identifikasi dan isolasi bakteri patogen pada usus ikan
TRANSCRIPT
IDENTIFIKASI DAN ISOLASI BAKTERI PATOGEN PADA USUS IKAN
LELE DUMBO (Clarias gariepinus) YANG DIBUDIDAYAKAN PADA
KOLAM TERPAL BUNDAR
SKRIPSI
Diajukan Sebagai Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Strata Satu (S1)
Program Studi Budidaya Perairan
Oleh:
PRAYOGO BUDI UTOMO
201410260311036
JURUSAN PERIKANAN
FAKULTAS PERTANIAN-PETERNAKAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG
2018
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah SWT, karena dengan rahmat dan hidayahnya
penulis dapat menyelesaikan penyusunan skripsi, sholawat serta salam tetap
terlimpahkan kepada nabi besar Muhammad SAW.
Penulis usulan penelitian ini diajukan untuk memenuhi salah satu syarat
memperoleh gelar sarjana strata satu di jurusan Budidaya Perairan Fakultas Pertanian-
Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang. Penulis dapat menyelesaikan usulan
penelitian dengan judul “Identifikasi Dan Isolasi Bakteri Patogen Pada Usus Ikan Lele
Dumbo (Clarias gariepinus) Yang Dibudidayakan Pada Kolam Terpal Bundar”.
Penulis usulan penelitian ini selesai berkat bantuan dan bimbingan berbagai
pihak, maka penulis mengucapkan terimakasih yang sebesar-besarnya kepada yang
terhormat:
1. Bapak Dr. Ir. David Hermawan, M.P, IPM selaku dekan Fakultas Pertanian
Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.
2. Bapak Ganjar Adhywirawan, S.Pi, MP selaku ketua jurusan Budidaya Perairan
Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang
3. Bapak Riza Rahman Hakim, S.Pi, M.Sc selaku dosen pembimbing utama dan Drh.
Sri Samsundari, MM selaku dosen pembimbing pendamping yang senantiasa
meluangkan waktunya untuk membimbing dari proses
4. Kedua orang tua saya tercinta yang telah melahirkan, mendidik, serta
melimpahkan kasih sayangnya, memberikan dorongan dan motivasi untuk menjadi
yang terbaik dan menjadi anak yang baik serta rampalan doa restunya yang selalu
berhasil getarkan arsy-nya.
5. Terimakasih kepada teman-teman perikanan 2014 A yang selalu memberikan
dukungan dan semangat.
Tugas akhir ini masih dari jauh kata kesempurnaan, untuk itu penulis sangat
mengharapkan bantuan dari berbagai pihak, baik berupa kriti dan saran demi
penyempurna penulis ini kepadanya. Semoga tugas akhir ini bermanfaat untuk penulis
sendiri maupun pembaca, Amin.
vii
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL ................................................................................................ i
LEMBAR PENGESAHAN .................................................................................... ii
RINGKASAN ......................................................................................................... v
KATA PENGANTAR ........................................................................................... vi
DAFTAR ISI ......................................................................................................... vii
BAB I PENDAHULUAN ....................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang ...................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah ................................................................................. 2
1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................... 3
1.4 Manfaat Penelitian ................................................................................. 3
1.5 Hipotesis ................................................................................................ 3
BAB II TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................. 4
2.1 Ikan Lele Dumbo (Clarias riepinus) ..................................................... 4
2.1.1 Klasifikasi Lele Dumbo ................................................................ 4
2.1.2Morfologi ....................................................................................... 5
2.1.3 Habitat dan Penyebaran ................................................................ 6
2.1.4 Pakan dan Kebiasaan Makan ........................................................ 7
2.1.5 Cara Isolasi Bakteri ...................................................................... 8
2.1.6 Bakteri Patogen Pada Usus Ikan Lele .......................................... 9
BAB III METODE PENELITIAN........................................................................ 12
3.1 Waktu dan Tempat .............................................................................. 12
3.2 Alat dan Bahan .................................................................................... 12
3.3 Metode Penelitian ................................................................................ 14
viii
3.4 Prosedur Penelitian .............................................................................. 15
3.4.1 Pengambilan Sampel Usus Ikan Lele ................................... 15
3.4.2 Isolasi Bakteri Usus Ikan Lele ............................................... 15
3.4.3 Tahap Pemurnian Kultur Bakteri ........................................... 16
3.4.4 Uji GKO ( Garam, Katalase, Oksidase) .................................. 17
3.5 BatasanVariabel ........................................................................ 18
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................................. 21
4.1 Identifikasi Dan Isolasi Bakteri Patogen ........................................... 21
4.1.1 Pengambilan sampel pada usus ikan lele dumbo (Clarias
gariepinus)............................................................................ 21
4.1.2 Isolasi Bakteri Usus Ikan Lele ............................................... 23
4.1.3 Pemurnian Bakteri .................................................................. 24
4.1.4 Uji GKO (Glukosa, Katalase, Oksidase) ................................ 26
4.1.5 Penyebab Munculnya Bakteri Patgen.................................... 29
4.2 Bakteri Patogen Yang di Temukan Pada Usus Lele Dumbo (Clarias gariepinus)
......................................................................................................... 30
BAB V PENUTUP ................................................................................................ 36
5.1 Kesimpulan ....................................................................................... 36
5.2 Saran ................................................................................................. 37
iv
DAFTAR PUSTAKA
Anastiawan.2014. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Probiotik yang Berasal Dari
Usus Itik Pedaging Anas domesticus. Skripsi. Fakultas Matematika dan
Pengetahuan Alam. Makassar. Universitas Hasanuddin.
Anonim. 2008. Morfologi Lele Dumbo. http://www.fao.org. Diakses tanggal 13
Maret 2018.
Ashari, C., R. A. Tumbol dan M. E. F. Kolopita. 2014. Diagnosa Penyakit Bakterial
pada Ikan Nila (Oreocrhomis niloticus) yang Dibudidaya pada Jaring Tancap di
Danau Tondano. Jurnal Budidaya Perairan. 2 (3): 24 – 30.
Badjoeri, M. 2010. Preservasi Mikroba untuk Pelestarian dan Stabilitas Plasma
Nutfah. Warta Limnologi Nomor 45 tahun XXII. Pusat Limnologi LIPI.
Bailye, W.R. dan Scott, E.G. 1962. Diagnostic Microbiology. The C.V. Mosby
Company. Saint Louis. P. 143, 145-147, 152
Cai, Y.,Benno, T., Naskase, Y., & Tae-Kwang, O. 1998. Spesific probiotic
characterization of Weisella hellenica DS-12 isolated from flounder
intestine. Genet. Microbiol., 44: 311-316
Darwis, A. (2000). Journal of aquatic Animal Health :Pathology of Experimental
Edwardsiella tarda Infection in Channel Catfish Ictalurus Puntacus.
Agricultural Reseach Servise, USDA.
Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya. 2017. Konsumsi Ikan Di Dunia Terus
Meningkat Hingga Tahun 2021. (http://www.djpb.kkp.go.id/.php/arsip,
diakses 10 April 2017).
Dwidjoseputro. 2010. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djembatan. Jakarta.
Elumalai, M. Antunes C. Guihernio L. 2013. Effects of Single Metals and Selected
Enzyms of Carcinus Water, Air and Soil Pollution. 141.
FAO/WHO. 2001. Joint FAO/WHO Expert Consultation on Evaluation of Health
and Nutritional Properties of Probiotics in Food Including Powder Milk
with Live Lactic Acid Bacteria. Amerian Córdoba Park Hotel, Córdoba,
Argentina.
Fardiaz, S. 1988. Fisiologi fermentasi. Pusat Antar Universitas. Institut Pertanian
Bogor, 186 hlm.
- 1989. Mikrobiologi Pangan. Bogor : Institut Pertanian Bogor.
Handayani, E., Desrina, D. Rukmono, dan A. Azizah. 2004. Keragaman
Ektoparasit Pada Ikan Hias Air Laut yang Dilalulintaskan Melalui Stasiun
v
Karantina Ikan Nurah Rai Bali. Makalah Prosiding Seminar Penyakit Ikan
dan Udang IV. Hal 59-64.
Handayani,. H. 2005. Parasit dan Penyakit Ikan. Universitas Muhammadiyah
Malang.
Handayani, H dan Samsundari, S. 2005. Parasit dan Penyakit Ikan. UMM Press:
Malang, Hal 26-27.
Handayani, Wuryanti, Anak Agung Istri Ratnadewi, dan Agung Budi Santoso.
2007. Pengaruh Variasi Konsentrasi Spdium Klorida Terhadap Hidrolisis
Protein Ikan Lemuru (Sardinella lemuru Bleker, 1853) oleh Protease
Ekstrak Nanas (Ananas comosus L. Merr. Var. Dulcis). Jurusan Kimia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember.
Jurnal Teknologi Proses 6 (1) Hal : 8.
Hardiningsih, R. Rostanti N.R. N dan Titin Y. 2006. Isolasi dan Uji Resistensi
Beberapa Isolat Lactobacillus pada pH Rendah. Biodiversitas. Vol 7
Nomor . ISSN 1412-033x.
Hishino, T., Ishizaki, K., & Sakamoto, T. 1997. Isolation of a Pseudomonas
species from fish intestine that produces an active protease at low
temperature. Lett. Appl. Microbiol., 25(1): 70-72.
Holt, J.G., N.R. Kreig, P.H.A.Sneath, J.T. Staley, and S.T. Williams. (1998).
Bergey’s Manual of Bacteriology.
James, B. 2002. Guid Koi. Inggris: Interpet Publishing.
Jankauskiene, R. 2000. The dependence of the species composition of lactoflorain
the intestinal tract pf carps upon their age. Acta Zoologica Lituanica, 10(3):
78-83.
James, Joyce. 2002. Prinsip - Prinsip Sains Untuk Keperawatan. Jakarta :
Erlangga.
Kamiso, H.N, A. Sarono, Iwan Yusuf B.L, E.B.S Haryono, Widodo, Triyanto,
Nurirwan T, S. Haryanto, Ushadi W. Kusuma, W. Novianti, S. Wardani dan
Setianingtyas. (1993) Deskripsi Hama dan Penyakit Ikan Karantina
Golongan Bakteri, Pusat Karantina Perikanan, Jakarta.
Karmana. Oman. 2008. Biologi. Jakarta : PT Grafindo Media Pratama.
Khedid. K dan Faid, M. 2006. Characterization of Lactic Acid Bacteria Isolated
from the One Humped Camel Milk Produced in Morocco. Microbiology
Reseach. Vol. 164.
Lee, Supardi. 2003. Kiat Sukses Budidaya Lele di Lahan Sempit.
vi
Lukito AM. 2002. Lele Ikan Berkumis Paling Populer. Jakarta: Agromedia.
Nakayama, A., Yano, Y., & Yoshida, K. 1994. New method for isolating
Barophilles from intestinal contents of deep sea fishes retrieved from the
abyssal zone. Appl. And Environm. Mricrobiol., 60(11): 4,210-4,212.
Oxoid. 1982. The Oxoid Mannual Of Culture Media, Ingredients And Other
Laboratory Services. Fifth Edition. Published by Oxoid Limited, Wade
Road. Basingtoke, Hampshire.
Pelczar, M.J.2007. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta : UI Press
Pratiwi. Silvia. 2008. Mikrobiologi Farmasi. Jakarta: Erlangga.
Semangun, H. 1996,Pengantar ilmu penyakit tumbuhan, Gadjah Mada University
Press, Jogjakarta
Setyobudi. 1997 Karakterisasi dan Isolasi Ikan Lele Dumbo (Clarias sp.) di daerah Yogyakarta.
Fakultas Pertanian. UGM. Skripsi
Suriawiria, U. 2005. Mikrobiologi Dasar. Papas Sinar Sinanti, Jakarta.
Suyanto. 2006. Budidaya Ikan Lele. Jakarta: Penebar Swadaya.
Trumph. B.F, McDowell, E.M. and Urstila, A.U.(1980) Cellular Reaction to
Injury. In: Principles of Pathology, 3rded, R.B Hill and M.F Lavia (eds.),
Oxford University Press, New York.
Haryati, Tuti. 2011. Probiotik dan Prebiotik Sebagai Pakan Imbuhan
Nonruminansia. Makalah Wartazoa Vol.21 No.3. Bogor. Balai Penelitian
Ternak.
Waluyo, L. 2007. Mikrobiologi Umum. Malang: UMM Press.
Yanuhar, U. 2005. Peran molekul adhesi untuk diagnostik dan vaksin bakteri
patogen. Makalah Seminar Nasional Aplikasi Bioteknologi Akuakultur.
Fakultas Perikanan. Universitas Brawijaya. Malang.
vii
Lampiran 1. Dokumentasi penelitian
Sampel ikan lele dumbo
Proses memfillet ikan lele
Proses pengambilan
usus lele
Tempat untuk isolasi
bakteri
Showcase untuk
penyimpanan media
Inkubator
Media TSA dan NA
Media TSA dan NA yang
telah ditumbuhi koloni Oksidase strips
Tinta safranin
KOH 3%
Media untuk Uji GKO
viii
Objek glass
Proses Uji GKO
Proses Uji GKO
List media yang
digunakan untuk Uji
GKO
Logbook selama
penelitian
Ruang Inokulasi dan
Inkubasi