UNIVERSITE P. & M. CURIE - PARIS 6 MASTER SCIENCES & TECHNOLOGIES

MENTION : BIOLOGIE MOLECULAIRE & CELLULAIRE

PARCOURS : " BIOCHIMIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE "

SERVICE D’ENSEIGNEMENT : Carine Joseph - E-mail : carine.joseph@upmc.fr Master S&T - Mention BMC – Tour 33-34 - 1er étage, 4 Place Jussieu F-75252 Paris - Tél. 01 44 27 35 35

RESPONSABLE THEMATIQUE M2 : Thierry Foulon - E-mail : thierry.foulon@upmc.fr «Biogenèse des signaux peptidiques» (BIOSIPE) IBPS - FR3631 UPMC - CNRS - 5ème Bât. A - Case 29

7 Quai St Bernard F-75005 Paris - Tél. 33 (1) 44 27 36 98

M2 “Protéomique Structurale et Fonctionnelle” 2016-2017

Structure de la formation

UE Protéomique Structurale et Fonctionnelle (12 ECTS ; 5V105) 12 septembre au 7 novembre 2016

UE Projet (6 ECTS ; 5V091) Exposé du projet de stage en laboratoire

Mercredi 14 et jeudi 15 décembre 2016

UE Analyse Scientifique (6 ECTS ; 5V051) Analyse d’articles et exposé oral 23 au 27 janvier 2017 (prévision)

UE Ouverture (6 ECTS) Au choix parmi les UE ou Ateliers de Spécialisation (2x3 ECTS ou 6 ECTS) de M1 et M2.

UE Ouverture (6 ECTS ; 5V101) Atelier Protéomique Structurale et Fonctionnelle

17 au 28 octobre 2016

UE stage en laboratoire (30 ECTS ; 5V099) Période du 8 novembre 2016 au 30 juin 2017

Soutenance mi-parcours : mercredi 22 et jeudi 23 mars 2017 Soutenance finale : mercredi 14 et jeudi 15 juin 2017 (prévision)

Option Cours Pasteur (4 - 6 étudiants ; sélection par les responsables du cours)

Cours Pasteur (18 ECTS, UE intégrée d’Analyse Scientifique ; 5V103)

9 janvier - 10 février 2017

UE Projet (6 ECTS ; 5V091) Exposé du projet de stage en laboratoire Mercredi 14 et jeudi 15 décembre 2016

UE Ouverture (6 ECTS) Au choix parmi les UE ou Ateliers de Spécialisation (2x3 ECTS ou 6 ECTS) de M1 et M2.

UE Ouverture (6 ECTS ; 5V101) Atelier Protéomique Structurale et Fonctionnelle

17 au 28 octobre 2016

UE stage en laboratoire (30 ECTS ; 5V099) Période du 12 septembre 2016 au 30 juin 2017

Soutenance mi-parcours : mercredi 22 et jeudi 23 mars 2017 Soutenance finale mercredi 14 et jeudi 15 juin 2017 (prévision)

Rentrée le 12 septembre 2016 - 9H00

Master Sciences et Technologies UPMC Mention « Biologie Moléculaire et Cellulaire »

Parcours : « Biochimie et Biologie Moléculaire» M2 « Protéomique structurale et fonctionnelle »

UE 5V105 Responsables : T. Foulon - A. Ladram

thierry.foulon@upmc.fr - ali.ladram@upmc.fr

Attention les salles changent… Lundi 12 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 101

9H00 - 13H00 Présentation de la thématique PSF

Bilan des stages en laboratoires T. Foulon - A. Ladram

13H00 Libre (recherche de stages, démarches administratives, etc.)

Mardi 13 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 201 9H00 - 12H30

Analyse des génomes, les outils… Les vecteurs, la PCR, le clonage, le séquençage, etc…

T. Foulon 13H30 - 17H00

Analyse des génomes, les outils… Les vecteurs, la PCR, le clonage, le séquençage, etc…

T. Foulon Mercredi 14 Septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 201

9H00 - 12H30 Analyse des génomes, les outils…

Les vecteurs, la PCR, le clonage, le séquençage, etc… T. Foulon

13H30 - 17H00 Expression et purification des protéines, …

Purification des protéines (Chromatographie, HPLC, FPLC). A. Ladram

Jeudi 15 septembre 2016 - Tour 24-34, Salle 204 9H00 - 12H30

Expression et purification des protéines, … Expression de protéines recombinantes, production in vivo, ex vivo et in vitro (systèmes procaryotes, eucaryotes et virus; acellulaires, vecteurs,

clonage, protéines de fusion ...). T. Foulon

13H30 - 17H00 Expression et purification des protéines, …

Expression de protéines recombinantes, production in vivo, ex vivo et in vitro (systèmes procaryotes, eucaryotes et virus; acellulaires, vecteurs,

clonage, protéines de fusion ...). T. Foulon

Vendredi 16 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 202 9H30 - 12H30

Analyses fonctionnelles, interactions protéines-protéines, … Séquençage NH2- et COOH terminal, composition en acides aminés,

production in vitro (synthèse chimique). A. Ladram

13H30 - 17H00 Expression et purification des protéines, …

Les méthodes in vitro (résonance de plasmon de surface, SELDI-TOF). A. Ladram

Lundi 19 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 101 9H30 – 12H30

Analyse des génomes, étude du transcriptome, les outils, … Notions de génomique fonctionnelle : l’exemple des puces à ADN

F. Devaux 13H30 - 17H00

Travaux encadrés Exercice pédagogique – Partie I

Présentation du travail - Distribution et répartition des tâches A. Ladram - T. Foulon

Mardi 20 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 201 9H30 - 12H30

Analyse des génomes, étude du protéome, …

La spectrométrie de masse… Principe de la spectrométrie de masse de biomolécules

G. Bolbach 13H30 - 17H00

Electrophorèse 2D T. Ghelis

Mercredi 21 septembre 2016 9H00 - 12H30 - Tour 23-24, Salle 201

Analyse des génomes, étude du protéome, … La spectrométrie de masse…

Identification de protéines par spectrométrie de masse E. Sachon

13H30 - 16H00 (Salle informatique)

Analyse des génomes, étude du protéome, … Analyse de données pour l'identification de protéines.

E. Sachon Jeudi 22 septembre 2016 - Tour 24-34, Salle 204

9H00 - 12H30 Les membranes : biophysique ; composition, rôle et propriétés physico-

chimiques des lipides, … C. Vénien-Bryan 13H30 – 17H00

Conférence « Biologie Cellulaire et Moléculaire du Cancer du colon »

T. Soussi Vendredi 23 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 202

9H00 - 12H30 Analyses fonctionnelles… Protéines et fluorescence

E. Deprez 13H30 - 17H00

Analyses fonctionnelles… Protéines et fluorescence

E. Deprez Lundi 26 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 101

9H00 - 12H30 L’édition du génome : une révolution méthodologique ?

Thierry Soussi 13H30 - 16H30

Analyse des génomes, étude du protéome, … Spectrométrie de masse tandem de peptides et de protéines

G. Bolbach Mardi 27 septembre 2016

9H00 - 12H30 Libre (recherche de stages, démarches administratives, etc.)

13H30 - 17H00 - Tour 23-24, Salle 201 Modélisation moléculaire, principes et concepts…

Joël Pothier Mercredi 28 septembre 2016 - Tour 23-24, Salle 201

9H00 – 12H30 Analyses fonctionnelles, régulation et invalidation des gènes et leur

surexpression, les outils, … Amplification/dégradation des ARN. Relation avec l’interférence ARN (les ARN polymérases-ARN dépendantes). Aspects comparatifs : des

virus, …aux plantes, …aux vertébrés. Exemple au cours du développement précoce.

Y. Andéol 13H30 - 17H00

Analyses fonctionnelles, régulation et invalidation des gènes et leur surexpression, les outils, …

« Transcriptional Gene Silencing (TGS)», « Post-Transcriptional Gene Silencing (PTGS), « Quelling »

Aspects comparatifs : des plantes aux vertébrés supérieurs. Y. Andéol

Jeudi 29 septembre 2016 - Tour 24-34, Salle 204 9H00 - 12H30

Travaux encadrés Présentations et Rapports

T. Foulon 13H30 - 17H00

Modélisation moléculaire, principes et concepts… Joël Pothier

Vendredi 30 septembre 2016 9H00 - 10H30

Travaux encadrés - Groupe 1 Expression et purification des protéines, …

Visite et présentation (démonstrations) de matériels : chromatographie, HPLC, FPLC, synthétiseur de peptides

A. Ladram 10H30 - 12H00

Travaux encadrés - Groupe 2 Expression et purification des protéines, …

Visite et présentation (démonstrations) de matériels : chromatographie, HPLC, FPLC, synthétiseur de peptides

A. Ladram 13H30 - 17H00 - Tour 23-24, Salle 202

Détermination de la structure des protéines… Introduction aux méthodes spectroscopiques

E. Pilet Lundi 3 octobre 2016 - Tour 23-24, Salle 101

9H00 - 12H30 Modélisation par homologie…

D. Stratmann 13H30 – 17H00

Détermination de la structure des protéines, … Résonance Magnétique Nucléaire : principes, spectres 1D, 2D

O. Lequin Mardi 4 octobre 2016 - Tour 23-24, Salle 201

9H00 - 12H30 Détermination de la structure des protéines, …

Résonance Magnétique Nucléaire : Analyse des spectres O. Lequin

14H00 - 17H30 Détermination de la structure des protéines, …

Notions de cristallographie 1. C. Mayer

Mercredi 5 octobre 2016 9H00 - 12H30 - Tour 23-24, Salle 201

Détermination de la structure des protéines Résonance Magnétique Nucléaire : Structure de Protéines

O. Lequin 14H00 - 17H30

Travaux encadrés (4 ou 5 Groupes) Analyses fonctionnelles, les interactions protéines-protéines, …

Visite et présentation du BIACORE A. Ladram

Jeudi 6 octobre 2016 9H00 - 12H00

Travaux encadrés - Groupe 1 (demander la salle le 5 octobre) RMN

Présentation d'un spectromètre RMN O. Lequin

14H00 - 17H30 - Tour 24-34, Salle 204 Détermination de la structure des protéines…

Notions de cristallographie 2. C. Mayer

Vendredi 7 octobre 2016 9H00 – 12H30 - Tour 23-24, Salle 202

Analyse des génomes, la bioinformatique… Notions de phylogénie moléculaire

A. Hassanin 14H00 - 17H30

Libre (recherche de stages, révisions, etc.) Lundi 10 octobre 2016

9H00 - 13H00 Salle informatique (demander la salle le 3 octobre)

Travaux encadrés Modélisation moléculaire par homologie: de la séquence à la structure.

D. Stratmann 14H00 - 17H00

Travaux encadrés - Groupe 2 (demander la salle le 5 octobre) RMN

Présentation d'un spectromètre RMN O. Lequin

Mardi 11 octobre 2016 - Tour 23-24, Salle 201 9H00 - 12H30

Détermination de la structure des protéines Résonance Magnétique Nucléaire : Interactions protéines-ligands

O. Lequin 13H30-17H00 Conférence

"Etat des connaissances sur le virus Ebola" A. Hassanin

Mercredi 12 octobre 2016 - Tour 23-24, Salle 201 9H30 - 12H00

Rencontre autour des métiers de la recherche clinique (ARC, TEC) M. Le Lay - T. Foulon

13H30 - 17H00 Bilan général – Questions/Réponses

Description UE Projet et répartition des thèmes de l’UE Analyse scientifique T. Foulon

Jeudi 13 octobre 2016 9H00 - 18H00

Atrium - Salle informatique « Micro 414 » Travaux encadrés - Groupe 2

Analyse des génomes, la bioinformatique… Analyses de séquences et notions de phylogénie moléculaire

T. Foulon - A. Hassanin Vendredi 14 octobre 2016

9H00 - 18H00 Atrium - Salle informatique « Micro 102 »

Travaux encadrés - Groupe 1 Analyse des génomes, la bioinformatique…

Analyses de séquences et notions de phylogénie moléculaire T. Foulon - A. Hassanin

17 au 28 octobre 2016

Atelier Protéomique Structurale et Fonctionnelle Lundi 31 octobre 2016

Travaux personnels Exercice pédagogique – Partie II

Préparation Mardi 1 novembre 2016

Jour férié Mercredi 2 novembre 2016 - Tour 33-34, Salle 114

9H00 – 12H30 Travaux encadrés

Exercice pédagogique – Partie III - Biologie Moléculaire Restitution du travail

A. Ladram - T. Foulon 13H30 - 17H00

Travaux encadrés Exercice pédagogique – Partie III – Purification et caractérisation des

Protéines Restitution du travail

A. Ladram - T. Foulon Jeudi 3 novembre 2016

9H00 – 12H30 Libre (recherche de stages, révisions, etc.)

13H30 - 18H00 Libre (recherche de stages, révisions, etc.)

Vendredi 4 novembre 2016 9H30 - 12H00

Libre (recherche de stages, révisions, etc.) 13H30 - 17H00

Libre (recherche de stages, révisions, etc.) Lundi 7 novembre 2016

9H00 - 13H00 - Tour 33-34, Salle 114 Examen UE PSF (5V105)

Période du 8 novembre 2016 au 30 juin 2017 Stage en laboratoire

Mercredi 14 et jeudi 15 décembre 2016 UE Projet

Lundi 23 au vendredi 27 janvier 2017 (prévision) Analyse scientifique