Construction de cartes chromosomiques avec 3

lociButs: Déterminer s'il y a liaison.

Si oui, déterminer la distance et déterminer l'ordre.

Carte chromosomique de 3 loci chez la drosophile

Exemple 1: 3 loci sc, ec et vgsc: scute ou poils thoraciques anormauxec: echinus ou surface de l'oeil anormalevg: vestigial ou ailes vestigiales

sc/sc . ec/ec . vg/vg X sc+/sc+ . ec+/ec+ . vg+/vg+

sc . ec . vg

homozygote récessif

homozygote sauvage

sc . ec . vg

+ . + . +

On effectue un croisement test

+ . + . +

sc . ec . vg

+ . + . +

sc . ec . vg

+ . + . +

sc . ec . vg

sc . ec . vgX

X

Femelle Mâle

Et on obtient les phénotypes suivants à la F2: sc ec vg 235+ + + 241sc ec + 243+ + vg 233sc + vg 12+ ec + 14sc + + 14+ ec vg 16 total = 1008

Observations– 8 phénotypes– Proportion de ces phénotypes différente de

1:1:1:1:1:1:1:1

Conclusion:

sc et ec sont liés et à 5.6 cM l'un de l'autre12+14+14+16 = 0.056 = 5.6 cM

Intrachromosomique.1008

sc et vg ne sont pas liés243+233+14+16 = 0.506 = 50%

Interchromosomique.1008

ec et vg ne sont pas liés243+233+12+14 = 0.502 = 50%

Interchromosomique.1008

sc ec vg

3 loci: v = couleur des yeux vermilloncv = absence d'une nervure particulière de l'ailect = bord des ailes coupé (cut)

Ici un des parents est homozygote double récessif+/+ . ct/ct . cv/cv

et l'autre homozygote récessif simplev/v . +/+ . +/+

P +/+ . ct/ct . cv/cv x v/v . +/+ . +/+F1 v/+ . ct/+ . cv/+Croisement test = femelle de la F1 hétérozygote pour les 3 gènes x mâle homozygote récessif

Exemple: 2

Croisement test + . ct . cv

v . + . +

v . ct . cv

v . ct . cv

phénotypes de la F2:v + + 580+ cv ct 592v cv + 45+ + ct 40v cv ct 89+ + + 94v + ct 3+ cv + 5

Conclusion:

v et cv sont liés45+40+89+94 = 18.5 cM

1448

v et ct sont liés89+94+3+5 = 13.2 cM

1448

ct et cv sont liés45+40+3+5 = 6.4 cM

1448

v ct cv13.2 6.4

Observations

L'ordre des gènes que nous avons déduit est différent de celui dans lequel les gènes avaient été énumérés. On a établit que ct était entre v et cv, mais ces deux gènes peuvent aussi bien être à droite qu'à gauche de la carte

13.2 + 6.4 = 19.6 en non pas 18.5L'addition des distances entre v et ct et entre ct et cv est plus grande que la distance calculée entre v et cv

Ce manque apparent d'additivité est dû aux doubles recombinants issus de 2 enjambements. Nous avons sous-estimé la distance entre v et cv

Correction nécessaire: nous devons compter les nous devons compter les recombinants doubles et même les compter deux fois recombinants doubles et même les compter deux fois dans notre calcul de distance car il ya eu deux crossing dans notre calcul de distance car il ya eu deux crossing overs pour les produireovers pour les produire..

Effets des enjambements doubles

v + + 580 combinaisons + ct cv 592 parentalesv + cv 45+ ct + 40v ct c 89+ + + 94v ct + 3 recombinants + + cv 5 double

Total = 1448

Distance v-cv:Nombre total des crossing over entre v et cv = 45 + 40 + 89 + 94 + 3 + 3 + 5 + 5 = 284D (v-cv) = 284/1448 = 19.6% = 19.6 cM

v + + x x+ ct cv

La détection des enjambements doubles est seulement possible lorsqu'une paire de gènes hétérozygotes encadre chaque

enjambementDétection possible, parce que 2 enjambements vont

produire des gamètes différents que lorsqu'un seul enjambement

+ ct cvv + +

2 enjambements:+ + cvv ct +

1 enjambement:+ + + ou + ct +v ct cv v + cv

Détection impossible, parce que deux enjambements vont produire les mêmes gamètes que lorsqu'un seul enjambement

v ct cvv + +

2 enjambements:v + cvv ct +

1 enjambement:v + + ou v ct +v ct cv ou v + cv

Comment déterminer l'ordre des gènes dans un croisement test à trois loci en comparant les types parentaux avec les

recombinants doubles?

Astuce! L'allèle qui a changé chez les recombinants doubles est celle du gène qui est situé au milieu ;

Si le parent 1: ct cv + et le parent 2: + + vet que les recombinants doubles R.D (les deux classes les plus rares) sont:

R.D. 1 : + cv +R.D. 2 : ct + v

Donc, l'ordre des loci est: v ct cv

Par double crossing-overs, seul l’allèle du milieu change

Interférence génétique

Les évènements d'enjambements ne sont pas toujours indépendants.

Un évènement d'enjambement peut diminuer la probabilité d'un deuxième enjambement dans la même région

v ct cv 13.2 6.4

Proportion attendue d'enjambements doubles: 0.132 x 0.064 = 0.0084

Nombre attendu d'enjambements doubles:0.0084 x 1448 = 12

Nombre d'enjambements doubles observés = 8

Interférence: mesure de l'indépendance de l'occurrence des enjambements; calculée en soustrayant le coefficient de coïncidence de 1

I = 1 - coefficient de coïncidence = 1 - nombre observé d'enjambements

doubles nombre attendu d'enjambements doubles

= 1 - (8/12) = 4/12 = 33%

La présence d'un enjambement dans une région réduit souvent la probabilité qu'un autre enjambement se produise dans une région adjacente

Calcul des distances du centromère à l’aide des tétrades linéaires

S’il y a crossing over,alors il n’y a ségrégation de A et a qu’en seconde division.

Quatre profils de ségrégation de seconde division dans des asques

linéaires

Types d’octades

A a A a A aA a A a A aA a a A a AA a a A a Aa A A a a Aa A A a a Aa A a A A aa A a A A a126 132 9 11 10 12

Total = 300

La distance du locus A/a du centromère est de:D = [9+11+10+12/300]/2

= 7 u.cPourquoi divise t-on par 2?Parce que la distance est calculée par rapport à un jeu de deux chromatides non-soeurs. Dans une octade nous avons deux jeux, et donc les octades recombinantes ont eu une double chance d’être produites.

Problème 17 ou 28(éd. 3) du manuel: Le test 2

Les individus de la F1 de génotype A/a . B/b issus de plusieurs croisements de type A/A . B/B x a/a . b/b , ont été soumis à un croisement-test avec des individus a/a . b/b. Les résultats sont les suivants:

Descendance du croisement-testCroisement test de la A/a a/a A/a a/aF1 issue du croisement B/b b/b b/b B/b

1 310 315 287 2882 36 38 23 233 360 380 230 2304 74 72 50 44

Pour chaque groupe de descendants, utilisez le test du 2 pour décider de l’existence ou non d’une liaison.

Les généticiens font une hypothèse sur le mode de transmission des gènes. Cependant, ils sont souvent confrontés à des résultats proches des rapports attendus mais pas identiques. Afin de conclure si leur hypothèse est vraie ou pas, ils utilisent le test 2.

= (O- E)2/E pour toutes les classesEt où, E = le nombre attendu dans une classe

O = le nombre observé dans la classeet est la somme de tous.

dl: degré de liberté = nombre de classes phénotypiques - 1

= 4 - 1 = 3

Supposons qu’il n’y a pas de liaison. Ceci est une hypothèse seulement. S’il faudra rejeter cette hypothèse par le test du 2, alors, on peut dire que les gènes sont le plus probablement liés.

1er croisement: 2 = [(310-300)2 + (315-300)2 + (287-300)2 + (288-

300)2]/300 = 2.1266 (hypothèse retenue)2ème croisement:

2 = [(36-30)2 + (38-30)2 + (23-30)2 + (23-30)2]/30 = 6.6 (hypothèse retenue)

3ème croisement: 2 = [(360-300)2 + (380-300)2 + (230-300)2 + (230-

300)2]/300 = 66 (hypothèse rejetée)4éme croisement:

2 = [(74-60)2 + (72-60)2 + (50-60)2 + (44-60)2]/60 = 11.6 (hypothèse rejetée)

Hypothèse à rejeterHypothèse à retenir

p = 0.05 ou 5% est une valeur statistique utilisée par convention comme valeur seuil pour accepter ou rejeter une hypothèse.

dl=3