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Impacto de la Biología en el
Manejo de las Enfermedades
Onco-Hematológicas
Leucemias Agudas
Dr. José Cervera
Hospital Universitario La Fe
Valencia
Education Program, Invited Scientific Program, Plenary Session, Oral
presentation, Late Breaking Abstract
Adultos
Mayoritariamente LMA
Alteraciones moleculares
No estudios de expresión
Criterios de selección
LLA B BCR-ABL like:
IKZF1 (IKAROS): mutaciones y deleciones.
Pronóstico adverso.
Frecuente asociación con alteraciones de JAK1/2, CRLF2, ABL1,
PDGFRB, EPOR, SH2B3, etc.
Potencial tratamiento con ITKs o inhibidores de JAK2.
LLA T:
Frecuentes mutaciones de NOTCH1: pronóstico favorable.
«early-T» (10-15%):
algunas características comunes con LMA y mutaciones en
rutas de señalización celular y genes de regulación
epigenética.
Education Program Mullighan CG
212 pacientes adultos con LLA-T.
Mutaciones NOTCH1 y/o FBXW7 en 143/212(67%).
Buen pronóstico excepto cuando se asocian con alteraciones de
N/K-RAS o PTEN.
Oral Presentation Trinquand A. #881
MUTACIONES NOTCH1 Y/O FBXW7 BUEN PRONÓSTICO EN LLA-T DEL
ADULTO
53 pacientes adultos (ECOG) con LLA-T.
Análisis multivariante:
Mutaciones NOTCH1 y/o FBXW7 pronóstico favorable.
Mutaciones DNMT3A y TP53 (deleciones) pronóstico muy
adverso.
68 pacientes adultos con LLA «early-T».
Mutaciones en DNMT3A en 11/68 (16%)
Mayor edad (63 vs. 37 years, P=0.016).
Oral Presentation Van Vlierberghe P. #294
Neumann M. #1377
MUTACIONES DNMT3A FACTOR ADVERSO EN LLA-T DEL ADULTO
Reordenamientos de factores de transcripción (RUNX1, CBFb, RARA)
Mutaciones en factores de transcripción (RUNX1, CEBPA, etc.)
NPM
Activación de señalización (FLT3, RAS, otras quinasas)
Supresores de tumores (TP53, WT1)
Metilación del DNA (DNMT3A, IDH1/2, etc.)
Modificadores epigenéticos (ASXL1, EZH2, etc.)
Complejo spliceosome (SF3B1, U2AF1, SRSF2, ZRSF2)
Complejo cohesina (SMC1A, SMC3, STAG2, RAD21)
Education Program Patel JP, Levine RL
Abdel-Wahab O, Figueroa ME
Mutaciones y rutas implicadas en LMA/SMD
Education Program Patel JP, Levine RL
Patel JP et al. N Engl J Med 2012;366:1079-89
EL CARIOTIPO ES ESENCIAL PARA ESTIMAR EL PRONÓSTICO
Education Program Patel JP, Levine RL
Patel JP et al. N Engl J Med 2012;366:1079-89
HETEROGENEIDAD DEL GRUPO DE RIESGO CITOGENÉTICO INTERMEDIO
Impacto de las nuevas técnicas de secuenciación masiva en el
conocimiento de la patogenia de la LMA.
Integración de estas técnicas en el laboratorio de diagnóstico (WGS,
WES, target sequencing).
Nuevas implicaciones terapéuticas y para el estudio de EMR del
estudio de subclones mediante secuenciación masiva en LMA y SMD.
Alteraciones en la maquinaria del splicing en neoplasias mieloides.
Impacto de los nuevos marcadores moleculares en la estratificación
del pronóstico.
Invited Scientific Program SCI-10, 11, 14, 31, 32 y 33
Next-generation sequencing (NGS)
MODELOS DE LEUCEMOGÉNESIS
D. Thomas Lecture Ley TJ
Welch JS et al. Cell. 2012 Jul 20;150(2):264-78. Walter MJ et al. N Engl J Med. 2012 Mar 22;366(12):1090-8 Ding L et al. Nature. 2012 Jan 11;481(7382):506-10
“Big Bang”
Evolución clonal
Sopa primordial.
LAS MUTACIONES “PASAJERAS” AUMENTAN CON LA EDAD
D. Thomas Lecture Ley TJ
Welch JS et al. Cell. 2012 Jul 20;150(2):264-78. Walter MJ et al. N Engl J Med. 2012 Mar 22;366(12):1090-8 Ding L et al. Nature. 2012 Jan 11;481(7382):506-10
LA MAYORÍA DE LAS MUTACIONES SON PREEXISTENTES Y QUEDAN
“CONGELADAS” AL ESTABLECERSE EL CLON LEUCÉMICO
ENTRE 2-10 MUTACIONES SON PATOGÉNICAS EN CADA CASO
D. Thomas Lecture Ley TJ
NPM1
FLT3 DNMT3A
IDH1
PML-RARA
Complejo
Cohesina
WT1 NRAS
TTN PHF6
ETV6
ASXL1
KIT
TET2
IDH2
M1
mutaciones de inicio Mutaciones
de progresión
M3
mutaciones de inicio
EN LA LMA PUEDEN COEXISTIR VARIOS CLONES
D. Thomas Lecture Ley TJ
Welch JS et al. Cell. 2012 Jul 20;150(2):264-78. Walter MJ et al. N Engl J Med. 2012 Mar 22;366(12):1090-8 Ding L et al. Nature. 2012 Jan 11;481(7382):506-10
MODELOS DE EVOLUCIÓN CLONAL. TERAPIA Y EMR
D. Thomas Lecture Ley TJ
Welch JS et al. Cell. 2012 Jul 20;150(2):264-78. Walter MJ et al. N Engl J Med. 2012 Mar 22;366(12):1090-8 Ding L et al. Nature. 2012 Jan 11;481(7382):506-10
Los genes responsables de síndromes con susceptibilidad congénita al
cáncer presentan a menudo mutaciones somáticas.
El síndrome de Schinzel-Giedion se caracteriza por malformaciones
esqueléticas y urogenitales, retraso mental y tumores
neuroectodérmicos.
La sobreexpresión del gen SETBP1 en LMA se asocia a mal pronóstico,
pero no se habían descrito mutaciones.
Plenary Session Makishima H. PS #2
Gambacorti-Passerini C. LBA #2
Cristóbal I et al. Blood 2010;115:615-625 Piazza R et al. Nature Genet, 2012 16;45(1):18-24
52/734 (7.1%) pacientes (283 SMD, 167 SMD/SMPC, 138 SMPC, 146 LMA de novo y 106 LMAs).
Plenary Session Makishima H. PS #2
Gambacorti-Passerini C. LBA #2
Cristóbal I et al. Blood 2010;115:615-625 Piazza R et al. Nature Genet, 2012 16;45(1):18-24
15% LMAs, 25% LMCa, 15% LMMC y
7% LMC CB.
Mutaciones idénticas a las descritas
en el síndrome hereditario.
Ganancia de función.
Asociación con mayor edad, 7q- y menor SG (28 vs.13 months, p<.0001).
Mutaciones adquiridas durante la evolución leucémica.
MUTACIONES DE SETBP1 Y TRANSFORMACIÓN AGUDA
Targeted sequencing en 111 genes (738 SMD).
78% de los SMD al menos una mutación (2-3: 43%, ≥ 4: 10%).
41 genes mutados: SF3B1, TET2, SRSF2, ASXL1 en >10% de los casos.
15 genes en 1-10% y 22 en <1%.
51% mutaciones en maquinaria del spliceosome (frecuentemente
combinado con genes implicados en metilación).
22% ninguna mutación.
SF3B1 se asoció con pronóstico favorable.
El número de mutaciones factor pronóstico adverso independiente.
Late breaking abstracts Papaemmanuil E. LBA #5
SOLAPAMIENTO CON FACTORES PRONÓSTICOS CLÍNICOS (IPSS)
1. Sequence-aligned by Burrows-Wheeler Aligner
3. Tumor/Control p<0.001
4. Variations ≥10% of total tumor reads
5. Variations not found in db SNP132 or 1000 Genomes
6. Variations <25% in the germline sample
2. Detection by GATK pipeline (Broad Institute)
MDS 128
Low risk 71
RA/RCUD/RCMD/
5q-/MDS-U 55
RARS 16
High risk 57
RAEB 1/2 31
Secondary AML 26
MDS/MPN 48
CMML 34
MDS/MPN-U 9
RARS-T 5
AML (TCGA)
Primary AML 201
TOTAL 329
1549 events
492 genes
54th Annual Meeting of the American Society of Hematology; Atlanta. December 10, 2012
7. Confirmation of new mutations / annotation of known
mutations.
8. Focus on mutations present >5% within each subset
329 paired WES samples
8,892 unfiltered events
Tech
no
log
ic
Pip
elin
e
Clin
ico
-bio
naly
tic
Pip
elin
e
9. Examine genes individually and grouped by similar
functional family / pathway.
Patients
Focus on top 100 genes for
clinical relevance
Oral presentation Gómez-Seguí I. #307
sAML (N=26) MDS/MPN (N=48)
MDS (N=128)
Non-CBF pAML (N=201)
Low risk High risk Intermediate risk
MDS-related myeloid neoplasms (N=176) high
low
Freq
uen
cy o
f m
uta
tio
ns
High-risk (N=57) Low-risk (N=71)
TET2
FLT3
SF3B1
SRSF2
DNMT3A
U2AF1
TTN
RUNX1
EZH2
TP53
NRAS
MUC16
STAG2
ASXL1
PRPF8
NPM1
ZRSR2
ETV6
FAT2
IDH1
GRID1
PHF6
CSMD1
FMN2
ERBB4
Rare mutations
Oral presentation Gómez-Seguí I. #307
54th Annual Meeting of the American Society of Hematology; Atlanta. December 10, 2012
FLT3, CSF3R, KIT, ERBB4
DNMT family
IDH1/IDH2
NPM1
SRSF2, ZRSR2, LUC7L2
SF3A1, SF3B1
Oral presentation Gómez-Seguí I. #307
DIFERENCIAS EN EL ESPECTRO MUTACIONAL DE LAS NEOPLASIAS
MIELOIDES
Oral presentation Gómez-Seguí I. #558
RIT1
MUTACIONES/AMPLIFICACIONES DE RIT1 EN NEOPLASIAS MIELOIDES
SF3B1:
106/275(39%) LMA presentan ≥15 sideroblastos en anillo.
Mutaciones en 31% de LMA y ≥15 sideroblastos en anillo (49% en
pacientes con además cariotipo normal).
RUNX1:
221/814 LMA (26%) tenían mutaciones.
Utilidad de la NGS para detección de EMR e impacto pronóstico
(EFS 21 vs 6 meses, p<0,001).
TP53:
1.000 LMA: TP53mut en 11,5% y TP53del en 6,4% (asociación con
cariotipo complejo).
El factor pronóstico adverso independiente más importante en
LMA.
Oral Presentation MLL group. #406, #657, #660
Validación de un panel de 31 genes (NGS) para uso clínico
(4 casos/run):
ASXL1, BCOR, BCORL1, BRAF, CBL, DNMT3A, ETV6, EZH2, FLT3,
IDH1, IDH2, JAK2, KDM6A, KIT, KRAS, NOTCH1, NPM1, NRAS,
PHF6, PRPF40B, PTPN11, RUNX1, SF1, SF3A1, SF3B1, SRSF2, TET2,
TP53, U2AF1, U2AF2, and ZRSR2.
Oral Presentation MLL. #883
PANELES DE USO CLÍNICO EN DESARROLLO
Valor pronóstico de la categoría “Acute Myeloid Leukemia, Not
Otherwise Specified (NOS)” de la clasificación OMS 2008.
HOVON, MRC/NCRI,SWOG y MDA.
5.848 pacientes LMA de novo y sin reordenamientos específicos.
M0 peor pronóstico pero NO tras excluir pacientes sin información
de NPM1 y CEBPA.
En otro trabajo se observa la ausencia de valor pronóstico
independiente de la eritroleucemia (116/3.267 pacientes)
Oral Presentation Walter RB. #540
Parmentier S. #1481
UTILIDAD EN CUESTIÓN POR AUSENCIA DE VALOR PRONÓSTICO
WGS de t-AML (n=23) vs. de novo LMA (n=24).
En pacientes jóvenes el número de mutaciones es mayor (743 ±
228) vs. (336 ± 179)(P=0.04).
Mutaciones de ABCG2 (breast cancer resistance protein, BCRP)
pueden contribuir a la resistencia en las t-LMA..
Oral Presentation Giridharan R. #784
ABCG2 PODRÍA CONFERIR RESITENCIA A LAS t-LMA
Diversos síndromes hereditarios se asocian con predisposición al
cáncer.
WES de 216 neoplasias mieloides en busca de 62 genes específicos.
TP53 (n=25, Li-Fraumeni), WT1 (n=16, Tumor de Wilms).
NF1 (Neurofibromatosis), PTPN11 (Noonan), SETPB1 (Schinzel-
Giedion): mutaciones idénticas a las de los síndromes hereditarios.
Síndrome de Usher (ceguera y sordera congénita): 15 mutaciones
en 6/9 genes conocidos (MYO7A, USH1C, CDH23, PCDH15, USH2A,
and GPR98).
Póster Hosono N. #1405
MUTACIONES DE SÍNDROMES HEREDITARIOS CON SUSCEPTIBILIDAD
AL CÁNCER EN NEOPLASIAS MIELOIDES
RNA Seq en 70 LMA de novo (validación en 200).
67 nuevos reordenamientos (80% intracromosómicos).
Media: 2 (1-6) por paciente.
13% en al menos 2 casos.
PDGFRB, G3BP1, ETV6, NUP98.
NUP98/NSD1 en 8% de los pacientes con cariotipo normal.
NUP98/NSD1 + FLT3/ITD: pronóstico adverso (RC 28% vs 73%;p=0.002)
Póster
Ostronoff F. #1278
REORDENAMIENTOS CRÍPTICOS SON FRECUENTES EN LMA