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The Global Genome Biodiversity Network –Benefits and Resources for Members

Katie Barker

Program Manager, GGI and GGBN

National Museum of Natural History, Smithsonian Institution

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Making genomic collections discoverable for research through a

networked community of biodiversity repositories

Global Genome Biodiversity Network

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenGlobal Genome Biodiversity Network

• Encourage use of:

– Best practice, common standards for managing and providing access to genetic collections

• Provide platform for biodiversity biobanks to:

– Ensure consistent and quality standards

– Improve best practices

• Collection preservation and use

– Harmonize exchange and use of material

• Following national and international legislation and conventions

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenToday: 66 GGBN members worldwide

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenSouth America: 6 members, five countries

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenBenefits

• Greater visibility and impact of genetic collections

• Quality standards, best practice, transparency

– Standardized vocabulary for tissues and DNAs

– Reciprocal links with aggregators (GBIF, INSDC)

– Technical support

– ABS Guidance

• Biobanking document library

• Funding opportunities

• Networking

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenDocument Library

(https://library.ggbn.org)

Request account at: library@ggbn.org

* Collaboration with European, Middle Eastern & AfricanSociety for Biopreservation and Biobanking (ESBB)

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenBest Practices

Recommendation for Biorepositories• Collaboration with ISBER*

• Submitted April 2013

• April 2017, in review

• ISBER 4th edition

* International Society for Biological and Environmental Repositories

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenABS Best Practices

• Access and Benefit Sharing (ABS) Compliance

– Guidance documentation

• Code of Conduct

• Best Practice

– Example Material Transfer Agreements

– ABS Fact Sheet

– GGBN Data Standard permit vocabulary

Collaboration with CETAF* and SPNHC**

* Consortium of European Taxonomic Facilities** Society for the Preservation of Natural History Collections

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenBest Practice Guidelines

• Support biodiversity biobank operations

– providing genetic samples for research use

• Guidance documents

– Code of Conduct

– Best Practice

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenGuidance Documents

• Code of Conduct:

– Governing principles under which collections are managed and collection-based research is conducted by GGBN members

– Use of materials statement

• Explains how specimens are used by GGBN members

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenGuidance Documents

• Best Practice:

– Details for implementation of principles in Code of Conduct

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenExample MTAs

• MTA for provision of material • with no change in ownership

• with change in ownership

• MTA for receipt of material with change in ownership

http://wiki.ggbn.org/ggbn/Documents

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenMTA use

• Language specific to genomic sample transfers

• Recognize established protocols may already be in place

• Institutions may use:

– In part

– In entirety

– To inform existing documents

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenGGBN ABS Fact Sheet

http://wiki.ggbn.org/ggbn/ABS_Fact_Sheet_and_Answers_to_Frequently_Asked_Questions

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenGGBN Data Standard

• Complements existing biodiversity standards (DwC, ABCD)

• Efficient sharing, use of genomic samples

• Controlled vocabulary (tissues and DNAs)

– 9 mandatory fields

– 39 highly recommended

http://terms.tdwg.org/wiki/GGBN_Data_Standard

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenDownstream Monitoring & Tracking

• How to ensure agreement information tracked with samples and sample derivitives?

Tissue sample A

Tissue sample B

Tissue sample C

DNA sample 1

DNA sample 3

DNA sample 4

DNA sample 2

Voucher/Specimen

Agreement information associated downstream

An

alysis and

Pu

blicatio

n

Image credit: U.S. Fish and Wildlife Service

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenGGBN Permit Vocabulary

Group Field Remarks Examples

SpecimenUnit/Loan/Permit

Permit status Presence, absence Permit available, Permit not required, Permit unavailable, Unknown

SpecimenUnit/Loan/Permit

Permit statusqualifier

Why permit not required, or unknown

No national requirement at date of access

SpecimenUnit/Loan/Permit

Permit type Collecting permit, export permit, exemption permit, MTA

SpecimenUnit/Loan/Permit

Permit text Permit text related to collecting, shipping, use

GGBN members should provide information on permits and compliance for samples collected after 12 October 2014 (within 3 years?)

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenUSNM Entomology

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenUSNM Entomology

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenData Portal

http://www.ggbn.org/ggbn_portal/

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Harvester

(B-HIT)

Data Cleaning

Index

(MySQL)

Create SOLR

index

Get full

record

Provider

IPT

Login, User settings,

Sample requests

Query

External

sources

GBIF checklist bank,

CITESABCD, DwC, GGBN Data Standard

Store raw and

cleaned dataProvider

Portal: Basic Architecture

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenGGBN Data Portal: Request samples

• Request DNA or tissue samples through GGBN portal

• Download of sample information

• Request forwarded to GGBN member holding the sample(s)

o Institution responsible for all further steps

• Checking availability, compliance with ABS, and loaning conditions

• Provide price offer to scientist

• Request signing of Material Transfer Agreement (MTA)

• Shipping samples

• Citation guidelines for samples coming soon

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenRepositories (18 push data)

http://www.ggbn.org/ggbn_portal/stats/index

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenYour collection @ GGBN

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenThings we are currently working on

• Environmental DNA and environmental samples

• Ancient DNA and ancient environmental DNA

• Host-parasite associations (incl. Homo sapiens)

• Domestic animals (name parsing, tracking individuals)

• Reciprocal links with sequencing portals

• http://wiki.ggbn.org/ggbn/Use_Case_Collection

• Data Portal Survey coming soon!

• General feedback and bug reports are appreciated!

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenOpportunities for Collecting/Preservation

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• Dritte Ebene

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenLooking Forward

• Increase discoverability

– Biorepositories (new/existing)

• Vouchers, genetic samples, new taxa

– Aggregators

• GGBN data standard

– Sequencing portals

• Implement ABS

• Increase vouchered sequences

• Grow collaborations, exchange knowledge across the globe

• Support biodiversity biobanks in biodiverse-rich countries

• Provide network of trusted collections

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Titelmasterformat durch Klicken bearbeitenThank youFAPESP

GGBN Executive Committee

GGBN Members

GGBN Collaborators

GGBN Task Forces

DFG

SYNTHESYS

ISBER & ESBB

NSF

http://www.ggbn.org

http://lists.fu-berlin.de/listinfo/GGBN-info/

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