recherche documentaire en médecine
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La recherche documentaire en médecine sur l’Internet
Philippe EveillardMSA - Bagnolet
19 et 20 mai 2008
Programme de la formation
Les moteurs de recherche – GoogleLangage, syntaxe, ressources.Exercices avec Google.Google Scholar : caractéristiques et exercices.
Les répertoires médicaux – CISMeFLangage, syntaxe, ressources.Exercices avec le module Terinologie.Exercices avec le module de recherche avancée.
MEDLINE/PubMedMEDLINE (banque de données) et PubMed (interface).Le langage MeSH – L’affiliation descripteur/qualificatif.Les champs – l’explosion – la pondération.La formulation des débutants (Limits)La formulation des experts (« linéaire »)Les filtres – le coffre-fort My NCBI
Les moteurs de recherche – Google – le langage
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Le langage des moteurs de recherche (et de Google) est le langage courant = votre langage
Dans Google, comparer les réponses obtenues dans la première page de résultat avec les requêtes :Polyarthrite chronique évolutivePolyarthrite rhumatoïde
CommentairesChacune des 2 requêtes affiche des notices différentes.Un outil de recherche comme Google ne prend pas en compte les synonymies, mais uniquement une chaîne de caractères (y compris les fautes d’orthographe et les erreurs de saisie).
Les moteurs de recherche – Google – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
La syntaxe est élémentaire+++ et se résume à :
mettre des guillemets pour les mots composés et les expressions
remplacer l’opérateur AND par un espace
ExemplesRéanimation « arrêt cardiaque »Recommandations « traitement de l’hépatite C »« Diagnostic clinique » appendicite« Hémorragie méningée » « examen TDM »
Les moteurs de recherche – Google – la syntaxe – exemple
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Rechercher des documents sur le traitement de l’insuffisance cardiaque par les bêta-bloquants
CommentaireVous obtenez un résultat différent si :-les guillemets de sont pas mis en place ;- bêta-bloquant est au singulier ou au pluriel
Bêta-bloquants « insuffisance cardiaque »
Les moteurs de recherche – Google – les ressources
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Analyser la première page de résultat de la requête bêta-bloquants « insuffisance cardiaque ».Distinguer parmi les résultats les documents et les articles.
CommentaireGoogle recense principalement des documents de la Toile et plus rarement des articles de la presse médicale.Ces derniers sont plus volontiers hébergés dans les banques de données bibliographiques type Google Scholar ou MEDLINE.
Les moteurs de recherche – Google – exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Rechercher des documents sur le traitement chirurgical du syndrome du canal carpien.
CommentairesLes résultats diffèrent selon la formulation de la requête :« traitement chirurgical » « syndrome du canal carpien »« traitement chirurgical du syndrome du canal carpien »« traitement chirurgical » « canal carpien »Chirurgie « canal carpien »« chirurgie du canal carpien »
Les moteurs de recherche – Google – exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Rechercher des documents sur la ventilation non invasive dans les décompensations aiguës de l’insuffisance respiratoire chronique
CommentairesL’interrogation de Google sur un thème médical est d’autant plus performante et adéquate qu’elle est faite dans un langage médical.
« ventilation non invasive » décompensation « insuffisance respiratoire chronique »
Les moteurs de recherche – Google – exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Rechercher des documents sur l’estimation des dépenses de prévention en France.Commenter les résultats.
CommentairesDans Google, les requêtes médico-administratives ou médico-économiques obtiennent plus souvent des réponses satisfaisantes que les requêtes spécifiquement médicales
estimation« dépenses de prévention »
Les moteurs de recherche – Google Scholar – définition
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Google Scolar est l’interface de recherche d’une banque de données bibliographiques dont le « fonds » reste indéfini.
Documents +++
Articles+
Articles+++Livres +
Google Scholar
Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ?
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Utile ?OUI, sous réserve : de l’utiliser comme un « coup de sonde » sur un thème de sélectionner les articles récents.
En termes de « précision de la requête », Google Scholar est nettement moins performant que MEDLINE (PubMed) (voir les 2 diapositives suivantes)
Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ? – exemple
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Dans MEDLINE/PubMed, l’équation :Evidence-Based Medicine [mh] AND Internet [mh]affiche 610 notices (le 17 mai 2008).
Le bordereau d’indexation de la première notice comprend 18 descripteurs MeSH.C’est dans ce bordereau d’indexation qu’ont été recherchés les descripteurs Evidence-Based Medicine et Internet.
Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ? – exemple
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Dans Google Scholar, l’équation :« Evidence-Based Medicine » Internetaffiche 16 700 notices (le 17 mai 2008).
Le premier des documents récents récents est un article de Trisha Greenhalgh.Les mots evidence-based medicine et Internet sont recherchés dans l’ensemble de l’article comme le montre l’extrait ci-contre
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Langage de CISMeF = langage MeSH
Comparer les résultats obtenus en interrogeant CISMeF avec : PR Polyarthrite rhumatoïde Polyarthrite chronique évolutive
Polyarthrite rhumatoïde est un mot clé (descripteur) du langage MeSH (en version française).Il a pour synonyme PR et polyarthrite rhumatoïde.Une requête dans CISMeF donne sensiblement les mêmes résultats quand un descripteur ou ses synonymes sont utilisés.
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les termes (descripteurs) du langage MeSH appartiennent à un thésaurus dont les particularités sont : d’avoir une structure arborescente (les termes ont entre eux des relations hiérarchiques) de rassembler des termes non ambigus (un descripteur = un concept et un seul)
MeSH 2008 24 767 descripteurs16 branches maîtresses (dans l’arborescence)
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
La structure arborescente du MeSH
Dans le module terminologie de CISMeF :- entrer « asthme » dans la fenêtre recherche- cliquer sur OK- sélectionner l’onglet « navigation », ce qui affiche le descripteur asthme dans son arborescence.
« asthme » dans la fenêtre « recherche »
L’arborescence du descripteur avec ses
relations hiérarchiques (de niveau supérieur et
de niveau inférieur)
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
La traduction du langage courant en langage MeSH (VF)
1. Entrer le mot clé « décomposé »
(bloquant pour bêta bloquant) dans la
fenêtre2. Ne pas cocher la
case « sans troncature
3. Sélectionner le « bon » descripteur
dans le cadre « réponse »
Confirmation de la sélection
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage - exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Exercices de traduction langage courant – langage MeSH (VF)
Traduire :
• embolie pulmonaire
• maladie de Kahler
• ostéochondrite de hanche
• anti-TNF alpha
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage - exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices de traduction langage courant – langage MeSH (VF)
• embolie pulmonaire embolie embolie pulmonaire
• maladie de Kahler Kahler myélome multiple
• ostéochondrite de hanche ostéochondrite maladie de Legg-Calvé-Perthes
• anti-TNF alpha TNF-alpha Facteur de nécrose tumorale-alpha (pour « anti », ajouter un qualificatif… voir plus loin)
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
L’affiliation descripteur/qualificatif +++
Des qualificatifs peuvent s’affilier (se marier) aux descripteurs si (et seulement si) ils ont entre eux des « affinités* ».
Qualificatif = terme qui précise le sens d’un descripteur.
MeSH 2008 :83 qualificatifs
Exemples :Asthme/diagnosticArthrose/complicationsAnalgésiques/effets indésirables
* Affinités
Certains qualificatifs s’affilient : - aux maladies, - d’autres aux médicaments, - d’autres encore aux investigations diagnostiques ou aux protocoles thérapeutiques…
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
L’affiliation descripteur/qualificatif +++Exemple : épidémiologie de la polyarthrite rhumatoïde
1. Entrée de polyarthrite
dans la fenêtre
2. Sélection de polyarthrite
rhumatoïde dans le cadre de
réponse
3. Sélection de épidémiologie dans la page « accès aux ressources »
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation - exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Exercices sur l’affiliation descripteur/qualificatif
Traduire en affiliation descripteur/qualificatif :
• les complications de la sarcoïdose
• la chirurgie du cancer du pancréas
• le régime de la maladie de Crohn
• les indications des bêta-bloquants
Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation - exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices sur l’affiliation descripteur/qualificatif
• les complications de la sarcoïdose sarcoïdose sarcoïdose sarcoïdose/complications
• la chirurgie du cancer du pancréas pancréas tumeurs du pancréas tumeurs du pancréas/chirurgie
• le régime de la maladie de Crohn Crohn maladie de Crohn maladie de Crohn/diétothérapie
• les indications des bêta-bloquants bloquant antagonistes beta-adrénergiques antagonistes beta-adrénergiques/usage thérapeutique
Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
La requête dans CISMeF
Simple si réduite à une affiliation descripteur/qualificatif : recours au module Terminologieexemples : complications de l’hépatite C ; contre-indications des anti-émétiques…
Plus complexe si l’équation comporte plusieurs membres : recours au module de recherche avancéeexemples : traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguë ; indications des IEC dans l’hypertension…
Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Le débit expiratoire de pointe dans le diagnostic de l’asthme de l’enfant
La recherche se fait dans le module de recherche avancée
Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Exercices sur les requêtes dans CISMeF
Rechercher :
• les recommandations sur le traitement de la maladie de Parkinson
• les causes rénales de l’hypertension artérielle
• le traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguë
• les effets secondaires des antiviraux dans le traitement de l’hépatite C
Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices sur les requêtes dans CISMeF
• les recommandations sur le traitement de la maladie de Parkinsonmaladie de Parkinson – thérapie – recommandation pour la pratique clinique
• les causes rénales de l’hypertension artériellemaladies du rein – étiologie - hypertension
• le traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguëotite moyenne suppurée – traitement médicamenteux - antibactériens
• les effets secondaires des antiviraux dans le traitement de l’hépatite Bantiviraux – effets indésirables – hépatite B
MEDLINE/PubMed
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
MEDLINE = banque de données bibliographiques• 1966• National Library of Medicine• > 17 millions de notices
PubMed = interface d’interrogation• en accès libre• évolutive
MEDLINE/PubMed – le langage
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Thésaurus MeSH
Descripteurs Qualificatifs Affiliation descripteur/qualificatif
Identique aux descripteurs et qualificatifs de CISMeF, mais en version « originale » (anglaise)
MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
La traduction des mots clés du langage courant en descripteurs MeSH en version originale fait appel au module Terminologie de CISMeF
1. Le mot clé dans la fenêtre recherche
2. La traduction du mot clé en
descripteur MeSH (version française)
3. Le descripteur en version originale
MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs - exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Rechercher les descripteurs (version originale) correspondant à :
- thrombose veineuse
- sarcoïdose pulmonaire
- hémorragie méningée
- antiviraux
- laxatifs
MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs – exercices - corrigés
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices sur les descripteurs
- thrombose veineuse thrombose thrombose veineuse venous thrombosis
- sarcoïdose pulmonaire sarcoïdose sarcoïdose pulmonaire Sarcoidosis, pulmonary
- hémorragie méningée méningée hémorragie méningée subarachnoid hemorrhage
- antiviraux antiviraux antiviral agents
- laxatifs laxatifs laxatives
MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Le mot clé du langage
courant
Le descripteur (version originale)
Les qualificatifs du descripteur « bronchitis »
MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation – exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Formuler les affiliations descripteur/qualificatif suivantes :
• diagnostic de la bronchite chronique
• complications du syndrome de Brugada
• effets indésirables des bêta-2-mimétiques
• méthode de prévision de la date d’ovulation
• physiologie de la préménopause
MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation – exercices - corrigés
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices sur les affiliations descripteur/qualificatif
• diagnostic de la bronchite chronique bronchite bronchite chronique bronchitis, chronic bronchitis, chronic/DI
• complications du syndrome de Brugada Brugada syndrome de Brugada Brugada Syndrome Brugada Syndrome/CO
• effets indésirables des bêta-2-mimétiques mimétique agonistes bêta-adrénergiques adrenergic beta-agonists adrenergic beta-agonists/AE
• méthode de prévision de la date d’ovulation prévision prévision de la date d’ovulation ovulation prediction ovulation prediction/MT
• physiologie de la préménopause préménopause premenopause premenopause/PH
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les champs
Entrer dans la fenêtre d’interrogation de PubMed le mot clé french.Successivement, faire suivre ce mot clé des indications : [la] ; [au] ; [ti] ; [tw] et noter à chaque fois le nombre de notices affichées
Les champs indiquent :- la nature d’un mot clé (descripteur, auteur, type de publication, date de publication…)- ou la localisation d’un mot clé (mot du titre, mot du titre ou du résumé, mot du bordereau d’indexation)
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les champs
Les 10 champs (sur 40) les plus fréquemment utilisés par les cliniciens :
Nature[mh] (descripteur) ; [majr] (descripteur majeur) ; [au] (auteur) ; [pt] (type de publication) ; [ta] (titre de périodique) ; [dp] (date de publication) ; [la] (langue)
Localisation[ti] (mot du titre) ; [tiab] (mot du titre ou du résumé) ; [tw] (mot du bordereau d’indexation)
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les opérateurs booléens sont : AND, OR, NOT relient entre eux les membres de l’équation sont saisis en lettres capitales
AND « croise » OR « unit » NOT « exclut »
Règle : les mots clés qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les types de publication sont une cinquantaine ont comme champ [pt]
Les plus fréquemment utilisés par les cliniciens sont :
• Review +++• Clinical Trial• Randomized Controlled Trial• Meta-Analysis• Practice Guideline• Editorial• Letter
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
La pondération
Entrer dans la fenêtre d’interrogation Arthritis, Rheumatoid/EP [majr].Cocher la case de la 1ère notice.Dérouler le menu « summary » jusqu’à « citation ».Vous affichez ainsi le bordereau d’indexation de cette notice.Vous constatez que l’affiliation descripteur/qualificatif a un astérisque
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
L’explosion – la non explosion
• Entrer dans la fenêtre d’interrogation Arthritis, Rheumatoid/EP.Cliquer sur OK.Noter le nombre de notices affichées.
• Entrer Arthritis, Rheumatoid/EP [mh:noexp]. Cliquer sur OK.Noter le nombre de notices affichées.
Dans PubMed, l’explosion (l’extension de la requête aux descripteurs de niveau hiérarchique inférieur) se produit par défaut. Pour qu’elle ne se produise pas, vous devez l’indiquer sous la forme [mh:noexp] ou [majr:noexp]
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les dates – les classes d’âge
Les dates
2006-20082006/05:2008/052006/05/18:2008/05/18
Les classes d’âge
Adult [mh] NOT (Adolescent [mh] OR Child [mh])
MEDLINE/PubMed – la syntaxe
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
La formulation linéaire
Il y a 6 façons de faire une requête dans PubMed : Directement dans la fenêtre d’interrogation (formulation linéaire)+++ En sollicitant la fonction Limits En sollicitant la fonction Preview/Index En sollicitant la fonction History En passant par la MeSH Database En passant par les Clinical Queries
Conseil : oubliez 5 des 6 façons et conservez celle qui est la plus performante car c’est celle qui vous permet d’exercer le meilleur contrôle sur votre requête (la formulation linéaire)
MEDLINE/PubMed – la syntaxe – exercices
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Exercices sur la syntaxe
Rechercher :• les mises au point (review) sur les complication des varices oesophagiennes• des publications sur le retentissement sur la croissance des corticoïdes inhalés• des publications à l’exception des lettres à l’éditeur et des éditoriaux sur les indications des progestatifs dans la préménopause• les essais cliniques randomisés publiés au cours des 3 dernières années sur le traitement de la douleur par des méthodes alternatives • les publications en libre accès publiées en 2006 et 2007 sur la chirurgie de l’ostéochondrite de hanche• les mises au point publiées en langue française depuis le 1er janvier 2005 sur le traitement hormonal substitutif de la ménopause• des publications sur les indications des progestatifs dans la contraception de l’adolescente• des publications sur l’épidémiologie des gastroentérites
MEDLINE/PubMed – la syntaxe – exercices – corrigé
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices sur la syntaxe
Oesophageal and Gastric Varices/CO AND review [pt]•Growth/DE AND Adrenal Cortex Hormones/TU AND Administration, Inhalation [mh]• Premenopause [mh] AND Progestins/TU NOT (letter [pt] OR editorial [pt])• Pain/TH AND Complementary Therapies [mh] AND randomized controlled trial [pt] AND 2005/05/20:2008/05/20 [dp]• Legg-Perthes Disease/SU AND Free full text [filter] AND 2006:2007 [dp]• Hormone Replacement Therapy/TU AND Menopause [mh] AND review [pt] AND french [la] AND 2005:2008 [dp]• Progestins/TU AND Contraceptive Agents, Female/AD AND Adolescent [mh] NOT Adult [mh]• Gastroenteritis/EP [mh:noexp]
MEDLINE/PubMed – les filtres
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les filtres « evidence-based »
Entrer Venous Thrombosis/US dans la fenêtre d’interrogation des Clinical QueriesSélectionner Diagnosis et narrow, specific search(recherche des documents sur la valeur diagnostique de l’échographie dans la thrombose veineuse)
MEDLINE/PubMed – les filtres
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Les filtres « données validées »
Associer à l’affiliation descripteur/qualificatif Chlamydia Infection/PC les 3 « filtres » Free Full Text, Core Clinical Journals, Systematic.
L’association des 3 filtres (Core Clinical Journals, Free Full Text, Systematic) affiche des documents dont le contenu a de grandes chances d’être « validé » (et en cas de doute, la possibilité de contrôler cette validité est donnée par le free full text).
MEDLINE/PubMed – My NCBI
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Le coffre-fort de notices
Dans la page de résultat de la précédente équation :- cocher la première notice- sélectionner collections dans le menu déroulant send to- renseigner le cadre qui s’affiche
My NCBI « collections » est la bibliothèque de notices du clinicien
MEDLINE/PubMed – My NCBI
Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008
Le coffre-fort d’équations
A partir de la précédente équation :- cliquer sur « save search » (dans le prolongement de la fenêtre d’interrogation)- renseigner le cadre qui s’affiche (soit dans le sens « pull » je fais la veille », soit dans le sens « push » je reçois la veille)
Le coffre fort d’équations est une des 2 façons de faire de la veille bibliographique dans MEDLINE, l’autre étant « d’accrocher » un flux RSS à une équation.