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1 3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential

ライフテクノロジーズ GeneArtⓇ人工遺伝子合成ご注文マニュアル GeneArt® Strings DNA Fragments_ご注文マニュアル

2015年-3月版


目次

GeneArtⓇ StringsTMの特徴・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P3

GeneArtⓇ StringsTMの注意点・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P4

GeneArtⓇ StringsTMサービス設定の開始・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P5

１．配列の入力・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P6

２．配列の編集・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P7

３．配列の最適化・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P17

配列の概要・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P23

設定終了・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P27


GeneArtⓇ StringsTMの特徴

① ご希望の配列を含む二本鎖DNAフラグメント（PCR産物）です。

② 弊社の人工遺伝子合成と同様の技術で製造します。

③ ダイレクトシークエンスでご希望の配列が含まれていることを確認しています。

④ 最長3,000 bpまで製造可能です。

⑤ 人工遺伝子合成よりも安価で、納期が短いです。

⑥ Webポータルサイトで配列の編集・最適化を行うことができます。

⑦ 凍結乾燥DNA（200ng保証）を溶解して、すぐにご利用いただけます。


GeneArtⓇ StringsTMの注意点

① 塩基配列の長さは150-3,000 bpのみです。150 bp未満、3,001 bp以上は対応しておりません。

② A/C/G/Tの4塩基のみ利用可能です。他のヌクレオチド（I、Uなど）や縮重塩基（Nなど）には

対応しておりません。

③ サブクローニング・変異導入など、他のサービスと組み合わせることはできません。ご希望

の場合は人工遺伝子合成で注文して下さい。

④ 合成難易度や危険遺伝子など配列内容によっては合成できないものもあります。

⑤ 納品物はオリゴヌクレオチドをアニーリング・連結・PCR増幅したものです。目的配列以外の

断片も含まれている可能性がありますので、クローニングし全塩基配列を確認したクローン

を利用することをお薦めします。

⑥ PCR産物の特性として、末端が削れることがありますので、ご注意ください。

⑦ 末端はリン酸基のない平滑末端です。TAクローニングをご希望の場合はdAを付加して下さ

い。


GeneArtⓇ StringsTM設定の開始

GeneArtⓇ StringsTMの内容を設定するには、追加したアイコンをクリックして開始します。

クリックして

サービス内容の設定を開始します。


配列情報を入力します。サンプル名、配列の種類、配列（塩基配列・アミノ酸配列）を入力します。

入力した配列を編集・最適化することなく、そのまま合成をご希望の方は配列の概要へ進み、内容を確認後、「保存」をクリックして下さい。

「*」で示されているのは必須入力項目です。

1. 配列の入力必須項目

赤枠内の情報を入力します。配列の種類はDNAかアミノ酸配列のどちらか一種類を入力し、選択します。

塩基配列かアミノ酸配列の一種類を入力サンプル名


「ORF」では、コドン最適化の対象領域であるORFを選択します。自動処理により複数のORF候補が表示されます。ご希望のORFにチェックを入れて選択します。なお最適化を行わない場合はORFを選択する必要はありません。

2. 配列の編集 ORF候補選択

チェックを入れた領域が水色で表示されます。

最適化を行うORF領域にチェックを入れて選択します。

選択したORFは

Feature Mapに表示されます。

ここをクリックすると、他のORF候補が表示されます。


2. 配列の編集任意のORF選択右タブの「ORFの指定」をクリックすると、任意のORF領域を指定できます。

最適化を行わない場合はORFを選択する必要はありません。

クリックすると、任意のORF領域を指定できます。

最初と最後の位置を指定し、「適用」をクリックします。

指定した領域が水色で表示されます。


2. 配列の編集 5’付加配列制限酵素配列（1） 5’側のクローニング用制限酵素認識配列や付加配列を指定します。すでに

付加してある場合、候補が自動的に表示されます。もし、ご希望のものが表示されていない場合は、「新規配列の付加」をクリックします。新しい画面が現れます

候補がここに表示されます。本画面ではまだ付加されていないので、表示されません。


2. 配列の編集 5’付加配列制限酵素配列（2）新しい画面でドロップダウンリストをクリックします。制限酵素やatt配列のリストが開きます。ご希望のものを選択し、「配列の付加」をクリックします。

BamHIを選択し、開始コドンのAにあたる1番目の塩基の前に付加します。


2. 配列の編集 5’付加配列制限酵素配列（3）

付加したBamHIは黄色の背景と赤線で表示されます。最適化配列から自動

的に除外されます。また保護の設定がされるので、最適化を行っても配列は変更されません。

自動的に保護されます

赤線と黄色の背景で表示されます

自動的に除外されます


リストにない任意の配列を付加する場合には、付加する位置と配列を入力し、「配列の付加」をクリックして下さい。

例として、開始コドンのAの前に、GCCACCを付加します。

2. 配列の編集 5’付加配列任意の配列の付加

付加配列（GCCACC)と付加部位（開始コドンのA）を入力し、「配列の付加」ボタンをクリックします。

開始コドンの前にGCCACCが挿入されます


2. 配列の編集 3’付加配列

3’側の付加配列を選択し、挿入します。方法は5’付加配列と同じです。例として、Eco RIを616番目の塩基の前に挿入します。

赤線と黄色の背景で表示されます

自動的に保護されます自動的に除外されます

EcoRIを選択し、ストップコドンの直後になる616番目の前に付加します


左のタブは塩基の挿入です。ご希望の配列を挿入します。なお赤線で示されている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。

修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキーを押さないで下さい。画面が消えてしまいます。

2. 配列の編集配列の挿入

挿入位置と挿入用の塩基配列を入力し、「挿入」をクリックします。

ここに挿入配列を入力します


2. 配列の編集配列の削除

中央のタブは塩基の削除です。ご希望の範囲を指定し、削除します。なお赤線で示されている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。


削除する範囲を入力し、「削除」をクリックします。


2. 配列の編集コドンとアミノ酸の置換

右のタブはコドンとアミノ酸置換用の画面です。希望のアミノ酸部位を指定し、ドロップダウンリストから選択します。なお赤線で示されている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。


リストから候補を選択し、「置換」をクリックします。


3. 配列の最適化制限酵素認識配列の保護最適化で保護する配列を選択します。保護する塩基配列は最適化後も変更ありません。検出されたものが自動的に表示されます。

候補配列が表示されない場合は「+表示範囲を広げる」をクリックして下さい。

リストに表示されない配列を保護する場合は、「任意の配列の保護」をクリックして下さい。

チェックを入れて選択します。

保護する配列は、Feature Mapに表示されます。

保護した制限酵素認識配列は、赤線で表示されます。


3. 配列の最適化任意の配列の保護

最適化で任意の配列を保護する場合は、その範囲を入力し、「保護」をクリックします。保護した範囲の塩基配列は最適化後も変更ありません。

保護した範囲の配列は、Feature Mapに表示され

ます。

保護した範囲の配列は、赤線で表示されます。最初と最後の位置を入

力し、「保護」をクリックします。


3. 配列の最適化除外する制限酵素配列

最適化後の配列中に含めたくない配列を、リストの中から選択します。

リストは部分表示されています。全表示するには一番下にある「+表示範囲を広げる」をクリックして下さい。

リストにない任意の配列を除外する場合は、右タブの「任意の配列」をクリックして下さい。

チェックを入れて選択します。除外する配列は、

Feature Mapに表示されます。


3. 配列の最適化除外する任意の配列

最適化後に含みたくない任意の配列を指定します。配列の名前と配列を入力し、「除外する」をクリックします。除外した配列は最適化後の配列には含まれません。

除外する配列は、Feature Mapに表示されます。

配列の名前と配列を入力し、「除外する」をクリックします。


最適化タブを開き、コドン最適化用生物種のドロップダウンリストから、ご希望の生物種を選択します。最適化を希望しない場合は「Non optimized」を選択します。生物種を選択し、「最適化」をクリックすると、自動的に開始します。

3. 配列の最適化生物種の選択と最適化の実行

ご希望の生物種を選択します

最適化タブを開き、コドン最適化用生物種のリストを

開きます。青くなった「最適化」ボタンをクリックして最適化を開始します。

生物種によってはコザック配列を付加できます。


リストにある生物種の一般名と付加できるコザック配列は下記の一覧表を参照して下さい。

3. 配列の最適化コドン最適化用生物種一覧表

学名一般名 +コザック配列 Non optimized 最適化なしなし Arabidopsis thaliana シロイヌナズナなし

Bacillus subtilis 枯草菌なし Bos taurus 牛 GCCACC Brassica napus セイヨウアブラナなし Caenorhabditis elegans 線虫（C.elegans) なし Caulobacter crescentus CB15 C. crescentus CB15株なし

Chlamydomonas reinharditii クラミドモナス（Engineering Kits, A14258）なし Cricetulus griseus チャイニーズハムスター、CHO細胞 GCCACC Drosophila melanogaster キイロショウジョウバエ GCCACC Escherichia coli 大腸菌なし Glycine max 大豆なし

Homo sapiens ヒト GCCACC Hordeum vulgare 大麦なし

Lycopersicon esculentum トマトなし Mus musculs マウス GCCACC Nicotiana benthamiana ベンサミアナタバコなし

Nicotiana tabacum タバコなし Olyctolagus cuniculus ウサギ GCCACC

Oryza sativa イネなし Pichia pastoris ピキア酵母 AAAA Saccharomyces cerevisiae 出芽酵母 AAAA Schizosaccharomyces pombe 分裂酵母 AAAA Spodoptera frugiperda ヨトウガ、Sf9細胞、Sf21細胞 GCCACC Synechococcus elongatus シアノバクテリア（Engineering Kits, A14259）なし Vaccinia virus ワクシニアウイルスなし

Zea mays トウモロコシなし


配列の概要合成予定配列の確認配列の概要で、合成予定配列の内容と解析結果を確認できます。最適化した場合は最適化配列が表示されます。また解析結果と塩基配列をダウンロードできます。解析結果はCodon Quality Distribution、Codon Quality Plot、GC Contentが示されます。問題がなければ「保存」をクリックして下さい。

解析結果、合成予定塩基配列をダウンロードできます。

クリック！


配列の概要最適化後の解析結果(1)

青：最適化前黄：最適化後

「Codon Quality Distribution」では、コドンクオリティーに基づくコドンの割合が

示されています。コドンクオリティーの値は、各アミノ酸で最も使用頻度の高いコドンを100に設定し、他のコドンをそれに応じて相対的に設定したものです。青が最適化前で黄色が最適化後です。




「Codon Quality Plot」では、塩基配列の各ポジションにおけるコドンクオリ

ティーを示してます。コドンクオリティーの値は、各アミノ酸で最も使用頻度の高いコドンを100に設定し、他のコドンをそれに応じて相対的に設定したものです。青が最適化前で黄色が最適化後です。




「GC Content」では、各ポジションの前後20bpから成る40bpのGC含量を示してます。青が最適化前で黄色が最適化後です。


GeneArtⓇ StringsTMの設定終了

GeneArtⓇ StringsTMの設定が終了しました。アイコン内の緑色のチェックマークは、必要な情報が全て入力されたことを表しています。

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