Biohemija I prvi parcijalni ispit 07.05.2011

C grupa

I GRUPA PITANJA NOSE PO 1 BOD MAKSIMALNO (ZAOKRUITI JEDAN TAAN ODGOVOR)1. Zaokrui netaan odgovor

a) U proteinima se hem izolira duboko u proteinsku strukturu

b) Pristup dvjema otvorenim koordinativnim vezama je prostorno ogranien

c) Vezanjem O2 mijenjaju se elektronske karakteristike hema eljeza, te arterijska i venaska krv se razlikuju u boji

d) Neke male molekule kao to su CO i NO se slabo veu za hem Fe.

e) Atom eljeza u hemu je 0,03 nm izvan ravni porfirina prema HisF8

2. Zaokrui taan odgovor

a) Nativni proteini su proteini u svojoj nesvijenoj konformaciji

b) Stabilnost proteina se moe definirati kao tenja da odri nesvijenu konformaciju

c) Odreeni polipeptidni lanac teoretski moe poprimiti samo bezbroj konformacija

d) Disulfidne veze i slabe interakcije stabilizuju nativnu konformaciju

e) Konformacijska entropija i vodikove veze nastoje da odre svijeno stanje proteina

3. Koenzim C2 metabolizma je

a) Biotin

b) Koenzim A

c) Lipoamid

d) NAD+, NADP+e) Piridoksal fosfat

4. Alosterike podjedinice enzima su:

a) Regulatorna i katalitika

b) Alosterika i katalitika

c) Alosterika i regulatorna

d) A i B

e) Niti jedan odgovor nije taan

5. Ne znam tano, bilo je to pitanje broj jedan, taan odgovor je pod A ini mi se !

II GRUPA PITANJA NOSE PO 2 BODA MAKSIMALNO (ZAOKRUI 1,2,3 ILI VIE TANIH ODGOVORA, ILI DOPUNI REENICE)1. Zaokrui tane odgovore

a) Citohrom C je hem protein

b) Sadri 104 Ak ostatka

c) Mr mu je 14 600

d) 40 % sekundarne strukture je u - heliksu

e) 60 % sekundarne strukture je u obliku - nabrane ravni

2. Prenos tvari kroz staninu membranu (zaokrui tane odgovore)

a) Hidrofobne molekule teko prolaze kroz membranu

b) Hidrofilne molekule zahtjevaju membranske proteine koji sudjeluju u njihovom prenosu

c) Molekule vode su iznimka, jer one prolaze u malim skupinama molekula i to kroz upljine koje nastaju usljed konformacija nezasienih masnih kiselina.

d) Nezzz koji je bio (e) Svojstvo izolatora, el. Otpora oko 109 /cm23. Dopuni reeniceAminokiselinski ostatci u proteinima su L-...stereoizomeri. D- AK ostatci su naeni samo u nekoliko malih peptida ... peptidi elijskog zida pakterija, neki peptidni antibiotici. elije specifino sintetiziraju L-steroizomere aminokiselina zato to su .... aktivna mjesta enzima...asimetrina. Reakcije koje enzimi kataliziraju su ...sterospecifine.

4. Dopuni reenice

Dimenzije mioglobina su ...4,5x3,5x2,5. 75 % lanca je u obliku .. 8.. -heliksa. Izmeu heliksa se nalazi 5 ... neheliksnih segmenata... i jo 2, neheliksna regiona, na N- i C- ... terminusima. U unutranjosti se nalaze ...nepolarni ostatci... i jo ...2 ... polarna ostatka aminokiseline ....histidina.

5. kcat/KM je ... mjera enzimske aktivnosti. Koritenjem ovog odnosa moe se odrediti ...enzimska preferenca... za odreene supstrate. Gornja granica za kcat/KM je izmeu ...108... i ...109 ... S-1 M-1. Enzimi koji imaju kcat/KM odnos na gornjoj granici ...dostigli su kinetiku perfekciju. Njihova katalitika brzina ograniena je samo ...brzinom kojom susreu supstrat ... u otopini.

III GRUPA PITANJA NOSE PO MAKSIMALNO 3 BODA.

1. Polarne nenalektrisane aminokiseline su ...serin,treonin,cistein,prolin,asparagin i glutamin. Ova skupina aminokiselina je topiva u vodi, jer sadri .....funkcionalne grupe... koje formiraju ...vodikove.... veze s vodom.

2. Kod nabrane strukture vodikove veze se formiraju izmeu ...susjednih segmenata... polipeptidnih lanaca. nabrane povrine mogu biti ...paralelne i antiparalelne. ...R-grupe... susjednih aminokiselina stre iz cik-cak strukture u suprotnim smjerovima.

Predstavi strukturu nabrane ravni

3. Objasni sliku (detaljno)

Na slici je prikazan mehanizam kovalentne katalize

Katalitiku trijadu ine aminokiseline: serin, histidin i aspartatSerinski ostatak igra kritinu ulogu u katalizi.

Hidrokslna grupa Ser195 je nukleofil u reakciji koju podupire generalna bazna kataliza. Baza je His57.

I Acilacija enzima 1. Vezivanje polipeptidnog supstrata

Boni lanac ostatka u susjedstvu peptidne veze koja se cijepa smjeta se u hidrofobni dep enzima.Na taj nain se peptidna veza pravilno pozicionira.

Interakcija Ser195 i His57 stvara jako nukleofilni alkoksid ion na Ser195; ion napada karbonilnu grupu stvarajui tetraedarski acil enzim intermedijer 2. Pri tome nastaje kratkotrajni negativni naboj na karbonilnom oksigenu.

Naboj se stabilizira hidrogenskim vezama u oksianionskoj udubini3. Oslobaanje produkta 1.

Nestabilnost negativnog naboja karbonilnog oksigena dovodi do kolapsa tetraedarskog intermedijera;

Ponovno formiranje dvostruke veze sa karbonom dovodi do pomjeranja veze izmeu karbona i amino grupe te do cijepanja peptidne veze. His57 protonira odlazeu amino grupu.

II Deacilacija enzima

4. Vezivanje molekule vode u aktivnom centru enzima.

Molekula vode se deprotonizira pomou generalne bazne katalize uz stvaranje veoma nukleofilnog hidroksilnog iona.

5. Nukleofilni napad OH- iona na estersku vezu acil enzim intermedijera stvara drugi

tetraedarski intermedijer sa oksigenom u oksianionskoj udubini. Oksigen ponovo poprima negativni naboj.

6. Kolaps tetraedarskog intermedijera daje drugi produkt i premijeta se Ser195.

7. Difuzija drugog produkta sa aktivnog mjesta regenerira slobodni enzim. 4. Objasni sliku (slika je 12 listu skripte lipidi)

Radi se o:

a) Uniportu

b) Sinportu

c) Antiportu

5. Enzimi kinaze kataliziraju prenos ... Fosfatne .. grupe sa ....ATP-a... na alkoholnu,karboksilnu ili gvanidino grupu. Druga vana funkcija je sinteza ...ATP-a iz ADP-a... iz energijom bogato vezanog ...fosfata. (fosforilacija na nivou supstrata)

Mogue reakcije:

1. nukleofilni napad OH-grupe alkohola na P atom ATP-a koji je najudaljeniji od 5 C atoma riboze. Nastaju estar fosfatne kiseline i ADP. Reakcija kinaza.

2. nukleofilni napad OH-grupe alkohola na srednji P atom ATP-a. Nastaju estar difosfatne kiseline i AMP. Prevoenje riboza fosfata u PRPP-5-fosforibozil 1-difosfat

3. nukleofilni napad OH-grupe na P atom ATP-a koji je najblii 5 C atomu riboze. Nastaju diestar fosfatne kiseline i pirofosfat. (R. nukleotidil transferaza pri sintezi nukleinskih kiselina.)

4. nukleofilni napad COO- na P atom ATP-a koji je najblii 5 C atomu riboze. Nastaju aciladenilat i pirofosfat (aktivacija aminokiselina)

5. nukleofilni napad S atoma metionina na 5 C atom riboze. Nastaju S-adenozil metionin, pirofosfat i fosfat.

A grupa...

djelovanje lizozima i glu 35 (slika),

slika ATT,slika transport membrana,...

Zaokruzi netacan odgovor:

a.luciferin je protein svica koji ucestvuje u reakciji stvaranja svjetla...

b.keratin je sastavni protein kose,noktiju,vune svih sisara osim ptica

c.proteini su dehidratacioni polimeri aminokiselina,

d.asparagin je prva otkrivena kiselina (1906) a treonin zadnja (1938)

Pitanje na zaokruzivanje za prosdaglandine,ne sjecam se kako ide,

koji enzim ne spada u redoks enzime:

a.NAD,

b.FAD,

c.koenzim A,

d.ne sjecam se,

nabrojati koje su nepolarne A.K i napisat njihovu strukturu,

recenica da se dopuni:

R grupe nepolarnih A.K su_____,medjusobno se privlace ______interakcijama i tako stabiliziraju strukturu ______. Definicija prometnog broja i kako se on drukcije zove,

Dopuni:____i Pauling su 30ih godina ____vijeka i otkrili su da su atomi asocirani na peptidnu vezu ____.Postoji parcijalna podjela dva para ____izmedju ____u>CO grupi i ____u >NH grupi.Usljed rezonancije peptidna veza ima karakter ____veze i usljed toga ____rotirati.Rotacija je moguca oko ____.Calfa atomi su razdvojeni sa ___kovalentne veze.Kicma polipeptidnog lanca je serija ____povrsina koje se izmjenjuju sa tackom rotacije oko ___.

Predstavi rezonantne oblike peptidne veze.

grupa B..

-jedan tacan odgvor:

1.Zaokruzi NEtacnu tvrdnju:

a)Svih 20 aminokiselina koje cine proteine su alfa aminokiseline osim prolina

b)prolin je ciklicna aminokiselina

c)prva otkrivena aminokiselina je asparagin

d)zadnja otkrivena je treonin

2.Zaokruzi NEtacnu tvrdnju za alfa keratin- bile su sve recenice sa prezentacije i ne znam koja je netacno nesto je oko 32 filamenta upitanju.

3.zaokruzi tacnu tvrdnju za elastin-sve sa prezentacije

4.U C1 koenzime spada koja aminokiselina-zaokruziti

5.Alostericki proteini-tacna tvrdnja

-vise tacnih odgovora:

6.i 7. Nesto iz lipida, ne sjecam se sta

8.SLIKA-dva nacina numeracije karbon atoma aminokiselina

9.Aromatske aminokiseline su:____________. is ve ono sa prezentacija da apsorbuju svjetlo itd.- da se dopuni i da se nacrtaju strukture tih aminokiselina.

10.SLIKA memranski transport lipidi

11.Kobalamin koenzim __________ i sve o njemu da se dopuni.

12.alfa-heliks________ i sve da se dopuni i da se nacrta struktura.

13.Perniciozna anemija nastaje usljed_______. To je posljedica _______ faktora. itd da se dopuni.

14.Dva mehanizma: sekvencijalni i ____________. Sekvencijalni moze biti:a) __________________ i primjer b)_______ i primjer

15.SLIKA kataliza metalnim jonima.