MI BEREMO JCM CMI (oktober)

Samo Jeverica

Seminar KIBVS

VSEBINA

1. UVOD

2. JCM

3. CMI

4. ZAKLJUČEK

1. UVOD

Slika 1: Mesečni seznam želja (Jeverica)

Slika 2: Previsok hrib (Lučovnik)

Slika 2: Dolgočasenje na vrhu (Lučovnik)

2. JCM

ORIENTALSKI OČESNI ČRVTHELAZIA CALLIPAEDA

Li Y, Bourbeau P, Zheng M. Photo Quiz: A Delivery Man with an Itchy Eye. J Clin Microbiol 56, 1–1, 2018Li Y, Bourbeau P, Zheng M. Answer to October 2018 Photo Quiz. J Clin Microbiol 56, 125–2, 2018

WHO ESSENTIAL DIAGNOSTIC LIST

Schroeder LF, Pai M. A List To Cement the Rightful Place of Diagnostics in Health Care. J Clin Microbiol 56, 1212–4, 2018

SPLOŠNI

SPECIFIČNI

CM SO NAVDUŠENI NAD RAZISKAVAMI

McAdam AJ. Pitfalls in Performing Research in the Clinical Microbiology Laboratory: a Micro-Comic Strip. J Clin Microbiol 56, S68–2, 2018

CM SO NAVDUŠENI NAD RAZISKAVAMI

McAdam AJ. Pitfalls in Performing Research in the Clinical Microbiology Laboratory: a Micro-Comic Strip. J Clin Microbiol 56, S68–2, 2018

JCV ENCEFALITIS PRI 10 LETNI DEKLICI

Madigan T, Ryan CS, Huskins WC, Theel ES, Pritt BS, Palm J, Schiffman E, Strain AK, Binnicker MJ. The Brief Case: A 10-Year-Old Girl with Meningoencephalitis. J Clin Microbiol 56, 201–5, 2018

K. KINGAE IN K. NEGEVENSIS (KULTURA)

• KK in KN kolonizirata orofarinks otrok (6m-4L)• % kolonizacije do 10% (2 letih) • večinoma nevirulentni sevi / nehaj hiperviruletnih• artritis, osteomielitis, endokarditis• low bacterial load okužba (10-300 CFU/mL)

• NAAT: 16S (2x) in PCR (4x) izboljšala diagnostiko !• Koncept posrednega dokaza: kultura žrela pozitivna ob

tipični klinični sliki

• Kultura: BAV (blood agar + vankomicin); betahemolitiče kolonije

• ID: MALDI ne loči KK in KN

Yagupsky P. Detection of Respiratory Colonization by Kingella kingae and the Novel Kingella negevensis Species in Children: Uses and Methodology. J Clin Microbiol 56, 2018

K. KINGAE IN K. NEGEVENSIS (KULTURA)

Yagupsky P. Detection of Respiratory Colonization by Kingella kingae and the Novel Kingella negevensis Species in Children: Uses and Methodology. J Clin Microbiol 56, 2018

K. KINGAE IN K. NEGEVENSIS (KULTURA)

Yagupsky P. Detection of Respiratory Colonization by Kingella kingae and the Novel Kingella negevensis Species in Children: Uses and Methodology. J Clin Microbiol 56, 2018

K. kingae G-bacili

K. negevensis G-kokobacili, verižice („ghost-like celice“ - autoliza)

IDENTIFIKACIJA SHIGELLA : EIEC : E. COLI

• Shigella spp., EIEC in E. coli so zelo sorodne.

• Molekularni diagnostika temelji na detekcij virulenčnega gena ipaH, ki ga imata tako Shigella in EIEC (ne pa tudi ostale EC).

• primerjali 2 algoritma za diskriminacijo Shigello in EIEC (i) molekulanega (PCR) in klasičnega (fenotipski, serološki) (n=76)

• Molekularni = hiter in natančen• Klasičen = natančnejši ampak zamuden

• PAZI TO: 3/7 diskrepantnih izolatov niso mogli razrešiti niti z WGS !!!

• IMI rezultat: Shigella/EIEC DNA kvalitativno = neg / poz

van den Beld MJC, de Boer RF, Reubsaet FAG, Rossen JWA, Zhou K, Kuiling S, Friedrich AW, Kooistra-Smid MAMD. Evaluation of a Culture-Dependent Algorithm and a Molecular Algorithm for Identification of ///. J Clin Microbiol 56, 2018

DOT MGA DIREKTNO IZ POZITIVNIH HK

= Direct On Target Microdroplet Growth Assay

• Uporaba MALDI-TOF za občutljivost na antibiotike (AST)

• Direktno iz pozitivnih HK stekleničk

• Zaporedni izolati EB (n=28) (14 S in 14 R na meropenem)

• 4 različne priprave vzorca + 3h/4h inkubacija =

• RAST KONTROLE = 96%

• OBČ/SPE = 100%/100%

Pri nas že imamo direktne antibiograme !

Idelevich EA, Storck LM, Sparbier K, Drews O, Kostrzewa M, Becker K. Rapid Direct Susceptibility Testing from Positive Blood Cultures by the Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry-Based ///. J Clin Microbiol 56, 22–8, 2018

DOT MGA DIREKTNO IZ POZITIVNIH HK

Idelevich EA, Storck LM, Sparbier K, Drews O, Kostrzewa M, Becker K. Rapid Direct Susceptibility Testing from Positive Blood Cultures by the Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry-Based ///. J Clin Microbiol 56, 22–8, 2018

S

R

4h inkubacije6µL kapljica

HITRA DIAGNOSTIKA MUKORMIKOZ

Mukormikoze so agresivne in življensko nevarne:

Rhizopus (70%), Mucor, Lichtheimia, Cuninghamella

Diagnostika temelji na kulturi, patologiji, RTG = zamudno !

Naredili nov PCR test (cotH – spore coating encoding protein)

Mišji model okužbe:

Boljši iz urina (BAL, plazma); pozitiven že po 1d !

Test je potrebno klinično validirati !

Baldin C, Soliman SSM, Jeon HH, Alkhazraji S, Gebremariam T, Gu Y, Bruno VM, Cornely OA, Leather HL, Sugrue MW, Wingard JR, Stevens DA, Edwards JE Jr., Ibrahim AS. PCR-Based Approach Targeting Mucorales-Specific Gene ///. J Clin Microbiol 56, 556–12, 2018

BAKTERIJSKE INTERAKCIJE PRI KOPB

Bakterijske interakcije pri KOPB so specifične.

Prospektivna kohorta (USA)

4,5 let 1x na mesec, sputum, kliniko (stabilno vs. poslabšanje)

spremljali kolonizacijo s SP, HI, MC in PA.

n=183 bolnikov n=8843 obiskov.

Najmanj eno bakterijo 31%

Najpogostejše HI (14%) in PA (8%).

SP pozitivno povezana z HI. (mehanizem: ???, beta laktamaza ?)

PA negativno povezan s HI in MC.

Med poslabšanjem so se interakcije zabrisale (nov povzročitelj!).

Uporaba ATB zmanjšuje kolonizacijo z HI, SP, MC in ne vpliva na PA.

Jacobs DM, Ochs-Balcom HM, Zhao J, Murphy TF, Sethi S. Lower Airway Bacterial Colonization Patterns and Species-Specific Interactions in Chronic Obstructive Pulmonary Disease. J Clin Microbiol 56, 765–12, 2018

GLOMERULONEFRITIS ZARADI S. EQUI subsp. ZOOEPIDEMICUS

Izbruh glomerulonefritisa zaradi S. equi subs. zooepidemicus(beta strep grupa C) v Brazilji.

175 primerov APSGN (akutnega post streptokoknega GN). GN nastane 7-21 dni po okužbi.

Vir je bil mleko in sladoledar, ki je nosil sev v žrelu. Vsi sevi so bili identični. Na površini so imeli SzP protein – podoben Mproteinu GAS.

GCS je emerging patogen.Do sedaj opisanih le malo izbruhov post GCS APSGN !

Torres RSLA, Santos TZ, Bernardes AFL, Soares PA, Soares ACC, Dias RS. Outbreak of Glomerulonephritis Caused by Streptococcus zooepidemicus SzPHV5 Type in Monte Santo de Minas, Minas Gerais, Brazil. J Clin Microbiol 56, 2018

3. CMI

RCT UREDNIŠKI POZIV

RCT je najboljši dizajn študije!Ima največ možnosti, da spremeni rutino in izboljša zdravljenje

• registriran (bolje vnaprej)• CONSORT checklista• allocation concealment (bolj kot prikritost kasneje)• etična komisija in privolitev (kritično bolni?)

Bolj jih zanimajo reasercher-initiated trials – še vedno je ogromno kliničnih odločitev brez dokazov z RCT.

Diagnostični testi ? če so apriori boljši jih ne zanimajo, zanimajo pa jih diagnostične poti – če izboljšajo bolnikov izzid.

Leibovici L, Paul M. Randomized controlled trials in CMI. Clin Microbiol Infect 24, 1031–1032, 2018

MULTIPLEX PCR ZA RESPIRATORNE VIRUSE

Respiratorni virusi imajo (neločljivo) podobno klinično sliko.

Metaanaliza multiplex PCR panelov za respiratorne viruse. • Potrdi visoko diagnostično natančnost testov. • Kaj pa klinični impakt teh testov? : • Klinični outcome-i: (i) dolžina hospitalizacije, (ii) uporaba

antibiotikov.

= za influenzo so ugodni, za ne-influenzo ni razlike (odrasli).

Novejši testi z virusi in bakterijami niso bili vključeni. Potrebujemo RCT-je v specifičnih populacijah in dodatne klinične outcome.

Babady NE. Importance of accuracy of multiplex PCR systems for rapid diagnosis of ///. Clin Microbiol Infect 24, 1033–1034, 2018Huang HS, Tsai CL, Chang J, et al.. Multiplex PCR system for the rapid /// meta-analysis. Clin Microbiol Infect 24, 1055–1063, 2018

TEMA: AN OUNCE OF PREVENTION

Več denarja namenimo razvoju zdravil (97%) kot cepiv (3%). Kljub odpornosti in vplivu antibiotikov na mikrobioto !

LPS = osnovni problem (G- bakterijah)kako ga detoksificiraš in ohraniš imunogenost (=tehnično zahtevno)

Dva pregledna članka o stanju cepiv za dve doma pridobljeni okužbi: driska in okužbe sečil:

• Riddle MS, Chen WH, Kirkwood CD, MacLennan CA. Update on vaccines for enteric pathogens. Clin Microbiol Infect 24, 1039–1045, 2018

• Huttner A, Gambillara V. The development and early clinical testing of the ExPEC4V conjugate vaccine against uropathogenic Escherichia coli. ClinMicrobiol Infect 24, 1046–1050, 2018

Huttner A. An ounce of prevention. Clin Microbiol Infect 24, 1037–1038, 2018

RAZVOJ CEPIVA ZA UROPATOGENO E.COLI (ExPEC)

EC je zelo raznolika bakterija. Med 200 serotipi samo 15 povzroča UTI; 4 serotipi še posebaj pogosto (O1A, O2, O6A in O25B)

Cepiva na podlagi celičnega lizata niso bila uspešenZadnji poskus 4 valentnega biokonjugatnega cepiva ExPEC4V = polisaharid + eksoprotein A (P. aeruginosa)

• Prvi klinčni poskus ni bil uspešen (kontrolna skupina ni imela dovolj epizod UTI)

• Drugi poskus trenutno teče v USA.

V prihodnosti lahko pričakujemo cepivo za UTI !?!

Huttner A, Gambillara V. The development and early clinical testing of the ExPEC4V conjugate vaccine against uropathogenic Escherichia coli. Clin Microbiol Infect 24, 1046–1050, 2018

SMERNICE ZA PREVENTIVO CDI(ESCMID, ESGCD)

11 TOČK PRIPOROČIL:

(1) diagnostika, (2) nadzor, (3) skrining, (4) higiena rok, (5) PPE, (6) kontaktna izolacija, (7) čiščenje in dezinfekcija okolja, (8) infrastruktura, (9) antibiotični stewardship, (10) zgodnje zdravljenje, (11) izobraževanje.

V oči bode zelo nizka kvaliteta dokazov za večino priporočil: izjema (1) diagnostika in (9) antibiotični stewardship.

Tschudin-Sutter S, Kuijper EJ, Durovic A, Vehreschild MJGT, Barbut F, Eckert C, Fitzpatrick F, Hell M, Norèn et al. Guidance document for prevention of Clostridium difficile infection in acute healthcare settings. Clin Microbiol Infect 24, 1051–1054, 2018

NEIZMERNA LEPOTA

Lopes W, Reuwsaat JCV, Henning Vainstein M, Staats C, Kmetzsch L, Schrank A, Henning Vainstein M. The duality of a deadly pathogen. Clin Microbiol Infect 24, 1064–1065, 2018

ZDRAVLJENJE CARBAPENEM (R) GNB

Antibiotično zdravljenje CRGNB je kompleksno (EB, PA, ABA). Ni RCT-jev, ki bi primerjali različne terapije.

Presečna študija načinov zdravljenja v EU, Izraelu in USA.

Kombinacije uporablja velika večina (99%)• bakteremijo, pljučnico, CNS, ABD• (i) kolistin + karba ali (ii) kolistin + tige/AG/fosfomicin/rifa. • zaradi učinkovitosti oz. preprečevanja odpornosti.

Monoterapijo uporablja (50%)• samo za cUTI z AG ali polimiksini.

Kombinacija niso podprte z RCT-ji (=miskoncept)Kombinacija s karbapenemi = še posebno problematična (karbapenemi so osnovni problem)

• (i) in-vitro in (ii) observacijske študije niso ok. • ESCMID smernice so v pripravi (2018).

Papst L, Beović B, Pulcini C, Durante-Mangoni E, Rodriguez-Bano J, Kaye KS, Daikos GL, Raka L, Paul M, ESGAP, ESGBIS, ESGIE and the CRGNB treatment survey study group. Antibiotic treatment of infections caused by ///. Clin Microbiol Infect 24, 1070–1076, 2018

NOVI GBS LAMP TEST IZ KUŽNINE (HYBERGENE)

Obogatena kultura vagine in rektuma v 35-37 tednu je referenca za določanje GBS pri nosečnicah (48h).

Status se lahko do poroda spremeni!Hitri testi (NAAT) direktno iz kužnine → intrapartum testiranje (1h).Trenutno je samo en FDA odobren test.

Validacija novega Hybergene GBS LAMP testa (iz kužnine)• 400 testiranih• 376 konkordantnih, 20 diskordantnih, 4 invalid (1%). • 6 LN z novim testom, 14 LP. Od tega 9 dokazali z drugo PCR

metodo. • OBČ/SPE = 92%/95%• PNV/NNV = 83%/98%.

Irska študija; test še ni FDA odobren.

Curry A, Bookless G, Donaldson K, Knowles SJ. Evaluation of hibergene loop-mediated isothermal amplification assay for detection of group B streptococcus in recto-vaginal swabs: a prospective diagnostic accuracy study. Clin Microbiol Infect 24, 1066–1069, 2018

DOLŽINA ZDRAVLJENJA E. COLI (EC) BAKTERIEMIJE

EC je najpogostejši izolat iz hemokultur. Ali je krajša dolžina zdravljenja (≤10d) povezana z umrljivostjo (90d) in relapsi (90d)?

retrospektivna enocentrična italjanska študijan=856 bolnikov; 426 (≤10d) in 430 (>10d).

• umrlo = 47 bolnikov → dolžina Th ne vpliva • relaps = 42 bolnikov → dolžina Th ne vpliva

Imunosupresija in end-stage renalna odpoved sta bila dejavniki tveganja za relaps (pri teh bolnikih je bilo daljšezdravljenje povezano z manj relapsi 7% vs. 1%)

Rezultati potrebujejo potrditev z boljšim dizajnom (RCT)

Giannella M, Pascale R, Toschi A, Ferraro G, Graziano E, Furii F, Bartoletti M, Tedeschi S, Ambretti S, Lewis RE, Viale P. Treatment duration for Escherichia coli bloodstream infection and outcomes: retrospective ///. Clin Microbiol Infect 24, 1077–1083, 2018

DOLŽINA ZDRAVLJENJA E. COLI (EC) BAKTERIEMIJE – RELAPSI (90d)

Giannella M, Pascale R, Toschi A, Ferraro G, Graziano E, Furii F, Bartoletti M, Tedeschi S, Ambretti S, Lewis RE, Viale P. Treatment duration for Escherichia coli bloodstream infection and outcomes: retrospective ///. Clin Microbiol Infect 24, 1077–1083, 2018

EPIDEMIOLOGIJA IN DEJAVNIKI TVEGANJA CELULITIS NOGE

Ali lahko preprečujemo ponavljajoče se celulitise nog?

Avstralska retrospektivna študijan=36276 bolnikov; n=4598 jih je imelo najmanj eno ponovitev. Ponovitve so bile čedalje pogostejše.

Po 1 letu so bile prva, druga in tretja = 6%, 17%, 29%. Po 5 letih so bile prva, druga in tretja = 14%, 36%, 53%.Hospitalizacija je za vsako ponovitev daljša 3d, 4d, in 5d.

Dejavniki tveganja so bili avtohtono prebivalstvo, lokalni in sistemski dejavniki, ki večajo velikost noge (debelost 1.8, diabetes 1.3, limfedem 1.5, reuma 1.5, varice 1.5).

Cannon J, Dyer J, Carapetis J, Manning L. Epidemiology and risk factors for recurrent severe lower limb cellulitis: a longitudinal cohort study. Clin Microbiol Infect 24, 1084–1088, 2018

EPIDEMIOLOGIJA IN DEJAVNIKI TVEGANJA CELULITIS NOGE

Cannon J, Dyer J, Carapetis J, Manning L. Epidemiology and risk factors for recurrent severe lower limb cellulitis: a longitudinal cohort study. Clin Microbiol Infect 24, 1084–1088, 2018

LEISHMANIA PRI AVSTRIJSKIH VOJAKIH

Visoka seroprevalenca leishmaniaze pri avstrijskih vojakih iz misij v Siriji, Libanonu in BIH.

Retrospektivna (serologija + PCR iz krvi)n=225 vojakov13% pozitivnih/mejno pozitivnih (starejša okužba) (n=30). Sirija (18%), Libanon (11%) in BIH (8%). 11/30 je bilo DNA pozitivnih (L. donovani/infantum, L. tropica)

Pik insekta, ki se dolgo celi (OR=5.3) = dejavnik tveganjaNoben vojak ni bil simptomatski –> nobenega niso zdravili

Obwaller AG, Köhsler M, Poeppl W, Herkner H, Mooseder G, Aspöck H, Walochnik J. Leishmania infections in Austrian soldiers returning from military missions abroad: a cross-sectional study. Clin Microbiol Infect 24, 1100.e1–1100.e6, 2018

LEISHMANIA PRI AVSTRIJSKIH VOJAKIH

Obwaller AG, Köhsler M, Poeppl W, Herkner H, Mooseder G, Aspöck H, Walochnik J. Leishmania infections in Austrian soldiers returning from military missions abroad: a cross-sectional study. Clin Microbiol Infect 24, 1100.e1–1100.e6, 2018

TOXOPLAZMA PCR IZ AMNIJSKE TEKOČINE6 IZOLACIJ DNA / 2 PCR

Yera H, Ménégaut L, Brenier-Pinchart MP, Touafek F, Bastien P, Dalle F, Cassaing S, Delhaes L, Filisetti D, Ménotti J, Pelloux H, Robert-Gangneux F, Sterkers Y, Varlet-Marie E. Evaluation of five automated and one ///. Clin Microbiol Infect 24, 1100.e7–1100.e11, 2018

CNS OKUŽBE NA DANSKEM

Danska prospektivna klinična epidemiologija CNS okužb (odrasli) (18 mesecev)n=252 virusnih meningitisov (3,6/100.000) / n=214 bakterijskih meningitisov (3,1/100.000) / n=96 infekcijskih encefalitisov (1,4/100.000).

Etiologija: Bakterijski meningitis: SP (n=101), SA (n=24), SBE (n=14), NM (n=11)Encefalitis: HSV (n=37), VZV (n=20)Virusni meningitis: VZV (n=61), Enterovirusi (n=50), HSV (n=46).

Smrtnost/slab outcome (GOS 1-4): Bakterijski meningitis: 15%/45% Encefalitis: 5%/62%Virusni meningitis: 0%/17%

Več bakterijskega meningitisa. Slaba prognoza za BM in encefalitis.

Bodilsen J, Storgaard M, Larsen L, Wiese L, Helweg-Larsen J, Lebech AM, Brandt C, Østergaard C, Nielsen H. Infectious meningitis and encephalitis in adults in Denmark: a prospective ///. Clin Microbiol Infect 24, 1102.e1–1102.e5, 2018

TIPIZACIJA VRE Z MALDI-TOF

Holzknecht BJ, Dargis R, Pedersen M, Pinholt M, Christensen JJ, et al. Typing of vancomycin-resistant enterococci with MALDI-TOF mass spectrometry in a nosocomial outbreak setting. Clin Microbiol Infect 24, 1104.e1–1104.e4, 2018

TIPIZACIJA VRE Z MALDI-TOF

Holzknecht BJ, Dargis R, Pedersen M, Pinholt M, Christensen JJ, et al. Typing of vancomycin-resistant enterococci with MALDI-TOF mass spectrometry in a nosocomial outbreak setting. Clin Microbiol Infect 24, 1104.e1–1104.e4, 2018

Na Danski od leta 2012 veliko VRE in sicer večino padejo v 3 skupine. PFGE, MLST in WGS so zamudne in dolgotrajne metode tipizacije. Kaj pa MALDI-TOF?

n=55 izbranih, WGS-opredeljenih VRE izolatovPosebno metodo in ročno analizo spektrov. Diskriminacija med 3 epidemičnimi sevi =OKDiskriminacija med epidemičnimi in ne-epidemičnimi =NI OK

MALDI lahko uporabljajo za začetno grobo primerjavoČe je različen spekter→ izolata nista povezana

SKUPNA I

SKUPNA II

SKUPNA III

NE I-II-III

VISOKA DOZA DAPTOMICINA ZA IE IN SWI = UČINKOVITA IN VARNA

Visoka doza daptomicina (>6 mg/kg/dan, povprečna 8 mg/kg) je učinkovita in varna za bolnike z IE in SWE (sternal wound infection).

Retrospektivna francoska študijan=71 bolnikov; IE (n=47) in SWE (n=24)Razlogi za daptomicin: (i) akutna ledvična, (ii) neuspeh s prejšnjo terapijo in (iii) visok MIK za vankomicin.

Preživelo je 80% zdravljenih. Pri 3 bolnikih so dapto ukinili zaradi stranskih učinkov.

Najboljšo dozo moramo določiti na podlagi RCT.

Peiffer-Smadja N, Abbara S, Rizk N, Pogliaghi M, Rondinaud E, Tesmoingt C, Massias L, Lucet JC, Alkhoder S, Armand-Lefèvre L, LescureFX. High-dose daptomycin in patients with infective endocarditis or sternal wound infections. Clin Microbiol Infect 24, 1106–1108, 2018

4. ZAKLJUČEK

Slika 3: Oscar Simonato Eroica 3083 (Jeverica)

Slika 4: The glasses matter (Lučovnik)