pipeline pilot lesson 1 - scientific informatics software...

Pipeline Pilot Lesson 1

Pipeline Pilotの基礎

２０１１年０９月０５日版

アクセルリス株式会社

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霞が関東急ビル 17F

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Pipeline Pilotの

基礎

プロトコル開発実習

BASIC

レポート作成

BASIC

Pipeline Pilot Lesson1 Pipeline Pilotの基礎

アクセルリス株式会社 - 1 -

ご使用になる前の注意事項

テキスト内の図は、最新バージョンで作成されていないものがあります。そのため、クライアント

の作業上戸惑う点があるかもしれません。

大変申し訳ありませんがご注意のほどよろしくお願いします。

コンポーネントによっては、別ライセンスが必要となる場合があります。

お客様の環境によっては、この資料に含まれている画面と異なる場合があります。

この資料に含まれている演習問題は，各章ごとの重要なテーマを含んでいます。

Pipeline Pilotを学ぶには，演習問題を解き、内容をよく理解することが重要です。

詳細についてはオラインヘルプをご覧ください。

各演習問題の解答例が巻末にあります。自習されるときなどにご活用ください。



目次

1 Pipeline Pilot の概要 .............................................................................................................. 4

2 Pipeline Pilot のサーバーとクライアント .............................................................................. 5

3 Pipeline Pilot Client Professional の起動とプロコルの実行 .............................................. 6

【Exercise 1.1】 Pipeline Pilot Client Professional の起動とプロトコルの実行 .............. 7

4 Pipeline Pilot の主な構成 ....................................................................................................... 8

4.1 データレコード ................................................................................................................... 8

4.2 コンポーネント ................................................................................................................... 9

4.3 パイプライン ..................................................................................................................... 11

4.4 プロトコル ........................................................................................................................ 12

5 Pipeline Pilot Client Professional の操作 ........................................................................ 14

5.1 各部の名前と機能 ............................................................................................................. 14

【Exercise 1.2】プロトコルの選択 ....................................................................................... 16

5.2 ファイルのブラウズ .......................................................................................................... 17

5.3 エラーの確認 ..................................................................................................................... 19

【Exercise 1.3】エラーの確認とパラメータの変更 ............................................................... 20

6 Pipeline Pilot Web Port ....................................................................................................... 21

6.1 Pipeline Pilot の Client-Server Architecture とファイル・アクセス ......................... 21

6.2 Web Portの起動 ................................................................................................................ 22

6.3 Web Portからのプロトコルの起動と入力ファイルの指定 ................................................ 24

6.4 Web Portからのプロトコルの実行状況を確認 .................................................................. 26

【Exercise 1.4】 Web Port からのプロトコルの実行 .............................................................. 27

7 その他のトピックス ................................................................................................................ 28

7.1 Tempファイル .................................................................................................................... 28

7.2 バージョン管理 ................................................................................................................. 29

7.3 SciTegic Help Center ...................................................................................................... 30

8 プロトコル開発に関する基本知識 ........................................................................................... 31

8.1 Pipeline Pilot 開発用 GUI-Professional Client の使い方 ............................................. 31

8.2 Helpの使い方 .................................................................................................................... 31

8.3 クライアント画面のウインドウの操作 .............................................................................. 32

8.3.1 ウインドウの戻し方 .......................................................................................................... 32

8.4 Jobs画面 ........................................................................................................................... 32

8.5 Parameters画面 ................................................................................................................ 33

8.6 Debug画面 ......................................................................................................................... 34



8.7 サーバ･クライアント ........................................................................................................ 34

8.7.1 現在接続しているサーバの確認 ........................................................................................ 34

8.7.2 ファイルの場所 ................................................................................................................. 35

8.7.3 処理結果の表示 ................................................................................................................. 35

8.8 データ ............................................................................................................................... 36

8.8.1 データレコード ................................................................................................................. 36

8.8.2 プロパティの扱い方 .......................................................................................................... 36

8.8.3 グローバル変数 ................................................................................................................. 36

8.8.4 グローバル変数の使い方 ................................................................................................... 37

8.8.5 データ型 ............................................................................................................................ 37

8.8.6 配列（アレイ） ................................................................................................................. 37

8.8.7 Mergeと Unmerge ............................................................................................................... 37

8.8.8 Group Dataと Ungroup Data ............................................................................................. 39

Appendix - 1. Exercise の解答例 ............................................................................................... 40

【Exercise 1.1】 Pipeline Pilot Client Professional の起動とプロトコルの実行 ........... 40

【Exercise 1.2】プロトコルの選択 ....................................................................................... 42

【Exercise 1.3】エラーの確認とパラメータの変更 ............................................................... 43

【Exercise 1.4】 Web Port からのプロトコルの実行 .............................................................. 45

Appendix - 2. お問合せ先 ........................................................................................................... 48



1 Pipeline Pilotの概要

Pipeline Pilotは、簡単な操作でデータ管理・解析やレポート自動作成ツール等を構築できるソフトウ

ェアです。ほかにも多くの優れた特徴ありますが、一番の特徴は数値データのみならず化合物の構造式、

遺伝子配列、タンパク質構造、論文、画像データなど多種多様な科学データを統合して扱える点にあり

ます。これにより、専門的なツールを簡単に構築でき、さらに簡単に共用することができるため、業務

効率化に大きく貢献できます。

Pipeline Pilotは、Text File、Word、EXCEL等一般的な電子ファイルや、様々な測定・分析機器の出

力ファイル、画像ファイルに対する入出力ができ、インターネットや各種 DB との連携も容易にできま

す。また、これらデータを統合的に扱えるため、性質の異なったデータ間での計算、加工、解析が可能

であり、複数業務の一括化や異種間データの解析ツールを構築することができます。更に、処理したデ

ータから表やグラフも簡単に作成でき、レポート作成の効率化に便利なツールでもあります。

以下に Pipeline Pilotの主な利点を説明いたします。

簡単にツールを構築

予め用意されたパーツを配置するだけでレポーティングやデータ解析ツールを簡単に構築可能。

データの高速＆並列処理

複数のパーツが流れ作業でデータ処理するため、大量データも高速に処理させることができます。

様々なデータ形式に対応

Text、Office Document、ＤＢへの接続はもとより、タンパク質の構造データや、遺伝子の配列情報、

画像ファイル等様々なデータ形式に対して読取／書込を簡単に行えます。

他アプリケーションとの連動、処理の統合と自動化

他アプリケーションと連動して動かすことができ、複数の処理を統合可や、自動化させることが可能

です。

Pipe

ここをデータレコードが

流れる。

Component

Reader/Writer、統計、

グラフ、表示など様々な

機能モジュールが用意

されている。

Protocol

Componentと Pipeで

構成されるプログラム

ム。

ベルトコンベアーのように、Pipeを流れるデータレコードを各 Componentが流れ作業で

処理を行うので、大量のデータも効率良く処理できる。



2 Pipeline Pilotのサーバーとクライアント

Pipeline Pilotは Client/Server型のソフトウェアです。

データ処理は全て Pipeline Pilotがインストールされたサーバー上で実行され、操作はすべてクライア

ント上のプログラムから行います。クライアントのプログラムには下記３種類があります。

なお、下記説明で出てくる“プロトコル”とは、Pipeline Pilot上のプログラムのことであり、“コン

ポーネント”とは、プロトコルを構成する機能単位の部品です。これらの詳しい説明は、「4. Pipeline

Pilotの主な構成」にて記載されています。

●クライアントの種類

・ Professional

全ての操作が行えます。複雑なプロトコルの作成や、独自のコンポーネントの開発、Web Port

によるプロトコルの共有をおこなうことができます。

・ Lite

既存のコンポーネントを使ったプロトコルの開発ができます。

・ Pipeline Pilot Web Port

Internet Explorer などの Web Browser上で動作する Clientです。Professionalで Web Port

に公開したプロトコルを実行できます。実行専用で、プロトコルやコンポーネントの開発はでき

ません。ユーザーは Pipeline Pilotをインストールするが必要が無く、Web Browserから Pipeline

Pilotの Serverに接続して使用します。

この Lessonでは Professional の使用を前提として進めます。

Tips

１台の PCに Pipeline Pilot Serverと Clientのソフトウェアをインストールし

て使用できます。この場合、PC の中で Server と Client のソフトウェアが通信を

しながらプロトコルを実行しています。



3 Pipeline Pilot Client Professionalの起動とプロコルの実行

Pipeline Pilot Client Professional をインストールすると、デスクトップと Windows の「スタート」

メニューにアイコンが登録されます。これらをダブルクリックすることで Pipeline Pilot Client

Professionalを起動することができます。

プロトコルは、画面の左側に位置する Explorer Windowの下部のタブバーで「Protocols」タブを選択

し、目的のコンポーネントをダブルクリックすると Work Spaceに読み込まれます。次に画面上部のツー

ルバーの「Run Protocol」ボタンをクリックするか「F5 キー」を押すとプロトコルを実行できます。

Explorer

Window

Protocolsタブ

Run Protocol ボタン Work Space



【Exercise 1.1】 Pipeline Pilot Client Professional の起動とプロトコルの実行

目的

Pipeline Pilotの起動とプロコトルの実行方法を確認します。

内容

Pipeline Pilot Client Professional を起動したあと、プロトコル「Example Protocol」をダブルクリック

で選択し実行します。

「Example Protocol」は、Examples>Generic＞Example Protocolにあります。

確認事項

プロトコルをダブルクリックしたときの画面の変化を確認してください。

実行結果を確認してください。

「Example Protocol」プロトコル中に書かれている説明や、Helpの内容を確認しましょう。

他にどのようなプロコルがあるか、Explorer Windowで確認してみましょう。Explorer Windowで

プロトコルを選択すると、下の Help Windowにそのプロトコルの概要が表示されます。



4 Pipeline Pilotの主な構成

本章では、プロトコル（プログラム）開発に必要な項目を説明いたします。

4.1 データレコード

Pipeline Pilotは、ファイルや DB等からデータを読み取り、順次パイプに流します。データはパイプ

の中を流れ、パイプライン上のコンポーネントは流れ込んできたデータを処理し、処理結果を次のパイ

プ流します。このパイプの中を流れるデータの単位がデータレコード(data record)です。

データレコードは１レコードの中に複数のデータを持つことができ、データの型も、整数、実数、論

理値、画像、分子構造など、多種多様なものを混在させることができます。また、各データはプロパテ

ィと呼び、それぞれ名前と値を持っています。

データレコード内のプロパティは、コンポーネントにて処理されるときに、値が変化したり、プロパ

ティそのものが増減したりします。よって、流れてきたレコードによってプロパティの構成が異なるこ

ともあります。

レコード

１行が１レコード

レコードによって、存在しない

プロパティがある（空白の部分）。

つまり、レコード事にプロパティの

構成が異なる。

プロパティ名

１レコード

複数のデータから

構成される。

化合物の構造式

構造式や画像など、特殊な

データも、そのまま扱える。

文字列データ

整数データ

実数データ

プロパティ名

レコード毎に定義されている。

値



ファイル読込みグループ

ファイル読込みのための

コンポーネント群

ファイル書込みグループ

フィルタリング・ループ

データレコード操作グループ

4.2 コンポーネント

Pipeline Pilotでは、特定の目的を実現するための機能をパーツ化し、コンポーネントとして提供して

います。コンポーネントにはファイルの読書、データ処理、データ分類、グラフ作成、データ表示、レ

ポート作成等、データ処理に欠かせない機能が１０００種類以上あり、機能によってグルーピングされ

ています（右図参照）。

各グループの代表的なものを以下に示します。

オプションの機能などにより他にも幾つかのグル

ープがあります。

File Readers

各種ファイルの読込機能です。ファイル形式

毎にコンポーネントが用意されています。

File Writers

各種ファイルの書込み機能です。ファイル形

式毎にコンポーネントが用意されています。

Filters

様々な条件でレコードをフィルタリング（分

類）する機能です。

Manipulators

データレコードやその中のプロパティの変更・結合・分割といった操作を行う機能です。

Utilities

データの一時保存や、ファイル操作など、特定の目的の機能を提供します。

Viewers

HTML、EXCEL、ダイアローグなどの形式でデータやメッセージを表示させる機能です。

コンポーネントのデータレコードの入出力口をポートとよびます。ポートには下記の三種があります。

Inputポート

データレコードが入ってくるポートで、コンポーネントの左側にあります。

Outputポート

コンポーネントでの処理が正常に終了したデータレコードを出力するポートで、コンポーネントの

右側上段についており緑色です。

Failポート

コンポーネントでの処理が正常に処理できなかった、もしくは不要と判断されたデータレコードを

出力するポートで、コンポーネントの右側下段についており赤色です。

Tips

目的によって、各ポートの使用、未

使用をコンポーネント右クリックメ

ニューの「Toggle Ports」で変更で

きます。



コンポーネントの多くは、処理条件を設定するパラメータを持っています。パラメータには、必ず設

定しなければならない必須パラメータと、必要時のみ設定すればよいパラメータがあります。必須パラ

メータが設定されていない場合は、そのパラメータ入力欄とコンポーネントが赤色で表示されており、

パラメータが入力されると、赤色表示が解除されます。

コンポーネントを選択すると、画面右下の

Parameters Windowにパラメータが表示される。

必須パラメータが入力されていないと、そのパラメ

ータ名が赤色で表示される。

必須パラメータが設定されて

ないコンポーネントは赤色で

表示される。



4.3 パイプライン

各コンポーネントはパイプで接続され、この中をデータレコードが流れます。コンポーネントの Input

ポートから流れ込んだデータレコードは、コンポーネント中で処理され、Passポートもしくは Failポー

トから出力されます。コンポーネントにて正常に処理されたデータレコードは緑色の Passポートから出

力され、異常もしくは適用外と判断されたデータレコードは赤色の Failポートから出力されます。

ひとつのポートから複数のコンポーネントにパイプを接続すると、同じデータレコードがコピーされ、

それぞれのコンポーネントに同じデータレコードが流されます。

また、複数のコンポーネントから一つのコンポーネントの Input ポートにパイプを接続すると、接続

元から流れてきた各データレコードが別々のレコードとして順次接続先に流れ込みます。

データがコピーされて

流れ出る。

データレコードが

合流される。

Filter で”正”と判断された

レコードが流れ出る。

Fail ポートにパイプが接続さ

れていないので、’偽’と判断さ

れたレコードは捨てられる。

Filter で”偽”と判断されたれ

データレコードが流れ出る。

Tips

Shift+Ctrl+Bキーで、パイプを曲線的に表示したり、直線的に表示したり切り替えられます。

曲線で表現した例



4.4 プロトコル

コンポーネントとパイプで構成された一連の処理（プログラム）です。プロトコルが実行されると、

最左上のコンポーネントから実行され、パイプが接続されている順に、順次右側へ処理されたデータレ

コードが渡され、通過したコンポーネントにて処理が成されます。処理の内容は大きく入力パート、処

理パート、出力パートの三種に分類されます。

一つのプロトコルに、複数のパイプラインを配置できます。この場合、上段から処理がなされ、上段

でデータレコード全ての処理が終了すると、下段の最左端から処理が始まります。この時、上段で処理

されたデータレコードは下段に渡されません。上段の処理結果のデータを下段の処理で必要とする場合

は、パイプで接続するか、ファイル、DB、キャッシュ等の Writerコンポーネントを使いデータレコード

を一時保存し、後から対応する Readerコンポーネントを使って読み出して利用します。また、コンポー

ネント内で共通に使用できる Global変数もありますので、これを使ってデータを一時保存することも可

能です。これらコンポーネントや Global変数については、別の Lessonにて紹介致します。

また、複数のプロトコルをサブプロトコルとして、一つに纏めることができます。これにより、機能

単位にコンポネントをサブプロトコル化し、プロトコルを見やすく整理することができます。

サブプロトコル化は、サブプロコトル化したいコンポーネントとパイプを選択した状態で、右クリッ

クし”Collapse to Subprotocol”を選択するとサブプロトコル化できます。

選択し、右クリックメニューの

Collapse to Subprotocolで

サブプロトコル化

ダブルクリックで

サブプロトコルを

開ける。

入力

パート

処理

パート

出力

パート

一段目の処理

二段目の処理

段の処理順

この段のデータレコードの処理はここで終了



サブプロトコル化するとサブプロトコルのアイコンとして表示されますが、コンポーネントと同じ

アイコンが使われます。コンポーネントとサブプトコロルを見分けるには、アイコンの左下にサブプロ

コルであることを示すマークが表示されますので、これにて見分けます。

またプロトコルの中に、メモ用紙を張り付けるようにコメントを入れることができる Sticky Note機

能があります。Sticky Note には、プロトコロルに張り付けられるものと、コンポーネントに張り付けら

れるものの二種類があります。

プロトコルへの Sticky Noteの貼り付け方

プロトコル描画エリアの背景の部分で右クリックし「Add Sticky Note」を選びます。

コンポーネントへの Sticky Noteの貼り付け方

コンポーネントを右クリックし「Add Sticky Note」を選びます。

プロトコルの Sticky Note

コンポーネントの Sticky Note

サブプロトコルであることを示す

マーク



5 Pipeline Pilot Client Professionalの操作

本節では、Pipeline Pilot Client Professionalの基本的な機能説明を行います。

5.1 各部の名前と機能

Pipeline Pilot Client Professional の画面は、複数の部分にタイル状に分かれており、プロトコル

を開発するにあたって操作しやすい構成になっております。

各部の名称は、下図のとおりです。

1. Menu Bar

プロトコルの Open/Close/Save、編集、その他ツールの起動や環境設定、ヘルプなどを選べます。

2. Toolbar

プロトコルの編集や実行に関する機能など、よく利用する機能へのショート・カットボタン

が配置されています。

3. Search Bar

プロトコルやコンポーネントの検索 Bar です。キーワードを入れて Enter を押すと検索結果

が Explorer Windowに出力されます。またキーワード入力欄の左側の Showアイコンをクリック

すると、４の Explorer Windowをリスト表示もしくは階層表示に切り替えできます。

4. Explorer Window

プロトコルとコンポーネントの表示・選択エリアです。下の Explorer Tabs で表示するもの

を変更できます。



5. Explorer Tabs

Explorer Windowに表示するものを切り替えます。

6. Network Tab

ネットワーク上の Pipeline Pilot Server に接続している場合、この Tab を選択することに

よりネットワーク上の Pipeline Pilot Server に格納されているプロトコルやコンポーネント

を参照できます。

7. Component Reference Help

Left Windows（左下の Window）に表示されるヘルプです。Left Windows の Tab で Help をク

リックすると表示されます。ヘルプの内容は、他のエリアで選択しているものにより表示され

る内容が変わります。プロトコルやコンポーネントを選択するとそれらのヘルプ、右下の

Parameters windowを選択するとパラメータの説明が表示されます。

8. Left Windows

左下にある各種情報表示エリアで、Tabを切り替えることにより表示される情報を変更できま

す。初期状態では上記の Helpが選択されておりますが、他に実行したプロトコルの実行状況の

一覧を表示する Job Winodow、実行中のデータを蓄積して見られる Check Point 機能を有効にし

た場合にデータを表示させる Checkpoint Data Window と、Debug モードでプロコトルを実行し

たときに Debug 情報を表示させる Debug Messages、そしてプロトコルが実行可能かどうかチェ

ックする Validation機能の結果を表示する Validationを表示させることができます。

9. Favorites Bar

よく使うプロトコルやコンポーネントのショートカットをここに配置でき、簡単に探し出せ

るようにできます。配置方法は、Explorer Window や Workspace からドラッグ＆ドロップで

Favorites Barに移動させると各プロトコルやコンポーネントのショートカットを作成できます。

10. Workspace

プロトコルの編集、表示、実行時のための表示領域で、プロトコルの内容が表示されます。

Explorer Windowや Favorites Barからプロトコルやコンポーネントをドラッグ＆ドロップでコ

ピーすることによりプロコトルを作成することができます。

11. Status Bar

プロトコルの実行状況を表示します。

12. Protocol Task Bar

現在開いているプロトコルやサブプロトコルの表示を Tabで切り替えられます。

13. Parameter Window

プロトコルや各コンポーネントのパラメータの表示・変更を行う Windowです。

14. Right Windows

上記の Parameter Windowを表示している領域ですが、下の Tabで表示する情報を変更できま

す。選択できるTabは、Workspaceで選択しているものや画面表示の設定によって変化しますが、

その種類には Information、Parameters、Implementation、Web Service、Error Handlingがあ

ります。

15. Active Server Bar

接続先の Pipeline Pilot Serverを表示しています。ダブルクリックすることでサーバー選択

ダイアローグが表示され、接続先のサーバーを変更することが可能です。



【Exercise 1.2】プロトコルの選択

目的

Pipeline Pilotの画面の機能を知り、目的のプロトコルをすぐに探せるようにします。

内容

「Compute Statistics」を下記２種の方法で選択し、プロトコル・ウィンドウに表示させます。

Web Services> Examples> Genericの下にあります。

方法１ Explorer Windowのフォルダー階層表示から探す。

方法２エクスプローラーの検索機能を使って探す。

確認事項

プロトコルを表示し、各画面の機能を確認してください。

e.g. プロトコル・タスクバーの Help

パラメータ・パネルの表示切替

ツールバーの各アイコンの機能



5.2 ファイルのブラウズ

データ読込のためのファイルや、ファイルの格納先を指定する場合、ファイル格納場所の指定は、プ

ロトコルやコンポーネントのプロパティで指定します。プロパティには幾つかのデータタイプがありま

すが、ファイル格納場所の指定は“URL Type”であり、ネットワーク上のフォルダーやファイルの場所

を URL形式で指定することになります。

URL形式のプロパティでファイルの格納先を指定する場合、該当するプロパティの入力欄に直接入力す

るか、入力欄右端のボタンをクリックしファイルブラウザで指定できます。

なお、Pipeline Pilot のプロトコルはすべてサーバー上で実行されているので、ここで指定するファ

イルパスもサーバーから見える場所のみ指定可能です。よって、ローカルＰＣ上のファイルを処理させ

る場合、一旦サーバー上のフォルダーにファイルを移動するか、ローカルＰＣのフォルダーを共有設定

しておき、サーバーからローカル PCのフォルダーが見えるように設定しておくことが必要です。

ここをクリック

するとファイル

ブラウザが開く



ファイルブラウザを開き左側の Shortcuts をクリックすると参照できるフォルダーの一覧が表示され

ます。この一覧はユーザーがフォルダーへのショートカットを設定できる”My Shortcuts”と、Pipeline

Pilotのサーバーから参照可能なフォルダーへの”Server Shortcuts”の二種類が表示されます。

Server Shortcutsの中には、Pipeline Pilotがインストールされた際に同時にインストールされたサ

ンプルデータへのショートカットも含まれます。本レッスンで利用するデータは”Generic Data”の中

に入っています。

ユーザー設定の

ショートカット

サーバーで

設定されている

ショートカット



5.3 エラーの確認

プロトコルやコンポーネントのプロパティで必須となっているものが設定されていないと、該当する

部分が赤くなり、実行ボタンが無効となっており実行できない状態になっています。この場合、赤色で

表示されているプロパティを全て設定することにより、実行できるようになります。

また、プロパティに値が設定されていても、これに誤りがあった場合、実行途中にエラーとなり、エ

ラーメッセージが表示され、エラーが発生しているコンポーネントの上にエラー発生マークが表示され

ます。

エラーダイアローグにはエラーとなった理由が記されていますが、「Details」ボタンをクリックする

と、さらに詳細な情報を確認することができます。

エラーダイアローグで「OK」ボタンをクリックするとダイアローグが閉じ、エラー発生マークも消え、

プロトコルを修正できるようになりますが、もう一度エラー内容を確認したい場合は、ToolBarの

「Show/Hide Protocol Errors」をクリックするとエラー情報を再度表示させることができます。

Show/Hide Protocol Errors

ボタン

エラー発生マーク

エラーダイアローグ



【Exercise 1.3】エラーの確認とパラメータの変更

目的

パラメータの設定間違いによるエラーの確認と、その修正方法を確認します。

内容

予めパラメータにエラーが設定してある「Exercise 1.3」を実行し、エラーがでることを確認した上で、

エラー発生箇所を修正し、正常に動作させるようにします。

Step１「Exercise 1.3」を実行し、エラーが発生することを確認します。

Step２エラーが発生しているコンポーネントのプロパティを変更し、正常に動作するようにします。

ヒント：「Exercise 1.3」は下記処理を行うプロトコルです。

１．CSVファイル“data¥Tables¥zoo.txt”を読み込む。

２．読込んだ順番を各データレコードの Indexというプロパティに番号付する。

３．読込み順である Indexの小さいほうから５０個のデータレコードを選択。

４．残った５０個のデータレコードを表示

確認事項

下記項目に注意して確認してくだい。

エラーの内容

各コンポーネントの処理内容



6 Pipeline Pilot Web Port

本節では、Pipeline Pilotのサーバーに Internet Explorer 等の Webブラウザから接続し、プロトコ

ルを実行する Web Portの使い方について説明いたします。

6.1 Pipeline Pilotの Client-Server Architecture とファイル・アクセス

Pipeline Pilotは、Client-Server型のソフトウェアであり、すべてのプロトコルは Server上で実行

されます。Batch 処理などでプロトコルを自動実行させる場合を除いて、通常プロトコルの実行指示は、

Client PC から、本書 4 ページ記載の 3 種の Client（Professional、Lite、Pipeline Pilot Web Port）

のソフトウェアを用いて行います。

全てのプロトコルは Server 上で動かすため、プロトコルからアクセスするファイルや DB は全て、

Server 上からアクセスできなければなりません（下図参照）。

Tips

URI(Uniform Resource Identifier)：統一命名規則のこと。ネットワーク上のどのコンピュータから

もアクセスできるようにしたファイルパスの記入規則。

例： ¥¥server3¥データ¥file2.sd



Client PCに保存しているファイルを Pipeline Pilotにて処理させる場合、Serverから参照できる位置

にファイルが置かれている必要があります。具体的には、Client PCのファイルが置かれているフォルダ

ーを共有設定し、Pipeline Pilot の Serverから見られるようにしておくか、Pipeline Pilotの Server上

のフォルダーを共有設定し、Clientの PCからファイルを書き込めるようにしておく必要があります。

Pipeline Pilotで処理させる前にこれらフォルダーに処理させるファイルを置き、処理を実行します。

6.2 Web Portの起動

Web Portは、Internet Explorer や Fire FoxなどのWebブラウザから、Pipeline Pilotのサーバーの

URLと Pipeline Pilot接続要のポート番号を指定して、サーバーに接続して使います。URLとポート番

号はサーバーに Pipeline Pilotをインストールしたときに決定しますが、下記手順で確認することができ

ます。

① Pipeline Pilot Professional Client の Help メニューから”Server Home Page”を選択し

Server Home Pageを開きます。

② Pipeline Pilot Web Portをクリックします。

③ セイキュリティ注意メッセージが表示される場合がありますが、その場合「閲覧を続行する」

を選択してください。（設定によっては出ない場合があります。）

④ Pipeline Pilot Server の管理者に設定してもらった、ユーザー名とパスワードにログインし

てください。

⑤ Pipeline Pilot Web Portが開きますので、Web ブラウザのURL入力欄に表示された URL

とポート番号を確認してください。

例「http://192.168.10.200:9944/webport/default/main.htm」（9944の部分がポート番号）



手順の⑤で表示されたURLをお気に入りに登録しておくと、お気に入りから直接Web Portを開くこ

とができます。なお、ログインはWeb ブラウザからWeb Portにアクセスした最初に一回だけです。Web

ブラウザを閉じない限りログインしなおす必要はありません（シングル・サインオン機能）。

ログインが完了すると、下図のようにWeb Portで実行可能なプロトコルの一覧が表示された Library

画面が表示されます。右上に画面を切り替えるアイコンが４種ありますが、このアイコンの一番左側の

「Library」ボタンをクリックすると、この Library画面が表示されます。



6.3 Web Portからのプロトコルの起動と入力ファイルの指定

Web Portの Library画面から目的のプロトコルをダブルクリックすると、プロトコルを起動できます。

起動するとプロコトル実行画面に移り、画面左上のアイコンも「Protocol」が選択された状態になります。

起動したプロトコルが、入力パラメータを必要とする場合、左側のフレームにパラメータを入力する領

域が表示されます。パラメータ入力後、「Submit」ボタン（もしくは、これに類するボタン）をクリック

することにより入力完了となり、プロトコルが実行され左側のフレームに実行結果が表示されます。入

力パラメータが無い場合は「Submit」ボタンのみが表示され、実行結果が右側のフレームに表示されま

す。

実行結果表示

フレーム

入力パラメータ

入力フレーム



入力パラメータにてファイルを指定する場合、「Brows..」ボタンをクリックするとファイルブラウザ

が表示されます。この時、Pipeline Pilotの Serverから参照できるフォルダーの一覧が表示されるので、

目的のフォルダーを開き、ファイルを選択してください。なお、ファイルブラウザにて Pipeline Pilot

の Server上のファイルを選択する場合、コントロールキーを押しながら複数のファイルを選択すること

ができます。ファイルを選択し終わったら「Add selected files」をクリックすると、選択されたファイ

ルが下部の「Selected Files」に一覧として表示されます。

複数のファイルを「Add This File」で指定した場合、ファイルブラウザ下部の「Selected Files」に選

択したファイルが表示されます。一度選択したファイルを選択状態から外したい場合は、「Selected Files」

中の削除したいファイル名の右に表示されている「Remove」をクリックしてください。

クリック

ファイルブラウザ

My ComputerをクリックするとクライアントＰＣのファイルも選択可能

参照で選択し、Add This File

をクリックで、Serverにファ

イルがコピーされる。



6.4 Web Portからのプロトコルの実行状況を確認

実行中のプロコルの状態や、実行完了したプロトコルの実行結果をジョブリストで確認することがで

きます。右上の「Jobs」アイコンをクリックすると、ジョブリストが表示され、Protocol Name、Status、

Start Time、Elapsed Timeが表示されます。各列の見出しをクリックすると、その項目でソートされ、

再度同じ列見出しをクリックすると逆順でソートすることができます。この一覧から、ジョブの停止

（「Stop」ボタンをクリック）や、ジョブの削除（左のチェックボックスで選択後「Delete」ボタンをク

リック）することができます。



【Exercise 1.4】 Web Port からのプロトコルの実行

目的

Web Portからプロトコルを実行する方法を習得します。

内容

Web Portからアクセスし、

Web Services> Web Port Examples>Generic>XY Scatter Plot Utility

を実行し、結果を確認するとともに、パラメータを変更して実行します。

Step１ XY Scatter Plot Utilityを実行し結果を確認します。

Step２ Sourceのパラメータを

Data > Examples > 135Benzodiazepines.sd

に変更して実行結果を確認します。

Step３ Jobの実行結果を確認します。

確認事項


ファイルブラウザの操作方法

Job一覧の表示内容



7 その他のトピックス

本節までに説明されておらず、Pipeline Pilotを使う上で特に必要な情報を本章にて説明いたします。

7.1 Tempファイル

Tempファイルは、Pipeline Pilotが実行時に一時的に情報を記憶するためのファイルで、Pipeline

Pilotが自動的に作成・削除します。よって、ユーザーが意識して作成、管理、削除することはありませ

ん。また、Tempファイルが蓄積されても適宜自動的に削除されます。

この Tempファイルの格納先については、下記の場所で設定できます。

Protocol Implementation Tempfilesパラメータ

ここで指定したグローバル変数に Tempファイルのパスが格納されます。

Reader/Writerコンポーネントの Sourceもしくは Destinationパラメータ

Tempファイルへの書込みや、Tempファイルからの読込を行う場合、Sourceもしくは Destination

のパラメータに“$(変数名)”と指定することで、Tempファイルにアクセスできるようになりま

す。



7.2 バージョン管理

プロトコルやコンポーネントの変更を行うと各バージョンが保存されます。バージョン管理機能を使

うと、このバージョンの履歴を表示し、特定のバージョンを削除したり、バージョンを指定して開いた

り、コメントを記述したりできます。

バージョン管理機能は、目的のプロトコルやコンポーネントを Explorer Window で右クリックし、

“Show Versions…”を選択して開きます。

コメントの追加は、該当するバージョンの Commentsセルをクリックして編集します。

特定のバージョンの削除は、バージョン管理ダイアローグのリスト中で、目的のバージョンを右クリッ

クし”Delete”を選択します。閲覧は”Open”で選択すれば目的のバージョンが開かれます（コンポーネン

トの場合は、編集中のプロトコルに配置されます。）

なお、Export 等を使ってプロトコルやコンポーネントを XML ファイルに出力すると、バージョン情

報が削除されて出力されます。

Comments セル



7.3 SciTegic Help Center

Menu Barの Help（F1 もしくは Tool Barの iマークのアイコンをクリックで開けます）から閲覧

できる”Pipeline Pilot Help Center”には、Pipeline Pilotの説明から操作方法、用語解説、チ

ュートリアルなど様々な情報が含まれています。Pipeline Pilotを使うにあたって有益な情報が多

数含まれていますので、是非ご活用ください。

Help Centerには、ユーザー、管理者、開発者別のメニューがあり、それぞれタブで選択できます。



8 プロトコル開発に関する基本知識

8.1 Pipeline Pilot開発用 GUI-Professional Client の使い方

ここでは、Pipeline Pilotでプロトコルを作成・公開するのに使うクライアント画面の基本的な特徴と、

使用するにあたって最低限必要な項目を説明します。

8.2 Helpの使い方

Pipeline Pilotクライアント画面でF1を押すと（もしくはツールバーからHelp Help Centerを選択）、

以下のような Help画面が表示されます（英語のみ）。

画面左側の階層構造を開くと、項目に関連した内容を掘り下げて探すことができます。また画面右上の

検索ボックスに検索したい言葉を入力すると、それに関連した Helpの一覧が表示されます。

なおコンポーネントを選択した状態で F1を押したときや、ウインドウにあるHelp を選択した場合には、

内容に関連付けられた Help画面が表示されます。

前述の Help画面とは別に、クライアント画面左下には、選択しているプロトコル、コンポーネント、パ

ラメータの簡易 Helpが表示されます。



8.3 クライアント画面のウインドウの操作

Pipeline Pilot のクライアント画面は、複数のウインドウ（Protocols/Components、Help/Jobs、

Parameters/Implementation など）がプロトコル表示画面にドックした状態になっています。ウインド

ウのタイトルバーをドラッグすると、そのウインドウが単独で移動できたり、閉じたりできるようにな

ります。またウインドウの境目で矢印が表示された状態で、左クリックでドラッグすると、ウインドウ

の大きさが変更できます。

8.3.1 ウインドウの戻し方

もし誤ってウインドウを消してしまった場合や、ウインドウの配置が散在してしまった場合には、ツー

ルバーから View Restore Window Locationsで Startup Layoutや Default Layoutを選択してくださ

い。

8.4 Jobs画面

Pipeline Pilotで実行したプロトコルは、管理者が設定した件数の履歴が Jobsに保存されます。Jobsは

画面左下に表示されていますが、もし存在しない場合にはツールバーから、View Jobs Windowを選

択してください。

左列のプロトコルマークは、現在ワークスペースに開かれているプロトコルを示します。Protocol Name

は実行したプロトコル、Statusには終了・実行中・エラーの何れかが入り、Start Dateには実行した日

時が表示されます。



プロトコル名の隣の＋マークを展開すると、プロトコル実行時に出力されたファイルの一覧が表示され、

クリックすると結果を表示できます。プロトコル実行直後のウインドウを閉じた後から、結果を呼び出

したいときに便利です。

8.5 Parameters画面

コンポーネントやプロトコルのワークスペースをクリックすると、画面右下にコンポーネントやプロト

コルの動作に必要なオプションを設定する Parameters画面が表示されます。

赤文字で示されたオプションは動作に必須な項目で、入力することで黒に変わります。すべての赤文字

のオプションが設定されると、コンポーネントが赤から水色や緑色に変わります。

通常 Parameters画面には Parameters しか表示されませんが、コンポーネントの情報（Information）

やエラー処理の設定（Error Handling）を見る場合には、ツールバーから View Component Windows

から Informationや Error Handlingを選択してください。



8.6 Debug画面

ツールバーの View Debug Windows の Debug Message をクリックすると、PilotScript などのスクリ

プト環境でデバッグ出力に文字列を出力し、かつ Run Protocol With Debuggingで実行した場合に、Debug

Message に表示されるようになります。

8.7 サーバ･クライアント

Pipeline Pilotはサーバ・クライアント・アーキテクチャを採用しており、表示以外の計算は殆どサーバ

マシンで実行されます（on Clientのコンポーネントは除く）。クライアントはプロトコルの作成や実行、

結果画面の表示に使われます。

8.7.1 現在接続しているサーバの確認

クライアントが接続しているサーバ名は画面右下に表示されます。

サーバ名：ポート番号（PPサーバのバージョン） - ログイン中のユーザ名

複数台の PPサーバが存在する場合には、ここをダブルクリックすると接続先のサーバを設定できる画面

に入ります。

計算は全てサーバ

クライアントはプロトコルの作成と

結果の表示のみ



8.7.2 ファイルの場所

クライアントにあるファイルを使って処理の実行する場合は、あらかじめサーバ側にアップロードする

必要があります。これは、コンポーネントの Destination パラメータでクライアントにあるファイルを

選択した際に、アップロードするかどうか自動的に聞いてきます。

ここで OKを選択すると、クライアントのファイルがサーバの$(UserDir)にコピーされ、Destinationパ

ラメータの参照先も自動的に変更されます。

8.7.3 処理結果の表示

HTML Table Viewer などを末端に付加してプロトコルを実行した場合、結果はサーバ上の HTML ファイル

に出力されます。

クライアントから処理結果を見るためには、ウェブブラウザでサーバ上の該当するファイルに接続する

ことで表示します。

計算に使うクライアント PC のファイ

ルは、PPサーバにアップロードして使

います



8.8 データ

8.8.1 データレコード

プロトコルのなかのパイプを流れる一つ一つは、データレコードと呼びます。

各データレコードには、オブジェクトとそれにひもづくプロパティが階層構造で入っています。

オブジェクトには、generic をはじめに、Molecule、SciTegic.Sequence、SciTegic.Spectrum など、デ

ータの形状に合わせて様々なものがあります。一旦オブジェクトができると、関連するコンポーネント

を使えるようになり、オブジェクトにひもづく値の取得や計算ができるようなります。

文字列や数値だけを扱う場合には、genericというオブジェクトにプロパティのみが入ります。

8.8.2 プロパティの扱い方

プロパティをつくるには、Create New Propertyコンポーネントを使います。データが流れているパイプ

の間に、Create New Propertyコンポーネントを加えると、新しいプロパティが追加されます。

不要なプロパティは Delete Property で削除できます。またプロパティ名を変更したいときは、Rename

Propertyを使います。

HTML Table Viewerで表示されるプロパティの順序を変えたい場合は、Delete Propertyで Keepを選び、

プロパティの並べたい順番にカンマ区切りで記入してください。

8.8.3 グローバル変数

Pipeline Pilot ではデータレコードに入るプロパティ以外に、グローバル変数を使ってデータや値を持

つ方法があります。

グローバル変数に値を設定すると、様々な場所で同じ値を使うとき（複数の Delimited Text Reader で

同じファイル名）、一箇所だけ変えることで、グローバル変数を参照している箇所を一度に変更できます。

グローバル変数の設定方法は、Custom Manipulatorで PilotScriptを記述するか（後述）、プロトコルレ

ベルのパラメータを設定します。

プロトコルレベルのパラメータを設定するには、プロトコルの白地をクリックした状態（コンポーネン

トにフォーカスされていない状態）で、右クリックを押して Edit を選び、Add Parameter（＋）を押し

てパラメータを追加します。

Parameter nameには任意の名称を設定してください。グローバル変数の名前になります。Parameter type

は文字列を使う場合には、StringType、数値や PilotScriptを使う場合には ExpressionTypeをお選びく



ださい。ファイルを選択したい場合には、URLTypeを選びます。

作成したパラメータをプロトコルの実行に必要なパラメータとしたい場合には、Required to run

protocolにチェックを入れます。

8.8.4 グローバル変数の使い方

グローバル変数は、コンポーネントのパラメータで使うことが多いです。Delimited Text Readerの Source

パラメータに、$(グローバル変数名)と設定すると、該当するグローバル変数の中身を Source パラメー

タに設定したのと同じようになります。

PilotScriptを使う場面（Custom Filter (PilotScript)など）では、@グローバル変数名で呼び出します。

＜ローカル変数；スコープは６＞

8.8.5 データ型

Pipeline Pilot でプロパティやグローバル変数を使うときは、特に数値型・文字列型などのデータ型を

意識する必要はありません。

ただし一つのプロパティに複数の値が入っている場合には注意が必要です。

8.8.6 配列（アレイ）

以下のように HTML Table Viewer で表示した際に、１つのセルに複数の値が入っている状態を配列とい

います。配列は Mergeした後に作られることが多く、Unmergeすることでデータレコードに分解すること

ができます。

8.8.7 Mergeと Unmerge

データレコード含まれるプロパティで Merge Data を行うと、指定したプロパティに同じ値を持つデー

タレコードが融合され、他のプロパティのデータが一つのセルに配列として入ります。

複数のプロパティ名を指定して Merge Data を行うと、複数でデータレコードが融合できる場合のみ

Mergeされます。



例）propと valueでMerge Dataした場合

Unmerge Data は配列を分解して、単一のデータレコードに変換します。デフォルトでパラメータにプ

ロパティ名を指定しないで実行した場合は、全てのプロパティの配列が分割され、単一のプロパティは

コピーされます。

例）デフォルトでUnmerge Dataをした場合

もし各プロパティで配列数が異なる場合には、配列が少ないプロパティには Unmerge Dataの後に空欄

が入ります。

このような状況では、Unmerge Data でプロパティ名を指定すると、指定したプロパティの配列のみが

分割され、他のプロパティの内容はコピーされます。



このほか、Merge Dataには様々な挙動があります。

デフォルトでは、Mergeしたデータは全て残ります（MergeBehaviorが Keep All）。最初に出現したデ

ータのみを残す場合（KeepFirst）、

8.8.8 Group Dataと Ungroup Data

複数のデータレコードを区切りながら一つの集まりとして処理するには、Group Dataを使ってデータを

グループ化することで可能です。グループ化したデータそのものに処理することはなく、Ungroup Data

を使って元に戻した後に、処理することが可能です。

実際には、サブプロトコルの RunToCompletionと組み合わせて使用します。

以下の例では、Group Data by Number で SD ファイルを 100 個ごとのデータにまとめます。さらに

RunToCompletion を True にしたサブプロトコル内で、Ungroup Data をしてファイルに出力していま

す。この際に、SD Writerのファイル名を可変にすることが重要です。



Appendix - 1. Exercise の解答例

【Exercise 1.1】 Pipeline Pilot Client Professional の起動とプロトコルの実行

目的

Pipeline Pilotの起動とプロコトルの実行方法を確認します。

内容

Pipeline Pilot Client Professional を起動したあと、プロトコル「Example Protocol」をダブルクリック

で選択し実行します。

「Example Protocol」は、Examples>Generic＞Example Protocolにあります。

解答例

下図の順番で実行します。

①

Protocols

タブを

選択

②

Examples

以下の

フォルダー

を開く

③

Example

Protocolを

ダブルクリ

ック

④

実行ボタンをクリック



実行すると「data\Tables\imports-85.txt」ファイルを読み取り、その中に記録されている車の性能な

らびに値段の一覧が表示されます。

結果は下図のように Web Browser で表示されます。「Next」や「Previous」等をクリックすると、表のペ

ージめくりができます。



【Exercise 1.2】プロトコルの選択

目的

Pipeline Pilotの画面の機能を知り、目的のプロトコルをすぐに探せるようにします。

内容

「Compute Statistics」を下記２種の方法で選択し、プロトコルウィンドウに表示させます。

Web Services>Examples>Genericの下にあります。

解答例

方法１ Explorer Windowのフォルダー階層表示から探す。

Web Services>Examples>Generic>Compute Statistics

とフォルダーを開きプロトコルを選択します。

方法２エクスプローラーの検索機能を使って探す。

Explorer Window上部の検索キー入力欄の左のアイコンをクリックし、

検索結果一覧モードにし、プロトコル名を入れて検索します。



【Exercise 1.3】エラーの確認とパラメータの変更

目的

パラメータの設定間違いによるエラーの確認と、その修正方法を確認します。

内容

予めパラメータにエラーが設定してある「Exercise 1.3」を実行し、エラーがでることを確認した上で、

エラー発生箇所を修正し、正常に動作させるようにします。

Step１「Exercise 1.3」を実行し、エラーが発生することを確認します。

Step２エラーが発生しているコンポーネントのプロパティを変更し、正常に動作するようにします。

ヒント：「Exercise 1.3」は下記処理を行っています。

１．ＣＳＶファイル“data¥Tables¥zoo.txt”を読み込む。

２．読込んだ順番を各データレコードの Indexというプロパティに番号付する。

３．読込み順である Indexの小さいほうから５０個のデータレコードを選択。

４．残った５０個のデータレコードを表示

解答例

Step１

「Exercise 1.3」を実行すると下記状態になります。Top N Filterにエラー発生マークが表示され、ダ

イアローグの内容から、’Dummy’というプロパティにアクセスできないエラーが発生していることがわ

かります。



Step2

Workspace上で”Top N Filter”のコンポーネントを選択し、右下の Parametersウィンドウで、パラメ

ータ Expressionの内容を”Dummy”から”Index”に変更します。前のプロトコル”Count and Index Data”

で、”Index”というプロパティーに読込んだ順番を１から順に格納しているので、”Top N Filter”で Index

の値が小さい方から５０個を表示残すように動作させています。

このように変更

選択



【Exercise 1.4】 Web Port からのプロトコルの実行

目的

Web Portからプロトコルを実行する方法を習得します。

内容

Web Portからアクセスし、

Web Services> Web Port Examples>Generic>XY Scatter Plot Utility

を実行し、結果を確認するとともに、パラメータを変更して実行します。

Step1 XY Scatter Plot Utilityを実行し結果を確認します。

Step2 Sourceのパラメータを

Data > Examples > 135Benzodiazepines.sd

に変更して実行結果を確認します。

Step3 Jobの実行結果を確認します。

確認事項


ファイルブラウザの操作方法

Job一覧の表示内容

解答例

Step１

Library Listから XY Scatter Plot Utilityを選択し、ダブルクリックして起動すると、左側のフレーム

にパラメータ入力画面が表示されるので、パラメータを変更せずそのまま「Submit」をクリックすると、

下図のような結果が表示されます。



Step2

Sourceの「Browse…」ボタンをクリックし、ファイルブラウザを開きます。もし Selected Filesに選

択済みのファイルがリストアップされていたら全て Removeしてから「135Benzodiazepines.sd」を選択

します。

OKをクリックし、ファイルブラウザを閉じた後、「Submit」をクリックすると、下図のような結果が

表示されます。



Step3

Jobs ボタンをクリックすると下記画面が表示されるので、表示内容を確認のうえ、各列のタブをクリ

ックしたり、Jobを削除するなどしたりし、操作方法を確認してください。



Appendix - 2. お問合せ先

御困りの事がありましたら、下記お問い合わせ先まで、e-mailもしくは電話にてお問い合わせください。

アクセルリス株式会社

カスタマーサポートデスク

サポートリクエスト窓口受付時間： 10 時～17 時

• E-mail

– [email protected]

• 電話

– 03-5532-3860

– 0120-712655（フリーダイヤル）

pipeline pilot lesson 1 - scientific informatics software...

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