democratizing data-driven medicinee9e%20ngs%2011%20... · analytics validated over 320 sequencers...
TRANSCRIPT
Democratizing Data-Driven Medicine
Gwendal Le Martelot, PhD
Benjamin Aubier
140+ employees
HQ: Lausanne, Switzerland
Global Leader in Data-Driven Medicine
CHRU de Tours - Hôpital Bretonneau
CHU de Brest-Hôpital Morvan
CHU de Limoges
CHU de Nantes
CHRU de Tours- Hôpital Trousseau
CHU de Grenoble
CHU de Montpellier
CHU de Toulouse
CHU Nice
CLCC Institut Paoli Calmettes Marseille
Laboratoire Biomnis Eurofins
CHU Lyon
Hôpital Saint-Antoine
CLCC Centre Léon Bérard Lyon
Hôpital Henri Mondor
Hôpital Saint-Louis
Hôpital Avicenne
Hôpital Paul Brousse
Hôpital Tenon
CHRU de Nancy
CHU d'Amiens-Picardie
CHU de Reims Institut Jean Godinot Reims
Paul Strauss Strasbourg
AFR Oncology
PRENOSTICS SAS
Sophia Genetics France SAS
10 employees
Paoli-Calmette Marseille ISO 15189 accreditation for its Next Generation Sequencing laboratory from (COFRAC)
CHU de Bordeaux
CHU de Dijon
CHU de Clermont-Ferrand
Our customers in France
Accurate SNP and INDEL detection
Advanced variant annotation
Superior CNV resolution
The Collective AI for Data-Driven Medicine
+Sequencing technologies
Analytics
Validated over 320 sequencers
NGS is Ripe for Clinical Diagnostics
Exposed to half millionexpert curated variants
Only accessible on
- The collective AI for Data-Driven Medicine
Universal Technology
SaaS Analytical Platform
>99.99% Sensitivity and Specificity
PrivacySecurity
Performances & Data Privacy… Part of our DNA
Validation of the entire workflow: from sample preparation to data analysis
Workflow of the clinical-based NGS testing by SOPHiA GENETICS
Sample Preparation
LibraryPreparation
SequencingData
Analysis
Data visualization& interpretation
ClinicalDiagnosis
1.
2.
3.4.
5.
6.
SOPHiA GENETICS facilitates ISO 15189 accreditation
Medical Laboratories -Requirements for Quality and
Competence
Documentation & Procedures
Method Validation
APR
Validation Quality Management
Mutualization
Quality Quantity Diversity
COMMUNITY
ISSUES
SOLUTION
Experts
© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Mutualization of knowledge
1/2
Solid Tumor SolutionTM
by SOPHiA GENETICS
© S
OPH
iAG
ENET
ICS
2017
-PM
_ T1
_2.2
.1.8
_r3e
n
Gwendal Le Martelot, Head of NGS laboratory
2
Data production
Part 1
Data analysis
Part 2
Data visualization and interpretation
Part 3
© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
32 USER’S GUIDE V2.0 USING KAPA HYPERPLUS LIBRARY PREPARATION KIT (48 SAMPLES)
Appendix 3: Solid Tumor Solution by Sophia Workflow
FFPE DNAenzymatic
fragmentation
End repair & A-tailing
Adapter ligation
Post-ligation clean up
Library amplification &Post amplification clean up
Pool libraries(12 plex per tube) & lyophilization
Overnight hybridization of targets with STS probes
Library quantification &quality control by capillaryelectrophoresis
LIBRARIES PREPARATIONWITH KAPA HYPER PLUS KIT
SOLID TUMOR SOLUTION BY SOPHIAWORKFLOW
CAPTUREEASY WORKFLOW- ONLY 1-2 TUBES TO HANDLE (MULITPLEX POOLED LIBRARIES)- ONLY 3 HOURS HANDS ON TIME
Bind probe-target duplexes to
streptavidin beads
Pull-down DNA-bead complexes
Wash DNA-beadcomplexes
Post capture amplification & clean up
Library quantification &quality control by capillary
electrophoresis
12pm
3pm
9am
12pm
9am
DAY1 DAY2
33SOLID TUMOR SOLUTION BY SOPHIA GENETICS
FFPE DNAenzymatic
fragmentation
End repair & A-tailing
Adapter ligation
Post-ligation clean up
Library amplification &Post amplification clean up
Pool libraries(12 plex per tube) & lyophilization
Overnight hybridization of targets with STS probes
Library quantification &quality control by capillaryelectrophoresis
LIBRARIES PREPARATIONWITH KAPA HYPER PLUS KIT
SOLID TUMOR SOLUTION BY SOPHIAWORKFLOW
CAPTUREEASY WORKFLOW- ONLY 1-2 TUBES TO HANDLE (MULITPLEX POOLED LIBRARIES)- ONLY 3 HOURS HANDS ON TIME
Bind probe-target duplexes to
streptavidin beads
Pull-down DNA-bead complexes
Wash DNA-beadcomplexes
Post capture amplification & clean up
Library quantification &quality control by capillary
electrophoresis
12pm
3pm
9am
12pm
9am
DAY1 DAY2
Library and Capture Workflow
Library Capture
7
• Blocking oligos and Cot-DNA
• Individually synthesized and quality controlled xGen Lockdown® Probes
• Hybridization and Washing buffers
• Illumina / Thermo Fisher Scientific compatible adaptors
• Clean-Up beads and Streptavidin beads
© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Ready-to-use kit content
Illumina Sequencing reagents and Flowcell
Kapa Library Preparation KitKapa Library Amplification Kit
8© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Reagents not provided
or
Thermo Fisher Scientific Sequencing reagents and Chips
+
Gene Transcript Exon rank
AKT1 NM_001014431 3
ALK NM_004304 21-25
BRAF NM_004333 11, 15
CDK4 NM_000075 2
CDKN2A NM_000077 1*, 2, 3
CTNNB1 NM_001904 3
DDR2 NM_001014796 18
DICER1 NM_177438 24, 25
EGFR NM_005228 18-21
ERBB2 NM_004448 8, 17, 20
ERBB4 NM_005235 10, 12
FBXW7 NM_033632 8-12
FGFR1 NM_001174067 13, 15
FGFR2 NM_000141 7, 12, 14
FGFR3 NM_000142 7, 9, 14, 16
FOXL2 NM_023067 1*
GNA11 NM_002067 4, 5
GNAQ NM_002072 4, 5
GNAS NM_000516 8
H3F3A NM_002107 2*
H3F3B NM_005324 2*
Gene Transcript Exon rank
HIST1H3B NM_003537 1
HRAS NM_001130442 2-4
IDH1 NM_005896 4
IDH2 NM_002168 4
KIT NM_000222 8-11, 13, 17, 18
KRAS NM_033360 2-4
MAP2K1 NM_002755 2, 3
MET NM_000245 2, 14-20
MYOD1 NM_002478 1
NRAS NM_002524 2-4
PDGFRA NM_006206 12, 14, 18
PIK3CA NM_006218 2*, 3, 6*, 8, 10, 21
PTPN11 NM_002834 3
RAC1 NM_018890 3
RAF1 NM_002880 7, 10, 12, 13*, 14*, 15*
RET NM_020975 11, 13, 15, 16
ROS1 NM_002944 38*, 41*
SF3B1 NM_012433 15-17
SMAD4 NM_005359 8-12
TERT NM_198253 promoter, 1*, 8*, 9*, 13*
TP53 NM_000546 full coding region
Solid Tumor Solution by Sophia Genetics
11
Data production
Part 1
Data analysis
Part 2
Data visualization and interpretation
Part 3
© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Homogénéité de couverture Insertion / délétion Gene Copy Number Variation Capture vs. Amplicon
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●
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50bp window:high ATneutral AThigh GC
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−10
−50
510
coverage uniformity in SG001 (1, medCov 4793.5)lo
g2(c
over
age
norm
alize
d by
med
ian)
ABL1
ASXL
1
BRAF
CAL
RC
BLC
EBPA
CSF
3R
DN
MT3
A
ETV6
EZH
2
FLT3
HR
ASID
H1
IDH
2
JAK2 KI
TKR
ASM
PLN
PM1
NR
ASPT
PN11
RUN
X1
SETB
P1
SF3B
1SR
SF2
TET2
TP53
U2A
F1W
T1
ZRSR
2
High Coverage Uniformity throught the entire SG panels
11
Sample: PB20Well Location: B7Created: mercredi 3 août 2016 16:07:22
Peak Size Conc. From To Avg. Size CV% RFU Corr. Peak Area(bp) (ng/uL) (bp) (bp) (bp)
1 1 (LM) 0.0119 0 35 1 320.27 1816 10.5942 387 2.3698 35 480 322 29.31 1207 175.9903 680 0.4963 604 709 656 4.64 921 36.8554 777 0.2577 709 785 747 3.05 921 19.1375 880 0.3511 785 891 838 3.75 923 26.0736 3188 6.8899 891 50692 6757 119.99 3005 511.6807 100000 (UM) 0.0459 90944 117328 100561 4.08 3168 40.919 TIC: 10.3647 ng/uL TIM: 16.045 nmole/L Total Conc.: 11.2219 ng/uL
Sample Peak Width (sec): 10 Sample Min Peak Height: 50 Sample Baseline V to V?: Y Sample Baseline V to V pts: 3Sample Filter: Binomial # of Pts for Filter: 3 Sample Start Region (min): 0 Sample End Region (min): 50Manual Baseline Start (min): 10 Manual Baseline End (min): 48Marker Peak Width (sec): 5 Marker Min Peak Height: 200 Marker Baseline V to V?: Y Marker Baseline V to V pts: 3Lower Marker Selection: First Peak > 200 RFU Upper Marker Selection: Last Peak > 200 RFULadder Size (bp): 1, 75, 200, 300, 400, 500, 700, 1000, 1500, 2000, 3000, 4000, 5000, 7000, 10000, 20000, 100000Quantification Using: Ladder Final Concentration (ng/uL): 0.0830 Dilution Factor: 12.0
2016 08 03 15H 51M.raw
PROSize 2.0 2.0.0.51 Copyright 2015 Advanced Analytical Technologies, Inc. Date Printed: 03.08.2016 18:21
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“D”
Sample: FFPENantes5Well Location: A5Created: mardi 30 août 2016 18:47:51
Peak Size Conc. From To Avg. Size CV% RFU Corr. Peak Area(bp) (ng/uL) (bp) (bp) (bp)
1 1 (LM) 0.0138 0 11 1 434.36 2751 20.3742 21 0.1291 11 43 25 36.55 625 15.9253 68 0.0916 43 69 58 13.31 666 11.2914 163 0.7530 69 258 163 33.82 859 92.8625 263 0.2228 258 328 292 7.03 747 27.4776 2647 11.4982 328 18572 2279 85.16 8032 1418.0607 53087 0.0521 46914 61235 54696 6.85 286 6.4258 100000 (UM) 0.0278 89877 119478 100603 4.70 3001 41.207 TIC: 12.7467 ng/uL TIM: 28.357 nmole/L Total Conc.: 12.8240 ng/uL
Sample Peak Width (sec): 10 Sample Min Peak Height: 50 Sample Baseline V to V?: Y Sample Baseline V to V pts: 3Sample Filter: Binomial # of Pts for Filter: 3 Sample Start Region (min): 0 Sample End Region (min): 50Manual Baseline Start (min): 10 Manual Baseline End (min): 48Marker Peak Width (sec): 5 Marker Min Peak Height: 200 Marker Baseline V to V?: Y Marker Baseline V to V pts: 3Lower Marker Selection: First Peak > 200 RFU Upper Marker Selection: Last Peak > 200 RFULadder Size (bp): 1, 75, 200, 300, 400, 500, 700, 1000, 1500, 2000, 3000, 4000, 5000, 7000, 10000, 20000, 100000Quantification Using: Ladder Final Concentration (ng/uL): 0.0830 Dilution Factor: 12.0
2016 08 30 18H 31M.raw
PROSize 2.0 2.0.0.51 Copyright 2015 Advanced Analytical Technologies, Inc. Date Printed: 31.08.2016 11:06
Page 8 of 16
“C”
Sample: FFPENantes13Well Location: A3Created: mardi 30 août 2016 18:47:51
Peak Size Conc. From To Avg. Size CV% RFU Corr. Peak Area(bp) (ng/uL) (bp) (bp) (bp)
1 1 (LM) 0.0138 0 21 2 271.28 2061 13.0022 171 25.0644 21 945 270 56.05 10877 1972.7253 4123 0.0016 3921 7683 4082 1.29 41 0.1244 100000 (UM) 0.0231 88148 118492 99894 2.48 1968 21.863 TIC: 25.0660 ng/uL TIM: 241.586 nmole/L Total Conc.: 25.2543 ng/uL
Sample Peak Width (sec): 10 Sample Min Peak Height: 50 Sample Baseline V to V?: Y Sample Baseline V to V pts: 3Sample Filter: Binomial # of Pts for Filter: 3 Sample Start Region (min): 0 Sample End Region (min): 50Manual Baseline Start (min): 10 Manual Baseline End (min): 48Marker Peak Width (sec): 5 Marker Min Peak Height: 200 Marker Baseline V to V?: Y Marker Baseline V to V pts: 3Lower Marker Selection: First Peak > 200 RFU Upper Marker Selection: Last Peak > 200 RFULadder Size (bp): 1, 75, 200, 300, 400, 500, 700, 1000, 1500, 2000, 3000, 4000, 5000, 7000, 10000, 20000, 100000Quantification Using: Ladder Final Concentration (ng/uL): 0.0830 Dilution Factor: 12.0
2016 08 30 18H 31M.raw
PROSize 2.0 2.0.0.51 Copyright 2015 Advanced Analytical Technologies, Inc. Date Printed: 31.08.2016 11:06
Page 6 of 16
“A”
Sample: PB13Well Location: A12Created: mercredi 3 août 2016 13:54:57
Peak Size Conc. From To Avg. Size CV% RFU Corr. Peak Area(bp) (ng/uL) (bp) (bp) (bp)
1 1 (LM) 0.0119 0 33 2 307.45 1208 7.5252 207 0.8526 33 207 157 24.96 1053 44.9783 346 3.3331 207 419 314 19.36 1534 175.8264 10000 0.1665 9334 14580 11665 13.22 306 8.7835 100000 (UM) 0.0243 91447 118834 100328 3.99 1197 15.404 TIC: 4.3522 ng/uL TIM: 22.631 nmole/L Total Conc.: 12.4911 ng/uL
Sample Peak Width (sec): 5 Sample Min Peak Height: 100 Sample Baseline V to V?: Y Sample Baseline V to V pts: 3Sample Filter: Binomial # of Pts for Filter: 3 Sample Start Region (min): 0 Sample End Region (min): 50Manual Baseline Start (min): 10 Manual Baseline End (min): 48Marker Peak Width (sec): 5 Marker Min Peak Height: 200 Marker Baseline V to V?: Y Marker Baseline V to V pts: 3Lower Marker Selection: First Peak > 200 RFU Upper Marker Selection: Last Peak > 200 RFULadder Size (bp): 1, 75, 200, 300, 400, 500, 700, 1000, 1500, 2000, 3000, 4000, 5000, 7000, 10000, 20000, 100000Quantification Using: Ladder Final Concentration (ng/uL): 0.0830 Dilution Factor: 12.0
2016 08 03 13H 38M.raw
PROSize 2.0 2.0.0.51 Copyright 2015 Advanced Analytical Technologies, Inc. Date Printed: 03.08.2016 17:07
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“B”
selected capillary electrophoresis traces
High Coverage Uniformity throught the entire SG panels
175 bp
3200 bp
340 bp
2000 bp
2650 bp
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coverage uniformity in 16−A165−50_S60 (1, medCov 1311)
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ALK
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Based on high coverage uniformity, ~1M fragment can achieve ~5000X depth on average (24 samples/Miseq v3)
High Coverage Uniformity throught the entire SG panels
FFPE DNA pic 170 bp
FFPE DNA pic 3200 bp
Highly degraded FFPE DNA
Degraded FFPE DNA
21
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© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
TERT promoter covered even in poor DNA quality
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Tintin au pays de l’or noir, 1939-1940 , Hergé
The collective AI for Data-Driven Medicine
Des données “propres” pour alimenter nos algorithmes, vers une meilleures détection des variants complexes
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10
SP30
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20© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Detection of MET exon 14 deletion
2
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16All CNV info provided by Horizon were identified
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●
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●●●●●●●●●●●●●
●●●●●●●●●
●
−10
−50
510
coverage uniformity in HD−759 (0.89, medCov 4231)
log2
(cov
erag
e no
rmal
ized
by m
edia
n)
AKT1
ALK
BIR
C3
BRAF
CAS
P2C
DK4
CD
KN2A
CTN
NB1
DD
R2
DIC
ER1
EGFR
ERBB
2
ERBB
4FB
XW7
FGFR
1
FGFR
2FG
FR3
FOXL
2G
NA1
1G
NAQ
GN
ASH
3F3A
H3F
3BH
IST1
H3B
HR
ASID
H1
IDH
2KI
T
KRAS
MAP
2K1
MD
M2
MET
MSH
2
MYC
MYC
N
MYO
D1
NR
ASPD
GFR
API
K3C
APT
PN11
RAC
1R
AF1
RET
ROS1
SEC
63SF
3B1
SLC
7A8
SMAD
4ST
T3A
TERT
TP53
ZNF2
HD-759
2.2 1.8 2.8 1.4 2.2 2.0 1.7 1.7 2.7 2.4 2.1
1.8 1.9 1.7 1.6 2.1 2.0 2.2 2.1 2.0 2.1 2.0
1.8 1.9 2.5 2.2 1.9 1.3 2.0 1.8 1.9 1.9 1.8
1.8 1.9 2.2 2.0 2.0 1.6 2.0 1.8 1.9 1.9 1.9
1.9 1.9 1.7 2.3 2.1 2.7 2.1 1.8 2.0 2.9 2.0
8.6 4.2 1.8 2.7 1.7 6.0 1.2 1.9 1.9 2.0 1.8
2.1 1.8 3.0 2.0 1.8 2.1 0.4 2.0 2.1 1.6 27.5
2.5 2.6 12.3 2.0 1.8 2.9 0.0 2.1 1.7 1.7 1.8
1.2 4.1 2.2 11.2 1.4 2.6 0.2 2.5 1.9 1.3 2.0
2.0 2.1 1.8 1.6 2.2 1.4 2.1 2.1 2.2 2.1 2.1
2.0 2.0 1.8 1.6 2.3 1.5 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1
2.1 2.1 1.8 1.6 2.2 1.4 2.1 2.1 2.2 2.1 2.1
HD200
HD−249
HD−648
HD−701
HD−709
HD−753
HD−759
HD−767
HD−C877
SG001
SG057
SG058
MYC
N
ALK
EGFR
MET
FGFR
1
MYC
CDKN
2A
KRAS
CDK4
MDM2
ERBB
2
sample
Horizon_20160923_withDS
Horizon samples were used to test CNV detection in STS gene-panel
Gene amplification detection using STS capture in real clinical
FFPE samples over 7 genes : ALK, HER2, EGFR, MET, FGFR1, KRAS and CDKN2A
S15.3
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
1.7 2.3 1.8 2.2 2.1 1.6 2.2 2.6 2.4 2.6 1.8
1.8 2.3 1.8 2.2 2.1 1.7 2.2 2.6 2.3 2.6 1.7
1.8 2.2 1.7 2.2 2.0 1.7 2.3 2.6 2.4 2.6 1.7
1.8 2.5 2.0 2.4 2.3 1.7 1.4 2.6 2.1 2.7 1.5
2.0 2.3 1.6 1.6 2.4 2.4 1.6 1.7 2.0 1.7 2.1
2.3 2.5 1.9 1.4 1.8 1.8 2.0 1.9 2.2 2.0 2.4
2.4 2.5 1.9 1.4 1.7 1.8 2.0 1.9 2.2 2.0 2.4
2.5 2.4 1.8 1.5 1.7 1.9 2.0 2.0 2.2 2.0 2.3
2.2 2.0 1.8 1.3 2.3 2.3 1.6 1.3 2.2 1.4 2.2
1.7 1.5 3.4 1.9 2.6 2.0 1.6 1.1 2.3 1.8 3.1
1.8 1.4 3.2 1.9 2.5 2.1 1.6 1.1 2.3 1.7 3.0
1.8 1.4 3.2 1.9 2.5 2.1 1.7 1.1 2.3 1.8 3.0
2.3 2.0 1.7 1.5 2.4 2.0 1.7 1.5 1.9 1.5 2.5
2.4 2.0 1.7 1.5 2.4 2.0 1.7 1.5 1.9 1.5 2.4
2.4 1.9 1.7 1.5 2.3 2.0 1.8 1.5 1.9 1.5 2.4
2.1 2.2 1.7 1.6 2.5 1.9 1.8 1.6 1.9 1.6 2.3
2.2 2.2 1.7 1.6 2.4 2.0 1.8 1.6 1.9 1.6 2.2
2.3 2.1 1.6 1.7 2.4 2.0 1.9 1.6 1.9 1.6 2.1
1.7 2.3 18.8 2.3 3.3 1.9 1.9 1.7 1.5 1.7 1.4
2.2 1.9 1.9 2.2 1.8 2.1 2.0 2.0 1.8 1.8 2.2
2.2 1.9 1.8 2.1 1.8 2.2 1.9 1.9 1.7 1.7 2.2
2.2 1.9 1.8 2.1 1.8 2.1 2.0 1.9 1.8 1.7 2.1
1.6 2.4 2.9 2.7 1.8 6.7 2.3 2.4 2.3 2.5 1.4
1.3 1.8 2.0 2.7 2.4 2.3 2.0 2.7 2.1 2.5 1.6
1.7 2.1 2.0 2.2 2.0 1.8 2.2 2.1 1.9 1.9 1.9
1.8 2.1 2.0 2.2 1.9 1.9 2.3 2.0 2.0 1.9 1.9
1.8 2.0 1.9 2.2 1.9 1.9 2.3 2.1 2.0 1.9 1.8
1.7 2.5 4.9 5.1 6.6 2.0 1.4 3.0 1.7 3.0 1.5
1.6 2.0 2.7 2.5 1.8 1.8 2.3 2.6 1.9 2.3 1.6
1.7 2.2 2.0 2.8 1.9 1.7 2.3 3.0 1.8 2.4 1.5
16−A002−10
16−A002−20
16−A002−30
16−A003−10
16−A004−10
16−A010−10
16−A010−20
16−A010−30
16−A011−10
16−A013−10
16−A013−20
16−A013−30
16−A014−10
16−A014−20
16−A014−30
16−A015−10
16−A015−20
16−A015−30
16−A017−10
16−A019−10
16−A019−20
16−A019−30
16−A022−10
16−A023−10
16−A029−10
16−A029−20
16−A029−30
** 16−A031−10
** 16−A032−10
16−A033−10
16−A034−10
16−A036−10
MYC
N
ALK
EGFR
MET
FGFR
1
MYC
CD
KN2A
KRAS
CD
K4
MD
M2
ERBB
2
sam
ple
HiiSeq_96FFPE (sample group 1 of 3)
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
1.4 1.9 1.9 2.8 1.9 1.5 2.7 3.4 2.0 2.8 1.7
1.7 2.0 2.6 2.5 1.7 1.9 2.0 2.3 1.8 2.0 1.8
1.8 2.2 1.9 2.2 1.8 1.7 2.2 2.9 1.7 2.1 1.8
2.2 1.7 1.6 1.8 1.9 2.2 2.2 2.0 1.9 1.9 2.0
2.0 2.6 4.6 3.2 1.4 2.3 2.4 1.7 1.7 1.7 1.8
1.6 2.2 2.4 4.0 1.7 1.5 2.6 3.8 1.8 2.8 1.6
1.6 2.5 4.7 5.6 1.7 1.5 1.4 5.2 2.5 4.2 1.8
1.7 2.1 2.4 2.5 2.0 1.6 2.5 2.6 1.8 2.2 1.5
1.4 2.1 2.1 3.1 1.9 1.3 2.9 3.1 1.7 2.7 1.7
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1.7 2.0 2.0 2.5 2.0 2.1 1.9 2.5 2.0 2.3 1.8
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1.8 2.4 1.8 2.3 2.2 1.5 2.3 2.5 2.3 2.7 1.8
2.3 2.0 1.8 2.1 2.1 1.8 2.1 2.1 1.9 2.0 19.2
1.3 1.9 2.6 3.4 1.7 2.4 2.9 2.6 1.8 2.8 1.3
1.6 2.0 1.8 2.3 2.0 1.6 2.0 2.6 2.6 4.2 1.6
2.1 1.8 1.6 1.8 2.5 2.7 1.4 1.9 1.8 1.7 2.0
1.9 2.4 2.3 2.1 1.9 1.6 2.4 2.4 1.7 2.0 1.7
2.0 2.3 2.2 2.1 1.9 1.7 2.5 2.3 1.7 2.0 1.7
2.1 2.3 2.1 2.1 1.9 1.8 2.5 2.3 1.7 2.0 1.6
2.4 2.5 2.0 2.5 1.9 19.0 2.5 2.6 1.9 2.1 1.7
1.2 1.3 2.5 3.5 1.9 2.1 2.4 2.6 2.2 2.3 1.9
1.3 1.2 2.5 3.4 1.9 2.2 2.3 2.5 2.1 2.2 2.0
1.3 1.3 2.4 3.4 1.9 2.2 2.3 2.4 2.2 2.1 1.9
1.6 2.2 1.9 2.4 2.2 1.7 2.4 2.6 2.0 2.3 1.6
1.9 1.8 2.1 2.4 3.5 2.2 1.7 2.3 1.8 1.9 1.4
16−A037−10
16−A038−10
16−A041−10
16−A042−10
16−A043−10
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16−A047−10
16−A048−10
** 16−A049−20
** 16−A049−30
** 16−A049−new50ng−10
** 16−A049−new100ng−10
** 16−A049−new150ng−10
16−A050−10
16−A051−10
16−A052−10
16−A053−10
16−A054−10
16−A055−10
16−A132−10
16−A133−10
16−A133−20
16−A133−30
16−A134−10
16−A135−10
16−A135−20
16−A135−30
16−A137−10
16−A138−10
** 16−A163−10
MYC
N
ALK
EGFR
MET
FGFR
1
MYC
CD
KN2A
KRAS
CD
K4
MD
M2
ERBB
2
sam
ple
HiiSeq_96FFPE (sample group 2 of 3)
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
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● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
1.8 2.2 2.1 2.7 1.9 1.9 1.9 2.3 1.7 1.7 1.5
1.9 2.1 2.1 2.5 1.9 2.0 1.8 2.2 1.8 1.6 1.6
1.9 2.1 2.0 2.5 1.9 2.0 1.9 2.2 1.7 1.7 1.5
2.2 1.7 2.8 1.0 1.6 1.8 3.5 1.4 2.2 2.7 2.4
2.3 2.0 1.5 0.7 2.5 2.1 2.0 2.2 2.2 2.8 2.4
2.2 1.5 2.5 0.8 2.8 2.3 1.5 2.0 2.0 2.5 2.4
1.8 2.1 2.1 2.3 1.7 1.9 2.1 2.8 1.6 2.1 1.6
2.4 1.7 1.6 1.5 2.3 3.0 1.5 1.4 1.9 1.5 3.4
2.4 2.1 1.9 1.7 2.5 8.3 2.1 1.6 2.0 1.6 2.5
1.7 1.9 1.9 1.8 2.0 2.4 2.0 1.6 2.2 1.9 2.1
2.4 2.5 13.5 2.5 0.9 1.5 1.7 1.5 1.9 1.5 2.9
1.6 2.0 2.0 2.6 2.1 1.6 2.2 3.0 2.0 2.3 1.5
2.0 2.4 1.6 1.8 2.2 2.0 1.7 2.3 2.2 2.3 2.3
1.5 1.8 2.6 1.8 1.8 1.9 2.2 3.0 2.2 2.7 1.5
1.6 2.3 2.5 2.5 2.8 4.8 2.1 2.9 1.9 2.2 1.9
2.0 1.8 1.8 1.6 2.1 2.5 1.6 1.2 1.9 1.4 2.4
1.6 2.3 1.9 2.6 2.0 1.4 2.6 3.1 1.9 2.6 1.7
** 16−A163−20
** 16−A163−30
16−A398−10
16−A398−20
16−A398−30
** C5−10
** C10−10
** C14−10
** C15−10
** C17−10
C18−10
C19−10
C20−10
** C21−10
** C22−10
** C23−10
** C24−10
** C26−10
HD−200−10
** P5−10
P10−10
P14−10
P15−10
P17−10
P18−10
P19−10
P20−10
P21−10
** P22−10
P23−10
** P24−10
P26−10
MYC
N
ALK
EGFR
MET
FGFR
1
MYC
CD
KN2A
KRAS
CD
K4
MD
M2
ERBB
2
sam
ple
HiiSeq_96FFPE (sample group 3 of 3)
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
1.7 2.3 1.8 2.2 2.1 1.6 2.2 2.6 2.4 2.6 1.8
1.8 2.3 1.8 2.2 2.1 1.7 2.2 2.6 2.3 2.6 1.7
1.8 2.2 1.7 2.2 2.0 1.7 2.3 2.6 2.4 2.6 1.7
1.8 2.5 2.0 2.4 2.3 1.7 1.4 2.6 2.1 2.7 1.5
2.0 2.3 1.6 1.6 2.4 2.4 1.6 1.7 2.0 1.7 2.1
2.3 2.5 1.9 1.4 1.8 1.8 2.0 1.9 2.2 2.0 2.4
2.4 2.5 1.9 1.4 1.7 1.8 2.0 1.9 2.2 2.0 2.4
2.5 2.4 1.8 1.5 1.7 1.9 2.0 2.0 2.2 2.0 2.3
2.2 2.0 1.8 1.3 2.3 2.3 1.6 1.3 2.2 1.4 2.2
1.7 1.5 3.4 1.9 2.6 2.0 1.6 1.1 2.3 1.8 3.1
1.8 1.4 3.2 1.9 2.5 2.1 1.6 1.1 2.3 1.7 3.0
1.8 1.4 3.2 1.9 2.5 2.1 1.7 1.1 2.3 1.8 3.0
2.3 2.0 1.7 1.5 2.4 2.0 1.7 1.5 1.9 1.5 2.5
2.4 2.0 1.7 1.5 2.4 2.0 1.7 1.5 1.9 1.5 2.4
2.4 1.9 1.7 1.5 2.3 2.0 1.8 1.5 1.9 1.5 2.4
2.1 2.2 1.7 1.6 2.5 1.9 1.8 1.6 1.9 1.6 2.3
2.2 2.2 1.7 1.6 2.4 2.0 1.8 1.6 1.9 1.6 2.2
2.3 2.1 1.6 1.7 2.4 2.0 1.9 1.6 1.9 1.6 2.1
1.7 2.3 18.8 2.3 3.3 1.9 1.9 1.7 1.5 1.7 1.4
2.2 1.9 1.9 2.2 1.8 2.1 2.0 2.0 1.8 1.8 2.2
2.2 1.9 1.8 2.1 1.8 2.2 1.9 1.9 1.7 1.7 2.2
2.2 1.9 1.8 2.1 1.8 2.1 2.0 1.9 1.8 1.7 2.1
1.6 2.4 2.9 2.7 1.8 6.7 2.3 2.4 2.3 2.5 1.4
1.3 1.8 2.0 2.7 2.4 2.3 2.0 2.7 2.1 2.5 1.6
1.7 2.1 2.0 2.2 2.0 1.8 2.2 2.1 1.9 1.9 1.9
1.8 2.1 2.0 2.2 1.9 1.9 2.3 2.0 2.0 1.9 1.9
1.8 2.0 1.9 2.2 1.9 1.9 2.3 2.1 2.0 1.9 1.8
1.7 2.5 4.9 5.1 6.6 2.0 1.4 3.0 1.7 3.0 1.5
1.6 2.0 2.7 2.5 1.8 1.8 2.3 2.6 1.9 2.3 1.6
1.7 2.2 2.0 2.8 1.9 1.7 2.3 3.0 1.8 2.4 1.5
16−A002−10
16−A002−20
16−A002−30
16−A003−10
16−A004−10
16−A010−10
16−A010−20
16−A010−30
16−A011−10
16−A013−10
16−A013−20
16−A013−30
16−A014−10
16−A014−20
16−A014−30
16−A015−10
16−A015−20
16−A015−30
16−A017−10
16−A019−10
16−A019−20
16−A019−30
16−A022−10
16−A023−10
16−A029−10
16−A029−20
16−A029−30
** 16−A031−10
** 16−A032−10
16−A033−10
16−A034−10
16−A036−10
MYC
N
ALK
EGFR
MET
FGFR
1
MYC
CDKN
2A
KRAS
CDK4
MDM
2
ERBB
2
sam
ple
HiiSeq_96FFPE (sample group 1 of 3)
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
1.4 1.9 1.9 2.8 1.9 1.5 2.7 3.4 2.0 2.8 1.7
1.7 2.0 2.6 2.5 1.7 1.9 2.0 2.3 1.8 2.0 1.8
1.8 2.2 1.9 2.2 1.8 1.7 2.2 2.9 1.7 2.1 1.8
2.2 1.7 1.6 1.8 1.9 2.2 2.2 2.0 1.9 1.9 2.0
2.0 2.6 4.6 3.2 1.4 2.3 2.4 1.7 1.7 1.7 1.8
1.6 2.2 2.4 4.0 1.7 1.5 2.6 3.8 1.8 2.8 1.6
1.6 2.5 4.7 5.6 1.7 1.5 1.4 5.2 2.5 4.2 1.8
1.7 2.1 2.4 2.5 2.0 1.6 2.5 2.6 1.8 2.2 1.5
1.4 2.1 2.1 3.1 1.9 1.3 2.9 3.1 1.7 2.7 1.7
1.5 2.5 2.8 3.0 1.3 1.4 1.5 3.3 2.0 2.7 1.9
1.7 2.0 2.0 2.5 2.0 2.1 1.9 2.5 2.0 2.3 1.8
1.4 2.3 2.6 8.8 1.6 1.9 2.0 5.7 1.8 5.5 1.1
1.8 2.4 1.8 2.3 2.2 1.5 2.3 2.5 2.3 2.7 1.8
2.3 2.0 1.8 2.1 2.1 1.8 2.1 2.1 1.9 2.0 19.2
1.3 1.9 2.6 3.4 1.7 2.4 2.9 2.6 1.8 2.8 1.3
1.6 2.0 1.8 2.3 2.0 1.6 2.0 2.6 2.6 4.2 1.6
2.1 1.8 1.6 1.8 2.5 2.7 1.4 1.9 1.8 1.7 2.0
1.9 2.4 2.3 2.1 1.9 1.6 2.4 2.4 1.7 2.0 1.7
2.0 2.3 2.2 2.1 1.9 1.7 2.5 2.3 1.7 2.0 1.7
2.1 2.3 2.1 2.1 1.9 1.8 2.5 2.3 1.7 2.0 1.6
2.4 2.5 2.0 2.5 1.9 19.0 2.5 2.6 1.9 2.1 1.7
1.2 1.3 2.5 3.5 1.9 2.1 2.4 2.6 2.2 2.3 1.9
1.3 1.2 2.5 3.4 1.9 2.2 2.3 2.5 2.1 2.2 2.0
1.3 1.3 2.4 3.4 1.9 2.2 2.3 2.4 2.2 2.1 1.9
1.6 2.2 1.9 2.4 2.2 1.7 2.4 2.6 2.0 2.3 1.6
1.9 1.8 2.1 2.4 3.5 2.2 1.7 2.3 1.8 1.9 1.4
16−A037−10
16−A038−10
16−A041−10
16−A042−10
16−A043−10
16−A044−10
16−A045−10
16−A046−10
16−A047−10
16−A048−10
** 16−A049−20
** 16−A049−30
** 16−A049−new50ng−10
** 16−A049−new100ng−10
** 16−A049−new150ng−10
16−A050−10
16−A051−10
16−A052−10
16−A053−10
16−A054−10
16−A055−10
16−A132−10
16−A133−10
16−A133−20
16−A133−30
16−A134−10
16−A135−10
16−A135−20
16−A135−30
16−A137−10
16−A138−10
** 16−A163−10
MYC
N
ALK
EGFR
MET
FGFR
1
MYC
CDKN
2A
KRAS
CDK4
MDM
2
ERBB
2
sam
ple
HiiSeq_96FFPE (sample group 2 of 3)
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
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● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
● ● ● ● ● ● ● ● ● ● ●
1.8 2.2 2.1 2.7 1.9 1.9 1.9 2.3 1.7 1.7 1.5
1.9 2.1 2.1 2.5 1.9 2.0 1.8 2.2 1.8 1.6 1.6
1.9 2.1 2.0 2.5 1.9 2.0 1.9 2.2 1.7 1.7 1.5
2.2 1.7 2.8 1.0 1.6 1.8 3.5 1.4 2.2 2.7 2.4
2.3 2.0 1.5 0.7 2.5 2.1 2.0 2.2 2.2 2.8 2.4
2.2 1.5 2.5 0.8 2.8 2.3 1.5 2.0 2.0 2.5 2.4
1.8 2.1 2.1 2.3 1.7 1.9 2.1 2.8 1.6 2.1 1.6
2.4 1.7 1.6 1.5 2.3 3.0 1.5 1.4 1.9 1.5 3.4
2.4 2.1 1.9 1.7 2.5 8.3 2.1 1.6 2.0 1.6 2.5
1.7 1.9 1.9 1.8 2.0 2.4 2.0 1.6 2.2 1.9 2.1
2.4 2.5 13.5 2.5 0.9 1.5 1.7 1.5 1.9 1.5 2.9
1.6 2.0 2.0 2.6 2.1 1.6 2.2 3.0 2.0 2.3 1.5
2.0 2.4 1.6 1.8 2.2 2.0 1.7 2.3 2.2 2.3 2.3
1.5 1.8 2.6 1.8 1.8 1.9 2.2 3.0 2.2 2.7 1.5
1.6 2.3 2.5 2.5 2.8 4.8 2.1 2.9 1.9 2.2 1.9
2.0 1.8 1.8 1.6 2.1 2.5 1.6 1.2 1.9 1.4 2.4
1.6 2.3 1.9 2.6 2.0 1.4 2.6 3.1 1.9 2.6 1.7
** 16−A163−20
** 16−A163−30
16−A398−10
16−A398−20
16−A398−30
** C5−10
** C10−10
** C14−10
** C15−10
** C17−10
C18−10
C19−10
C20−10
** C21−10
** C22−10
** C23−10
** C24−10
** C26−10
HD−200−10
** P5−10
P10−10
P14−10
P15−10
P17−10
P18−10
P19−10
P20−10
P21−10
** P22−10
P23−10
** P24−10
P26−10
MYC
N
ALK
EGFR
MET
FGFR
1
MYC
CDKN
2A
KRAS
CDK4
MDM
2
ERBB
2
sam
ple
HiiSeq_96FFPE (sample group 3 of 3)
S9
S10
S11
S12
S14
S15.1
S15.2
S13
Clinical samples
S1
S2
S3
S4
S6
S5
S8
S7
Clinical samples
Performance comparison between STS capture and threeamplicon-based commercial kits in reference sample andreal clinical FFPE samples
23© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Coverage uniformity in STS is higher than the other three kits
• Coverage windows (per 10 bases) are normalized by median and log2 transformed
• Two dashed lines represent 20% and 500% median coverage, respectively
• “Coverage uniformity” is defined as the rate of coverage points within two dashed lines
Ref DNA
FFPE
Amp-1, 96% STS, 100% Amp-2, 95% Amp-3, 95%
Amp-1, 96% STS, 100% Amp-2, 96% Amp-3, 97%
20%
500%
CLINICAL FFPE samples
Amp-1 STS Amp-2 Amp-324© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Coverage uniformity of ref. and clinical FFPE samples in STS capture and three other amplicon-based technologies
25
STS
16-A167
Amp-2
*16-A167
5%
7 reads out of 3656 reads
~ 0.2%
Inconsistency due to the technology
181 reads !
Amp-
2_VF
(%
)
12
●●
●●
●
●●
●
0.5 2.0 5.0 20.0 100.0
0.5
2.0
10.0
50.0
16−A013−A
STS_VF (%)
Swift
56G
_VF
(%)
●●
●●●
●
●
●●
●
●
0.5 2.0 5.0 20.0 100.0
0.5
2.0
10.0
50.0
16−A020−D
STS_VF (%)
Swift
56G
_VF
(%)
●
●●
●
●
●
●●
●
●
●●●
●
●
●
●
●
0.5 2.0 5.0 20.0 100.0
0.5
2.0
10.0
50.0
16−A165−A
STS_VF (%)
Swift
56G
_VF
(%) ●●
●●
●●
●
●●
●
●
●
●
0.5 2.0 5.0 20.0 100.0
0.5
2.0
10.0
50.0
16−A167−C
STS_VF (%)
Swift
56G
_VF
(%)
STS
16-A013
Amp-2
16-A013
STS
16-A167
Amp-2
*16-A167
30%
25%
5%
7/3656 ~ 0.2%
Inconsistency due to
the technology
Repeatability of variant calling in clinical FFPE samples (STS vs. Amp-2)
STS_VF (%)
16-A167-C
© SOPHiA GENETICS 2017 - Confidential
Better detection of Indels with STS capture than Amp-2 amplicon
Protocole qui tolère de travailler avec de petites quantités d’ADN (10 ng)
Protocole de capture permet de mieux filtrer les faux positifs
Protocole Librairies + Capture => 1.5 jours
Protocole unique, indépendant de la qualité de l’ADN initial
STS capture + Bioinfo => meilleurs detection des indels (vs. Amplicon)
STS capture + Bioinfo => detection des CNVs à l’échelle du gène
Solutions modulables/évolutives => LOH, charge mutationnelle, homogénéité de la tumeur, MSI…
Solutions “customs” que nous validons
Excellente homogénéité de couverture sur l’ensemble de nos panels
Conclusion