuals in the estima-tion of genetic parameters of growth traits in beef cattle.”,Peters, S.O.; Kizilkaya, K. Garrick D.J.; Fernando, R.L.; Pollak, E.J.; De Donato, M.; Hussain ,T.; Imumo-rin, I.G.,JOURNAL of ANIMAL SCIENCE 2013 Apr;91(4):1552-61, April 2013

YAYINLAR (2013-2014)

TRUBA 25

“Anomalous Raman spectra and thickness-dependent electronic properties of WSe2”,Sahin, H; Tongay, S; Horzum, S; Fan, W; Zhou, J; Li, J; Wu, J; Peeters, FM.,P-HYSICAL REVIEW B Volume: 87 Issue: 16 Article Number: 165409, April 2013

“Mechanism and Energetics of Ligand Release in the Aspar-tate Transporter GltPh”,Heinzelmann, G.; Bastug, T.; Kuyu-cak, S.,J. Phys. Chem. B, 2013, 117 (18), pp 5486–5496, April 2013“Origins of the solvent effect on the propagation kinetics of acrylic acid and methacrylic acid”,Degirmenci, I.; Ozaltin, T.F.; Karahan, O.; Van Speybroe-ck, V.; Waroquier, M.; Aviyente, V.,JOURNAL OF POLYMER SCIENCE PART A-POLYMER CHEMISTRY Volume: 51 Issue: 9 Pages: 2024-2034, May 2013

“Parallel large-scale numerical simulations of purely-elastic instabilities be-hind a confined circular cylinder in a rectangular channel”,Sahin, M.,Journal of Non-Newtonian Fluid Mechanics Volume 195, May 2013, Pages 46–56, May 2013

“Interseismic strain accumulation across the North Tabriz Fault (NW Iran) deduced from InSAR time series”,Karimzadeh, S.; Cakir, Z.; Batuhan Os-manoglu, B.; Schmalzle, G.; Miyajima, M.; Amiraslanzadeh, R.; Djamour, Y.,Journal of Geodynamics Volume 66, May 2013, Pages 53–58, May 2013

“Investigation of the zenith angle dependence of cosmic-ray mu-ons at sea level”,Bektasoglu, M.; Arslan, H.,PRAMANA journal of May 2013 Indian Academy of Sciences Vol. 80, No. 5 physics , May 2013

“Oxygen adsorption on honeycomb BC2NBC2N monolayers”,Gokoglu, G.; Akturk, E.,Materials Letters Volume 106, Pages 168–170, September 2013

“Performance analysis of the coarse-grained parallel mo-del of the artificial bee colony algorithm”,Basturk, A; Akay, R,In-formation Sciences, Volume 253, Pages 34-55, December 2013

“The effect of the Coriolis coupling on H+ND reaction: A time de-pendent wave packet study”,Akpinar, S; Surucu Hekim, S,C-

hemical Physics Letters, Volume 578, Pages 21-27, July 2013

“Synthesis, characterization and antimicrobial studies of 2-{(E)-[(2-hydroxy-5-met-hylphenyl)imino]methyl}-4-[(E)-phenyldiazenyl]phenol as a novel azo-azomethi-ne dye”,Kose, M; Kurtoglu, N; Gumussu, O; Tutak, M; McKee, V; Karakas, D; Kur-toglu, M,Journal of Molecular Structure, Volume 1053,Pages 89-99, December 2013

“Quantum chemical studies on the some inorganic corrosion inhibitors”,Sa-yin, K; Karakas, D,Corrosion Science, Volume 77, Pages 37-45, December 2013

“Density functional theory investigation of acetylene dehydrogenati-on on metal exchanged ZSM-5 clusters for initial step of carbon na-notube production”,Tezsevin, I; Fellah, MF; Onal, I,Microporous and Mesoporous Materials, Volume 180, Pages 102-108, November 2013

“Time dependent magnetic field effects on the±J Ising model”,-Vatansever, E; Akinci, U; Polat, H,Journal of Magnetism and Magnetic Materials, Volume 344, Pages 89-95, October 2013

“Monte Carlo investigation of a spherical ferrimagnetic core–shell nanopar-ticle under a time dependent magnetic field”,Vatansever, E; Polat, H,Journal of Magnetism and Magnetic Materials, Volume 343, Pages 221-227, October 2013

“Vibrational and theoretical analysis of pentyl-4-benzoyl-1-[2,4-dinitrop-henyl]-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylate”,Ari, H; Buyukmumcu, Z; Ozpozan, T, Ilhan, IO; Bahadir, O,Spectrochimica Acta Part A: Molecu-lar and Biomolecular Spectroscopy, Volume 110, Pages 193-204, June 2013

“Investigation of critical phenomena and magnetism in amorphous Ising nanowire in the presence of transverse fields”,Yuksel, Y; Akinci, U; Polat, H,Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, Volume 392, Issue 10, Pages 2347-2358, May 2013


26 www.truba.gov.tr

“Nonequilibrium dynamics of a spin-3/2 Blume-Capel model with qu-enched random crystal field”,Vatansever, E; Polat, H,Journal of Mag-netism and Magnetic Materials, Volume 332, Pages 28-37, April 2013

“Investigation of oscillation frequency and disorder induced dyna-mic phase transitions in a quenched-bond diluted Ising ferromag-net”,Vatansever, E; Akinci, U; Yuksel, Y; Polat, P,Journal of Magne-tism and Magnetic Materials, Volume 329, Pages 14-23, March 2013

“A DFT study on CO oxidation on Pd4 and Rh4 clusters and adsor-bed Pd and Rh atoms on CeO2 and Ce0.75Zr0.25O2 supports for TWC applications”,Gerceker, D; Onal, I,Applied Surface Science, Vo-lume 285, Part B, 15 November 2013, Pages 927-936, November 2013

“Influences of supercell termination and lateral row number on the de-termination of slow light properties of photonic crystal waveguides”,-Bagci, F; Akaoglu, B,Optik - International Journal for Light and Ele-ctron Optics, Volume 124, Issue 21, Pages 4739-4743, November 2013

“On the high pressure superconductivity of transition metal nitride: TiN”,Altintas, B,Physica C: Superconductivity, Volume 487, 15 April 2013, Pages 37-41, April 2013

“The dense micro-earthquake activity at the boundary betwe-en the Anatolian and South Aegean microplates”,Tan, O,Journal of Geodynamics, Volume 65, April 2013, Pages 199-217, April 2013

“An arbitrary Lagrangian–Eulerian formulation for solving moving boundary prob-lems with large displacements and rotations”,Erzincanli, B; Sahin, M,Journal of Com-putational Physics, Volume 255, 15 December 2013, Pages 660-679, December 2013

“First RAFT polymerization of captodative 2-acetamidoacrylic acid (AAA) monomer: An experimental and theoretical study”,Dedeoglu, B; Ugur, I; Degirmenci, I; Aviyente, V; Barcin, B; Cayli, G; Acar, HY,Poly-mer, Volume 54, Issue 19, 23 August 2013, Pages 5122-5132, August 2013

“Effects of charging and electric field on graphene functionalized with titanium”,-Gurel, HH ; Ciraci, S ,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, July 2013 “Compressed images for affinity prediction (CIFAP): a study on predicting binding af-finities for checkpoint kinase 1 protein inhibitors”,Erdas, O ; Andac, CA ; Gurkan-Alp, AS ; Alpaslan, FN; Buyukbingol, E,JOURNAL OF CHEMOMETRICS, June 2013

“Structure and energetics of cyclopropane carboxaldehyde”,Trindle, C.; Ble-da, E.A.; Yavuz, I.; Altun, Z.,INTERNATIONAL JOURNAL OF QUAN-TUM CHEMISTRY Volume: 113 Issue: 8 Pages: 1155-1161, April 2013

“Improving the precision-recall trade-off in undersampling-ba-sed binary text categorization using unanimity rule”,Erenel, Z; Al-tincay, H,NEURAL COMPUTING & APPLICATIONS, May 2013

“Dynamic bidding strategies in search-based advertising”,Dayanik, S; Parlar, M,ANNALS OF OPERATIONS RESEARCH, December 2013

“Ultrahigh Contrast One-Way Optical Transmission Through a Subwa-velength Slit”,Battal, E; Yogurt, TA; Okyay, AK,PLASMONICS, June 2013

“Theoretical approach to the structural, electronic, and morphological pro-perties of poly(E >-caprolactone) grafted polypyrroles”,Yildirim, E ; Erci-yes, G; Yurtsever, M,MACROMOLECULAR RESEARCH, September 2013

“Parallel implicit DNS of temporally-evolving turbulent shear layer ins-tability”,Yilmaz, I.; Edis, F.O.; Saygin, H.; Davidson, L.,Journal of Com-putational and Applied Mathematics Available online, April 2013

“Density functional theory studies on covalent functionali-zation of single-walled carbon nanotubes with benzenesulfo-nic acid”,Aydin, M,VIBRATIONAL SPECTROSCOPY, March 2013


TRUBA 27

“Vibrational and electronic properties of single-walled and double-walled bo-ron nitride nanotubes”,Aydin, M,VIBRATIONAL SPECTROSCOPY, May 2013

“DFT and Raman spectroscopy of porphyrin derivatives: Tetraphenylporp-hine (TPP)”,Aydin, M,VIBRATIONAL SPECTROSCOPY, September 2013

“Nanoscale Dielectric Capacitors Composed of Graphene and Boron Nitri-de Layers: A First-Principles Study of High Capacitance at Nanoscale”,Oz-celik, VO ; Ciraci, S,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, July 2013

“Local Reconstructions of Silicene Induced by Adatoms”,Ozcelik, VO; Ci-raci, S,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, December 2013

“A new hole density as a stability measure for boron fullerenes”,Po-lad S, Ozay M,Physical Chemistry Chemical Physics, July 2013

“Effects of position (alpha or beta) and linker heteroatom (O or S) of substituent on the photophysicochemical behavior of poly(oxyethylene) substituted ZnPcs and assessment of J-aggregation or protonation using TD-DFT computations”, Ayhan, MM; Ozpinar, GA; Durmus, M; Gurek, AG,DALTON TRANSACTIONS, July 2013

“Conical-intersection quantum dynamics of OH(A(2)Sigma(+)) + H(S-2) collisions”,Gamallo, P ; Akpinar, S; Defazio, P ; Petron-golo, C,JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, September 2013

“H-2(nu=0,1) + C+(P-2) -> H+CH+ STATE-TO-STATE RATE CONS-TANTS FOR CHEMICAL PUMPING MODELS IN ASTROPHYSI-CAL MEDIA”,Zanchet, A ; Godard, B; Bulut, N ; Roncero, O ; Hal-vick, P ; Cernicharo, J ,ASTROPHYSICAL JOURNAL, April 2013

“Effects of charging and perpendicular electric field on the pro-perties of silicene and germanene”,Gurel, HH ; Ozcelik, VO; Cira-ci, S,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, July 2013

“Electronic and optical properties of Cr and Cr-N doped anata-se TiO2 from screened Coulomb hybrid calculations”, Celik, V; Mete, E,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, September 2013

“Enhanced reduction of graphene oxide by means of charging and electric fields applied to hydroxyl groups”,Gurel, HH ; Cira-ci, S,JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER, October 2013

“Superlubricity through graphene multilayers between Ni(111) surfaces”,-Cahangirov, S ; Ciraci, S; Ozcelik, VO,PHYSICAL REVIEW B, May 2013

“First-principles investigation of B- and N-doped fluorographene”, Leena-erts, O ; Sahin, H ; Partoens, B ; Peeters, FM,PHYSICAL REVIEW B, July 2013

“Stone-Wales defects in silicene: Formation, stability, and reactivity of defect sites”,-Sahin, H ; Sivek, J ; Li, S; Partoens, B; Peeters, FM, PHYSICAL REVIEW B, July 2013

“Self-healing of vacancy defects in single-layer graphene and silice-ne”,Ozcelik, VO; Gurel, HH; Ciraci, S,PHYSICAL REVIEW B, July 2013

“Spatial ranges of driving forces are a key determinant of pro-tein folding cooperativity and rate diversity”,Kaya, H; Uzu-noglu, Z ; Chan, HS,PHYSICAL REVIEW E, October 2013

“Investigation of the zenith angle dependence of cosmic-ray mu-ons at sea level”,Bektasoglu, M.; Arslan, H.,PRAMANA-JOUR-NAL OF PHYSICS Volume: 80 Issue: 5 Pages: 837-846, May 2013

“Size Dependence in the Stabilities and Electronic Properties of alp-ha-Graphyne and Its Boron Nitride Analogue”, Ozcelik, VO; Cira-ci, S ,JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, February 2013


28 www.truba.gov.tr

“7-Oxy-3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)coumarin substituted phthalonitri-le derivatives as fluorescent sensors for detection of Fe3+ ions: Experimen-tal and theoretical study”, Kaya, EN; Yuksel, F; Ozpinar, GA; et al., SENSORS AND ACTUATORS B-CHEMICAL Volume: 194 Pages: 377-388, April 2014“A study of the density functional methods on the photoabsorption of Bodipy dyes”, Unal, H; Gunceler, D; Mete, E, JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY Volume: 278 Pages: 14-18, March 2014

“A systematic analysis of hole size, hole-type and rows shifting on slow li-ght characteristics of photonic crystal waveguides with ring-shaped holes”, Bagci, F; Akaoglu, B, OPTIK Volume: 125 Issue: 11 Pages: 2702-2707, 2014

“Ab initio calculations of martensitic phase behavior in Ni2FeGa magnetic sha-pe memory alloys”, Soykan, C.; Kart, S. Ozdemir; Sevik, C.; et al., JOURNAL OF ALLOYS AND COMPOUNDS Volume: 611 Pages: 225-234, October 2014

“Ag and Au atoms intercalated in bilayer heterostructures of transition metal dichalcogenides and graphene”, Iyikanat, F.; Sahin, H.; Senger, R. T.; et al., APL MATERIALS Volume: 2 Issue: 9 Article Number: 092801, September 2014

“Angle-resolved synchrotron photoemission and density functio-nal theory on the iridium modified Si(111) surface”, Oncel, N; Ca-kir, D; Dil, J. Hugo; et al., JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER Volume: 26 Issue: 28 Article Number: 285501, July 2014

“Application of an all-speed implicit non-dissipative DNS algorithm to hydrodynamic instabilities”, Yilmaz, I; Edis, FO; Saygin, H, COM-PUTERS & FLUIDS Volume: 100 Pages: 237-254, September 2014

“Assessment on lattice thermal properties of two-dimensional honeycomb structures: Graphene, h-BN, h-MoS2, and h-MoSe2”, Sevik, C., PHYSI-CAL REVIEW B Volume: 89 Issue: 3 Article Number: 035422, January 2014

“Bimetallic two-dimensional PtAg coverage on h-BN substrate:

First-principles calculations”, Ersan, F.; Gokoglu, G.; Akturk, E., APP-LIED SURFACE SCIENCE Volume: 303 Pages: 306-311, June 2014

“Computational Insight into the Explosive Detection Mechanisms in Si-lafluorene- and Silole-Containing Photoluminescent Polymers”, De-deoglu, B; Ayiyente, V; Ozen, AS, JOURNAL OF PHYSICAL CHE-MISTRY C Volume: 118 Issue: 12 Pages: 6385-6397, March 2014

“Critical phenomena in dynamical Ising-typed thin fil-ms by effective-field theory”, Aktas, BO; Akinci, U; Polat, H, THIN SOLID FILMS Volume: 562 Pages: 680-691, July 2014

“Density functional study of the mechanical and phonon properties of Al12X (X = Mo, Tc, Ru, W, Re, and Os) compounds”, Ozisik, H; Deligoz, E; Co-lakoglu, K; et al., INTERMETALLICS Volume: 50 Pages: 1-7, July 2014

“Dependence of the electronic and transport properties of metal-Mo-Se2 interfaces on contact structures”, Cakir, D; Peeters, FM, PHYSI-CAL REVIEW B Volume: 89 Issue: 24 Article Number: 245403, June 2014

“Design and characterization of Bodipy derivatives for bulk hetero-junction solar cells”, Kolemen, S; Cakmak, Y; Ozdemir, T; et al., TET-RAHEDRON Volume: 70 Issue: 36 Pages: 6229-6234, September 2014

“DFT investigation of high temperature water gas shift reaction on chromium-i-ron mixed oxide catalyst”, Yalcin, O; Onal, I, INTERNATIONAL JOURNAL OF HYDROGEN ENERGY Volume: 39 Issue: 34 Pages: 19563-19569, November 2014

“Doping of rhenium disulfide monolayers: a systematic first principles study”, Cakir, D; Sahin, H; Peeters, FM, PHYSICAL CHEMISTRY CHE-MICAL PHYSICS Volume: 16 Issue: 31 Pages: 16771-16779, August 2014

“Dynamic hysteretic features of Ising-type thin films”, Aktas, BO; Akinci, U; Polat, H, PHYSICAL REVIEW E Volume: 90 Issue: 1 Article Number: 012129, July 2014


TRUBA 29

“Effects of silver adatoms on the electronic structu-re of silicene”, Ersan, F.; Arslanalp, O.; Gokoglu, G.; et al., APP-LIED SURFACE SCIENCE Volume: 311 Pages: 9-13, August 2014

“Electrochromic properties of multicolored novel polymer synthesized via combination of benzotriazole and N-functionalized 2,5-di(2-thieny-l)-1H-pyrrole units”, Rende, E; Kilic, CE; Udum, YA; et al., ELE-CTROCHIMICA ACTA Volume: 138 Pages: 454-463, August 2014

“Electronic band structure and volume-dependent lattice dynami-cal properties of superconductor Sr (AlGe)”, Parlak, C, COMPUTATIO-NAL MATERIALS SCIENCE Volume: 93 Pages: 201-205, October 2014

“Electronic structures and optical spectra of thin anatase TiO2 nanowires throu-gh hybrid density functional and quasiparticle calculations”, Unal, H; Gulseren, O; Ellialtioglu, S; et al., PHYSICAL REVIEW B Volume: 89 Issue: 20, May 2014

“Elucidation of Conformational States, Dynamics, and Mechanism of Bin-ding in Human kappa-Opioid Receptor Complexes”, Leonis, G; Avramo-poulos, A; Salmas, RE; et al., JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING Volume: 54 Issue: 8 Pages: 2294-2308, August 2014

“Extent and distribution of aseismic slip on the Ismetpasa segment of the North Anatolian Fault (Turkey) from Persistent Scatterer InSAR”, Ce-tin, E; Cakir, Z; Meghraoui, M; et al., GEOCHEMISTRY GEOPHY-SICS GEOSYSTEMS Volume: 15 Issue: 7 Pages: 2883-2894, July 2014

“Ferromagnetism in stacked bilayers of Pd/C-60”, Ghosh, S.; Ton-gay, S.; Hebard, A. F.; et al., OURNAL OF MAGNETISM AND MAG-NETIC MATERIALS Volume: 349 Pages: 128-134, January 2014

“A study of the density functional methods on the photoabsorption of Bodipy dyes”, Unal, H; Gunceler, D; Mete, E, JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY Volume: 278 Pages: 14-18, March 2014

“Formation and diffusion characteristics of Pt clusters on Graphene, 1H-MoS2 and 1T-TaS2”, Ozaydin, HD; Sahin, H; Senger, RT; et al., ANNALEN DER PHY-SIK Volume: 526 Issue: 9-10 Special Issue: SI Pages: 423-429, October 2014

“High pressure phase transitions in SnO2 polymorphs by first-princip-les calculations”, Erdem, I.; Kart, H. H.; Cagin, T., JOURNAL OF AL-LOYS AND COMPOUNDS Volume: 587 Pages: 638-645, February 2014

“Insights into surface-adsorbate interactions in corrosion inhibiti-on processes at the molecular level”, Ozcan, M; Toffoli, D; Ustunel, H; et al., CORROSION SCIENCE Volume: 80 Pages: 482-486, March 2014

“Intramolecular excimer formation in hexakis(pyrenyloxy)cyclot-riphosphazene: photophysical properties, crystal structure, and the-oretical investigation”, Yesilot, S; Cosut, B; Alidagi, HA; et al., DAL-TON TRANSACTIONS Volume: 43 Issue: 9 Pages: 3428-3433, 2014

“Ion responsive near-IR BODIPY dyes: two isomers, two dif-ferent signals”, Ozdemir, T; Kostereli, Z; Guliyev, R; et al., RSC ADVANCES Volume: 4 Issue: 29 Pages: 14915-14918, 2014

“Luminescence, Patterned Metallic Regions, and Photon-Mediated Electronic Changes in Single-Sided Fluorinated Graphene Sheets”, Walter, AL; Sahin, H; Jeon, K; et al., ACS NANO Volume: 8 Issue: 8 Pages: 7801-7808, August 2014

“Mechanical and thermal properties of h-MX2 (M = Cr, Mo, W; X = O, S, Se, Te) monolayers: A comparative study”, Cakir, D; Peeters, FM; Sevik, C, APPLIED PHYSICS LETTERS Volume: 104 Issue: 20 Article Number: 203110, May 2014

“Monolayer behaviour in bulk ReS2 due to electronic and vibratio-nal decoupling”, Tongay, S; Sahin, H; Ko, C; et al., NATURE COM-MUNICATIONS Volume: 5 Article Number: 3252, February 2014


30 www.truba.gov.tr

“Monolayers of MoS2 as an oxidation protective nanocoating mate-rial”, Sen, HS; Sahin, H.; Peeters, FM; et al., JOURNAL OF APPLIED PHYSICS Volume: 116 Issue: 8 Article Number: 083508, August 2014

“Nanocrystal energetics via quantum similarity measures”, Balta, MIT; Ki-lic, C, MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING Volume: 22 Issue: 2 Article Number: 025009, March 2014

“Odd-even effect in the potential energy of the self-assemb-led peptide amphiphiles”, Tekin, ED, CHEMICAL PHYSI-CS LETTERS Volume: 614 Pages: 204-206, October 2014

“Parallel implicit DNS of temporally-evolving turbulent shear layer instability”, Yilmaz, I; Edis, FO; Saygin, H; et al., JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND APPLIED MATHEMATICS Volume: 259 Pages: 651-659 Part: B, March 2014

“Phonon scattering in graphene over substrate steps”, Sevinc-li, H.; Brandbyge, M., APPLIED PHYSICS LETTERS Vo-lume: 105 Issue: 15 Article Number: 153108, October 2014

“Protective role of caffeic acid phenethyl ester on serum cholinesterase inhibition by acute exposure to diazinon in rats”, Oguzhanoglu, E; Andac, AC; Tufek, A; et al., TUR-KISH JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES Volume: 44 Issue: 1 Pages: 115-120, 2014

“Quantum Dynamics of the Reaction H(S-2) + HeH+(X-1 Sigma(+)) -> H-2(+)(X-2 Sigma(+)(g)) + He(S-1) from Cold to Hyperthermal Energies: Time-De-pendent Wavepacket Study and Comparison with Time-Independent Calculati-ons”, Gamallo, P; Akpinar, S; Defazio, P; et al., JOURNAL OF PHYSICAL CHE-MISTRY A Volume: 118 Issue: 33 Special Issue: SI Pages: 6451-6456, August 2014

“Quantum interference in thermoelectric molecular junctions: A toy model perspective”, Nozaki, D; Avdoshenko, SM; Sevincli, H; et al., JOURNAL OF APPLIED PHYSICS Volume: 116 Issue: 7 Article Number: 074308, August 2014

“Range-Separated Hybrid Density Functional Study of Organic Dye Sensitizers on Anatase TiO2 Nanowires”, Unal, H; Gunceler, D; Gulseren, O; et al., JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 118 Issue: 42 Pages: 24776-24783, October 2014

“Silicon-based counterpart of alpha-graphyne”, Akturk, E.; Gokoglu, G., PHY-SICS LETTERS A Volume: 378 Issue: 18-19 Pages: 1313-1315, March 2014

“Solvent effects on free-radical copolymerization of styrene and 2-hydroxyet-hyl methacrylate: a DFT study”, Ozaltin, TF; Dereli, B; Karahan, O; et al., NEW JOURNAL OF CHEMISTRY Volume: 38 Issue: 1 Pages: 170-178, January 2014

“STATE-TO-STATE QUANTUM WAVE PACKET DYNAMICS OF THE LiH plus H REACTION ON TWO AB INITIO POTENTIAL ENERGY SUR-FACES”, Gomez-Carrasco, S; Gonzalez-Sanchez, L; Bulut, N; et al., ASTROP-HYSICAL JOURNAL Volume: 784 Issue: 1 Article Number: 55, March 2014

“Stereoselective propagation in free radical polymerization of acryla-mides: A DFT study”, Kayik, G; Tuzun, NS, JOURNAL OF MOLECU-LAR GRAPHICS & MODELLING Volume: 49 Pages: 55-67, April 2014

“Switching Off the Charge Transfer and Closing the S-1-T-1 ISC Chan-nel in Excited States of Quinolizinium Derivatives: A Theoreti-cal Study”, Yalcin, S; Thomas, L; Tian, M; et al., OURNAL OF ORGA-NIC CHEMISTRY Volume: 79 Issue: 9 Pages: 3799-3808, May 2014

“Synthesis, experimental spectra (IR & Raman and NMR), vibrational analysis and theoretical DFT investigations of N-(5-(4-methylbenzoyl)-2-oxo-4-(4-met-hylphenyl)pyrimidine-1(2H)-yl)-4-methylbenzamide”, Aydin, L; Sahan, E; Onal, Z; et al., SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY Volume: 129 Pages: 22-34, August 2014

“Synthesis, solvatochromic properties and theoretical calculation of some novel disazo indole dyes”, Karabacak, C; Dilek, O, JOURNAL OF MO-LECULAR LIQUIDS Volume: 199 Pages: 227-236, November 2014


TRUBA 31

“The Characterization, Stability, and Reactivity of Synthetic Calcium Silicate Surfa-ces from First Principles”, Durgun, E; Manzano, H; Kumar, PV; et al., JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C Volume: 118 Issue: 28 Pages: 15214-15219, July 2014

“The investigation of the solvent effect on coordination of nicotinato li-gand with cobalt(II) complex containing tris(2-benzimidazolylmethyl) ami-ne: A computational study”, Sayin, K; Karakas, D, JOURNAL OF MO-LECULAR STRUCTURE Volume: 1076 Pages: 244-250, November 2014

“The role of diisocyanate and soft segment on the intersegmental in-teractions in urethane and urea based segmented copolymers: A DFT study”, Yildirim, E; Yurtsever, M, COMPUTATIONAL AND THE-ORETICAL CHEMISTRY Volume: 1035 Pages: 28-38, May 2014

“Theoretical spectroscopic study of seven zinc(II) complex with mac-rocyclic Schiff-base ligand”, Sayin, K; Kariper, SE; Sayin, TA; et al., SPE-CTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECU-LAR SPECTROSCOPY Volume: 133 Pages: 348-356, December 2014

“Three-dimensional structural topology optimization of aerial vehic-les under aerodynamic loads”, Oktay, E; Akay, HU; Sehitoglu, OT., COMPUTERS & FLUIDS Volume: 92 Pages: 225-232, March 2014

“TYPE I ERROR RATE FOR TWO-SAMPLE TESTS IN STATISTICAL SHA-PE ANALYSIS”, Ocakoglu, G; Ercan, I, HACETTEPE JOURNAL OF MATHE-MATICS AND STATISTICS Volume: 43 Issue: 1 Pages: 141-152, February 2014

“Vibrational and thermodynamic properties of alpha-, ss-, gam-ma-, and 6, 6, 12-graphyne structures”, Perkgoz, NK; Se-vik, C, NANOTECHNOLOGY Volume: 25 Issue: 18, May 2014

“Combined hybrid functional and DFT+U calculations for me-tal chalcogenides”, Aras, M; Kilic, C, J. Chem. Phys. 141, 044106, 2014

“Adsorption of Group-IV Elements on Graphene, Silicene, Germa-nene, Stanene: Dumbbell Formation”, Ozcelik VO; Kecik, D; Dur-gun, E; Ciraci, S, The Journal of Physical Chemistry C, 2014

“Synthesis of Colloidal 2D/3D MoS2 Nanostructures by Pulsed La-ser Ablation in Organic Liquid Environment”, Oztas, T; Sen, HS; Dur-gun, E; Ortac, B, J. Phys. Chem. C.DOI: 10.1021/jp505858h, 2014

“Spontaneous High Piezoelectricity in Poly (vinylidene fluoride) Nanorib-bons Produced by Iterative Thermal Size Reduction Technique.”, Kanik, M; Aktas, O; Sen, HS; Durgun, E; Bayindir, M, ACS Nano 8, 9311-9323, 2014

“New Phases of Germanene”, Ozcelik, VO; Durgun, E; Cira-ci, S, The Journal of Physical Chemistry Letters 5, 2694–2699, 2014

“The Characterization, Stability, and Reactivity of Synthetic Calcium Sili-cate Surfaces from First Principles”, Durgun, E; Manzano, H; Kumar, PV; Grossman, JC, The Journal of Physical Chemistry C 118, 15214-15219, 2014


Türk Ulusal Bilim e-AltyapısıTÜBİTAK ULAKBİMYÖK Binası B5 Blok

Bilkent, Ankara, 06539, Türkiye

Tel: +90-312-298 93 63Fax: +90-312-266 51 81

e-Posta: [email protected]://www.truba.gov.trhttp://wiki.truba.gov.tr

türk ulusal bilim e-altyapısı 2015 · gösterdiği ilginç özellikler ve uygulama...

Documents