hiv pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · hiv taksonomi ve replikasyon ......
TRANSCRIPT
![Page 1: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/1.jpg)
![Page 2: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/2.jpg)
HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve integraz inhibitörlerine karşı gelişen ilaç dirençlerinin
Yeni Nesil Dizileme (YND-NGS) ile araştırılması
Duygu Tekin1, Rüçhan Sertöz1, Deniz Gökengin2, Selda Erensoy1
KLİMUD 2017 KONGRESİ SÖZLÜ SUNUM
1Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbı Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı,
İzmir2Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim
Dalı,İzmir
![Page 3: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/3.jpg)
HIV Taksonomi ve ReplikasyonDöngüsü
• Aile• Retroviridae
• Alt aile• Lentivirinae
• Tipler • HIV-1 • HIV-2
• Gruplar• HIV-1 grup M,N,O,P
• Subtipler• A-K/CRF
• Subsubtipler• A1/A2 ve F1/F2
![Page 4: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/4.jpg)
Ölümcül hastalık
Kronik hastalık
HAARTHighly Active Anti-Retroviral Therapy
Antiretroviral Tedavi
Hastaneye yatış ve ölüm
• %60-80 azalma
Hammer SM, Squires KH, Hughes MD, et al. A controlled trial of two nucleoside analogues plus indinavir in persons with human
immunodeficiency virus infection and CD4 cell counts of 200 per cubic millimeter or less. N. Engl. J. Med. 1997; 337(11): 725-33.
![Page 5: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/5.jpg)
Antiretroviral Tedavi
HAART
Temel Prensip
2 NRTI + NNRTI 2 NRTI + PI 2 NRTI+ INSTI
![Page 6: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/6.jpg)
Antiretroviral İlaç Direnci
En büyük engel –
antiretroviral ilaç direnci
İlaç direnç testleri !!!
![Page 7: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/7.jpg)
Antiretroviral İlaç Direnci
•Direnç tanı testleri•Fenotipik yöntemler •Genotipik yöntemler•HIV-1’in genetik çeşitliliği !!!
•İlaç dirençli minör varyantlar antiretroviraltedavi etkinliğini
Evaluation of GS Junior and MiSeq next-generation sequencing technologies as an alternative to Trugene population sequencing in the clinical HIV laboratory. Ram D ve ark. J Virol Methods. 2015 Feb;212:12-6.
![Page 8: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/8.jpg)
Antiretroviral İlaç Direnci
SANGER ZİNCİR SONLANDIRMA REAKSİYONU
• Altın standart
• >%20 viral popülasyondaki mevcut mutasyonlar
• Ticari kitler - Proteaz ve Revers transkriptaz
![Page 9: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/9.jpg)
Antiretroviral İlaç Direnci
YENİ NESİL DİZİLEME
• %0,1 – %1 sıklığındaki varyantlar
• < %1 Klinik anlamlılık???
Multi-step inhibition against HIV lifecycle-underlying the "magic" of protease inhibitors. Poveda E. AIDS Rev. 2014 Jan-Mar;16(1):52.
![Page 10: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/10.jpg)
GEREÇ VE YÖNTEM
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi • Etik kurul
• Onay tarihi: 15.02.2017 ve Onay numarası:17-2/15
• Bilimsel Araştırma Projesi• Onay tarihi:29.06.2017 Proje no:17-TIP-020
• Tez Danışmanı• Prof.Dr.Rüçhan sertöz
• Araştırmacılar• Prof.Dr.Selda Erensoy, Prof.Dr.Deniz Gökengin
• Teknisyen:Ergül Utkun
![Page 11: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/11.jpg)
GEREÇ VE YÖNTEM
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbı Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Moleküler Viroloji Laboratuvarı
Sanger zincir sonlandırma temelliViroSeq
(Abbott/CeleraDiagnostics, ABD)
PROTEAZ RT
![Page 12: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/12.jpg)
GEREÇ VE YÖNTEM
İlaç direnç mutasyonları ve genotipStanford Üniversitesi HIV-1 ilaç Direnci Veri
(http://hivdb.stanford.edu/)
![Page 13: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/13.jpg)
GEREÇ VE YÖNTEMMiSeq (Illumina, ABD) SistemiFlow cell
![Page 14: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/14.jpg)
GEREÇ VE YÖNTEMMiSeq (Illumina, ABD) Sistemi
![Page 15: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/15.jpg)
GEREÇ VE YÖNTEMMiSeq (Illumina, ABD) Sistemi
![Page 16: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/16.jpg)
BULGULAR
40 HIV-1 pozitif hasta (23.11.2016 - 8.07.2017)1 Kadın, 39 ErkekYaş aralığı: 21-82 yaş, ortanca yaş: 36 yaş,Naiv: 38, tedavi durumu bilinmeyen: 1, ART alan:1Ortalama HIV-RNA düzeyi 5.05 (aralık:4.09-6.34)
log10 kopya/ml
![Page 17: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/17.jpg)
BULGULAR
• YND ile 2892 bç
• RT (1-560 kodon)• Proteaz (1-99 kodon) • İntegraz (1-288 kodon) gen bölge mutasyonları
• Veri analizi CLC Genomics Workbench versiyon 8.1• %1 ve %5 cut off
• Ortalama okuma sayısı 143.485
![Page 18: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/18.jpg)
BULGULAR
Alttip B67%
B+CRF02_AG; 6; 15%
Alttip A; 3; 7%
G+J; 2; 5%CRF07_BC; 1; 3%
B+F; 1; 3%
Alttip B B+CRF02_AG Alttip A G+J CRF07_BC B+F
ALTTİP DAĞILIM ORANLARI
![Page 19: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/19.jpg)
BULGULAR
Direnç mutasyonu oranı - %17,5
• NRTI- %5
• NNRTI -%12,5
• PI ve INSTI direnç mutasyonu ise saptanmadı
![Page 20: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/20.jpg)
Tablo.1. YND Dizileme İlaç Direnç ve Genotip Sonuçları
BULGULAR
![Page 21: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/21.jpg)
Tablo.2. YND Dizileme İlaç Direnç ve Genotip Sonuçları
BULGULAR
![Page 22: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/22.jpg)
• 18 (%42,5) örnekte yardımcı mutasyonlar saptanmıştır;
• PI %20 (8/40),
• NNRTI-NRTI %27,5 (11/40)
• INSTI %5 (2/40)
Yardımcı Mutasyonlar Hasta Sayısı Direnç Etki Durumu
K20R
A71V/T
L10I/V
4 (%10)
1 (%2,5)
5 (%12,5)
PI polimorfik mutasyon
V179I 1 (%2,5)
Etravirin ve Rilpivirin baskısı altında
sık görülen NNRTI polimorfik
mutasyondur
S68G 6 (%15)K65R mutasyonu ile birlikteliği NNRTI
duyarlılığında azamaya neden olur
K20I 4 (%10)
Alttip G ve CRF02_AG dışındaki
alttiplerde NFV duyarlılığında azalmaya
neden olur
L74I/M 3(%7,5)RAL ve EVG tedavisi altında sık görülen
INSTI Polimorfik mutasyonudur
V118I 4 (%10)TAM ile birlikte NRTI’lara karşı
duyarlılığın azalmasına katkıda bulunur
Tablo.3.Yardımcı mutasyonlar ve Direnç Etki Durumu
BULGULAR
![Page 23: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/23.jpg)
BULGULAR
YENİ NESİL DİZİLEME
• Majör ve yardımcı direnç mutasyonları açısından Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu ile %100 uyum
• On örneğin RT bölgesinde
• 12 ekstra varyant kodon
• Beş örneğin proteaz bölgesinde
• 10 ekstra varyant kodon
![Page 24: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/24.jpg)
BULGULAR
YENİ NESİL DİZİLEME
109 TL
SUT KOD
1480 TL
VİROSEQ
(ABBOTT, ABD)
1144 TL
![Page 25: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/25.jpg)
SONUÇLAR
YENİ NESİL DİZİLEME
•RT, proteaz, İntegraz gen bölgesi
•Multipleks kullanım
•Maliyet düşüklüğü
•Duyarlılık yüksek
![Page 26: HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve · HIV Taksonomi ve Replikasyon ... •Genotipik yöntemler •HIV-’in genetik çeşitliliği !!! •İlaç dirençli minör](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e4940796acc1d22da22f7cd/html5/thumbnails/26.jpg)
TEŞEKKÜR EDERİM