SciFinder Scholar

(web edition)Ferrara, 8 aprile 2010

Un’interfaccia creativa

SFS non fornisce la risposta ma aiuta il ricercatore a produrre un proprio set di opzioni

Il database delle sostanze (CAS Registry)

la molecola

I riferimenti

I databases

I d/b bibliografici (CAplus e Medline) e di reazioni (CASReact)

fattuali bibliografici

Cos’è SciFinder Scholar?

http://www.cas.org/products/scifindr/sfweb/

SFS: un po’ di dati

• Contiene riferimenti da oltre 10 mila riviste e brevetti da 61 autorità brevettuali dal 1800 in poi

• E’ la principale raccolta di informazioni per sostanze organiche e inorganiche

• Più di 28 milioni di reazioni single- e multi-step e oltre 16 mil. di preparazioni

• 2 bilioni di proprietà sperimentali studiate

I database CAS

• CAplus >33 mil. documenti (in magg. articoli e brevetti) dal 1907 ad oggi + oltre 20 milioni di articoli da Medline (National Library of Medicine)

• CAS Registry >56 mil. di sostante organiche e inorganiche; oltre 60 mil. di biosequenze

• CASReact >43 mil. di reazioni (tra reazioni e preparazioni). Evidenziate le condizioni della reazione dal 2003

• ChemList >275 mila prodotti classificati• ChemCats >44 mil. di prodotti commerciali

disponibili tramite liste di fornitori e altro

Copertura disciplinare -1SciFinder Scholar è la maggiore base di dati di letteraturae documentazione di ambito chimico e biochimico.

Settori disciplinari:

• Chimica• Biologia• Agraria• Scienza dell’alimentazione• Medicina• Geologia• Ingegneria chimica• Scienze dei materiali• Fisica

Copertura disciplinare -2

Settori maggiormente rappresentati:

• biochimica• chimica organica• chimica macromolecolare• chimica applicata e ingegneria chimica• chimica-fisica, chimica inorganica e analitica

Caratteristiche

• SciFinder è strutturato in modo da aggregare in un’unica risorsa banche dati di diverse tipologie:

• Banche dati bibliografiche: Caplus e Medline

• Banche dati fattuali: CasReact, CasRegistry, ChemCats, ChemList

CAplus contiene brevetti e riferimenti di articoli di periodici riguardanti:

Tutti i settori della biochimica Tutti i settori della chimica applicata

Tutti i settori della chimica organica Tutti i settori della chimica macromolecolare

Tutti i settori della chimica fisica, inorganica, analitica

Inquinamento atmosfericoCeramiche

Oli essenziali, cosmeticiCombustibili fossili

Metalli ferrosi, leghe

Regolatori agrochimiciGenetica biochimica

FermentazioneImmunochimicaFarmacologia

AminoacidiBiomolecoleCarboidrati

Composti organometalliciSteroidi

Cellulosa, lignina, cartaRivestimenti

Tinture, pigmenti organiciElastomeri sintetici

Tessili, fibre

Chimica delle superficiCatalisi

Equilibrio di faseFenomeni nucleari

Elettrochimica

Aggiornamento

• 3.000 nuovi brevetti e riferimenti di articoli (al giorno)

• 12 mila nuove sostanze (al giorno)

• 30-50 mila reazioni single- e multi-step (a settimana)

• I riferimenti dei brevetti provenienti dalle 7 maggiori autorità che rilasciano brevetti entrano in SFS nei 2 giorni successivi al rilascio

CAS RegistryE’ il cuore di SFS:

• Contiene più di 56 milioni di sostanze, organiche ed inorganiche

• Raccoglie informazioni riguardanti le più diverse tipologie di sostanze riportate nella letteratura scientifica nel corso degli anni

• Leghe, compositi, minerali, misture, polimeri, sali, e oltre 62 milioni di sequenze

• E’ la maggiore collezione al mondo di informazioni su sostanze organiche e inorganiche, censite attraverso la letteratura scientifica dal 1957 ad oggi

CASReact

• Casreact consente di comprendere come agiscono le reazioni

• Permette di creare, modificare e variare le reazioni assegnando e riassegnando i ruoli specifici (reattivo, reagente, prodotto, catalisi, solventi) alle strutture in questione

• Permette di analizzare differenti reazioni per ottenere lo stesso prodotto, uso o applicazione

• Consente di trovare informazioni riguardanti condizioni di reazione, prodotti e catalizzanti

Come trovare informazioni su una reazione

• Disegnare le strutture delle sostanze coinvolte• Definire i ruoli di ciascun attore• Cliccare Get Reactions

• In alternativa è possibile iniziare la ricerca con uno dei criteri elencati in basso, quindi definire i ruoli e poi cliccare Get Reactions

Ricercando per:• Struttura chimica• Numero del CAS Registry• Nome della sostanza (nome commerciale o sinonimi)• Formula molecolare

ChemList : Regulated chemicalinformation

• Permette di conoscere se una sostanza è regolamentata e da quale organismo.

• Permette di rintracciare rapidamente l’informazione regolamentare poiché il riferimento di ogni sostanza fornisce i nomi di tutti gli organismi internazionali, nazionali, e stataliche regolano quella sostanza.

E’ possibile ottenere lo status normativo di una sostanzainiziando la consultazione con uno dei seguenti termini:

• Struttura chimica• Numero del CAS Registry• Nome della sostanza (nome commerciale o sinonimi)• Formula molecolare

ChemCats

• Consente di trovare informazioni sulle sostanze disponibili in commercio, su fornitori, stime di prezzi, condizioni di spedizione e informazioni sulla sicurezza delle sostanze.

• Una volta individuata la sostanza (tramite il file Registry) si accede alle info di cui sopra.

I brevetti in SFS

• In SFS è ricercabile molta letteratura brevettuale ed è prevista un maschera dedicata a questo tipo di ricerca (è anche possibile filtrare la ricerca solo per questo tipo di documenti)

• Per i brevetti indicizzati è generalmente previsto un abstract (in inglese)

Research Topic

‘Candidates’ e struttura del record bibliografico

Filtri

Candidates

RiferimentiBibliografici

associati

Tra richiamo e precisione…

Rapporto richiamo/precisione

Schema dell’ IR:

GR = doc. pertinenti recuperati / tot. doc. pertinenti

GP = doc. pertinenti recuperati / tot. doc.recuperati

Principi generali

Operatori logici, concetti e candidati

Ridley D., Information retrieval : SciFinder and SciFinder ScholarChichester, Wiley, 2002, pp.186-190.

Ne discende che:

Esempio

Concetto unico

Considerazioni -1• Consente l’uso del linguaggio naturale• Uso consapevole degli operatori logici, sconsigliato AND• Parole non separate da preposizioni o congiunzioni sono

considerate come un ‘concetto singolo’• Troncamento automatico della parola• Estende automaticamente la ricerca a sinonimi, abbreviazioni,

acronimi (hiv o human immunodef. …), forme varianti, troncamenti, stemming (parole che hanno la stessa radice linguistica). Per Cancer genera: neoplasm, carcinoma, tumor, tumour, carcinosarcoma.

• Risolve il misspelling (tra inglese e americano) e gli equivalenti scientifici di termini comuni 'Northern white cedar‘ genera 'Thujaoccidentalis‘

• Sinonimi e acronimi di una parola possono comunque essere inseriti nella query ma devono essere indicati tra parentesi dopo la parola (fino a 3 sinonimi, separati da virgole) Esempio: 'paints (coatings) which are fire retardant (flame resistant, intumescent)'

Considerazioni -2

• SFS cerca i concetti in: titolo, abstract, termini di indicizzazione (suddivisi per concetti e sostanze) e propone una lista di ‘candidati’, analizzando le relazioni tra i concetti espressi nel research topic

• L’espressione ‘closely associated’ significa che tutti i concetti stanno di solito nel titolo, nella stessa frase dell’abstract o nello stesso campo intestazione dei termini dell’indice (>precisione)

• Invece ‘anywhere in the reference’ indica che i concetti sono presenti ovunque ma separati (>richiamo)

• As entered indica la frase esatta (es.: nanotechnologyfor drug design). Attenzione: questo set di candidati non considera i termini generati dal dizionario (algoritmo) di SFS

Explore references

Struttura del riferimento bibliografico

Numero cronologicodi registrazione nella b/d

Struttura del record -1

Articolo appena inserito manca l’apparato di

indicizzazione con i termini collegati e linkabili (max 1

mese)

Per navigare usare i breadcrumbs

Struttura del record -2

A ogni sostanza

corrisponde un CAS RN

Index term e descrizione

Il CAS Registry Number• Una sostanza può avere numerosi sinonimi (nomi comuni,

nomi commerciali, lingue diverse: anidride carbonica, biossido di carbonio, diossido di carbonio, CO2, carbon dioxide, dioxidocarbon, carbonic acid gas, carbonic anhydride, carbonic oxide, carbon oxide)ma avrà sempre un unico RN ( 124-38-9), che identifica univocamente la sostanza

• Se di una sostanza si conosce solo il RN si può risalire alla descrizione completa, contenente la formula molecolare, la nomenclatura, i riferimenti bibliografici dei documenti presentinel database che citano la sostanza.

• I RN sono stati adottati da molte pubblicazioni (incluse altre banche dati)

• Sono reperibili in cataloghi commerciali (Sigma-Aldrich), nel Merck Index, negli Handbook of Chemistry and Physics, nei Dictionary dei composti.

CAS number

CurcuminaCAS number

La scheda della sostanza

Formula bruta Nome chimico

Struttura dellamolecola

Riferimenti

Raffinare con ‘categorize’

Scegliere nel Thesauro

Non funziona oltre i 15 mila riferimenti

Effetti

Sostanze studiate nell’articolo

Importanza del RN

Brevetti

Structure Search

Disegnare la molecola

L’editor grafico

Per utilizzarel’editor bisogna

Installare ilsoftware java

Importare il disegno nel Query draw

Dalla sostanza (struttura) alle reazioni

Cerco il p-dichlorobenzene prodotto di una reazione

Diversa sostanza di partenza

resa

Tools

Salvare, esportare, memorizzare i risultati, creare un profilo

Salvare

Dalla pagina con i riferimenti bibliograficiottenuti:• Selezionare i riferimenti che vogliamo

siano salvati nel server di SciFinder• Cliccare Save• Se non è stato selezionato alcun risultato

sarà salvato l’intero set di riferimenti.• Per recuperare il set di riferimenti salvati

cliccare sulla stringa Saved answer sets

Esportare

Dalla pagina con i riferimenti bibliograficiottenuti:• Selezionare i riferimenti che si desidera

esportare sul proprio pc• Cliccare Export• Se non è stato selezionato alcun

riferimento, sarà esportato l’intero set• Indicare il titolo, il tipo e il formato del file

ATTENZIONE: Per esportare le proprietà delle sostanze scegliere il formato excel (*.xls), per riferimenti *.pdf

Memorizzare

• Le strategie di ricerca e le risposte del sistema sono salvate nella history (home-page)

• E’ possibile esportare le session historyprecedenti, che saranno salvate in RichText Format (*.rtf)

Alert con Keep me posted

Durata:un anno

Funzionalità di KMP

• La query sarà eseguita automaticamente (ogni mese/settimana) e recupererà tutti i nuovi riferimenti immessi nel database che soddisfino i criteri di ricerca.

• L’utente riceverà un avviso sulla propria casella di posta elettronica : nella e-mail i primi 5 risultati saranno linkati alla pagina dell’articolo su SciFinder e leggibili direttamente.

Principali caratteristiche di SciFinder

• Ampia copertura temporale (inizio ‘900)• Milioni di documenti indicizzati da periodici, brevetti, conf. proceedings,

dissertations, monografie• Sostanze e strutture chimiche che compaiono nei documenti diventano

entità ricercabili• Ha un’interfaccia in linguaggio naturale (che non richiede l’uso di linguaggio

controllato, o thesauro, non richiede l’uso di operatori booleani, che èmeglio utilizzare solo in casi precisi). La rete di relazioni tra le entità ècreata attraverso l’apparato di indicizzazione della b/d (circa 200 mila intestazioni principali nel Subject Index Headings)

• Si avvale di due sistemi di indicizzazione diversi (per CA il CA Lexicon, per Medline Mesh)

• Analyze by Index Term e Categorize aiutano il ricercatore a migliorare la ricerca (e il set di risultati iniziale) in progress

• Ha strumenti potenti per analizzare e raffinare automaticamente la ricerca• Consente la ricerca per citazione• Aggiornamento quotidiano• Ricerca testuale e grafica (per struttura e sottostruttura)

Contenti che sia finito?

Gustavo FilippucciBiblioteca del Dipartimento di Chimica “G. Ciamician”

filippucci@cib.unibo.it

http://www.chimica.unibo.it/Chimica/Biblioteca/default.htm