jan lepš, petr Šmilauer: biostatistika. nová doba! gorilu...

1
„Šuspovi vyšla nově ta Biostatistika. A je tam eRko!“ „Já už ji mám.“ „Já taky.“ Tento rozhovor tří studentů o učebnici biostatistiky autorů Jana Lepše a Petra Šmilauera jsem zaslechl na letošních Zoo- logických dnech. Poskytuje člověku zabý- vajícímu se analýzou a interpretací dat mnoho cenných informací, takže jakákoli další recenze je téměř zbytečná. Už první slovo vypovídá mnohé. Prof. J. Lepš, známý pod přezdívkou Šuspa, je legendou. Totéž se dá říci o P. Šmilauerovi, spoluautorovi nových verzí mezi ekology proslulého soft- waru Canoco. Proč ale na něj studenti po- zapomněli, je jasné hned z další části věty. Spojení „ta Biostatistika“ je vlastně zkrá- cenou citací Lepšových skript Biostatistika z r. 1996 a utvrzuje mě v pocitu, že jsem si kdysi koupil, aniž bych to tušil, budou- cí legendární artefakt české (a myslím, že i slovenské) biostatistiky. Co však zname- ná „nově“? Kdyby šlo jen o dotisk, pak by studenti spíše použili slovo „znovu“ a jis- tě by se nepředháněli, kdo má knihu již zakoupenou. Jestliže jí zalistujete a pro- jdete obsah, zjistíte, že vám většina názvů kapitol připadá povědomá a stejně tak mnohé grafy, příklady a doporučená litera- tura (nová vydání známých zahraničních učebnic Quinn a Keough 2002, Zar 2010, Sokal a Rohlf 2012). Ano, nová učebnice má základ v původních skriptech, ale ino- vace je patrná na první pohled, což zaregis- trovali i zmiňovaní studenti. Obrovskou změnou prošly praktické ukázky řešení biostatistických úloh. Kro- mě klasických příkladů manuálního vý- počtu po jednotlivých krocích jsou na kon- ci kapitol zařazeny také výpočty pomocí statistického softwaru. Statgraphics, který byl použit v původních skriptech z r. 1996, nahradili autoři hned dvěma statistickými nástroji – uživatelsky velmi přátelským, na univerzitách dobře známým komerčním programem Statistica a populárním, volně stažitelným softwarem R. Podle mého ná- zoru je to výborná volba už jen proto, že si porovnáním postupů při analýze čtenář lépe ujasní klíčové prvky a základní prin- cipy statistických testů. Opět se na chvíli vrátím k rozhovoru studentů. Zmínka o „eRku“ mě potěšila, protože se v současné době děje něco opravdu neobvyklého. Ačkoli software R nemá příliš přívětivé uživatelské prostře- dí (ale i to se mění), začíná si získávat řadu biologů. Jedním z důvodů je skuteč- nost, že si R může z internetu stáhnout kdokoli, tedy i statisticky velmi nepravdě- podobný amatérský zájemce o biostatis- tiku. Navíc díky možnosti jednoduše vy- tvářet vlastní funkce dali přispěvatelé R dohromady rozsáhlou databázi knihoven, která zahrnuje moderní i tradiční analy- tické nástroje pro většinu biologických oborů (za zmínku určitě stojí ekologie, evo- luční biologie, genetika a bioinformatika). Opět se ukazuje, že politika volně dostup- ných zdrojů boduje, stejně jako např. u in- ternetové encyklopedie Wikipedie, kde rostoucí okruh přispěvatelů docílil v mno- ha oblastech snížení chybovosti téměř na úroveň komerčních produktů. Za naprosto zásadní inovativní prvek po- važuji podkapitoly Popis analýz v článku. Cílem zjevně není pouze předložit čtenáři návod, jak má psát do publikace komentář k dané analýze. Po přečtení si i začínající biolog uvědomí, že se v běžné praxi statis- tice nevyhne, ať už bude vědcem provádě- jícím výzkum, nebo bude články pouze číst. A to je z hlediska motivace studentů klíčové. Statistika bývá hojně zaměňová- na za matematiku a uchazeči o studium často považují biologii za vědu, kde se tomuto „mučení“ vyhnou. Proto je velmi důležité ukázat nenásilnou formou, k čemu vlastně biostatistika slouží – a právě úryv- ky z článků jsou vynikajícím počinem. Co tedy celkově o knize říci? Přepra- cované vydání učebnice Biostatistika je moderní příručkou statistiky s výborným didaktickým přístupem. Jsou na ní vidět roky praxe v boji proti pověře, že „statis- tika nuda je“, a naopak zdůraznění druhé sloky „má však cenné údaje“. A na závěr alespoň trochu kritiky. Ta gorila na přebalu (byla na vydání z r. 1996) mi opravdu chybí. Vždy jsem studentům zdůrazňoval, že se biostatistiky nemají bát a pokud na to stačí „Šuspova gorila“, oni to zvládnou také. Teď je ale pryč a já přemýšlím proč. Nebo jde o jinotaj? Že by tím autoři chtěli vyjádřit, jak se mění doba, ve které svobodnou bytost s inteligencí primáta, toulající se po přírodě, aby ná- sledně mohla analyzovat data, nahradily zástupy autoritě podřízených mravenců, v zástupu mechanicky hromadících RIV body (RIV – Rejstřík informací o výsled- cích projektů výzkumu a vývoje a výzkum- ných záměrů podporovaných z veřejných zdrojů), aby vědecká pracoviště/mrave- niště přežila tuhou zimu? Nakladatelství Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích 2016, 438 str. Doporučená cena 299 Kč LXXXIV živa 3/2017 Pavel Drozd RECENZE Jan Lepš, Petr Šmilauer: Biostatistika. Nová doba! Gorilu vytěsnili mravenci! 1 Mravenci Formica truncorum sbírají medovici mšic. Foto P. Krásenský 2 V textu zmiňovaná gorila z obálky skript J. Lepše Biostatistika (Jihočeská univerzita, České Budějovice 1996) 1 2 © Nakladatelství Academia, SSČ AV ČR, v. v. i., 2017. Přetisk článků včetně obrázků se výslovně zapovídá. Veškerá práva včetně práva reprodukce jsou vyhrazena.

Upload: volien

Post on 11-Mar-2019

248 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Jan Lepš, Petr Šmilauer: Biostatistika. Nová doba! Gorilu ...ziva.avcr.cz/files/...petr-smilauer-biostatistika-nova-doba-gor.pdf · „Šuspovi vyšla nově ta Biostatistika. Aje

„Šuspovi vyšla nově ta Biostatistika. A je tam eRko!“„Já už ji mám.“

„Já taky.“

Tento rozhovor tří studentů o učebnicibiostatistiky autorů Jana Lepše a PetraŠmilauera jsem zaslechl na letošních Zoo-logických dnech. Poskytuje člověku zabý-vajícímu se analýzou a interpretací datmnoho cenných informací, takže jakákolidalší recenze je téměř zbytečná. Už prvníslovo vypovídá mnohé. Prof. J. Lepš, známýpod přezdívkou Šuspa, je legendou. Totéžse dá říci o P. Šmilauerovi, spoluautorovinových verzí mezi ekology proslulého soft -waru Canoco. Proč ale na něj studenti po -zapomněli, je jasné hned z další části věty.Spojení „ta Biostatistika“ je vlastně zkrá-cenou citací Lepšových skript Biostatistikaz r. 1996 a utvrzuje mě v pocitu, že jsemsi kdysi koupil, aniž bych to tušil, budou-cí legendární artefakt české (a myslím, žei slovenské) biostatistiky. Co však zname-ná „nově“? Kdyby šlo jen o dotisk, pak bystudenti spíše použili slovo „znovu“ a jis-tě by se nepředháněli, kdo má knihu jižzakoupenou. Jestliže jí zalistujete a pro-jdete obsah, zjistíte, že vám většina názvůkapitol připadá povědomá a stejně takmnohé grafy, příklady a doporučená litera -tura (nová vydání známých zahraničníchučebnic Quinn a Keough 2002, Zar 2010,Sokal a Rohlf 2012). Ano, nová učebnicemá základ v původních skriptech, ale ino-vace je patrná na první pohled, což zaregis -trovali i zmiňovaní studenti.

Obrovskou změnou prošly praktickéukázky řešení biostatistických úloh. Kro-mě klasických příkladů manuálního vý -počtu po jednotlivých krocích jsou na kon-ci kapitol zařazeny také výpočty pomocístatistického softwaru. Statgraphics, kterýbyl použit v původních skriptech z r. 1996,nahradili autoři hned dvěma statistickýminástroji – uživatelsky velmi přátelským, nauniverzitách dobře známým komerčnímprogramem Statistica a populárním, volněstažitelným softwarem R. Podle mého ná -zoru je to výborná volba už jen proto, žesi porovnáním postupů při analýze čtenářlépe ujasní klíčové prvky a základní prin-cipy statistických testů.

Opět se na chvíli vrátím k rozhovorustudentů. Zmínka o „eRku“ mě potěšila,protože se v současné době děje něcoopravdu neobvyklého. Ačkoli software Rnemá příliš přívětivé uživatelské prostře-dí (ale i to se mění), začíná si získávatřadu biologů. Jedním z důvodů je skuteč-nost, že si R může z internetu stáhnoutkdokoli, tedy i statisticky velmi nepravdě -podobný amatérský zájemce o biostatis -tiku. Navíc díky možnosti jednoduše vy -tvářet vlastní funkce dali přispěvatelé Rdohromady rozsáhlou databázi knihoven,která zahrnuje moderní i tradiční analy-

tické nástroje pro většinu biologickýchoborů (za zmínku určitě stojí ekologie, evo-luční biologie, genetika a bioinformatika).Opět se ukazuje, že politika volně dostup-ných zdrojů boduje, stejně jako např. u in -ternetové encyklopedie Wikipedie, kderostoucí okruh přispěvatelů docílil v mno-ha oblastech snížení chybovosti téměř naúroveň komerčních produktů.

Za naprosto zásadní inovativní prvek po -važuji podkapitoly Popis analýz v článku.Cílem zjevně není pouze předložit čtenářinávod, jak má psát do publikace komentářk dané analýze. Po přečtení si i začínajícíbiolog uvědomí, že se v běžné praxi statis -tice nevyhne, ať už bude vědcem provádě -jícím výzkum, nebo bude články pouzečíst. A to je z hlediska motivace studentůklíčové. Statistika bývá hojně zaměňová-na za matematiku a uchazeči o studiumčasto považují biologii za vědu, kde setomuto „mučení“ vyhnou. Proto je velmidůležité ukázat nenásilnou formou, k čemuvlastně biostatistika slouží – a právě úryv-ky z článků jsou vynikajícím počinem.

Co tedy celkově o knize říci? Přepra -cované vydání učebnice Biostatistika jemoderní příručkou statistiky s výbornýmdidaktickým přístupem. Jsou na ní vidětroky praxe v boji proti pověře, že „statis-tika nuda je“, a naopak zdůraznění druhésloky „má však cenné údaje“.

A na závěr alespoň trochu kritiky. Tagorila na přebalu (byla na vydání z r. 1996)mi opravdu chybí. Vždy jsem studentůmzdůrazňoval, že se biostatistiky nemajíbát a pokud na to stačí „Šuspova gorila“,oni to zvládnou také. Teď je ale pryč a jápřemýšlím proč. Nebo jde o jinotaj? Že bytím autoři chtěli vyjádřit, jak se mění doba,ve které svobodnou bytost s inteligencíprimáta, toulající se po přírodě, aby ná -sledně mohla analyzovat data, nahradilyzástupy autoritě podřízených mravenců,v zástupu mechanicky hromadících RIVbody (RIV – Rejstřík informací o výsled-cích projektů výzkumu a vývoje a výzkum-ných záměrů podporovaných z veřejnýchzdrojů), aby vědecká pracoviště/mrave-niště přežila tuhou zimu?

Nakladatelství Jihočeské univerzityv Českých Budějovicích 2016, 438 str. Doporučená cena 299 Kč

LXXXIV živa 3/2017

Pavel Drozd RECENZE

Jan Lepš, Petr Šmilauer: Biostatistika. Nová doba! Gorilu vytěsnili mravenci!

1 Mravenci Formica truncorumsbírají medovici mšic. Foto P. Krásenský2 V textu zmiňovaná gorila z obálkyskript J. Lepše Biostatistika (Jihočeskáuniverzita, České Budějovice 1996)

1

2

© Nakladatelství Academia, SSČ AV ČR, v. v. i., 2017. Přetisk článků včetně obrázků se výslovně zapovídá. Veškerá práva včetně práva reprodukce jsou vyhrazena.