ncbiでの遺伝子情報検索 「自分が遺伝子診断用のプライマー · 2019-03-31 ·...
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第19回日本遺伝子診療学会 遺伝子技術講習会
〜遺伝子診療におけるウェブツールの活用〜
2012.7.28
NCBIでの遺伝子情報検索
「自分が遺伝子診断用のプライマー
を作成するとしたら」
日本大学医学部病態病理学系臨床検査医学分野 中山 智祥
NCBIとは? 1. 米国の国立医学図書館が管理する 国立バイオテクノロジー情報センター National Center of Biotechnology Information 2. 1988年に分子生物学情報のために国家資源として 議会によって作成された。 3. あらゆる生物工学情報がアクセス可能 PubMed、OMIMのほか配列データベースである GenBank 、一塩基
多型 (SNP) のデータベースである dbSNP、ESTのデータベースで ある dbESTなど。
4. 公開されているデータは基本的に無償で利用できる。
プライマーの設定 ステップ1:遺伝学的検査用PCRプライマー設定のコツ
増幅したい部分(CAGリピート)を含まない。 各プライマーの長さは22から30塩基程度とする。 GC含量は50%-60%程度。 FとRが同じ程度の長さで FとRが同じ程度の50%-60%程度 各プライマーの表記方法は(5’-> 3’)とする。 双方がダイマーを作らないように設定。3’側が結合しないように。 文献に載っているプライマーはまず疑え。 PCRプライマーをシークエンシングプライマーに使えるように考慮。 上記条件で作成することが困難な時はF、Rともに複数発注しPCRしてみる。 CAGリピートを含まざるをえない場合もある。
プライマーの発注 ステップ1:実際にプライマーを発注する時は5’から記入する。
Sequence Name半角英数字Max20文字空白、カンマ、%、|(パイプ)は不可
Sequenceスペース不可小文字はS化する場合のみ末端修飾の場合は <Biotin>ACTTGTT等と記入してください。 混合塩基は下記の国際表記を用い、一文字にてご記入ください。B=C+G+T;D=A+G+T; H=A+C+T; I=dI(Inosine); K=G+T; M=A+C;N=A+C+G+T; R=A+G; S=C+G; U=dU(Uracil);
合成スケール0.02/0.03(0.05/0.2/1.0/10.0μ moleスケール は凍結乾燥品出荷)
精製グレードDST:脱塩RP1:逆相カートリッジカラムHPLCPAGE
合成長(単位:mer) G+C G+C% Tm
Example_Primer ACGTACGTAGCT 0.02 DST 12
HTT_F1 ATGAAGGCCTTCGAGTCCCTCAAGTCCTCC 0.02 RP1 30 17 56.7 66.5
HTT_F2 ATGGCGACCCTGGAAAAGCTGATGAA 0.02 RP1 26 13 50 61.2
HTT_R1 GGCGGTGGCGGCTGTTGCTGCTGCTGCTGC 0.02 RP1 30 22 73.3 73.3
HTT_R2 GGCGGCTGAGGAAGCTGAGG 0.02 RP1 20 14 70 63.6
HTT_R3 CAGCAGCGGCTGTGCCTG 0.02 RP1 18 13 72.2 61.7