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Rapport annuel d'activité, année 2014

Laboratoire National de Référence

Insectes, acariens phytoparasites et auxiliaires sur toutes matrices

Nom du responsable du LNR

Philippe REYNAUD

Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre

LSV-Unité d’entomologie et plantes invasives

Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre

Laboratoire de la santé des végétaux

Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau

1

Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de l'existence du

mandat de LNR

Le mandat de LNR est précisé dans l’arrêté du 16 juillet 2013 désignant les laboratoires

nationaux de référence dans le domaine de la santé publique vétérinaire et phytosanitaire.

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Introduction

Les faits marquants de l'année

Début de déploiement de techniques moléculaires de type barcoding ciblant le génome

mitochondrial de l’organisme à identifier en comparaison avec des séquences connues.

L’accès à cette technologie permet si besoin de confirmer certaines identifications

morphologiques et surtout, d’identifier au niveau spécifique les stades immatures

d’arthropodes, pour peu que les séquences soient disponibles et validées dans les bases de

données internationales.

1. Méthodes développées ou révisées

Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente

1

Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes

-MOA022 version 2a relative aux techniques qualitatives d'amplification enzymatique des

acides nucléiques

Nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes

pour être proposées à l’autorité compétente au cours de l’année N+1

0

2. Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons et

souches d'intérêt

Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature

(environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de

conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre d'échantillons

par souche, l'enregistrement associé...).

Description des collections :

La collection se compose d’échantillons entomologiques (larves et adultes d’insectes et

acariens nuisibles à l’agriculture ou à la forêt) qui sont conservés selon plusieurs modalités :

- dans l’alcool : 23 343 spécimens

- en lame de collection : 11 895 spécimens

- ADN : 4 018 spécimens

- A sec : 550 spécimens

- Sous forme d’images : 2 071 spécimens

3

L’ensemble de la collection est entièrement informatisée (depuis 1996) sur une base de

données interne au laboratoire.

Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mis(es) en collection dans l'année

2358

Nombre de souches/échantillons maintenu(e)s au total

34111

3. Activités d'analyse

3.1 Analyses officielles de première intention

Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année (de biotypie,

sérotypie, caractérisation moléculaire...)

1166

Détaillez ici par type d'analyse de première intention

Dans le détail, 9 pour identification de Bemisia tabaci et 17 Trialeurodes vaporarium, 6 pour

identification de Diabrotica virgifera virgifera et 1134 pour identification autres arthropodes.

Le laboratoire existe depuis 18 ans. Depuis 2010, le nombre d’analyses est en diminution.

Cette diminution s’est accélérée en 2012 et 2013. Depuis, le nombre total d’analyses est

stabilisé à environ 2300 par an. Cette décroissance s’explique par une diminution du

nombre d’échantillons envoyés par certains SRAL. Les causes de cette diminution ne sont

pas précisément connues, mais pourraient correspondre à une baisse de la quantité de

végétaux ou produits végétaux importés et donc contrôlés par le SIVEP en France ces

dernières années (peut être un effet de la crise économique) conjuguées à une absence de

crise phytosanitaire en cours impliquant des arthropodes.

3.2. Analyses officielles de confirmation

Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année (de biotypie,

sérotypie, caractérisation moléculaire...)

1

4

Détaillez ici par type d'analyse de confirmation

L’unité ne réalise pas d’analyses de confirmation sauf rares exceptions.

1 analyse de confirmation de l’aleurode Aleuclava aucubae à la demande de l’ONPV

hongrois.

Taux de confirmations par type d'analyse (= nombre de résultats confirmés / nombre

d'analyses officielles de seconde intention réalisées)

1/1

3.3. Autres analyses

Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec

le mandat de LNR

1499

Détaillez ici par type d'autres analyses

199 analyses méthodologiques

1300 analyses de diagnostic

4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de réactifs

biologiques

Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs ?

Non

Le LNR fournit-il des matériaux de référence ?

Oui

Cette activité est-elle une obligation découlant de textes réglementaires, normatifs ou

infra-réglementaires (notes de service). Si oui, lesquels?

Note de service NS/DGAL/DGPRAT/ 2012-8074

5

Quels sont les types de matériaux de référence (MRE, MRI, contrôles positifs ou

négatifs, autre) produits et fournis ?

témoin

Quel est le format (sérum, souche, produit chimique, autre) de ces matériaux de

référence ?

lames et spécimen d’insectes

Quel est le nombre de lots produits et fournis par an ?

(moyenne sur les 5 dernières années)

25

Quelles sont les quantités produites/fournies par lot ?

(moyenne sur les 5 dernières années)

2

Analyse de l'évolution (augmentation, diminution) des tendances en termes d'activité

sur les 5 dernières années

En 2014, dix espèces de cochenilles fournies à un ONPV chinois (environ dix individus par

espèce). Une espèce de Thysanoptera (3 lames).

Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux ?

Non

5. Activités d'expertise scientifique et technique

5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique du ministère (chargé de

l’agriculture, santé, etc…) ou d’instances communautaires et internationales qui

concernent votre domaine de compétence

Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année

13

6

Détaillez ici les demandes d'EST et les noms des mandataires

4 EST ont été réalisées à la demande de la DGAl ou d’un SRAL, deux en interne demande

du LSV ou de l’Anses

9 EST ont été réalisées à la demande d’agences nationales (FERA, NFCPS) ou d’ONPV

européens (NL) ou organismes professionnels.

Plusieurs notes d’alerte ont été émises en 2014 dans le cadre de l’activité de veille du

laboratoire et elles ont concerné :

Des signalements :

-Delottococcus aberiae, une nouvelle cochenille invasive préjudiciable aux cultures de Citrus

en Espagne

-Hishismonus hamatus une cicadelle invasive introduite en Europe

-Signalement de la présence en Europe de Ophraella communa (organisme de lutte

biologique contre l'Ambroisie) hors autorisation -Risque pour le Tournesol?

-signalement de Rhagoletis suavis (Tephritidae originaire des USA) en Allemagne sur noyer

-Signalement d'Anthonomus eugenii (Coleoptera) en Italie

-Premier signalement de Maconellicoccus hirsutus (cochenille) en Tunisie;

- risque d'introduction de Ceratitis rosa (interception) via l'importation de Citrus sinensis

(orange) d'Afrique du Sud

-Emergence d'un phénomène de dépérissement vasculaire végétal lié à un nouveau

complexe scolyte (Euwallacea sp.)/champignon aux Etats-Unis et en Israël

-Première interception d’Apriona rugicollis (Coleoptera : Cerambycidae) en France

-Première signalement de Phalacrococcus howertoni (Hemiptera : Coccidae) en

Guadeloupe

-Premier signalement sur le continent américain, en Guyane, de Rastrococcus invadens

-Premier signalement de Ricania speculum en Europe dans la région ligurienne d'Italie

-Signalement de Popillia japonica en Italie

-Découverte d'un acarien nouveau (Phyllocoptes) pour la science ravageur des Eucalyptus

en PACA

-Découverte de Thrips setosus (Thysanoptère asiatique) vecteur de virus en France Maine

et Loire (49)

Des alertes:

-Forte suspicion d'interception d'Aromia bungii (Coleoptère) sur des palettes en bois en

Corse (en attente de confirmation par méthode moléculaire)

-Première identification d’Aulacapspis yasumatsui en Guyane. Cochenille tueuse de Cycas

-Premier signalement en France (Nice) de Xylosandrus crassiusculus

(Coleoptera:Curculionidae scolytinae)

-Premier signalement en France (Arles) de Lissorhoptrus oryzophilus (Coleoptera :

Erirhinidae)

L’unité a apporté son expertise pour l’examen de documents régionaux ou internationaux

(OEPP/IPPC).

7

5.2. Autres expertises

Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes:

CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de

normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est

consacré.

Le laboratoire participe aussi à d’autres activités d’expertise en tant que membre des

Groupes de Travail « mouches des fruits » et Drosophila suzukii en lien avec le CES Anses

en santé des végétaux (10 jours), en tant que membre du Panel OEPP sur le diagnostic en

entomologie (3jours en 2014) ou au Groupe de Travail ‘Parasaissetia nigra’ de l’EFSA (2

jours)

5.3. Dossiers de demande d'agrément

Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année

0

5.4. Activités de conseil aux professionnels

Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré

L’unité a réalisé de nombreuses formations (près de 60 stagiaires) : 25 stagiaires à

l’entomologie générale et ou aux techniques d’identification de laboratoire (stage co-

organisé avec le CIRAD à destination des professionnels de l’agriculture et de

l’environnement), 25 sur la même thématique pour l’Infoma. Une formation à l’entomologie

ciblée pour le laboratoire de l’Anses de Sophia (3 personnes). 10 stagiaires ont participé à la

formation 2008/61. Les formations de l’unité ont aussi concerné des stagiaires à

l’international, formations spécifiques (Tephritidae, Cochenilles…) pour des entomologistes

d’Algérie, du Brésil, d’Haïti et des USA (4 personnes).

6. Animation du réseau de laboratoires officiels

6.1. Organisation d'EILA

Précisez ici le nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année N

0

8

Nom (s) et nombre(s) d'EILA que vous prévoyez d'organiser au cours de l’année N+1

0

Précisez le nombre d'EIL (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de

validation telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours

de l’année N

0

Précisez le nombre d'EIL (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de

l’année N+1

0

6.2. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires

Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés

du réseau, organisées dans l'année

1

Détaillez ici ces activités et indiquez le nombre de participants par journée

journée d'échange LNR/Laboratoires agréés (35 participants)

Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux

méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année

0

6.3. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année

Détaillez les EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National;

UE (EILA organisé par le LRUE); International

0

9

7. Participation aux activités de surveillance

7.1 PS/PC

Existe-t-il un ou plusieurs PS/PC élaboré(s) par l'autorité sanitaire dans le champ du

LNR?

Oui. Le laboratoire intervient dans le cadre de 9 plans de contrôle et surveillance.

7.2 Activités de surveillance hors PS/PC

7.2.1 Dispositif(s) hors PS/PC

Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance (hors PS/PC) ?

Oui

En dehors du dispositif PS/PC de la DGAl préciser si le LNR est intégré à un autre

dispositif (Résapath, Salmonella, Resabeille, ...)

surveillance biologique du territoire

7.2.2 Gestionnaire du dispositif

Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif

DGAL / SDQPV

7.2.3 unités intégrées dans le dispositif

Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce dispositif à vos

cotés

Non

7.2.5 Modalités de surveillance

Précisez si ce dispositif repose:

Sur des modalités de surveillance programmées (active)

10

8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence

8.1. Recherches méthodologiques pour la référence

Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année :

objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à

projets...

Deux méthodes internationales à la rédaction desquelles le LNR a participé sont en cours

de validation : Spodoptera spp (Lepidoptera, Noctuidae) pour l’OEPP et Dendroctonus

ponderosae (Coleoptera, Curculionidae) pour l’IPPC

Q-Collect : Coordination and Collaboration between reference collections of plant pests and

diseases for EU Plant Health Policy

L’unité a coopéré à l’inventaire et la description des collections, et à l’identification des gaps

via le Workpackage 2.

EUPHRESCO EPITRIX : Epitrix species, monitoring and detection methods:

L’unité a participé pour les aspects morphologique de l’étude des espèces d’Epitrix

présentes en Europe ou pouvant se développer sur pomme de terre. Deux aspects sont pris

en compte : une mise à jour de la méthode d’identification des Epitrix déjà réalisée par

l’OEPP et la construction d’une collection de référence des espèces du genre.

BIOFIS Bioagressors and invasive species: from individual to population to species

L’unité a apporté ses compétences dans l’identification des espèces de ravageurs suivant

ses spécialisations taxonomiques

-Méthode interne : test moléculaire pour l'identification de Ceratitis capitata

L’unité a finalisé la validation d’une méthode d’identification de larves de Ceratitis capitata

(Diptera : Tephritidae) par PCR-RFLP, outil au service des contrôles à l’import de produits

végétaux.

8.2. Recherches associées pour la référence

Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans l'année

(participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections

expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...): objectifs, partenariats,

apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets...

néant

9. Relations avec le CNR

Existence d'un CNR

Non

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10. Autres mandats

Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de

compétences

Non

Annexes

Listes des publications et communications: Publications destinées aux professionnels Martinez, M., J. F. Germain, and J. C. Streito. (2014). Insectes ravageurs et invasifs: le point sur les espèces introduites. Phytoma 677 : 18-22.

Martinez, M., J. F. Germain, and J. C. Streito. (2014). Insectes ravageurs invasifs: les sept espèces notables. Phytoma 677 : 23-25.

Publications scientifiques internationales

Germain, J. F., J. Minatchy, D. Pastou, P. Bagny, S. Mérion, R. Pallas, S. Quilici, and D. Matile-Ferrero. (2014). An updated checklist of the scale insects from Reunion island (Indian Ocean). Acta Zoologica Bulgarica suppl. 6 : 21-27.

Germain, J. F., P. Sookar, I. Buldawoo, S. Permalloo, and S. Quilici. (2014). Trois espèces de cochenilles potentiellement invasives nouvelles pour l'ïle Maurice (Hemiptera, Coccoidea, Pseudococcidae). Bulletin de la Société Entomologique de France 119(1) : 27-29.

Germain, J. F., B. Boutte, T. Boivin, and A. Chalon. (2014). Un nouveau parasite dans les forêts de cèdre de l'Atlas: la cochenille des aiguilles Dynaspidiotus regnieri. Forêt Méditerranéenne XXXV(1) : 53-58.

Halima-Kamel, M. B., J. F. Germain, L. Mdellel, and K. Abdelaoui. (2014). Phenacoccus madeirensis (Hemiptera: Pseudococcidae): a new species of mealybug in Tunisia. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin 44(2) : 1-3.

Mouttet, R., A. Escobar-Gutièrrez, M. Esquibet, L. Gentzbittel, D. Mugniéry, P. Reignault, C. Sarniguet, and P. Castagnone-Sereno. ( 2014). Banning of methyl bromide for seed treatment: could Ditylenchus dipsaci again become a major threat to alfalfa production in Europe? Pest Management Science 70 : 1017-1022.

Pacheco Da Silva, V. C., A. Bertin, A. Blin, J. F. Germain, D. Bernardi, G. Rignol, M. Botton, and T. MALAUSA. (2014). Molecular and morphological identification on mealybug species (Hemiptera: Pseudococcidae) in Brazilian vineyards. PloS one 9(7) : 1-13.

Pizzol, J., D. Nammour, J. M. Rabasse, P. Parolin, N. Desneux, C. Poncet, and P. Reynaud. (2014). Species and population dynamics of thrips occurring inside and outside greenhouses cultivated with roses in southern France. International Journal of Agricultural Policy and Research 2(4) : 141-153.

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Streito, J. C., R. Rossignol, D. Matile-Ferrero, and J. F. Germain. (2014). Aleuroclava aucubae (Aleyrodidae) nouveau pour la France, et Parlatoria oleae (Diaspididae) nouveau pour la Corse (Hemiptera). Bulletin de la Société Entomologique de France 119(1) : 53-55.

Communications nationales Germain, J. F., V. Balmès, R. Mouttet, J. M. Ramel, G. Fried, and P. Reynaud. (2014). Espèces invasives: 3 années d'alertes et de signalements l'ANSES, unité‚ entomologie et plantes invasives. (AFPP- Colloque Ravageurs et Insectes Invasifs Emergents ) Montpellier.

Martinez, M., J. F. Germain, and J. C. Streito. (2014). Actualités entomologiques: nouveaux insectes ravageurs introduits en France métropolitaine (période juillet 2005 juin 2014). (AFPP- Colloques Ravageurs et Insectes Invasifs et Emergents) : 1-15. Montpellier.

Communications internationales

Balmes, V. (2014). Simplified identification key for larvae of Tephritid species the most regulary intercepted on imports in Europe. 244. Bangkok, Thailand, Siam Print Co.

Conférences sur invitation Reynaud, P. (2014). Invasive Thysanoptera in Qatar : is there a risk for plants or human health ? Doha, Qatar, Friends of the Environment Centre. 1st Congress of Insects in Qatar.