cours 12: structure et
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Cours 12: Structure et diversité des génomes
17/11/2020 3
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Définitions
17/11/2020 4
• Gène : élément d’un chromosome constitué d’ADN
délivre l’information nécessaire à la production d’un (plusieurs) ARN et donc d’une
(plusieurs) protéines
responsable de la transmission des caractères héréditaires
• Génome : ensemble de l’information génétique portée par la cellule
Le génome comprend à la fois les gènes et les séquences non-codantes de
l’ADN et de l’ARN
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17/11/2020 5
Chiffres à retenir !!
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17/11/2020 6
Tableau récap
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17/11/2020 7
Tableau récap
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Points à retenir : virus
17/11/2020
• Taille des génomes des virus : quelques kilopaires de base (kb) à un
mégapaire de base (Mb)
• Le VHD est un sous virus satellite, c’est-à-dire qu’il ne peut se propager qu’en
présence d’un autre virus : le VHB
• VHD = simple brin d’ARN circulaire et fermé
• Mimivirus = virus à ADN double brin
• La structure et le mode de réplication des génomes viraux sont très variés
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9
Points à retenir : procaryotes
17/11/2020
• Taille des génomes bactériens : une centaine de kb à qq Mb
• Génome contenu dans une molécule d’ADN (chromosome) + circulaire et
libre dans le cytoplasme (pas de noyau)
• Les procaryotes possèdent une information extrachromosomique contenue
dans les plasmides
• Plasmides capables de s’intégrer dans les chromosomes = épisomes
• A ce jour : + de 1000 génomes bactériens ont été séquencés
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Points à retenir : eucaryotes
17/11/2020
• Taille des génomes eucaryotes : qq Mb à plusieurs centaines de milliards
de pb (Gb)
• Distinguer le génome nucléaire (dans le noyau) et les génomes contenus
dans les organites (génome mitochondrial, chloroplastique,…)
• Génome nucléaire chez l’Homme = réparti en 46 chromosomes
• L’Homme partage environ 30% de ses gènes avec Saccharomyces
cerevisiae (levure de boulanger)
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Points à retenir : eucaryotes
17/11/2020
Il n’existe aucun lien entre le contenu en ADN et la taille/ complexité
d’un organisme eucaryote
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12
Impact de la biologie moléculaire et de la génomique dans les domaines de la santé
17/11/2020
Date Méthodes Maladies concernées
Années 1970 Méthodes d’exploration des acides
nucléiques
- Isoler un gène, l’amplifier, le lire, le transcrire,
le modifier et l’intégrer dans le noyau
Maladies monogéniques
(ex: mucoviscidose,
myopathies)
Années 1980 Techniques de clonage positionnel
+ séquençage du VIH
Identification des causes
génétiques des maladies
monogéniques
Années 1990 Etudes dites d’association
Stratégie des gènes candidats
ADN recombinant
Maladies polygéniques (diabète,
HTA, Alzheimer, Parkinson, …)
= maladies multifactorielles
Progrès en thérapeutique
Années 2000 Thérapies géniques ou l’ADN médicament
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Projet Génome humain
17/11/2020
• Initié en 1990
• Publication d’une première ébauche du génome en 2001
• Version finale en 2003
• Total : 13 ans et 2,7 milliards de dollars
• Collaboration internationale
• France: Génoscope (Evry): séquençage du chromosome 14
• Après : Décrypter l’information génétique (avec la post-génomique + annotation du génome)
Identifier anomalies génomiques associées aux maladies
• Révolution génomique : (grâce aux biopuces et au séquençage au débit) -> coût et temps de
séquençage complet diminués!
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Enjeux de la post-génomique
17/11/2020
• connaissance du répertoire complet des gènes
• connaissance du transcriptome
• connaissance du protéome
• compréhension de l’importance fonctionnelle de l’ADN non codant et des ARN
non codants
• inventaire des interactions (interactome)
• inventaire des métabolites (métabolome)
• catalogue complet des sites polymorphes (variome)
• connaissance des cohortes de gènes impliqués dans les maladies polygéniques
• Pharmacogénomique
Outils : biopuces, séquençage haut débit et bio-informatique
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A) La taille des génomes des procaryotes varie de quelques kilopairesde base à un mégapaire de base
B) Caenorhabditis elegans (ver), Arabidopsis thaliana (plante) et Homo sapiens (homme) possède une taille de génome proche
C) Arabidopsis thaliana (plante), Mus musculus (souris) et Homo sapiens (homme) possède un nombre de gènes proche
D) L’Homme partage environ 30% de ses gènes avec la levure de boulanger
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 1 : PARMI LES PROPOSITIONS SUIVANTES CONCERNANT LA TAILLE ET LA STRUCTURE DES GENOMES, QUELLES SONT LA OU LES PROPOSITIONS EXACTES ?
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A) La taille des génomes des procaryotes varie de quelques kilopairesde base à un mégapaire de base FAUX: d’une centaine de kb à qq Mb
B) Caenorhabditis elegans (ver), Arabidopsis thaliana (plante) et Homo sapiens (homme) possède une taille de génome proche FAUX: 100 Mb, 100 Mb et 3 Gb
C) Arabidopsis thaliana (plante), Mus musculus (souris) et Homo sapiens (homme) possède un nombre de gènes proche VRAI: 25 000 gènes, 24 000 gènes et 20 000 gènes
D) L’Homme partage environ 30% de ses gènes avec la levure de boulanger
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 1 : PARMI LES PROPOSITIONS SUIVANTES CONCERNANT LA TAILLE ET LA STRUCTURE DES GENOMES, QUELLES SONT LA OU LES PROPOSITIONS EXACTES ?
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A) La taille des organismes eucaryotes est proportionnelle à la taille de leur génome
B) Le génome du VHB est le plus petit génome connu de virus
C) Le génome d’Escherichia coli a une taille d’environ 10 mégapairesde bases (Mb)
D) Le génome de Mycobacterium tuberculosis comporte environ 525 gènes
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 2 : PARMI LES PROPOSITIONS SUIVANTES CONCERNANT LES GENOMES, QUELLES SONT LA OU LES PROPOSITIONS EXACTES ?
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![Page 18: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/18.jpg)
A) La taille des organismes eucaryotes est proportionnelle à la taille de leur génome FAUX: absolument pas lié!!
B) Le génome du VHB est le plus petit génome connu de virus FAUX: génome du VHD
C) Le génome d’Escherichia coli a une taille d’environ 10 mégapairesde bases (Mb) FAUX: 5 Mb
D) Le génome de Mycobacterium tuberculosis comporte environ 525 gènes FAUX: 4 000 gènes
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 2 : PARMI LES PROPOSITIONS SUIVANTES CONCERNANT LES GENOMES, QUELLES SONT LA OU LES PROPOSITIONS EXACTES ?
17/11/2020 18
![Page 19: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/19.jpg)
Cours 13: Composition du génome humain
17/11/2020 19
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Génome humain
17/11/2020
• Regroupe : génome nucléaire (20 000 gènes) et le génome mitochondrial
(37 gènes)
• Génome nucléaire: 3 Gb, 20 000 gènes codant des protéines et plusieurs
milliers de gènes d’ARN transcrits mais non traduits
• Génome mitochondrial : ADN double brin circulaire de 16 569 pb, 37
gènes transmit uniquement par la mère, présent en de multiples copies, très
compact et très polymorphe
37 gènes
13 gènes Sous-unités protéiques de la chaîne respiratoire
22 gènes Synthèse ARNt
2 gènes Synthèse ARNr
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Génome nucléaire humain
17/11/2020
• Contenu en ADN des chromosomes variable selon leur taille
• Chromosome 1 = le plus long : 249 Mb
• Chromosome 21 = le plus court : 47 Mb
Partie fonctionnelle du génome Partie condensée inactive
Euchromatine Hétérochromatine
(au niveau des centromères, des bras courts des chromosomes
acrocentriques, du bras long du chromosome Y et sous forme de
segments dans diff chromosomes)
92% 8%
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Composition du génome humain
17/11/2020
Séquences répétées (répétitome)
Gènes protéiques (séquences régulatrices, exons et introns)
ADN codant
Séquences intergéniques non répétées et hétérochromatine
~50%
~25%
~25%
~1,5%
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Gènes codant les protéines
17/11/2020
20 000 gènes protéiques
10% de ces gènes codent pour des protéines dont la fonction n’est pas connue
100 000 protéines synthétisées par ces gènes
Gènes répartis en familles et superfamilles selon leurs fonctions ou leur
origine évolutive
• Les limites du gène ne sont pas précisément définies !
• Structure d’un gène
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24
Structure des gènes
17/11/2020
Début du gène en 5’:
région non transcrite
(jusqu’à qq dizaines
de kb)
-100 : région promotrice
Avec :
-90 : séquence CAAT
-25 à -30 : boîte TATA
Signal d’arrêt de la
traduction :
3 codons-stops:
UAA, UGA et UAG
10 à 20 pb avant la fin:
- séquence AATAAA (boite de
polyadénylation ou boite poly(A))
= signal de reconnaissance pour la
coupure du transcrit primaire
Site d’initiation
de la
transcription
(+1 du gène)
ATG : codon
d’initiation de la
traduction
Région 5’ UTR (région non traduite)
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Structure des gènes
17/11/2020
Région 5’ UTR Région 3’ UTR
= régions non traduites
![Page 26: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/26.jpg)
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Caractéristiques
17/11/2020
• La taille des gènes protéiques est très variable !!
• Moyenne = 27 kb
• Dystrophine = 2,4 Mb (79 exons) = le plus long des gènes humains connus
• Titine = 30 000 acides aminés (363 exons) = la plus grande protéine humaine connue
• ARN pré-messager = exons + introns
• Les introns sont excisés lors de la maturation des ARNm
• Nombre d’exons par gène très variable
• En moyenne = 9 exons par gène
• Taille moyenne d’un exon = 150 pb ≠ Intron = 3 400 pb
![Page 27: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/27.jpg)
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Régions 5’ et 3’ UTR
17/11/2020
Région 5’ UTR:
- Taille moyenne: 300 pb
- 15% des gènes
possèdent un intron en 5’
UTR
Région 3’ UTR:
- Taille moyenne: 770 pb
- Présence d’intron en 3’ UTR
très rare
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ADN non codant
17/11/2020
ADN non codant = ensemble des séquences du génome non traduites en
protéines ou sans fonction biologique identifiée (plus de 98% du génome).
Autre définition: séquences non retrouvées à l’intérieur des exons codants pour
des protéines
Classes d’ADNnc
Gènes des ARN non codants (ARNt, ARNr)
Pseudogènes
Introns
Segments de chromosomes dupliqués
Séquences d’ADNnc répétées en tandem
Séquences d’ADNnc répétées dispersées
ADN intergénique
ADNnc très conservé
Certaines classes se chevauchent !
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Représentation synthétique de la composition du génome humain avec des classes non chevauchantes
17/11/2020
![Page 30: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/30.jpg)
30
Gènes à ARN non codant
17/11/2020
4 classes majeures d’ARNnc Caractéristiques
ARNt (ARN de transfert) ~500 gènes identifiés
- Nb de types d’anticodons inférieur au nb de codons qu’ils
décodent
- Anticodons produits par des gènes dont le nb de copies varie
d’une à plusieurs dizaines
~300 pseudogènes d’ARNt mis en évidence
ARNr (ARN ribosomique) Indispensables pour la traduction des protéines
Forment des regroupements appelés ADNr
ADNr = regroupements de centaines de copies de gènes à ARNr
(regroupés dans le nucléole dans la chromatine interphasique)
pARNno (petits ARN nucléolaires) Présents dans le nucléole
Aident à la maturation des ARNr
~100 identifiés
pARNn (petits ARN nucléaires) Interviennent dans l’épissage
Plusieurs dizaines identifiés
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Pseudogènes
17/11/2020
• Issus de la duplication des gènes ancestraux
• Accumulation de mutations les rendant non fonctionnels
• Existe plusieurs types : pseudogènes classiques, pseudogènes rétrotransposés et
les Numts (origine mitochondriale)
• ~14 000 pseudogènes
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Introns
17/11/2020
• Introns: séquences non codantes intercalées dans les gènes codant les
protéines
• Représentent plus d’un quart du génome humaine
• = proportion significative de l’ADN qui est transcrite
Bien faire la différence entre transcrit et traduit !!
- Une proportion significative de l’ADN est transcrite (les introns sont transcrits)
- Mais seulement 1,5% de l’ADN est traduit en protéines
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Segments de chromosomes dupliqués
17/11/2020
• Segments de chromosomes de 1 à 200 kb identiques = résultats de duplications
intrachromosomiques (entre Chr identiques) et interchromosomique (entre Chr
différents).
• ~5% du génome humain
• Localisés près des télomères et des centromères
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ADN répété en tandem
17/11/2020
• Contient ADNr et l’ADN satellite
• ADN satellite subdivisé en satellites, minisatellites et microsatellites
![Page 35: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/35.jpg)
35
ADN répété en tandem
17/11/2020
• Satellites: dans l’hétérochromatine au niveau des centromères
de 5 à 171 pb
~7% du génome
composant principal de l’hétérochromatine
• Microsatellites et minisatellites: seuil entre micro- et minisatellites = 10 pb
présentent un polymorphisme de répétition
• Microsatellites: motif répété de petite taille + très abondants sur le génome
marqueurs génomiques puissants
très souvent le motif répété est CA
• Minisatellites: motif de taille supérieure + nombre variable de répétitions
bases des premières analyses « d’empreintes génétiques »
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36
ADN répété dispersé
17/11/2020
• ADN répété dispersé = éléments mobiles (capables de se déplacer d’une région à une autre)
représente 45% du génome
divisé en 2 classes : - les éléments à ARN de classe I
- les éléments à ADN de classe II
(contient également les gènes à ARNt)
Classe I
(se transposent à travers un intermédiaire ARN)
+ de 40% du génome
Classe II
(se transposent directement de l’ADN
vers l’ADN)
Rétrotansposons à LTR
8% du génome
Séquences de 1 à 10 kb
Région LTR aux extrémités
= Transposons
Séquences de 2 à 3 kb codant une
transposase
3% du génome
La plupart = inactifs (ADN fossile)
On ne connaît pas leur rôle
LINE (longs éléments nucléaires intercalés)
6 kb
~500 000 copies (20% du génome)
SINE (petits éléments nucléaires intercalés)
100 à 400 pb
13% du génome
(famille Alu)
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37
ADN intergénique et ADNnc très conservé
17/11/2020
• L’ADN intergénique représente les ¾ du génome humain
• Rôle = dans la dynamique, l’évolution et la conservation des
génomes
• Composé en grande partie d’ADN répété
• L’ADNnc très conservé représente ~4% du génome humain
• Rôle = pas connu (mais peut-être dans la régulation de l’expression des gènes)
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38
Les gènes particuliers
17/11/2020
• Les gènes domestiques (ou gène de ménage) : gènes exprimés dans toutes les cellules
• Les gènes chevauchants : une même séquence peut porter 2 gènes différents
![Page 39: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/39.jpg)
39
Fiche récap
17/11/2020
![Page 40: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/40.jpg)
A) La taille des moyenne de leurs introns est de 3 400 pb
B) Leur taille est en moyenne de 150 kb
C) Ils comportent en moyenne 19 exons
D) Leur région promotrice commence vers -25 à -30 bases par rapport au site d’initiation de la transcription
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 3 : PARMI LES PROPOSITIONS SUIVANTES CONCERNANT LES GENES HUMAINS DES PROTEINES, QUELLES SONT LA OU LES PROPOSITIONS EXACTES ?
17/11/2020 40
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A) La taille des moyenne de leurs introns est de 3 400 pb
B) Leur taille est en moyenne de 150 kb FAUX: 27 kb
C) Ils comportent en moyenne 19 exons FAUX: 9 exons
D) Leur région promotrice commence vers -25 à -30 bases par rapport au site d’initiation de la transcription FAUX: vers -100
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 3 : PARMI LES PROPOSITIONS SUIVANTES CONCERNANT LES GENES HUMAINS DES PROTEINES, QUELLES SONT LA OU LES PROPOSITIONS EXACTES ?
17/11/2020 41
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A) Les gènes codants les ARN de transfert (ARNt)
B) Les gènes codants les ADN ribosomiques (ADNr)
C) Les rétrotransposons à LTR
D) Les microsatellites et minisatellites
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 4 : PARMI LES SEQUENCES REPETEES DU GENOME HUMAIN, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) DISPERSEE(S) ?
17/11/2020 42
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A) Les gènes codants les ARN de transfert (ARNt)
B) Les gènes codants les ADN ribosomiques (ADNr) FAUX: ADN répété en tandem
C) Les rétrotransposons à LTR
D) Les microsatellites et minisatellites FAUX: ADN répété en tandem
E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte
QCM 4 : PARMI LES SEQUENCES REPETEES DU GENOME HUMAIN, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) DISPERSEE(S) ?
17/11/2020 43
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PARMIS LES PROPOSITIONS SUIVANTES, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) Le polymorphisme du génome est par définition des mutations neutres.
17/08/2020 45
• B) Le polymorphisme du génome peut être responsable de la susceptibilité de certaines maladies.
• C) Les polymorphismes sont des mutations qui ne dépassent pas les 1% de fréquence dans la population générale.
• D) Le polymorphisme du génome est responsable de la différence entre les individus.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
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PARMIS LES PROPOSITIONS SUIVANTES, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) VRAI : Le polymorphisme du génome est par définition des mutations neutres.
17/08/2020 46
• B) VRAI : Le polymorphisme du génome peut être responsable de la susceptibilité de certaines maladies.
• C) FAUX : Les polymorphismes sont des mutations dépassent les 1% de fréquence dans la population générale.
• D) VRAI :Le polymorphisme du génome est responsable de la différence entre les individus.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
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• Le polymorphisme du génome correspond à des mutations qui sont :
✓ Neutres
✓Dépassent la fréquence de 1% dans la population générale.
• Ces sites polymorphiques sont :
✓Plusieurs millions.
✓Responsables de la variation entre les individus
/!\ Même si la définition est qu’ils sont neutres, ils peuvent être responsables de susceptibilités de certaines maladies.
Définition
17/08/2020 47
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LES DIFFERENTS VARIANTS
17/08/2020 48
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PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) Les SNPs sont des mutations ponctuelles sous forme de substitutions.
17/08/2020 49
• B) Une adénine qui remplace une guanine est une transversion.
• C) On compte un total de 10 millions de SNPs de différences entre 2 individus.
• D) Ils sont inégalement repartis.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
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PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) VRAI : Les SNPs sont des mutations ponctuelles sous forme de substitutions.
17/08/2020 50
• B) FAUX : C’est une transition.
• C) FAUX : On compte un total de 2,5 millions de SNPs de différences entre 2 individus.
• D) VRAI : Ils sont inégalement repartis.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 51: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/51.jpg)
Les SNPs sont des polymorphismes de substitution au niveau d’UNE seule base. Elles sont les plus fréquentes variations.
On parle de :
✓Transition (si une purine est remplacée par une purine ou une pyrimidine est remplacée par une pyrimidine)
Ex : C / T → représente les 2/3 des SNPs.
✓Transversion (si une pyrimidine est remplacée par une purine ou inversement)
Ex : A / T .
17/08/2020 51
LES SNPs
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• On compte environ 10 millions de SNPs dans la population générale.
➔Autrement dit 1 SNP tous les 300 nucléotides dans la population générale.
▪On compte environ 2,5 millions de SNPs entre 2 individus.
➔Autrement dit, entre 2 individus, c’est 1 SNP tous les 1200 nucléotides.
ILS SONT INEGALEMENT REPARTIS !17/08/2020 52
LES SNPs
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17/08/2020 53
LES SNPS
![Page 54: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/54.jpg)
• Peuvent être codants ou pas
• Sont biologiquement neutres en général, s’ils ne changent pas la nature du codon (on parle de mutation synonyme)
• Sont recensés sur dbSNP
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LES SNPS
![Page 55: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/55.jpg)
• Sont des délétions ou duplications qui vont de 1 Kb à plusieurs Mb
• Peuvent toucher plusieurs gènes et donc être responsables d’une augmentation quantitative de gènes (copie d’un ou plusieurs gènes).
• Font donc partie du polymorphisme QUANTITATIF.
• Sont recensés sur dbGV (database for genomicvariants)
17/08/2020 55
Les cnvs
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17/08/2020 56
LES HAPLOTYPES
![Page 57: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/57.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE EST EXACTE ?
• A) Les haplotypes tendent à être plus longs en Afrique.
17/08/2020 57
• B) Les haplotypes sont des mutations.
• C) Le projet 1000 Génomes répertorie tous les haplotypes.
• D) Quelques centaines de milliers de SNPS suffiraient à répertorier l’ensemble des haplotypes.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 58: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/58.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE EST EXACTE ? /!\ QCU !!
• A) FAUX : Les haplotypes tendent à être plus courts en Afrique.
17/08/2020 58
• B) FAUX : Les haplotypes sont des mutations.
• C) FAUX : C’est HAPMAP.
• D) VRAI : Quelques centaines de milliers de SNPS suffiraient à répertorier l’ensemble des haplotypes.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 59: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/59.jpg)
• Correspondent à un ensemble d’allèles ( partie d’un chromosome ) qui se transmettent de façon stables au fil des générations.
• La fréquence d’un haplotype varie d’une population à l’autre.
• Le projet HAPMAP identifie les haplotypes courants dans 4 populations originaires de diverses parties du monde ainsi que les SNP marqueurs.
• L’identification d’environ quelques centaines de milliers de SNP marqueurs suffisent pour identifier tous les haplotypes.
17/08/2020 59
LES HAPLOTYPES
![Page 60: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/60.jpg)
17/08/2020 60
Exemple d’haplotypes
A savoir :Les haplotypes des populations non africaines sont souvent plus longs que les populations africaines. (car les africains étaient plus nombreux au tout début, et certaines populations ont migré hors de l’Afrique, ce qui explique que le brassage était plus important en Afrique que hors de l’Afrique)
![Page 61: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/61.jpg)
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![Page 62: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/62.jpg)
17/08/2020 62
Le cholestérol
![Page 63: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/63.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) Le cholestérol possède un total de 5 cycles.
17/08/2020 63
• B) Il est issus d’un noyau stérone.
• C) Le cholestérol possède une double liaison entre C4 et C5
• D) Le cholestérol n’est pas un composant essentiel à l’organisme.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 64: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/64.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) FAUX : c’est 4 cycles.
17/08/2020 64
• B)FAUX : STERANE et non stérone.
• C) FAUX : Entre C5 et C6.
• D) FAUX : Au contraire, il participe à la formation des membranes notamment.
• E) VRAI : Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 65: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/65.jpg)
17/08/2020 65
Le cholestérol
• Molécule à 27 carbones• Double liaison entre C5 et C6• Groupement hydroxyle en C3• Molécule à 4 cycles formée à partir du stérane• Le plus abondant des stérols• Molécule amphiphile = amphipatique• Structure rigide avec point de fusion élevé• Ester de cholestérol formé à partir de C3.
![Page 66: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/66.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) Le cholestérol possède 2 types de régulation.
17/08/2020 66
• B) La régulation allostérique est la régulation à long terme.
• C) L’ACAT permet l’esterification du cholestérol si il n’y en a pas assez.
• D) Le complexe SREBP, si le taux de cholestérol est diminué, va migrer vers le golgi et entrainer une diminution de l’ACAT.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 67: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/67.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) VRAI : A court et long terme.
17/08/2020 67
• B) FAUX : A court terme.
• C) FAUX : L’ACAT l’esterifie si il y’en à trop pour le stocker.
• D) VRAI : Le complexe SREBP, si le taux de cholestérol est diminué, va migrer vers le golgi et entrainer une diminution de l’ACAT.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 68: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/68.jpg)
17/08/2020 68
Régulation de la synthèse du cholestérol
RAPPEL : l’HMG COA REDUCTASE est l’enzyme clef de la régulation de la synthèse du cholestérol.
![Page 69: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/69.jpg)
17/08/2020 69
Synthèse du cholestérol
RAPPEL : Il faut juste retenir de la synthèse du cholestérol que c’est 3 molécules d’acétylCOA qui donneront du mévalonate grâce à l’HMG COA réductase. C’est cette étape qui permet en effet la régulation de la synthèse.
• Il peut être synthétisé par TOUTES les cellules, dans leur cytoplasme et dans leur RE.
• Synthèse endogène majoritairement dans le foie ++.
![Page 70: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/70.jpg)
17/08/2020 70
Les Lipoprotéines
![Page 71: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/71.jpg)
• Les lipoprotéines sont des structures discrètes transportant le cholestérol et les acides gras entre les sites de production (foie, intestin) et les sites de stockage, d’utilisation, ou d’élimination(tissus périphériques : musculaire et adipeux) pour les ré-estérifieren triglycérides et les stocker, et ceci de façon régulée grâce aux apolipoprotéines à la surface des lipoprotéines.
• Ils transportent donc :
✓Des triglycérides
✓Du cholestérol ESTERIFIE
• Ils possèdent dans leur membrane
✓Du cholestérol NON ESTERIFIE
✓Des apolipoprotéines
✓Des phospholipides membranaires.
17/08/2020 71
Les lipoprotéines
![Page 72: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/72.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) Les VLDL sont les lipoprotéines avec la densité la plus forte.
17/08/2020 72
• B) Les HDL sont les lipoprotéines avec la densité la plus faible
• C) Le HDL transporte uniquement des triglycérides.
• D) Les chylomicrons transportent uniquement des triglycérides.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 73: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/73.jpg)
PARMIS LES PROPOSITIONS CI-DESSOUS, LAQUELLE (LESQUELLES) EST (SONT) EXACTE(S) ?
• A) FAUX : c’est le HDL.
17/08/2020 73
• B) FAUX : Cf A
• C) FAUX : On parle de HDL et de LDL cholestérol, donc le HDL et les LDL transportent QUE du cholestérol.
• D) VRAI : Les chylomicrons transportent uniquement des triglycérides.
• E) Aucune des propositions ci-dessus n’est exacte.
![Page 74: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/74.jpg)
• Plus la densité est faible et son volume grand, et plus il y’a de triglycérides.
17/08/2020 74
Tableau à connaitre +++
![Page 75: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/75.jpg)
• Le HDL cholestérol est le bon cholestérol.
• Le LDL est le mauvais cholestérol (plaque d’athérome)
• Les apolipoprotéines qu’ils possèdent ont un rôle :
✓Structurel
✓Donne un caractère intelligent à la LP en sachant vers où se diriger.
17/08/2020 75
Les lipoprotéines
![Page 76: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/76.jpg)
17/08/2020 76
Le métabolisme des lipoprotéines
![Page 77: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/77.jpg)
• Secrétés par vaisseaux lymphatiques intestinaux.
• Circulation sanguine direction tissus musculaire (court circuite le passage traditionnel par le foie).
• Rencontre de la LPL qui appauvrie les TG des chylomicrons
• Transformation des TG en AG avant d’être stockés dans les muscles et/ou adipocytes (ré-esterifcation)
• Chylomicrons deviennent « remnants » et seront catabolisés par le foie.
17/08/2020 77
Métabolisme des chylomicrons
![Page 78: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/78.jpg)
• Sécrétion par le foie dans la circulation sanguine, surtout après un repas.
• Dégradation rapide par les LPL = libération de triglycérides.
• VLDL devient IDL, puis HDL grâce à la CETP (échange TG par cholestérol)
• Remnants des VLDL après dégradation= IDL et LDL (durée de vie longue, responsable de plaque
d’athérome).
17/08/2020 78
METABOLISME DES VLDL
![Page 79: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/79.jpg)
• De l’organisme en direction du foie ➔Permet retour du cholestérol au foie notamment pour synthèse des acides
biliaires
• Issus de l’APO A 1 (synthétisée par le foie ou les intestins ou issus des chylomicrons ou d’ancien HDL).
• S’enrichissent en cholestérol pour devenir des préβ HDL
• Rencontre avec la LCAT qui forme les esters de cholestérol.
• HDL mature après être rentrés dans noyau.
17/08/2020 79
Métabolisme des HDL
![Page 80: Cours 12: Structure et](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022062520/62b35593842f675b2e100d9d/html5/thumbnails/80.jpg)
MERCI POUR VOTRE
ATTENTION
AVEZ-VOUS DES QUESTIONS ?