conférence
DESCRIPTION
45 min conference given in Dijon in October 2009, presenting scarmarbin and a series of applications of biodiversity databases in science, conservation and managementTRANSCRIPT
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Les bases de données
pour quantifier et interpréter des motifs de biodiversité dans les hautes latitudes
www.scarmarbin.be
Bruno Danis, Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique
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Plan
• la biodiversité Antarctique
• SCAR-MarBIN
• aspects techniques (pas trop quand même)
• applications
• perspectives
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La biodiversité Antarctique
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• Haute adaptation à un environnement extrême
• Haut niveau d’endémisme
• Essentiellement marine
• Estimations: autour de 20.000 espèces
• Sous-étudié (surtout le profond)
• Probablement très sensible aux changements climatiques
Biodiversité Antarctique
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SCAR-MarBIN
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SCAR-MarBIN
• ATS & CBD
• Année Polaire Internationale 2007/08
• Census of Antarctic Marine Life (CAML)
• Ocean Biogeographic Information System (OBIS)
• Global Biodiversity Information Network (GBIF)
• Financement: Politique Scientifique Belge
Marine Biodiversity Information Network
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• Construire un réseau d’information
• Accès ouvert et gratuit aux données
• Exposer les données et métadonnées
• Rester à l’écoute de la communauté
• Adopter les meilleurs standards
• Servir la science, la conservation, la gestion
Philosophie
Riddle, M. Australian Antarctic Division
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Résultats tangibles
all taxa
all species
valid species
0 3 750 7 500 11 250 15 000
• Le premier RAMS
• Panel de 60 éditeurs
• Nourrir WoRMS, CoL et EoL
• 16,176 taxa
• 9,234 espèces
www.scarmarbin.be
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Résultats tangibles
1.000.000+ entrées130 sets de données
5,200+ taxaTéléchargeable
WebGISWebservices
www.scarmarbin.be
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Nouvelle initiatives
• Bourses de digitalisation: 12 initiatives financées
• Antarctic Field Guides
• Données génétiques géoréférencées
• ArcOD: Arctic Ocean DiversityRose A. DZMB
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(Un peu) de technique
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Aspects techniques (V2.0)
•Objectifs
• Améliorer l’ergonomie
• Améliore l’interoperabilité
• Etendre les fonctionnalités
•Détails techniques… (accrochez vous!)
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Améliorer l’ergonomie- principes -
•Le grand principe: KISS
• Le sous-principe: the less the merrier!
•Simplifier la navigation
• Diviser en sous-sites subsites by concern
• Réduire la granulométrie de la navigation
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•Simplifier l’interface de recherche et le flux (AJAX)
• Rester basique
• Ressources
• centraliser la recherche avec un outil unique
• meilleur affichage des résultats
• Occurrences: ne pas effrayer l’utilisateur
Améliorer l’ergonomie- moteurs de recherche -
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•Cartographie
• Chameleon -> OpenLayers
• Accès direct aux cartes via
• les détails sur un set de données
• les détails sur un taxon
•Utilisation de Tags transversaux pour la navigation dans les resources
Améliorer l’ergonomie- moteurs de recherche -
![Page 23: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/23.jpg)
Améliorer l’interopérabilité
• (REST) Web services est la Voie...
• Occurrences
• standards OGC (WMS/WFS)
• Recherche
• Détails
• Ressources
• Recherche (XML + JSON)
• Détails pour chaque resources (XML +? JSON)
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Expansion du système
• Nouvelles Bases de Données
• séquences DNA
• Experts
• Expéditions
• “Spatialization” d’AntOBIS
• Galeries
• YouTube
• Flickr
• Deep linking (BoL, wikipedia, BHL, yahoo image search)
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•Moteur de recherche full text
•Sémantique de requête plus riche
• recherche par champs
• Meilleur support des booléens
• Plus d’options pour les wildcard
Expansion du système
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ComparoV1 V2
Languages PHP4 (procedural part OOish) Java, Groovy (100% OO)
Design patterns - MVC-ORM-AOP-IoC…
Framework - (100% homebrew) Grails (Spring, Hibernate), YUI
Template engine - SiteMesh
Search engine SQL-based Full text (SOLR-lucene)
DB SQL server SQL server - PostGresql
GIS server mapserver Geoserver
Spatial DB - PostGIS
Mapping client chameleon openLayers
Web services SOAP (RAMS) RESTish (all resources)
OS Windows server FreeBSD
Open source Partly 100% (minus legacy DB)
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Applications
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Identifier les lacunes
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Méthodologie
• Nettoyage de toute la base de donnée d’occurrences
• Données bathymétriques ajoutées à toutes les entrées benthiques (ETOPO2)
• comptage des espèces vs stations pour les phylums majeurs (nematoda, mollusca, cnidaria, echinodermata, chordata, arthropoda & annelida)
• comptage des espèces vs stations pour les groupes majeurs (poissons, oiseaux et mammifères, pélagique et benthiques)
• Analyse bathymétrique. Stations & espèces benthiques en fonction de la profondeur.
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![Page 31: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/31.jpg)
Toutes les espèces
![Page 32: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/32.jpg)
Toutes les espèces
![Page 33: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/33.jpg)
Nematoda
![Page 34: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/34.jpg)
Annelida
![Page 35: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/35.jpg)
Cnidaria
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Echinodermata
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Mollusca
![Page 38: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/38.jpg)
Chordata
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Arthropoda
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• La couverture spatiale & taxonomique avrie fortement en fonction du groupe considéré
• Certains taxa majeurs sont “manquants”: Eponges, Isopodes, Pycnogonides, Bryozoaires, Decapodes, Crinoides & Brachiopodes
• Zones sous- ou non-échantillonnées: W. Weddell Sea, Amundsen Sea, deep sea
Résumé
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Benthos
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Benthos
![Page 43: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/43.jpg)
Pelagos
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Oiseaux et Mammifères
![Page 45: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/45.jpg)
Poissons
![Page 46: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/46.jpg)
• Distorsion vers les zones peu profondes, les stations de recherche et les trajectoires de navires de recherche
• Ensemble du jeu de données: les observations d’oiseaux et de mammifères dominent l’analyse de l’effort d’échantillonnage
• Les données benthiques déterminent les schémas d’ensemble de la richesse spécifique
• Co-occurrence entre les “hotspots” de données benthiques et la présence de stations
• Les observations de poisson et les données CPR déterminent les schémas observés pour les données pélagiques
Conclusions
![Page 47: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/47.jpg)
![Page 48: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/48.jpg)
• La distorsion due à la variabilité de l’effort d’échantillonnage est responsable d’un grand nombre de patterns observés
• Distorsion massive due à un sous-échantillonnage du profond
• Certaines zones et taxa, bien représentés, sont utilisables pour des analyses ultérieures
Conclusions
![Page 49: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/49.jpg)
2,8 espèces d’isopodes sont décrites chaque année
600+ ont été découvertes durant ANDEEP
214 années pour tout décrire!
De Broyer C & Danis B, submitted
Identifier les lacunes
![Page 50: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/50.jpg)
Cybertaxonomie
• Guides de terrain
• Clés d’identification interactives
• Identification semi-automatique
• Publications électroniques
![Page 51: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/51.jpg)
Modéliser
![Page 52: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/52.jpg)
Temperature Depth & Rugosity Distance FromShallows
Benthicclassifica3on
![Page 53: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/53.jpg)
![Page 54: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/54.jpg)
Pelagicclassifica3on
![Page 55: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/55.jpg)
Confronter
![Page 56: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/56.jpg)
Vers une nouvelle biogéographie?
• test historical bioregionalisation work (Hedgpeth)
• 5 classes, 29 regions
• SO bioregions differ upon considered class
• species endemism rate ca 50%
• single Antarctic province
• clear distinction between sub-ANT islands influenced by SA vs NZ
![Page 57: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/57.jpg)
From Arntz et al 1997
Biva
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lost
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Cycl
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Pycn
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a
0
20
40
60
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100%
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Gas
tropo
ds
Endemism over-estimated
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From Arntz et al 1997
Biva
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Cycl
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0
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100%
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ndem
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peci
es
From Linse et al 2006, Barnes & Griffiths 2007, Munilla In press
Gas
tropo
ds
Endemism over-estimated
![Page 59: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/59.jpg)
Bivalvia
Cyclostomata
Cheilostomata
External influences
Gastropoda
From Griffiths et al in press(Spearman rank correlation coefficient and a Pearson correlation between the ranks)
![Page 60: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/60.jpg)
Bivalvia
Cyclostomata
Cheilostomata
External influences
Gastropoda
From Griffiths et al in press(Spearman rank correlation coefficient and a Pearson correlation between the ranks)
![Page 61: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/61.jpg)
Bivalvia
Cyclostomata
Cheilostomata
External influences
Gastropoda
From Griffiths et al in press(Spearman rank correlation coefficient and a Pearson correlation between the ranks)
![Page 62: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/62.jpg)
Bivalvia
Cyclostomata
Cheilostomata
External influences
Gastropoda
From Griffiths et al in press(Spearman rank correlation coefficient and a Pearson correlation between the ranks)
![Page 63: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/63.jpg)
Large-scale patterns
Cheilostomata Cyclostomata Bivalvia
Pycnogona GastropodaFrom Griffiths et al in press
![Page 64: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/64.jpg)
Comparer
![Page 65: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/65.jpg)
ComparaisonAntarc3quevsArc3que
![Page 66: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/66.jpg)
EncommunentreAntarc3queetArc3que
![Page 67: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/67.jpg)
![Page 68: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/68.jpg)
![Page 69: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/69.jpg)
Intégrer
![Page 70: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/70.jpg)
Deep Sea generaAntarctic genera
Pareledone
Veledona
Thaumeledone
Graneledone
Adelieledone
Megaleledone
Adelieledone
![Page 71: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/71.jpg)
OctopusGeoPhyloBuilderrela3onshipsinGoogleEarth
![Page 72: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/72.jpg)
![Page 73: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/73.jpg)
Influencer
![Page 74: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/74.jpg)
CCAMLR• Convention for the Conservation of
Antarctic Marine Living Resources
• fait partie du système du Traité Antarctique
• “to conserve marine life of the Southern Ocean”
• s’applique à toutes les ressources marine vivantes entre le continent et le front polaire
![Page 75: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/75.jpg)
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REPORT OF EXPERTS WORKSHOP (HOBART, SEPTEMBER 2006)
BIOREGIONALISATIONOF THE SOUTHERN OCEAN
“Bio”regionalisation
• nécessaire afin d’entreprendre la désignation d’un système d’AMPs
• données physiques et environnementales
• concentration de chlorophylle
• il fallait un peu de “bio” quand même...
![Page 76: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/76.jpg)
Mettre du ‘bio’ dans la bioregionalisation
• utiliser la biodiversité afin de rendre les processus de bioregionalisation et la désignation d’AMP cohérents?
• connaît-on réellement la biodiversité Antarctique?
• Travail principalement sur les shelfs
• avons-nous suffisamment de connaissances?
![Page 77: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/77.jpg)
Innover
![Page 78: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/78.jpg)
Le futur (proche)
Expansion/évolution des capacités
Exploration des données
Intégration des données génétiques
Outils d’aide à l’identification
Implication de la communauté
Implication des citoyens
![Page 79: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/79.jpg)
![Page 80: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/80.jpg)
![Page 81: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/81.jpg)
![Page 82: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/82.jpg)
![Page 83: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/83.jpg)
![Page 84: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/84.jpg)
PerspectivesHéritage tangible de CAML et de l’APIRAMS/World Register of Marine SpeciesEtat de l’environnement marin Antarctique Nouvelle biorégionalisation de l’Océan australLe lien entre plusieurs disciplines
Rose A. DZMB
Désignation d’AMPsEtat 0 pour une comparaison futureConsolidation de la communauté du SCARConservation adaptative, basée sur des données réellesFinancement internationalANTA’BIF: Antarctic Biodiversity Information Facility
![Page 85: Conférence](https://reader035.vdocuments.site/reader035/viewer/2022081519/558773d8d8b42a6e6f8b45c4/html5/thumbnails/85.jpg)
Merci pour votre attention
Strugnell J. British Antarctic Survey