cours mycologie
TRANSCRIPT
LA DÉMARCHE EXPÉRIMENTALE EN PHYTOPATHOLOGIE
observations
( relations hôte-parasite- environnement)
interprétation
distribution spatiale et temporelle de la maladieprécédents du champ, de la variété (fumure, arrosages, pesticides….)
DIAGNOSEmaladie parasitaire
maladie "physiologique" (carence, T°,...)
symptômesépidémiologie
historique culturale
-expérience personnelle
-données bibliographiques
LUTTE
Symptômes: MODIFICATIONS MORPHOLOGIQUESDE LA PLANTE
nécroses
Tâches chlorotiques
Feuilles gaufrées
Balais de sorcières
PARASITES DES VÉGÉTAUX
-Parasites des racines
-Parasites du collet
-Parasites des feuilles et rameaux
PARASITES DES VÉGÉTAUX
-Parasites des fleurs
-Parasites des épis de céréales
-Parasites des fruits
Epidémies : maladies qui s’attaquent à un grand nombre
d’individus, sur de vastes étendues
OR
La propagation des maladies ne se fait pas au hasard mais suit des lois dont les critères doivent être précisés :
-biologie de l ’hôte (vitesse de croissance de l’organisme pathogène)
-climatologie-facteurs environnementaux (nature des sols, disposition
du champ…)
Définitions
EPIDÉMIE ET CYCLE DE L’AGENT PATHOGÈNE
Biologie de l ’hôte : notion de RECEPTIVITE
Divers modes de dissémination:
- l’eau pour les spores flagellées des Oomycètes
- Le vent pour la plupart des spores d’Asco- et Basidiomycètes
- les pratiques culturales pour les espèces telluriques
- les insectes dans certains cas d’Asco- et Basidiomycètes (Claviceps, Botrytis, Graphium, Puccinia…), et surtout dans le cas des virus
ADAPTATION À LA VIE PARASITAIRE
-Parasites obligatoires: incapables de vivre en dehors d ’un hôte vivant
-Parasites facultatifs: capables de se développer en dehors d ’un hôte vivant
Dépendance vis à vis de l ’hôte
Pouvoir pathogène
-Parasites actifs: capables d ’attaquer une plante en état de vie active-Parasites de faiblesse: n’attaquent que les plantes en état de vie ralentie ou déficient
RAPPORTS HÔTE-CHAMPIGNONNÉCROTROPHIE
BIOTROPHIE
Libération d ’enzymes, de toxines, d ’hormones
oïdium
ADAPTATION À LA VIE PARASITAIRE
Différents modes de pénétration
-Directes à travers les ouverture naturelles (stomates…)
-Directe, à travers les téguments périphériques
-Par les blessures
-Par l ’intermédiaire des organes sénescents: fleurs, fruits..
Effraction tissulaire
Action biochimique
Excrétion d’enzymes: cutinase, cellulase, pectinase
STRUCTURES INFECTIEUSES
cuticuleParoi des cellules épidermiques
cire
cire + cutine
Cutine+ cellulose + hémicellulose
plasmalemme
pectine
Structure du revêtement épidermique
paroi
Substances adhésives
papille
Cytoplasme duchampignon
Pénétration directe chez les champignons non filamenteux.
vacuole
Revêtement épidermique
Chytridiales
Pénétration directe chez les champignons non filamenteux
Plasmodiophorales
tube
dardbouchon Substances adhésives
Revètement épidermique
Cytoplasme de la spore
conidie
Tube germinatif
Appressorium mélanisé chez Colletotrichum
Appressorium multipledes Sclerotinia
Cellules épidermiques
mycélium
Appressorium lobé
Infection à partir d ’une colonie mycélienne: Rhizoctonia
Pénétration directe accompagnée de la différenciationd’appressorium
STRUCTURES INFECTIEUSES
cuticule
Cellule épidermique
Chambre sous-stomatique
Cellule du mésophylle
Espace intercellulaire
haustorium
Filament infectieux
urédosporeTube germinatif
vésiculeappressorium
Cellule stomatiqueCoin d’infection
Couche externeCouche mélanisée
Couche interne se prolongeant le long du coin d‘ infection
cuticulemucilage
Couche pectique et paroi cellulaireCoin d ’infection
vésicule
Ultrastructure d’ un appressoriummélanisé
conidieAppressorium mélanisé
Souche sauvage
membrane
Appressorium non mélanisé
filament
Souche mutante
STRUCTURES INFECTIEUSES
Coussins d ’infection
Revêtements subérisés
Coin d ’infection renfoncement
CLÉ DE DÉTERMINATION
Appareilvégétatif
Multiplicationvégétative
Reproductionsexuée
Myxomycètes plasmodeOomycètes
Chytridio-mycètes
Filamentssiphonés
zoospores oogamiesiphonogamePlanogamie,oogamie,
Zygomycètes Filamentssiphonés
aplanospores Zygogamie
Ascomycètes Filaments septés conidies Trichogamie/asques
Basidiomycètes Filaments septés Conidies ou rien Somatogamie/basides
A-DIVISION DES MYXOMYCOTAx Classe des Myxomycètes : organismes saprophytes Physarum sp.x Classe des Plasmodiophoromycètes : organismes parasites des racines et tiges, formant des plasmodes, zoosporesbiflagellées Plasmodiophora brassicae (hernie du choux)
Spongospora subterrenea (galle poudreuse de la pomme de terre)
B-DIVISION DES OOMYCOTAx Classe des Oomycètes : spores biflagellées. La classification est basée sur les caractères des spores et de lafécondation, mais fait parfois intervenir la morphologie du thalle.
xxspores à flagelles polaires et mycélium pourvu de constrictions : Ordre des LeptomitalesLeptomitus
xxspores à flagelles polaires et mycélium sans constriction, régulier : Ordre des SaprolégnialesSaprolegnia, Achlya, Aphanomyces euteiches (pourriture
racinaire sur pois etc..)xx spores à flagelles latéraux (au moins une génération) : Ordre des Péronosporales
xxxsporocystophores filamenteux ou arbusculeux, peu différenciés de l'appareil végétatif, rarement caducs : Famille des Pythiacées
xxxx Sporocyste à paroi lisse- espèce adaptée à la vie aquatique ou souterraine, sporocyste germant en
vésicule fragile :Pythium ultimum, P. de baryanum (fonte des semis)- espèce à tendance terrestre, sporocyste inséré directement sur l'appareil végétatif
: Phytophthora parasitica, P. infestans (mildiou de la pomme de terre, de la tomate ...)xxxxSporocyste à paroi aiguillonnée, germant directement
Trachysphaeraxxxsporocystophores filamenteux ou arbusculeux, nettement différenciés de l'appareil végétatif.
Un sporocyste par stérigmate, caduc : Famille des Péronosporacées (parasites obligatoires responsables dumildiou des végétaux)
-sporocystophore en massue, peu ramifiéSclerospora macrospora (mildiou du maïs)
-sporocystophore arbusculeux à rameaux primaires et secondaires à angle droitPlasmopara viticola (mildiou de la vigne)
-sporocystophore arbusculeux à rameaux primaires et secondaires dichotomes* extrémités des rameaux discoïdes avec stérigmates
Bremia lactucae (mildiou des Composées)* extrémités des rameaux avec deux stérigmates inégaux
Peronospora pisi (mildiou du pois)xxxsporocystophores sous-épidermiques, en massue : Famille des Albuginacées (Cystopées)
Albugo tragopogonis (“rouille blanche” des Composées)
CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
-Thalle filamenteux siphoné, paroi cellulosique-Spores de multiplication bi-flagellées (adaptation au milieuaquatique)
2 ordres:-Peronosporales: presque tous parasites, zoospores
à flagelles latéraux-Saprolegniales: essentiellement saprophytes,
zoospores à flagelles antérieurs
Péronosporées Albuginées=Cystopées
Pythiées
Caractèresmorphologiques du :sporocyste
sporocystophore
Caducs, isolés,globuleux
Bien différencié, ramifié
Caducs, en chaînes
Bien différencié, simple
Souvent caducs
Peu ou pas différencié
Symptômes Mildiou Rouille blanche Exceptionnellementmildiou, le plus souventnécroses, pourritures
Adaptation vieparasitaire
Parasites obligatoires Parasite obligatoire Parasites facultatifs,certains saprophytes
RÉCAPITULATIF DES CARACTÈRES MORPHOLOGIQUESDES PÉRONOSPORALES
OOMYCÈTES Plasmopara Viticola
printempsété
sporocystophore
stérigmate
Sporocyste caduc
5 ou 6 zoospores
Sporocyste germant dans une goutte d’eauCycle asexué
Pénétration parun stomate
Sprocyste caduc
Germination d’une oospore
Oospores dans une feuille morte
hiver
automne
oospore fécondation Méïose
spermatocyste
oocyste
Cycle sexué
Symptôme mildiou sur feuille
oocyste
spermatocyste
oospore
Tube de copulation
sporocystophore
Oospore en germination
Plasmopara halstedi
Plasmopara viticola
CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
- Mycélium siphoné inter- et intracellulaire (suçoirs)
- Sporocystes caducs
-Sporocystophores extérieurs au tissu parasité
-Plusieurs formes de sporocystophores et plusieurs genres
B, C, D et E: sporocystophores de Bremia, Peronospora,Plasmopara,Sclerospora, respectivement
sporocyste
disjoncteur
sporocystophore
Albugo
OOMYCÈTES
Symptômes Peronospora surStellaire
Sporocystophore à stérigmatesinégaux
Bremia lactucae
Symptôme sur feuille, face supérieure et inférieure
sporocyste
sporocystophorestérigmate
SYMPTÔMESModification de la plante hôte:-infection localisée aux feuilles: tâche d ’huile puis point de tapisserie-infection systémique. Très fréquente. Pois/ Peronospora pisi
Betterave/ Peronosporafarinosa
Graminée/ SclerosporaDéformation des organes parasités: tissus épaissis, surface
irrégulière, modification des organes floraux
Organes fongiques: Sporocystophores externes, forment une pubescence blanche.
CARACTÈRES BIOLOGIQUES
Parasites obligatoiresPénétration directe/ organes intactes, au niveau des stomates
DisséminationPar les sporocystes caducs, attaquent les organes aériens
Conservationoospores en dormance l ’hiver
Dépendance du milieuHygrométrie élevée
CYSTOPÉES
1 seul genre: Albugo ou Cystopus
thalle filamenteux, siphoné, toujours intercellulaire
Suçoirs intracellulaires
B, C, D et E: sporocystophores de Bremia, Peronospora,Plasmopara,Sclerospora, respectivement
sporocyste
disjoncteur
sporocystophore
Albugo
OOMYCÈTES
Albugo bliti sur Amaranthe
Albugo sp. sur Capselle
Coupe de feuille infectée
sporocyste
sporocystophore
SYMPTÔMES
-Déformation de la plante hôte
tâches décolorées sur Amaranthetâches décolorée sur tissu hypertrophiés (Capselle, chou, radis, colza..)
-Organes fongiques
croûtes blanches pulvérulentes, d’où le nom de rouille blanche
PYTHIÉES
Thalle siphoné, ramifié, extérieur aux tissus parasité
Inter- ou intracellulaire
Rarement des suçoirs
2 genres: PythiumPhytophthora
oocyste
oospore
spermatocyste oospore
Pythium debaryanum
Lobulé: ex. P. aphanidermatum
OOMYCÈTES
SYMPTÔMES
-Exceptionnellement de type mildiou-Mort rapide des tissus nécrosés-Fonte des semis
sporocyste
Symptôme sur fruit et tubercule
BIOLOGIE
- Pouvoir pathogène variable selon les espècesParasites facultatifs (souvent chez Pythium)Pénétration directe
-DisséminationSporocystes caducs, voie aériennesporocystes non caducs, plus ou moins inféodés au sol.
-ConservationOospores, mycélium, saprophyte sur résidus de plantes infectées-Dépendance du milieuBesoin en eau très important
4-Division des AscomycètesCe sont des champignons à mycélium septé. La classification suivante est basée sur la disposition et l’organisationstructurale des asques, avec la différenciation de six classes.
xClasse des Hémiascomycètes : asques non protégésxxOrdre des Endomycétales = Saccharomycétales
Saccharomyces cerevisiaexxOrdre des Taphrinales Taphrina deformans (cloque du pêcher)
xClasse des Plectomycètes : asques inclus dans une fructification close (cléistothèce)xxOrdre des Eurotiales (Plectascales) : disposition non organisée des asques dans la fructification
Eurotium amstelodamixxOrdre des Erysiphales = Périsporiales : disposition organisée des asques dans la fructification
xxxFamille des Erysiphacées (Périsporiales) Mycélium blanc ; agents de l’oïdium des végétaux.Anamorphes : Oïdium (sauf mention)
Erysiphe graminis =Blumeria graminis (oïdium desgraminées), Leveillula taurica (sur Composeae ; anamorphe Oïdiopsis), Uncinula necator (vigne), Microsphaeraalphitoïdes (chêne), Podosphaera leucothrica (Rosacées), Sphaerotheca pannosa (pêcher), Phyllactinia corylea et P.suffulta(noisetier et frêne ; anamorphe : Ovulariopsis).
xxxFamille des Périsporiacées Mycélium brun ou noirâtre ; Seraient plus saprophytes que parasitesCapnodium sp. (fumagine des feuilles)xClasse des Loculoascomycètes : asques bituniqués, contenus dans des loges stromatiques ouvertes (périthèce)
xxOrdre des Myriangiales :un seul asque dans un ascostroma Elsinoë ampelina (Sphaceloma ampelinum ;anthracnose de la vigne)
xxOrdre des Dothidéales :asques en bouquet, renflés dans leur partie supérieure, absence de pseudo-paraphyses.
Dothidella ulmi, Mycosphaerella fragariae (Ramulariatulasnei).
xxOrdre des Pléosporales : asques tapissant le fond de la loge, renflés dans leur partie inférieure présence depseudo-paraphyses
Pleospora (Stemphylium), Venturia inaequalis(Cylindrosporium hiemale-Spilocea pomi ; tavelure du pommier), V. pirina (Fusicladium pirinum ; tavelure dupoirier), Leptosphaeria lindquistii, L. maculans , Cochliobolus sativus (Bipolaris), Drechslera teres (Pyrenophorateres), Lewia (Alternaria), Guignardia bidwellii (Phyllosticta ampelicida)
xClasse des Pyrénomycètes : asques unituniqués inclus dans une fructification ouverte (périthèce) doublée ou non d'unstroma
xxOrdre des Sphaeriales : périthèce à paroi carbonacéexxSous-Ordre des Ophiostomales :
Ophiostoma ulmi (Graphium ulmi ) graphiose de l’ormexxSous-Ordre des Microascales :
xxxFamille des Ceratocystidaceae :Ceratocystis fimbriata (Chalara fimbriata )graphiose du platane
xxxSous-Ordre des Xylariales : anneau amyloïde épais, ascospores brunesex : Xylaria hypoxylon
xxxSous ordre des Diatrypales : anneau amyloïde mince, ascospores hyalines, allantoïdesex : Diatrype (= Diatrypella), Eutypa lata (Phomopsis
ribis ; dépérissement des rameaux)xxxSous ordre des Diaporthales : anneau chitinoïde épais, ascospores hyalines
ex : Diaporthe helianthi (Phomopsis heliantii),Cryphonectria parasitica (=Endothia parasitica), Gnomonia leptostyla (Marssonina juglandis), Magnaporthe grisea(Pyricularia oryzae), Gauemannomyces graminis (=Ophiobolus graminis)(Phialophora sp. ; piétin échaudage oupiétin verse)
xxxSous ordre des Sordariales : anneau chitinoïde mince, ascospores brunesex : Sordaria fimicola, Neurospora crassa (Monilia laxa),
Podospora anserina
xxOrdre des Hypocréales : périthèce charnu et coloréxxxFamille des Nectriaceae : absence de bouchon apical, parfois un anneau chitinoïde, périthèces
superficiels ex : Nectria galligena (Cylindrocarpon mali ; chancre dupommier), N. cinnabarina, Gibberella zeae (Fusarium graminearum ; fusariose des Graminées), G. fujikuroi (F.moniliforme)
xxxFamille des Glomerellales : absence de bouchon apical, pas d'anneau chitinoïde, périthècesenfoncés dans le substrat ex : Glomerella (Colletotrichum)
xxxFamille des Clavicipitaceae : présence de bouchon apical. Périthèces dans un stromaex : Claviceps purpurea (ergot du seigle), Epichloe
typhina (tiges en quenouille des Graminées), Cordyceps militaris (parasite d’insectes)
xClasse des Discomycètes : asques inclus dans une fructification présentant généralement une forme de coupe(apothécie)•asques operculés
xxOrdre des PézizalesxxxFamille des Ascobolacées : apothécies rudimentaires, très petites
ex : AscobolusxxxFamille des Pézizacées : apothécies cupuliformes, stipitées ou sessiles
ex : Peziza, Sarcoscypha coccineaxxxFamille des Helvellacées : apothécies stipitées, capitées
ex : Helvella, Morchella esculenta.•asques inoperculés
xxOrdre des Lécanorales : asques inoperculés, champignons lichenisantsxxOrdre des Phacidiales : apothécies incluses dans le substra, asques inoperculés, champignons non
lichenisantsxxxFamille des Hypodermatacées : asques mucronés
ex : Rhytisma acerinum, Lophodermium, CoccomycesxxxFamille des Cryptomycétacées : asques en massue
ex : PhacidiellaxxOrdre des Hélotiales : apothécies superficielles
xxxFamille des Hyaloscyphacées : apothécies poiluesex : Sclerotinia=Monilinia fructicola (Monilia laxa ;
moniliose sur arbres)xxxFamille des Sclérotiniacées : apothécies non poilues, pédicellées, naissant sur sclérote
ex : Sclerotinia sclerotiorum (pourriture du collet),Sclerotinia=Botryotinia fuckeliana (Botrytis cinerea)
xxxFamille des Mollisiacées : apothécies non poilues sessiles, absence de scléroteex : Drepanopeziza, Pseudopeziza trifolii, Fabraea
maculata (Entomosporium maculatum; entomosporiose du cognassier), Diplocarpon rosae (Marssonina rosae),Higginsia hiemalis (=Coccomyces hiemalis) (Cylindrosporium), Pseudopeziza tracheiphila (Brenner de la vigne)
xxOrdre des Tubérales : champignons hypogésex : Tuber melanosporum
xClasse des Laboulbéniomycètes : parasites des insectes à thalle cladomien
Cycle type d’un Ascomycète
HÉMIASCOMYCÈTES
Taphrina deformans
Mycéliumn+n, intercellulaire
asque
Cloque sur Cerisier
Cloque du PeuplierFruits en pochetteBalai de sorcière
PLECTOMYCÈTEA) Erysiphales= Périsporiales
Caractères morphologiques:-Thalle: filamenteux, septé, haploïde, hyalin superficiel (se développe à la surface des organes parasités)
-Formation de suçoirs à l ’intérieur des cellules épidermiques. Présente différentes formes.
-Multiplication végétative: conidies hyalines unicellulaires, à l’air libreen tonnelet: type oïdiumpiriforme: type ovulariopsis
-Reproduction sexuée: ascogone sans trichogyne. Pas de spermatie. Fécondation par une cellule mycélienne.L ’ascocarpe est globuleux, clos: cléistothèce. Présentent desappendices appelés fulcres
Cycle deSphaerotheca pannosa
conidie
Fulcres indifférenciés
cléistothèces Jeune cléistothèce
hiver
Ascosporeslibérées
Fruits, fleurs, bourgeons, tiges, feuillesinfectés
ASCOMYCÈTESPLECTOMYCÈTES
Uncinula necator
Microsphaera alfitoïdes
Phyllactinia corylea
fulcres
périthèces
Blumeria graminis
BIOLOGIE
-Adaptation à la vie parasitaire: parasites obligatoires, actifs, pénétration directe.
-Dissémination: essentiellement par les conidies anémophiles
-Conservation: par les périthèces lorsqu ’ils existent. Par le mycélium vivant à l ’intérieur des bourgeons et des rameaux des plantes pérennes
-Dépendance des conditions du milieu: Peu exigeant en eau
LOCULO- ET PYRÉNOMYCÈTESCARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
-Mycélium: haploïde, parasite inter- ou intracellulaire. Jamais desuçoirs. Sous-cuticulaire, ou dans les vaisseaux de la sève(entraînant des trachéomycoses).
-Formation de structures massives: masses plus ou moins compactes, résultant de l’enchevêtrement d’un plus grand nombre de filaments (stroma ou sclérote).
-Mycélium dicaryotique, plus difficile à observer, car limité aux périthèces.-Ascocarpe: en forme d ’urne, ouvert par une ostiole
-Conidies à l’air libre ou à l ’intérieur de fructifications.
ASCOMYCÈTESLOCULOASCOMYCÈTEVenturia pirina
Cycle sexué et asexué
BIOLOGIE
-Forme conidienne à l’air libre
-Pas de spermatie
-Périthèces à col court, groupés
-Déhiscence des asques par Jack in the Box
-Conservation par mycélium dans les rameaux
SymptômesCette affection apparaît dans le courant du mois de juin et se manifeste d'abord sous forme d'un revêtement peu épais qui se répand à l'intérieur de la plante en occupant les espaces qui séparent les gaines de la tige.
Finalement, le manchon prend une consistance très dure et enserre complètement les organes foliaires qui cessent de croître. Il en est de même de la tige qui ne se dégage que très rarement et ne présente alors que quelques épillets toujours stériles.
PYRÉNOMYCÈTEEpichloë typhina
La quenouille des graminées
PYRÉNOMYCÈTEEpichloë typhina
ConidiesElles sont petites (5 à 6 µm par 3 à 4 µm) et ovoïdes. Elles sont capables de germer immédiatement (Sphacelia typhina).
PérithècesLeur formation coïncide avec le jaunissement de la quenouille. Les conceptacles sont ovoïdes et mesurent environ 300 µm. Leur col sort légèrement du manchon (ce qui donne à celui-ci un aspect rugueux).Chaque conceptacle renferme un grand nombre d'asques étroits. Asques, ascospores libérées par gélification
DISCOMYCÈTESCaractères morphologiques et classification
-Multiplication végétative: conidies et conidiophores à l ’air libre ou dans des fructifications
-Reproduction sexuée: spermaties pas toujours existantesdifférents types d ’asques: operculés
ou inoperculésascospores hyalines ou colorées, formes
variablesascocarpe: apothécie pédicellée ou non,
hyménium exposé à l’air libre
HÉLOTIALES. SCLÉROTINIACÉES
Un seul genre: Sclerotinia.3 sous-genres: Monilinia
BothryotiniaSclerotinia sensu-stricto
Famille la plus importante en phytopathologie.
Provoque des monilioses et des pourritures sur fruits à noyaux et à pépins.
CLASSIFICATIONHyménium typique. Asques inoperculés. Apothécies libres. Hélotiales Parasites
Nécroses sur fruits, organes herbacésou lignifiés
ASCOMYCÈTESDISCOMYCÈTES
Monilia sp.
infectionÉvolution des symptômesà partir des infections.2a, 2b: double attaque à partir des fruits et des rameaux
Conservation
Sous forme de sclérotes libres dans le sol ou les débris de culture
Germination du scléroteet formation des apothécies
Germination mycélienne
Asque et ses 8 ascospores
Sous forme de sclérotes libres dans le sol ou les débris de culture
Conservation
Tâches sur la tigeou le capitule
Formation des sclérotes
Destruction du bourgeon terminal
Germination, fructificationet formation de spores
Contamination par les ascosporessur bourgeon,feuille ou capitule
Colonisation des tissus parle mycélium. Développementd ’une pourriture blanche
Contamination sur racines ou collet.Pourriture du bas de la tige et mort de la plante
1
1
2
2
ASCOMYCÈTESSclerotinia sclerotiorum
CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
-Le thalle: faculté à former des sclérotes. Le mycélium mélangé aux tissus de l ’hôte est à l ’origine des momies. Les momies peuvent être assimilées à des sclérotes.
CARACTÈRES MORPHOLOGIQUESMultiplication végétative: 2 types conidiens: Monilia : (Fs Monilinia) Conidies hyalines unicellulaires en
chaîne.
Botrytis: (Fs Botryotinia): conidiophores en arbuscules, bruns, bien différenciés. Conidies hyalines unicellulaires, naissent sur les ramificationsterminales
Monilia Botrytis
CARACTÈRES MORPHOLOGIQUESLa reproduction sexuée
Apothécies pédicellées naissant sur un sclérote ou une momie
SYMPTÔMES-Modification de la plante hôte: Nécroses sur organes aériens herbacés ou lignifiés ou sur racines:
-organes herbacés: fonte des semis (Botryotinia),attaque sur feuilles de salade (Sclerotinia ), fleurs (Monilia ou Botrytis),fruits (Botrytis (sur raisin et fraise) et Monilia (fruits à pépins et à noyaux)
-organes lignifiés: nécrose (Monilia sur Abricotier,Botrytis sur figuier)
-racines: carottes ou endives: Sclerotiniasclerotiorum, trèfle / Sclerotinia trifolium
-Organes fongiques: participent de façon importante à l ’aspect des symptômes: fructifications conidiennes/ coussinets, mycélium externe abondant (blanc cotonneux ou gris), sclérotes, momies
BIOLOGIE
-Adaptation à la vie parasitaire: Parasites facultatifs. Attaquent de préférence les organes en état de vie ralentie comme les fleurs en fin de floraison ou les fruits mûrs. Pénétration par blessure sur les fruits éclatés, blessés par les insectes
-Dissémination: Par les conidies, disséminées par le vent pour Botrytis,le vent et la pluie pour Monilia, par les ascospores pour Sclerotiniasensu-stricto
-Conservation: par les sclérotes et momies, par mycélium dans les organespérennes, dans le sol sur les résidus de culture.
Capitum et phial ide d ’Aspergillus
Phial ide de Penici llium
Conidies en chaîne de Monilia
Phial ide de Thievalopsis formant des conidiesendogènes, appelées phialospores
2 formes de phialide chez Aspergil lus
Conidiophores enfermés dans une pycnide
MULTIPLICATION VÉGÉTATIVESpores non flagellées, non formées dans des sporocystes: conidiesFormation itérative
Conidies et conidiophoresenfermés dans une fructification:Acervule/pycnide
Conidies et conidiophores à l’air libre
Botrytis de la féverolleBotrytis: (Fs Botryotinia): conidiophores en arbuscules, bruns, bien différenciés. Conidies hyalines unicellulaires, naissent sur les ramifications terminales
BiologieLa conservation du champignon se fait sous forme de sclérotes qui sporulent pour donner des conidies au printemps, par temps humide. Les conidies contaminent tous les organes de la plante et déterminent les taches-chocolat.
EpidémiologieL'optimum thermique de progression de la maladie est de 15-20 C.Une humidité relative importante (> 80 p. cent) est nécessaire pour qu'il y ait sporulation de conidies sur les taches. Les conidies se disséminent par le vent. Il n'est pas nécessaire qu'il y ait de l’eau libre sur les feuilles pour que la contamination par les conidies soit possible, une forte hygrométrie (> 90 p. cent) suffit.Par temps sec, le champignon reste à l'état latent dans les tissus de l’hôte ou croît lentement. Par temps humide, croissance rapide de façon intra et extra cellulaire.
Sympômes:En début de végétation, nombreuses ponctuations appelées "taches-chocolat", de quelques millimètres, de forme circulaire sur les folioles, les pétales et les gousses et de forme plus ovalisée sur les tiges.Coalescence et évolution des taches en nécrose de couleur brun-rouille et de forme irrégulière sur tous les organes de la plante.Chute précoce des feuilles et verse des plantes.
Helminthosporium graminearum
Helminthosporiose
BiologieLe stade parfait ne semble jouer aucun rôle dans la reproduction massive du champignon. Le stade imparfait développe un mycélium avec desconidiophores sur lesquels sont produites les conidies.Les conidies sont disséminées par le vent et les pluies et entraînent après germination, de nouvelles infections.Le champignon hiberne sous forme de mycélium sur les plantes infectées et sur les résidus végétaux et il est aussi transmissible par les semences.EpidémiologieHygrométrie et températures élevées, · Résidus de cultures en surface, ·
Variétés sensibles·
Symptômes
Dessèchement précoce du feuillage
Autres grillures de l’orge
Ramulariose de l’orge: Ramularia collo-cygni
Symptômes faces supérieure et inférieure des feuilles, tiges et épis
Pseudocercosporella herpotrichoïdes (téléo Tapesia yallundae)
Champ de blé atteint de piétin-verse
Fusarium roseum
BiologieLa biologie de ce Fusarium le différencie des autres espèces responsables de dépérissements. Ses attaques restent localisées au-dessus du sol et ne touchent pas les racines.Le champignon se conserve dans le sol sous forme de chlamydospore.Les agglomérats (= sporodochies) de microconidies sont pigmentés de rouge. Le champignon produit également desmacroconidies.
EpidémiologieL’infection est favorisée par des stress thermiques(fortes ou faibles températures).
Fusariose
PHOMA DU COLZA (TÉLÉO. LEPTOSPHAERIA MACULANS)
PHOMA DU COLZA
PHOMA DU TOURNESOL
Coryneum beijerenckiiCriblure du cerisier et de l’abricotier
BiologieLe champignon se conserve dans les chancres et les bourgeons desrameaux atteints où il survit d'une année sur l'autre. Il continue d'ailleurs à se développer pendant la saison hivernale si les conditions lui sont favorables.Au printemps, les conidies produites au niveau de cette source d’inoculum, entraînées par les eaux de pluies, contaminent les fleurs puis les jeunes feuilles.
Entomosporium maculatum
Entomosporiose du poirier et du cognassier
BiologieAu milieu de la tache foliaire engendrée par le champignon apparaissent les acervules du champignon formant des conidies dont les cellules sont disposées en croix.Au printemps, des apothécies produisant des asques se forment sur les feuilles tombées. Les ascospores et les conidies sont responsables de l'attaque de la plante.
EpidémiologieLe champignon attaque surtout la poire et le coing, particulièrement les sauvageons en pépinière. Les espèces nobles sont moins touchées. Des pluies fréquentes au printemps et en été favorisent l'attaque par les conidies qui se trouvent sur les branches.
SymptômesPetites taches foliaires irrégulières de couleur rouge foncé qui se rejoignent et deviennent marron à noir en formant une croûte. Elles se forment également sur la face inférieure des feuilles.Chute précoce des feuilles lors d'une attaque plus importante. Sur fruit, taches arrondies et irrégulières,brunes à noires, provoquant, en cas d'attaque intense, des déformations et des crevasses sur fruits.Cela engendre des arrêts dans le développement de l'arbre et se répercute sur le travail de greffage des yeux, car l'écorce se détache difficilement.
Septoria tritici (téléo Mycosphaerella graminicola) : Nord de la France, sur gaines et feuillesSeptoria nodorum (téléo Leptosphaeria nodorum) : Midi de la France, attaque aussi épis et grains
LA SEPTORIOSE DU BLÉ
Effet de la présence d ’eau : effet de la pluie dans la dissémination
BASIDIOMYCÈTES
CARACTÈRES GÉNÉRAUX COMMUNS AVEC LES ASCOMYCÈTES
-Groupe hétérogène de champignons .
-Absence de spore flagellée
-Mycélium septé, à paroi chitineuse. Agglomération possible enrhizomorphe ou stroma
-Multiplication par conidie
-Cycle comprenant 2 phases: mictohaploïde et dicaryotique
-Présence d ’un méïosporocyste: la baside
BASIDIOMYCÈTES
CARACTÈRES GÉNÉRAUX DIFFÉRENTS DESASCOMYCÈTES
-Organe de reproduction sexuée rare. Présents que chez les Urédinales
-Production de fructifications basidiogènes différentes des ascocarpes
-Le méïosporocyste est une baside.
-Classification basée sur la morphologie de la baside
-Méïospores externes, bourgeonnant à l ’extérieur de la baside. Souvent par 4
CLASSIFICATION-Basides typiques non cloisonnées: holo- homo ou autobasidiomycètes.Présence de fructifications portant les basides (carpophores). En fonctiondu type de fructification, on défini différents ordres.
-Basides cloisonnées avec fructifications: phragmobasidiomycètesCloisonnement longitudinal: ordre des TrémellalesCloisonnement transversal: ordre des Auriculariales
-Basides cloisonnées sans fructification: Formation de la baside à partird ’une spore à paroi épaisseUrediniomycèteUstilaginomycète.
phragmobasidiomycète
urédiniomycète
ustilaginomycète
Jeune hyphe
Hyphe vieillissant
basidiospores
Pénétration par les stomates (rare) Mycélium envahil’ hôte
Nécrose et sclérote sur et dans les tissus de la plante
tomate
Pomme de terrechou
Pourriture de la graineLe mycélium ou les sclérotes passentl ’hiver dans les débris de pante, sol, graines
graine
débris
mycélium
Structure sexuéerare
PHRAGMOBASIDIOMYCÈTESRhizoctonia Solani
CYCLE DE PUCCINIA GRAMINIS
URÉDINIOMYCÈTES
CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
-Thalle: n ou n+n. Toujours intercellulaire, forme des suçoirs. Cellules riches en carotènes
-Multiplication végétative: Que dans la phase n+n, assurée par lesurédospores.
-Reproduction sexuée: Organes mâles: spermogonies. N ’existe pastoujours, morphologie uniforme
Organes femelles: pro-écies, fécondées par les hyphes flexueux. Écidiospores à morphologie constante. Écidie entourée du pseudo-péridermium.
BASIDIOMYCÈTES. UREDINIOMYCÈTES
4 types d’écidies
Puccinia coronata: rouille couronnée de l ’avoine
Puccinia striiformis: rouille jaune du blé
Puccinia triticina:rouille brune du blé
CLASSIFICATIONPucciniacées: téleutospores pédicellées, disséminées. Nombre variable de cellules.
Uromyces Puccinia Tranzchelia
PhragmidiumGymnosporangium
SYMPTÔMES
-Organes fongiques: coloration pigmentaire (d ’où le nom de rouille),fructifications (écidies) visibles à l ’œil nu.
-Modification de la plante hôte: Pas de nécrose (biotrophes obligatoires)
Quand l ’infection est locale: déformations légères des organes herbacés, sur organes lignifiés, épaississement des tissus parasités.
Quand l ’infection est systémique: sur plante herbacées, modificationdu développement (nanisme, gigantisme), sur ligneux, formation de balais de sorcières, castration parasitaire (Uromyces sur Euphorbe), modification du feuillage (feuilles arrondies quand infectées par Uromyces)
BIOLOGIE
-Variation des cycles: Alternance d ’hôte: 2 hôtes: espèce hétéroxène1 hôte: espèce autoxène
-Nombre de fructifications: S, I, II, IIICycle complet: macrocycliqueCycles incomplets occasionnels:
P. triticina (rouille brune du blé): stades II et III, S et I peu fréquentsP. striiformis (rouille jaune du blé): pas de stade I
Cycle microcyclique: seulement stade III P. malvacearum-Adaptation parasitaire: parasites obligatoires, actifs, pénétration directe par les stomates ou à travers la cuticule et l’épiderme
BIOLOGIE
-Dissémination: par basidiospores anémophiles, par les écidiosporeset les urédospores. Les téleutospores ont un rôle réduit.
-Conservation:par téleutospores à paroi épaisse. Par les urédospores, mais la longévité est plus courte.
Leur rôle est important parfois, surtout chez les espèces hétéroxènes.Par le mycélium pérennant dans les organes lignifiés.
F
M
Ustilagoavenae
Ustilagotritici
Sphacelotheca reiliana a b c d
ab
c
123
Entyloma ranonculi
Tilletia caries
a b
Urocystis cepulaea b
téliospore
Germination de la baside, méïose
Basidiospores, terminales
Copulationentre basidiospores + et -
Sporidie II à dicaryon
infection
Tilletia carie: germination
BASIDIOMYCÈTE USTILAGINOMYCÈTE
Contamination II
Infection des plantulesou des tissus en croissance
basidiospores
baside
germination
zygote
Chlamydospore=téliospore
Galles remplies de chlamydospores
Dans la galle le mycéliumdicaryotique se transforme en chlamydospore
Mycélium dicaryotique
Le grain infecté grossit et produitune galle
Pénétration du mycélium dicaryotiquedans un grain à travers les téguments
Basidiosporescompatibles
ContaminationIII
Infection surfeuille
Galle sur feuille
Galle sur maïs « adulte »
BASIDIOMYCÈTE-USTILAGINOMYCÈTE
Ustilago maydis
USTILAGINOMYCÈTE
-Thalle: n, levuriforme, saprophyte et n+n, mycélien et parasite.Intercellulaire, peut former des suçoirs.
-Multiplication végétative: exceptionnelle. Sauf chez Entyloma(conidies hyalines, unicellulaires)
-Reproduction sexuée: pas d ’organe sexué: Fusion de deux basidiospores.
•Les chlamydospores sont issues du mycélium n+n, libres ou groupées en glomérules. Cellules enkystées (sauf chez Entyloma).
•2 types de basides: Basides cloisonnées transversalement, chaque celluleva donner une basidiospore: famille des Ustilaginacées
Pas de baside cloisonnée, la chlamydosporebourgeonne des basidiospores allongées. Famille des Tilletiacées.
CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
USTILAGINOMYCÈTESCLASSIFICATION
Ustilaginacées: 2 genres Ustilago: sur graminées, responsable de symptômes sur inflorescence. La galle charbonneuse n’est pas entouréed ’une enveloppe mycélienne
Sphacelotheca: sur dicotylédones, autour du sorede chlamydospores il y a une enveloppe mycélienne.
Sporisorium: sur monocotylédones, idem queSphacelotheca.
Tilletiacées: 3 genres Tilletia: spores indépendantes, sores pulvérulentsresponsable de caries
Entyloma: spores indépendantes, mais restent enamas dans les tissus de l ’hôte
Tuburcinia (ou Urocystis): chlamydosporesgroupées en glomérules
Tilletia caries
Entylomaranonculi
Épi infecté Épi sain
Ustilago maydis
Ustilago hordeiUstilago tritici
SYMPTÔMES
-Organes fongiques: amas pulvérulents noirs dus aux chlamydospores.Quand les spores sont dans les tissu végétatifs: amas de spores ensores peu différenciés.
-Stries linéaires: sores sous-épidermiques: Ustilago hypodites
-gales sur feuilles et tiges: Ustilago maydis
SYMPTÔMES
-Modification de la plante hôte: jamais de nécrose. Champignonsbiotrophes
-Modifications discrètes: sores non pulvérulents, tâches claires limitées: Entyloma ranunculi/ Ficaire, Dahlia, Souci
-Modification du développement de la plante: 3 types
•Hypertrophie localisée
•Modification générale de l ’appareil végétatif, nanisme, gigantisme
•Modification de l ’appareil reproducteur: castration, inversion sexuelle:Ustilago maydis
BIOLOGIE
-Adaptation parasitaire: semi-obligatoire, actif à pénétration directe
-Variations du cycle: 5 types: pénétration stade plantule Ustilago avenaeinfection des ovaires par le pistil:
Ustilago triticipénétration par méristème apical:
Sphacélothécapar n’importe quel tissu jeune:
Ustilago maydisà n ’importe quel stade de développement:
Entyloma ranunculi
-Dissémination: par chlamydospores, conidies et sporidies chez Entyloma
-Conservation: chlamydospores enkystées. Par le mycélium chez Ustilago tritici dans les semences