programska skupina: mikrobiologija in biotehnologija živil...
TRANSCRIPT
Univerza v LjubljaniBiotehniška fakultetaOddelek za živilstvo
Programska skupina:Mikrobiologija in biotehnologija
živil in okoljaProf. dr. Peter Raspor
Bilateralno srečanje Biotehniške fakultete v Ljubljani
in Prehrambeno biotehnološke fakulete v Zagrebu
Ljubljana, 20.1. 2005
Skupni imenovalec raziskav
STRES
BIOLOŠKI DEJAVNIKI KEMIČNO FIZIKALNI DEJAVNIKI
virusicelična gostotagostitelj
T, pH, O2, vlažnost,koncentracija soliprotimikrobni dejavnikizaloženost s hraniliioni težkih kovin
Zakaj stres?
OPTIMIZACIJA BIOTEHNOLOŠKIH PROCESOV
BIOTEHNOLOŠKO ZANIMIVI PRODUKTI
OBVLADOVANJE DELOVANJA MIKROORGANIZMOV
ProučujemoVPLIV STRESNIH DEJAVNIKOV NA:
• Preživetje prokariontskih in evkariontskihmikroorganizmov
(npr. mehanizmi preživetja; mehanizmi odmiranja:apoptoza, nekroza )
• Regulacijo stresnih odzivov pri mikroorganizmih(npr. feromonsko komuniciranje, sporulacija, VBNC);
• Strukturo celičnih membran in lastnosti celične površine(npr. polimorfizem membran, EPS, formacija biofilmov);
• Ekologijo mikrobnih populacij in združb(npr.dinamika, struktura)
• Biotehnološke procese(npr. sinteza antibiotikov, proizvodnja vin, proizvodnja kvasnih dodatkov, proizvodnja mikrobno neoporečne hrane, procese zmanjševanje viškov hranil, težkih kovin in emisijtoplogrednih plinov..
Mikrooganizme in njihovo vlogo
a. na nivoju celice
b. na nivoju mikrobnih združbkompleksnih model. sistemihnaravnih okoljihbioprocesnih okoljih
genomagenoma, , proteomaproteoma,,metabolomametaboloma
Modelni sistemi:• Bakterije (npr. Bacillus, Pseudomonas, Vibrio, Listeria, Salmonella, Shigella, Campylobacter, Streptomyces)• Glive (npr. Saccharomyces, Zygosaccharomyces)• Virusi (npr. bakteriofagi)
Mikobiološke tehnike
Vzdrževanje biokulturv tekočem dušiku in na- 80°CIdentifikacijo in karakterizacija kvasovk
klasični: fiziološki in biokemijski testi molekulski: PCR-tehnike, kariotipizacija in skveniranje
Vodenje različnih tipov bioprocesovZ enkratnim polnjenjem (batch), z dohranjevanjem(fed batch), z neperstanim polnjenjem (continuous )aerobni, anaerobni submezna, in solid stateZ spremljanjem in regulacijoin line: pO2, pH, redox,... on line: optična gostota, HPLC, MS, GC, izhodni plini
(O2, CO2), ...off line: različni metabolituizolacija produktov (centrifugiranje, filtracija)Imobilizacija
Bioprocesne Tehnike
Raziskovalne metodeMikroskopija(npr. svetlobna, fluorescentna, v seodelavi TEM, SEM, AFM);
Biokemijske in imunološke metode in proteomske metode(npr. SDS-PAGE, 2-D PAGE, analiza proteinov western, v sodelavi encimsko-imunske tehnike (ELISA);
Genetske in molekularno biološke metode(npr. konstrukcija rekombinantnih sevov, kloniranje, reporterski geni za β-gal, GFP, RT-PCR);
Fizikalno-kemijske metode(kromatografske in spetkroskopske metode: HPLC, GC, TLC, UV-VIS; v sodelavi: NMR, EPR, SAXS).
Molekularne metode za sledenje in karakterizacijo mikroorganizmov(npr. PCR - klasični, rep- PCR, MAMA-PCR, RT-PCR, PCR-RFLP, pulzno elektroforezo (PFGE), AFLP in sekveniranje, v razvoju pa so: DGGE, LH-PCR ter in situ hibridizacijske tehnike.
Struktura laboratorijevKatedra za živilsko mikrobiologijoKatedra za okoljsko mikrobiologijoKatedra za biotehnologijo
Zbirka industrijskih mikroorganizmovInfrastrukturni center za bioprocesno tehnologijo
Laboratorij za biokemijsko analitiko in proteomikoLaboratorij za fiziologijo in ekologijo mikroorganizmovLaboratorij za gensko tehnologijoLaboratorij industrijskih bioprocesovLaboratorij za industrijske biokultureLaboratorij za konverzijo sekundarnih surovinLaboratorij za živilsko mikrobiologijo
Laboratorij za industrijske bioprocese
Laboratorij za gensko tehnologijo
Laboratorij za industrijske biokulture
bp
21761766
12301033
653517453394298243200
M Han
seni
aspo
ra u
varu
m
Pich
ia k
luyv
eri
Pich
ia m
embr
anifa
cien
s
Deb
aryo
myc
es sp
.
N2
Sacc
haro
myc
es sp
.
M Han
seni
aspo
ra u
varu
m
Pich
ia k
luyv
eri
Pich
ia m
embr
anifa
cien
s
Deb
aryo
myc
es sp
N2
Sacc
haro
myc
es sp
.
M
Laboratorij za fiziologijo in ekologijo mikroorganizmov
Qurum Qurum sensing sensing -- komunikacijekomunikacije
Conservation of peat is commonly achieved by rising the water table. In ourexperiment different water table levels were established by a weir on themain drainage ditch. and monitored by a network of piezometers.Poskusno polje Poskusno polje -- LJ. LJ.
BarjeBarje
srfA-lacZMikrobnaMikrobnadiverziteta
ProducentiProducentiantibiotikov diverzitetaantibiotikov
Laboratorij za živilsko mikrobiologijo
1500bp500bp
2027bp600 bp
MAMA MAMA -- PCR PCR detekciaj mutacijdetekciaj mutacij v v genu genu gyrAgyrA
CampylobacterCampylobacter
Laboratorij za biokemijsko analitiko in proteomiko
Stres
Odziv
ZBIRKA INDUSTRIJSKIH ZBIRKA INDUSTRIJSKIH MIKROOGANIZMOVMIKROOGANIZMOV
ZIMZIM
Kvasovke: 1760Plesni: 22Bakterije: 98
Sodelave z raziskovalnimi inštitucijamiMednarodne
BOKU, Vienna, Austria
ICGB, Trieste, Italy
Brasicata University, Italy
Pecs University, Hungary
SAAS, Taiyuan, PR China
University of Horticultureand Food Industry, Budapest, Hungary
Inštitut “Jožef Stefan”
Nacionalni inštitut az kemijo
Nationalni Inštitu za Biologijo
Kmetijski Inštitut Slovenije
Inštitut za mlekarstvo
Politehnika-Nova Gorica
Domače
Umea University, Sweden
IBRC, Graz, Austria
Wageningen University, NL
University of Groningen, NL
PHRI, New York, ZDA
East Leansing, ZDA
Vključenost v projekte od 1999SI projekti (14 projektov)Vpliv izbranih fitofarmacevtskih sredstev na združbo kvasovk grozdne jagodeRazvoj metod za določanje in spremljanje gensko spremenjennih organizmov (GSO) v krmiin nekaterih potvorb v kmetijskih pridelkih oz. ŽivilihPrehranska funkcionalnost kvasne biomase obogatene z železomLjubljansko Barje ocena okoljskih sprememb z mikrobno aktivnostjoEkoremedijacijski potencial šotnih tal
EU projekti-FW5 (5 projektov)NovTech - vpeljava biosenzorjev v bioprocesno tehniko; Food Trace - sledenje živil od pridelave do uporabe; Prowater - preprečevanje polucije s fosforjem v mokriščihPatogencombat- how to eleminate pathogens from food processing
EU-projekti-FP6-v postopku evalvacije (2 projekta)Rapidmethmods – rapid methods for microbes detection in food processing, SPaGAS – understanding of biotechnology in the states on the border of EU
Sodelave z industrijoKrka d.d., Novo mesto Mlinotest, OE BiotehnologijaAgroind Vipava 1894 Vipava d.d.BIA, d.o.oDroga Portorož, Food Processing Company, Inc.Lek d.d., LjubljanaVinakoper d.o.o., KoperČistilna naprava, DomžaleFrama Ihan, IhanKoto, Ljubljana
Bilateralni projekti (5 projektov):(Madžarska(5), Hrvaška(2), Bosna in Hercegovina(1), Kitajska (2), Avstrija (4),Portugalska (1), Danska (1)
COST (2 projekta) D22 - interakcije lipd-protein
INTAS Mehanizmi detoksifikacije in bioakumulacije kroma v kavsovkah
CEEPUS (2 projekta),ERASMUS (4 projekti)- izmenjava učiteljev inštudentov evropskih univerz
Mentorstva/Raziskave in razvoj
Pomen za razvoj SlovenijeRazvoj novih tehnologij
sledenje in identifikacija patogenih mikroorganizmov v hranibioakumulacija težkih kovinkvasni dodatki hraninaravovarstvene tehnologije
Proučevanje potencialno biotehnološko zanimivih Proučevanje potencialno biotehnološko zanimivih mikroorganizmovmikroorganizmov
protimikrobna sredstvaprotimikrobna sredstvabarvanje plastikebarvanje plastikeproizvodnja proizvodnja živilživil, , vinavina
Optimizacija obstoječih tehnologijfarmacevtska industrija (Krka), živilstvo (Mlinotest)
Vzgoja novih kadrovVzgoja novih kadrov
OBSEŽNOST IN KOMPLEKSNOST OBSEŽNOST IN KOMPLEKSNOST PROGRAMAPROGRAMA
Naziv Naziv RORO Ime Ime in in priimekpriimek ŠifraŠifra FTEFTEBF, BF, Oddelek za živilstvo Oddelek za živilstvo Peter RasporPeter Raspor 3636 0.30.3BF, BF, Oddelek az živilstvoOddelek az živilstvo Ivan Ivan MahneMahne 3535 0.30.3BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Sonja Smole MožinaSonja Smole Možina 3434 0.30.3BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Ines MandićInes Mandić--MulecMulec 3535 0.30.3BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Ivan Ivan Janez HacinJanez Hacin 1616 1.01.0BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Jeršek Jeršek BarbaraBarbara 3434 0.30.3BF, BF, Oddelek Oddelek za živilstvoza živilstvo David David StoparStopar 3434 0.30.3BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Maja PašMaja Paš 0303 0.30.3BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Polona JamnikPolona Jamnik 0303 0.30.3BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Martin Martin BatičBatič 3434 0.30.3BF, BF, Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo HrvojeHrvoje PetkovičPetkovič 0404 0.30.3KRKA, d.d.KRKA, d.d. Aleš GašparičAleš Gašparič 0404 1.01.0KRKA, d.d.KRKA, d.d. Andreja PlaperAndreja Plaper 0404 1.01.0Mlinotest Mlinotest OE OE BiotehnologijaBiotehnologija Kovač Kovač BorisBoris 0404 1.01.0BF, BF, Oddelek az živilstvoOddelek az živilstvo Katja Povhe JemecKatja Povhe Jemec MRMR--dr2003dr2003 1.01.0BF,BF,Oddelek za živilstvoOddelek za živilstvo Tina Tina ZormanZorman MRMR--dr2003dr2003 1.01.0BF, BF, Oddelek za živistvoOddelek za živistvo Blaž SresBlaž Sres MRMR--dr2003dr2003 1.01.0
1010
a. na nivoju celice
b. na nivoju mikrobnih združbkompleksnih model. sistemihnaravnih okoljihbioprocesnih okoljih
genomagenoma, , proteomaproteoma, , metabolomametaboloma
•Bakterije (npr. Bacillus, Pseudomonas, Vibrio, Listeria, Salmonella, Shigella, Campylobacter, Streptomyces)
• Glive (npr. Saccharomyces, Zygosaccharomyces)• Virusi (npr. bakteriofagi)
Kazalci uspešnosti 1999-2004
Izvirni znanstveni člankiIzvirni znanstveni članki 6677CitiranostCitiranost 663737Vabljena predavanjaVabljena predavanja 4040Objavljeni znanstveni prispevki na konferencahObjavljeni znanstveni prispevki na konferencah 5858Objavljeni povzetki na koneferencahObjavljeni povzetki na koneferencah 121121Monografije Monografije in in druga zaključna deladruga zaključna dela 1515Samostojni znanstevni sestavek Samostojni znanstevni sestavek v v monografijahmonografijah 1717PatentiPatenti 11Organizacija znanstveno strokovnih srečanjOrganizacija znanstveno strokovnih srečanj 77MentorstvaMentorstva
-- doktoratidoktorati 1144-- magisterijimagisteriji 44-- diplomediplome 7733
Vir COBIS.SI- http://izum.izum.si/bibliografije-online/Y20030107005829-04001.html
Naša programska skupina
HVALA!
PS: Mikrobiologija in biotehnologija živil in okolja
Jamnikarjeva 101, 1000 Ljubljana
Tel.: + 386 1 423 11 61 Fax: + 386 1 257 40 92 E-mail: [email protected]
http://www.bf.uni-lj.si/zt/bioteh/katedra/index.htm