les virus émergents
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Les virus émergents. Arnaud Fontanet Unité d’Epidémiologie des Maladies Emergentes Institut Pasteur. Mortalité maladies infectieuses, 1-19 ans, 1900-96, Etats-Unis. D’après Guyer, B. et al. Pediatrics 2000;106:1307-1317. 20ème siècle: les grandes avancées - hygiène. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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Les virus émergents
Arnaud Fontanet
Unité d’Epidémiologie des Maladies Emergentes
Institut Pasteur
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2
20ème siècle: les grandes avancées - hygiène
D’après Guyer, B. et al. Pediatrics 2000;106:1307-1317
Mortalité maladies infectieuses, 1-19 ans, 1900-96, Etats-Unis
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3
20ème siècle: les grandes avancées - antibiotiques
Source: CDC phototèque
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4
20ème siècle: les grandes avancées - vaccins
Source: CDC phototèque
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5
20ème siècle
Est-ce la fin des maladies infectieuses ?
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6
1976: Ebola, Zaïre
Source: CDC phototèque
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7
1981: SIDA
H.R. Gelderblom, Robert-Koch-Institut, Berlin MMWR 1981:30:250-252
Luc Montagnier
FrançoiseBarré-Sinoussi
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8
Concept des maladies émergentes
• Infections récemment devenues épidémiques en population humaine (SIDA, SRAS).
• Infections dont l’agent causal a été récemment identifié (hépatite C).
• Infections ayant récemment gagné de nouvelles zones géographiques (Fièvre du Nil Occidental aux Etats-Unis, Chikungunya).
« Emerging infections: Microbial threats to health in the United States ». Institute of Medicine, 1992.
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9
Place des maladies émergentes dans les causes de décès dans le monde, 2003
Weiss RA, Nature Medicine, 2004
SIDA, 1981
Hépatite C, 1989
Ebola, 1976
Hantavirus, 1992
Maladie de Creutzfeld-Jakob (variant), 1995
SRAS, 2003
Encéphalite du Nil Occidental, 1999
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Mécanismes de l’émergence
Transmission àl’homme
Transmission inter-humaine
et dissémination
Virus Hôte intermédiaire« amplificateur »
Réservoir animal Vecteur
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Contact animal-homme
Source: HS de Jong
Source: WCS Weiss RA, Nature Medicine, 2004
Déforestation
Densité des volailles
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12
Adaptation du virus à l’homme
• Plusieurs étapes fondamentales:– Fixation sur un récepteur et
entrée dans la cellule.– Multiplication du virus.– Relargage du virus vers
d’autres cellules.– Et pour la transmission
inter-humaine: excrétion du virus sous une forme infectante vers l’extérieur
(Palese, Nature Med, 2004)
Virus influenza
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13
Adaptation du virus à l’homme:exemple de la grippe
Belshe, NEJM, 2005
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14
Adaptation du virus à l’homme:la grippe – facteurs génétiques?
(Butler, Nature News, 2006)
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15
Adaptation du virus au vecteur:l’exemple du Chikungunya
(Schuffenecker et al, PLos Med 2006)
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16
Démarrage d’une épidémie
(Antia R, et al, Nature, 2003)
Moment pour agir
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17
Densité et mouvements de population
Source: World Tourism Organization, 1997
Shen, EID, 2004
SRAS
Population humaine 1750 - 2150
Source: UN 2002
Mégapoles
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18
Propagation du SIDA en Afrique
(Amat-Roze JM, Soc.Sci.Med 1993)
2001
Source: OMS – ONUSIDA 2001
20 – 39%
10 – 20%
5 – 10%
1 – 5%
0 – 1%
trend data unavailable
outside region
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19
Transmission inter-humaine:population vectorielle
Température à la surface du globe Transmission du paludisme en Afrique
Tanser FC, Lancet 2003
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20
Hépatite C: développement des soins médicaux
0
10
20
30
40
50
60
0-4 5-9 10-14 15-19 20-24 25-29 30-34 35-39 40-44 45-49 50-54 55-59 60+
hommes
femmesProportion infectée (%)
Groupes d’âge
Village de Zwyat Razin, Egypte
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21
Bio-terrorisme: Sverdlovsk, Ukraine,1979
Villages où ont étérecensés des casde charbon chez les animaux.
Meselson, Science, 1994
66 décès humainssur 79 infections
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Zhong NS, Lancet 2003
Province de Canton, ChineNovembre 2002 – Février 2003
• syndromes respiratoires• quelques centaines de patients• hiver• taux de mortalité élevé malgré les antibiotiques
grippe aviaire?
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23
Tournant de l’épidémie: fin février 2003
12 mars 2003:
Alerte globale lancée par l’OMS
Christian, CID, 2004
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24
Enquête épidémiologiqueEstimation de la période
d’incubation
Median incubationperiod: 4-5 days
Range: 1-14 days
Meltzer, EID, 2004
0
20
40
60
80
0 1 2 3 4 5-6 7-8 9+Days from Onset to Isolation
Cases
0
1
2
3
4
Secondary
case
s
Number of cases
Number of secondary cases
Average /case
Estimation de la p ériode de contagiosité
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25
Enquête épidémiologique (2)
Hong KongTsang, NEJM, 2003
TorontoTime magazine
Transmission intra-hospitalière
Transmission communautaire
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26
Contrôle de l’épidémie: isolement et quarantaine
http://www.manilatimes.net/ 3/29/03
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Identification de l’agent causal: un coronavirus
Holmes, NEJM, 2003 Ksiazek, NEJM, 2003
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28
« Beaucoup de bruit pour rien ? »
Weiss RA, Nature Medicine, 2004
Causes de décès dans le monde, 2003
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29
Transmission par voie respiratoire
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30(Liang, EID, 2004)
Taux d’attaque par groupe d’âge, Pékin, 2003
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31
(Christian, CID, 2004)
A global village
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32
SRAS: transmission intra-hospitalière
Dr Urbani, OMS
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33
Restriction des transports aériens
www.BBC.com 4/2/03 Photo: CNN.com
Coût global du SRASestimé à 25 milliards d’euros
Sommet du G8 en 2003
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34
La civette palmiste masquée: hôte intermédiaire ou réservoir animal?
(Guan, Science,2003)
(Zhong, Lancet, 2003)
![Page 35: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/35.jpg)
35
La civette palmiste masquée
Wozencraft, 1993
Bell, Phil Trans R Soc Lond 2004
![Page 36: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/36.jpg)
36
Marchés du sud de la Chine
![Page 37: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/37.jpg)
37
Qu’est-il arrivé depuis?
• 5 cas « naturels » en décembre 2003-janvier 2004:– 4 fois sur 5 liés aux civettes– bénins– sans transmission secondaire
• 3 cas de laboratoire:– graves, dont un avec 3 générations de cas
secondaires
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38 (Song HD et al, PNAS, 2005)
Etude phylogénétique comparant lessouches virales humaines et animales
Même virus chez les civetteset chez l’homme
![Page 39: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/39.jpg)
39(Song HD et al, PNAS, 2005)
Etude phylogénétique comparant lessouches virales humaines et animales
Ratio des mutations non-synonymes/synonymes dans la région de la protéine Spike des souches de civettes palmistes masquées: 2.68 virus en cours d’adaptation la civette est un hôte intermédiaire
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40
(Holmes K, Science, 2005)
Adaptation du virus aux récepteurs humains
(Qu XX, J Biol Chem, 2005)
Deux changements d’acides aminés permettent l’adaptation du virus de civetteau récepteur ACE2 de l’homme
Virus en cours d’adaptation:• peu virulent• peu contagieux le moment d’agir
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41
Eliminationdes civettesdes marchés- janvier 2004
![Page 42: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/42.jpg)
42
La chauve-souris semble être le réservoir animal du coronavirus du SRAS
(Li et al., Science, 2005)
(famille Rhinolophidae)
Question: comment s’est fait le passage à l’homme?
![Page 43: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/43.jpg)
43
Leçons du SRAS (1)
• A démontré la vulnérabilité de nos sociétés à de nouveaux agents infectieux:– 774 morts « seulement »– hôpitaux paralysés– impact socio-économique considérable avec
isolements, quarantaines, restrictions des déplacements
– semblable aux scénarios d’attaque bio-terroriste
![Page 44: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/44.jpg)
44
Leçons du SRAS (2)
• A démontré nos capacités de réaction:– réseau international de
veille épidémiologique (GOARN)
– laboratoires: nouveaux outils de détection
– plans de préparation– communication
Réseau international des Instituts Pasteur
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45
Leçons du SRAS (3)
• Nous avons eu beaucoup de chance!!!– agent peu
transmissible– contagieux seulement
après le début des
symptômes
Fraser, PNAS, 2004
![Page 46: Les virus émergents](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062309/56813c88550346895da6285d/html5/thumbnails/46.jpg)
46
Le prochain defi: la grippe aviaire?
Grippe espagnole: 1918-9