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Rapport annuel d'activité, année 2016
Laboratoire National de Référence
Résistance antimicrobienne
Nom du responsable du LNR
Agnès Perrin
Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms
des laboratoires associés au LNR
Anses, Laboratoire de Fougères ; Anses, Laboratoire de sécurité des aliments, site de
Maisons-Alfort ; Anses, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms des
unités associées au LNR
Unité Antibiotiques Biocides Résidus Résistances ; Mission Antibiorésistance ; Unité
Mycoplasmologie Bactériologie
2
Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau
8
Dangers sanitaires de catégories 1 et 2 couverts par le mandat
La surveillance européenne de la résistance aux antimicrobiens chez les bactéries
zoonotiques et commensales est règlementée par la directive 2003/99/CE. La décision
2013/652/UE complète ce dispositif, dans l’objectif d’harmoniser les systèmes de
surveillance entre états membres et de les rendre comparables dans un cadre technique
équivalent. Elle définit les couples espèces bactériennes/espèces animales à surveiller, les
stratégies d’échantillonnage, les agents antimicrobiens à inclure dans la surveillance, les
plages de concentrations à utiliser pour l’antibiogramme et les dispositions concernant la
présentation des données. En France, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl), met
en place des plans de surveillance annuels qui font intervenir les services vétérinaires pour
les prélèvements à l’abattoir et à la distribution, des laboratoires agréés pour l’isolement et
l’identification des espèces bactériennes cibles. Dans le cas particulier de la surveillance
des salmonelles en filières aviaires, les bactéries sont collectées via le programme de
contrôle et d'éradication des salmonelles (Règlement (CE) n° 2160/2003). Le LNR
Résistance Antimicrobienne réalise les analyses officielles et le transfert des données à
l’EFSA. Le LNR Résistance Antimicrobienne, nommé par arrêté du 29 décembre 2009 (JO
du 7 janvier 2010), est constitué de plusieurs laboratoires de l’Anses, dont la responsabilité
est portée par l’Anses Fougères. Les activités du LNR Résistance Antimicrobienne sont
intégrées au Pôle Antibiorésistance de l’Anses. Ce Pôle ABR rassemble et coordonne
l’ensemble des actions de l’Agence en matière d’antibiorésistance. Il est piloté par le
laboratoire de Lyon, sous la direction de Jean-Yves Madec.
Les faits marquants de l'année
Tous les laboratoires du réseau participant à la surveillance de la résistance aux
antibiotiques ont reçu une extension d'agrément pour la recherche sélective des E. coli
BLSE/AmpC/carbapénémase suite à leur participation à l'essai d'aptitude organisé après le
transfert de la méthode.
Le LNR Résistance Antimicrobienne a émis une fiche signal en décembre 2016 après la
détection du gène transférable optrA, conférant une résistance à la fois au linézolide
(antibiotique d'importance critique) et au chloramphénicol, chez une souche d’Enterococcus
faecium isolée en 2010 chez le porc.
Le LNR poursuit ses recherches d'investigation sur la détection et la caractérisation de la
résistance à la colistine chez les souches isolées des plans de surveillance.
La journée Anses "Antibiorésistance en santé animale et dans l'environnement" s'est tenue
le 16 novembre 2016 à l'OIE ( Paris, 17eme).
3
https://www.anses.fr/fr/content/antibior%C3%A9sistance-en-sant%C3%A9-animale-et-dans-
lenvironnement
Au cours de cette journée, Le LNR a présenté les résultats des plans de surveillance 2015.
https://www.anses.fr/fr/system/files/RSC-Co-161116Perrin.pdf
1. Méthodes développées ou révisées
Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente
0
Nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes
pour être proposées à l’autorité compétente au cours de l’année 2017
0
Nombre total de méthodes transférées par le LNR dans l'année
0
2. Matériels biologiques ou chimiques, échantillons et souches
d'intérêt
Information disponible auprès du LNR
3. Activités d'analyse
3.1. Analyses officielles de première intention
Nombre d'analyses officielles de première intention réalisées dans l'année (de
biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)
1423
Détail par type d'analyse de première intention
Les analyses officielles dans le cadre des plans de surveillance de la résistance
antimicrobienne correspondent à la mesure des concentrations minimales inhibitrices (CMI)
d'antibiotiques en milieu liquide.
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- E. coli commensales : 369 analyses CMI effectuées à ce jour
- E. coli BLSE/AmpC/carbapénémase : 874 analyses CMI effectuées à ce jour
- Salmonelles : 180 analyses CMI effectuées à ce jour.
3.2. Analyses officielles de confirmation
Nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées dans l'année (de
biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)
0
Détail par type d'analyse de confirmation
sans objet
Taux de confirmation par type d'analyse (= nombre de résultats confirmés / nombre
d'analyses officielles de seconde intention réalisées)
sans objet
3.3. Autres analyses
Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec
le mandat de LNR
228
Détail par type d'autres analyses
Les gènes de résistance transférables aux fluoroquinolones, aux céphalosporines, à la
colistine et au linézolide ont été recherchés par PCR chez les E. coli commensaux de la
flore dominante (collection 2015) et les entérocoques (collection 2007-2012) présentant une
résistance phénotypique à ces molécules. A ce jour, l'ADN de 51 souches a été extrait et a
donné lieu à 98 PCR pour la recherche des gènes cibles.
Le nombre de souches de E. coli porteuses d'une résistance transférable aux
fluoroquinolones (qnrS exclusivement) reste très rare chez le porc. L'année 2015 étant la
1ère année de surveillance règlementaire chez le veau, aucune évolution de tendance ne
peut être décrite à ce jour.
Le gène blaCTX-M1 (confirmé par une puce à ADN) est le gène le plus fréquemment
retrouvé par PCR chez les souches E. coli commensales de la flore dominante résistantes
aux céphalosporines, quelle que soit l'espèce animale d'origine et quelle que soit l'année de
surveillance.
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Sur 23 souches de E. coli présentant un phénotype de résistance à la colistine isolées dans
le cadre de la surveillance 2015 chez le veau, seulement 12 souches étaient porteuses du
gène transférable mcr-1. La recherche du nouveau gène de résistance transférable mcr-2,
identifié en milieu d'année 2016 par une équipe belge, est en cours d'analyse chez les
souches ne contenant pas mcr-1.
En 2015, une équipe chinoise identifie pour la première fois chez des entérocoques, un
nouveau gène de résistance transférable aux oxazolidinones et aux phénicolés, le gène
optrA (oxazolidinone phenicol transferable resistance). Ce gène confère aux souches
isolées aussi bien chez l’homme que chez l’animal (porcs et poulets) une résistance élevée
au linézolide et au tedizolide, antibiotiques d’importance critique. Face à cette émergence, le
LNR Résistance Antimicrobienne a effectué à partir de sa collection de souches
d’entérocoques isolés dans le cadre des plans de surveillance de la résistance aux
antibiotiques chez les animaux à l’abattoir, le criblage des phénotypes répondant à une
résistance à la fois au linézolide et au chloramphénicol.
Entre 2007 et 2012, 2 souches d’entérocoques sur les 1934 analysées en CMI répondaient
à ce critère : 1 Enterococcus faecalis isolé du poulet en 2009 et 1 Enterococcus faecium
isolé du porc en 2010 (CMI linézolide > 8 mg/L et CMI chloramphénicol = 64 mg/L). La
présence du gène optrA a été confirmée par PCR chez la souche d’Enterococcus faecium
isolée en 2010 chez le porc. Ce résultat sera confirmé par le séquençage de la souche qui
est actuellement en cours d'analyse.
Cette détection a fait l'objet d'une fiche signal en décembre 2016.
D'autre part, depuis février 2015, Le LNR Résistance antimicrobienne est sollicité pour
caractériser les souches de Salmonella Kentucky reçue par le Réseau Salmonella afin
d'identifier la dissémination éventuelle sur le territoire français de Salmonella Kentucky CIP-
R / ST198. Dans ce cadre, 130 antibiogrammes en milieu gélosés ont été effectués en
2016. Aucune Salmonella Kentucky CIP-R / ST198 n'a été détectée dans les élevages de
production française.
4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence
et de réactifs biologiques
Le LNR produit des réactifs à usage interne
Non
Le LNR produit des réactifs à usage du réseau
Non
Le LNR produit des matériaux de référence à usage interne
Non
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Le LNR produit des matériaux de référence à usage du réseau
Non
Le LNR réalise des contrôles de réactifs commerciaux
Non
5. Activités d'expertise scientifique et technique
5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique des ministères
(de l’agriculture, de la santé, etc…) ou d’instances européennes ou
internationales qui concernent le domaine de compétence du LNR
Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année
1
Détail des demandes d'EST et noms des mandataires de ces demandes
Une fiche de synthèse a été élaborée en 2016 par le LNR résistance antimicrobienne pour
le rapport d'activités 2015 des plans de surveillance et plans de contrôle de la surveillance
sanitaire des denrées animales et végétales de la DGAL.
http://agriculture.gouv.fr/plans-de-surveillance-et-de-controle
5.2. Autres expertises
Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes:
CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de
normalisation (Afnor...). Détail de ces activités et estimation du temps consacré.
La DG Santé et sécurité alimentaire a initié en 2016 des audits sur la mise en place de la
décision 2013/652/UE par les Etats membres. L'objectif est d’évaluer la surveillance et la
notification de la résistance aux antimicrobiens dans les bactéries zoonotiques et
commensales présentes chez certaines populations d’animaux producteurs d’aliments et
dans certaines denrées alimentaires. Lors de chacun de ces audits, un expert national est
désigné pour accompagner l'équipe de la Commission Européenne.
Ainsi en 2016, le LNR résistance antimicrobienne français (Sophie Granier) a participé à
l'Audit de la Slovaquie.
http://ec.europa.eu/food/audits-analysis/audit_reports/details.cfm?rep_id=3643
A titre d'information, la France devrait être auditée en 2018.
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5.3. Dossiers de demande d'agrément
Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année
8
Détail de ces activités et estimation du temps consacré
Les laboratoires du réseau ont été évalués sur leur capacité à mettre en œuvre une
nouvelle méthode de détection des E. coli BLSE/AmpC/Carba dans le muscle. Cette
évaluation a été réalisée par le LNR sous forme d'un essai interlaboratoires. Les
laboratoires dont les performances étaient satisfaisantes donnait lieu à une extension
d'agrément.
Le LNR a consacré à l'organisation et à l'exploitation des données de cet EILA d'agrément
une trentaine d'heures environ.
5.4. Activités de conseil aux professionnels
Détail de ces activités et estimation du temps consacré
Sans objet
6. Animation du réseau de laboratoires agréés ou reconnus
6.1. Organisation d'EILA
Nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année
1
Nom de l'EILA
Détection des E. coli BLSE/AmpC/Carba dans le muscle
L'EILA est-il réalisé sous accréditation "17043"?
Non
Nombre de laboratoires participants
8
8
Nombre de laboratoires agréés participants (Na)
8
Le LNR a-t-il participé à l'EILA?
Non
Nombre de laboratoires participants en cours de demande d'agrément
0
Nombre d'autres laboratoires participants
0
Nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables
0
Nombre de laboratoires agréés non conformes (Nc)
0
Taux de non conformités Nc/Na
0
Evolution du réseau dans le temps
Sans objet
Nombre d'EIL (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de validation
telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours de l’année
0
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6.2 Autres actions visant à vérifier l'aptitude des laboratoires
Actions mises en œuvre
Sans objet
6.3. Formation, organisation d'ateliers
Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés
du réseau, organisées dans l'année
0
Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux
méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année
0
Autres formations dans le cadre des activités du LNR
Sans objet
6.4. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année
Détail des EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National; UE
(en particulier les EILA organisés par le LRUE); International
Organisateur : LRUE-AR (DTU, Danemark)
External Quality Assurance System (EQAS) - Antimicrobial susceptibility testing :
- EQAS E. coli/Enterococci
- EQAS Salmonella
- EQAS Matrix
- EQAS Campylobacter
7. Surveillance, alertes
7.1 Surveillance programmée mise en œuvre par l'autorité sanitaire,
notamment PS/PC
L'autorité sanitaire a-t-elle mis en œuvre un ou plusieurs PS/PC dans le champ du
LNR?
Oui
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Lesquelles?
Plan de surveillance de la résistance aux antibiotiques de certaines bactéries sentinelles et
zoonotiques chez les poulets de chair et les dindes pour l'année 2016 (DGAL/SDSPA/2015-
1007)
Plan de surveillance de la contamination des viandes fraiches de poulets de chair par E. coli
productrices de BLSE, AmpC ou carbapénémase au stade de la distribution - 2016
(DGAL/SDSSA/2015-1106)
Plan de surveillance de la contamination des viandes fraiches de volaille par Salmonella
spp. au stade de l'abattoir et de la résistance aux antibiotiques des souches isolées - 2016
(DGAL/SDSSA/2015-1165).
Programme de contrôle et d'éradication des salmonelles chez les poules pondeuses, poulet
de chair et dindes d'engraissement (Règlement CE 2160/2003). Au sein de cette collection
exhaustive, 170 isolats (ou autant que disponible) sont tirés au sort par le LNR Salmonella
pour être transmis au LNR Résistance antimicrobienne comme décrit dans la décision
2013/652/UE.
7.2 Autres activités de surveillance
7.2.1 Dispositif(s) de surveillance hors surveillance programmée
par l'autorité sanitaire
Le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance
Non
7.3 Fiches d'alerte ou de signal
Le LNR a émis des fiches d'alerte ou de signal dans l'année
oui
Nombre de fiches émises dans l'année:
1
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8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence
8.1. Recherches méthodologiques pour la référence
Recherches méthodologiques réalisées dans l'année : objectifs, partenariats, apports
du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets...
Laboratoire de l'Anses Fougères :
Projet européen Effort “Ecology from Farm to Fork Of microbial drug Resistance and
Transmission” - Work Package 1 : détection phénotypique de la résistance aux antibiotiques
chez des souches d’E. coli isolées à partir de différentes espèces animales (porc, poulet,
dinde, veau) au cours d’une étude d’épidémiologie descriptive harmonisée. - Work Package
6 : étude de l’impact de stratégies d’intervention en élevages de volailles et de porcs sur
l’évolution de l’antibiorésistance Projet d'intégration des problématiques de pharmacologie
humaine et vétérinaire pour préserver l’efficacité de la colistine et prévenir l’émergence des
résistances : évaluation et quantification de la diffusion de la résistance à la colistine à l’aide
de modèles d’exposition à la colistine in vitro et in vivo (porc et rat à flore intestinale
humaine). Projet sur Intégration des problématiques de pharmacologie humaine et
vétérinaire pour préserver l’efficacité de la colistine et prévenir l’émergence des résistances
(thèse)
Laboratoire de l'Anses Ploufragan :
Plusieurs projets sur l’antibiorésistance de souches isolées de poissons et leur
environnement
Caractérisation de souches de E. coli résistantes à la colistine
Caractérisation de plasmides de résistance aux céphalosporines de troisième génération
Impact de pratiques (traitements antibiotiques, probiotiques, prébiotiques) sur la résistance
de la flore commensale du porc ou de volailles
Laboratoire de l'Anses Maisons-Alfort :
En 2016, l'activité principale a été l'amélioration des méthodes de détection, caractérisation
et confirmation de la résistance à la colistine chez les entérobactéries. Ces travaux se
poursuivront en 2017. L'équipe a également pris part au projet européen Effort “Ecology
from Farm to Fork Of microbial drug Resistance and Transmission” en prenant en charge la
collecte et la préparation des échantillons de viandes à la distribution dans le cadre du Work
Package 1.
8.2. Recherches associées
Recherches associées auxquelles le LNR a participé dans l'année: participations à des
études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections expérimentales, études
toxicologiques, essais vaccinaux...
sans objet
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9. Relations avec le CNR
Existence d'un CNR dont le mandat recouvre au moins en partie celui du LNR
Oui
Intitulé du CNR
CNR Résistance aux antibiotiques
Organisme porteur du CNR
Laboratoire de Bactériologie du Pr Plésiat (CHRU de Besançon)
Rencontre organisée dans l'année avec le CNR
oui
Collaboration avec le CNR dans le cadre de la surveillance
sans objet
Collaboration avec le CNR dans le cadre de projets de recherche
sans objet
Autres collaborations avec le CNR, le cas échéant
sans objet
10. Autres mandats
Le LNR détient d'autres mandats de référence dans le même domaine de compétences
Non
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Annexes
- Publications de l'année destinées aux professionnels (Les publications qui figureront
dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)
Marault, M., Itié-Hafez, S., Morel, V., Berta-Vanrullen, I., Granier, S.A., Born, C., and Danan, C. (2016). Surveillance programmée de la contamination par Salmonella spp. des viandes fraîches de volaille au stade de l’abattoir et de la résistance aux antibiotiques des souches isolées en 2014. Bulletin épidémiologique, Santé animale - Alimentation http://bulletinepidemiologique.mag.anses.fr/.
- Publications scientifiques internationales de l'année (Les publications qui figureront
dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Perrin-Guyomard, A., M. Bruneau, P. Houee, K. Deleurme, P. Legrandois, C. Poirier,
C. Soumet, and P. Sanders. 2016. "Prevalence of mcr-1 in commensal
Escherichia coli from French livestock, 2007 to 2014." Euro Surveill 21 (6).
doi: 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.6.30135.
- Communications nationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport
doivent être sous presse ou publiées.)
Granier, Sophie A., Sabine Itié-Hafez, Claire Yvon, Emeline Cherchame, Muriel
Marault, Agnès Chamoin, David Albert, Corinne Danan, and Agnès Perrin-
Guyomard. 2016. "1er Plan de surveillance français sur la présence d'E. coli
BLSE/AmpC/carba dans les viandes bovines et porcines." 36ème RICAI
(Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse), Paris (France),
12-13 décembre 2016.
- Communications internationales de l'année (Les publications qui figureront dans le
rapport doivent être sous presse ou publiées.)
- Conférences sur invitation dans l'année (Les publications qui figureront dans le
rapport doivent être sous presse ou publiées.)
Granier, Sophie A. 2016a. "The emergence of mcr-1 in Salmonella and E. coli." Oral Workshop EURL Antimicrobial Resistance Lyngby, Danemark, April 2016.
Granier, Sophie A. 2016b. "Update on colistin resistance " 6th AMR meeting of the Scientific Network for Zoonoses Monitoring Data, EFSA, Parma, Italy, 11 november 2016.
Kempf, Isabelle. 2016. "Antibiorésistance de Campylobacter en filières avicoles et
porcines. " Journée d’information et d’échanges sur Campylobacter (ISPAIA,
Ploufragan, France), 22 novembre 2016
Kempf, Isabelle., Jouy, Eric, Baron, Sandrine. 2016. Transmission of antimicrobial
resistance in animals and in the environment. Résistance aux antibiotiques :
une approche intégrée de l'environnement à l'Homme (Romainville ,France,
Adebiotech), 16-17 mars 2016.
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Perrin-Guyomard, A. (2016). "Surveillance européenne de la résistance aux
antibiotiques chez les animaux de rente : résultats de la France en 2015".
Journée Anses- Antibiorésistance en santé animale et dans l'environnement,
16/11/2016, Organisation mondiale de la santé animale (OIE), Paris, France.
https://www.anses.fr/fr/system/files/RSC-Co-161116Perrin.pdf