recherche dans pubmed bibliothèque des sciences de la santé sep 2011
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Recherche dans PubMed
Bibliothèque des sciences de la santéSep 2011
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SURVOL
• Qu’est ce que PubMed• Accès• Stratégie de recherche• Opérateurs logiques• Recherche intuitive• Les termes MeSH – quoi, pourquoi (Medical Subject
Headings)• Le processus de recherche
– Identifier les MeSH – concept 1– Renvoi– Personnaliser la recherche– Résultats, concept 1– Réitérer le processus. Concepts 2, 3
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SURVOL – suite et fin
• Résultats concept 3 et consultation de l’historique de la recherche
• Combinez vos résultats• Limitez votre recherche• Repérez les références non-indexées• Visionnez vos résultats• Gérez vos références• Sauvegarde des références dans RefWorks• My NCBI : Sauvegarde des recherches• Aide exhaustive• Des questions?
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Qu’est-ce que PubMed?
• Plus de 20 millions de références bibliographiques à des articles de périodiques
• Produite par la National Library of Medicine (NLM), U.S.• Plus de 5500 périodiques indexés dans Medline• Contenu international (75% anglais)• 1950-présent• + références non indexées dans Medline• Détails du contenu:
http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/dif_med_pub.html
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Accès
Page d’accueil de la Bibliothèque des sciences de la santé:
http://www.biblio.uottawa.ca/html/HomePage?node=rgn&lang=fr Ressources principales à la page d’accueil Liste A-Z des bases de données Pages Trouver des articles de nos Libguides
Pubmed.gov : disponible gratuitement sur Internet ATTENTION: si vous ne passez pas par nos pages Web, les
liens vers les textes intégraux des articles de périodiques auxquels nous sommes abonnées pourraient ne pas fonctionner.
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Stratégie de recherche
Énoncé de recherche:Mme Smith, une patiente âgée de 50 ans, se demande si le cancer du sein peut être prévenu grâce aux vitamines ou aux suppléments
nutritionnels. Concepts clés:1. Cancer du sein
Prévention2. Vitamines3. Suppléments nutritionnels
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Stratégie de recherche:relations entre les concepts
Concept 1: cancer du sein
ET
prévention (un aspect du concept 1)
ET
(Concept 2: vitamines OU Concept 3: suppléments nutritionnels)
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Opérateurs logiques
• ET (AND)– Relie 2 ou plusieurs idées différentes. Permet de réduire votre
repérage.
• OU (OR)– Relie 2 ou plusieurs synonymes ou termes connexes. Permet
d’élargir votre repérage.
• NON, parfois appelé SAUF (NOT)– élimine les idées ou concepts non désirés. Réduit le repérage.
Utiliser avec prudence.
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Recherche intuitive
• Facile, rapide• Exige une connaissance minimale des opérateurs logiques• Le système fait tout le travail (renvois aux termes appropriés)• Repérage maximum• Précision laisse à désirer
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Exemples de recherche intuitive
Syntaxe et termes différents amènent des résultats différents
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Les termes MeSH: quoi, pourquoi ?
• MeSH=Medical Subject Headings -descripteurs sujets uniformisés provenant d’un thésaurus de termes médicaux
• Couvrent généralement plusieurs synonymes (« Entry terms ») ou termes plus spécifiques
• Permettent de réduire ou d’étendre la recherche du sujet selon l’emploi – ou non de la la fonction sujet principal (major topic)
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Les termes MeSH – quoi, pourquoi (suite)
• Permettent de réduire l’étendue du sujet en les combinant avec les qualificatifs (subheadings) désignant des aspects spécifiques - ex. : Breast Neoplasms – prevention & control
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Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein
Choisir la base de données MeSH
Cliquer sur Search
Saisir le terme recherché
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Renvoi au MeSH (mapping)
Cliquer sur le MeSH
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Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche
Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »
Cliquer sur Search PubMed
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Résultats de la recherche – 1er concept
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Recherche du 2ème concept: vitamines
1.Cochez tous les termes pertinents.2.Ajoutez au Search builder3.Combinez avec le OR (OU)4.Cliquez sur Search
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Résultats, 2ème concept
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Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels
1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH2. Add to search builder 3. Search PubMed
On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements
Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search
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Résultats, 3ème concept
Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir l’historique de la recherche
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Historique de la recherche et combinaisons logiques
Faites un clic gauche sur un numéro d’ensemble, puis sur l’opérateur (OR ou AND) puis sur le 2ème ensemble, et encore sur le même opérateur. Dans cette recherche, commencez par combiner « vitamines » OR « suppléments nutritionnels ».
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Combinaison / OR (concepts 2 et 3)
Votre combinaison apparaît maintenant à la case de recherche. Cliquez sur Search pour effectuer la recherche.
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Résultat du OR et retour à l’historique de recherche
Cliquez
Historique de recherche enrichie d’un ensemble
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Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein
Choisir la base de données MeSH
Cliquer sur Search
Saisir le terme recherché
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Renvoi au MeSH (mapping)
Cliquer sur le MeSH
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Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche
Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »
Cliquer sur Search PubMed
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Résultats de la recherche – 1er concept
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Recherche du 2ème concept: vitamines
1.Cochez tous les termes pertinents.2.Ajoutez au Search builder3.Combinez avec le OR (OU)4.Cliquez sur Search
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Résultats, 2ème concept
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Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels
1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH2. Add to search builder 3. Search PubMed
On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements
Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search
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Résultats, 3ème concept
Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir l’historique de la recherche
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Résultat du OR et retour à l’historique de recherche
Cliquez
Historique de recherche enrichie d’un ensemble
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Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)
Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.
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Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)
Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.
![Page 35: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/35.jpg)
Renvoi au MeSH (mapping)
Cliquer sur le MeSH
![Page 36: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/36.jpg)
Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche
Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »
Cliquer sur Search PubMed
![Page 37: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/37.jpg)
Résultats de la recherche – 1er concept
![Page 38: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/38.jpg)
Recherche du 2ème concept: vitamines
1.Cochez tous les termes pertinents.2.Ajoutez au Search builder3.Combinez avec le OR (OU)4.Cliquez sur Search
![Page 39: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/39.jpg)
Résultats, 2ème concept
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Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels
1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH2. Add to search builder 3. Search PubMed
On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements
Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search
![Page 41: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/41.jpg)
Résultats, 3ème concept
Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir l’historique de la recherche
![Page 42: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/42.jpg)
Résultat du OR et retour à l’historique de recherche
Cliquez
Historique de recherche enrichie d’un ensemble
![Page 43: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/43.jpg)
Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)
Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.
![Page 44: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/44.jpg)
Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)
Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.
![Page 45: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/45.jpg)
Vos résultats: concept 1 ET (c2 OU c3)
Cliquez pour limiter vos résultats
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Critères de limite
Choisissez une ou plusieurs valeurs pour chaque critère désiré, puis cliquez sur Search
![Page 47: Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022062511/551d9da5497959293b8d5dd4/html5/thumbnails/47.jpg)
Votre résultat limité
N’oubliez pas que les limites demeurent actives pour toute la session, à moins que vous les enleviez (clic sur Remove).
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Repérez les références les plus récentes - non-indexées
• Utilisez tous les synonymes possibles (pas de MeSH)• Utilisez les parenthèses pour regrouper les concepts unis pr un OU, et
les opérateurs logiques pertinents.
Breast AND (cancer* OR carcinoma* OR neoplasm* OR tumor*) AND
prevent* AND
(Vitamin* OR ((nutrition* OR dietary) AND supplement*))
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Stratégie « mots texte » pour chacun des concepts
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Combinaisons des ensembles
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Limites
Temps
N.B.: On recommande de limiter aux 180 derniers jours puisque le temps moyen d’indexation des références est de 3 à 6 mois.
N’utilisez pas d’autres limites puisque celles-ci utilisent des MeSH et les références non-indexées n’en contiennent pas encore.
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Repérez les références non-indexées (suite)
In process=en traitement. La référence n’a pas encore de MeSH.
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Votre stratégie de recherche élargie
Vous pouvez maintenant combiner #7 OR #22 de manière à inclure les références indexées (22) et les références non indexées (7) dans vos résultats.
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Visionnez vos résultats – configuration de l’affichage
• Choisissez le format Abstract pour voir le bouton , les MeSH et les résumés
• Choisissez le format MEDLINE si vous exportez à un gestionnaire bibliographique
Choisissez le nombre de références affichées par page – suffisamment pour voir votre ensemble au complet – ex.: 50 si vous avez 33 références.
Choisissez Abstract pour voir le bouton GetIt et les MeSH – Choisissez le format MEDLINE pour envoyer les références dans RefWorks.
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Résultat final
Le résultat final comprend des références indexées et des références en cours de traitement (« In process »)
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Gérez vos références
Configuration de l’affichage
Actions : courriel, sauvegarde
Sélectionner les références. Si aucune référence n’est sélectionnée, l’ensemble complet sera inclus dans la prochaine action
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Configurez l’affichage (display)
MEDLINE pour sauvegarde dans RefWorks. Abstract pour voir le bouton et les MeSH.
Affichez suffisamment de références pour voir vos résultats au complet – par ex., 50 si vous avez 33 références.
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Références en format MEDLINE
Cliquez sur Firefox, Save page as, sauvegardez votre fichier en format .txt
N.B.: avec IE, il faut d’abord cliquer sur Page, puis Save as
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Sauvegarde dans RefWorks: ouvrir RefWorks à partir de la page d’accueil de la Bibliothèque
Ouvrir RefWorks
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Aide exhaustive (en anglais seulement)
• Le fichier d’aide de PubMed :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html • PubMed FAQ :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/faq.html
• Tutoriel interactif sur PubMed :
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html
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