pikkunisäkkään suolistoloisyhteisön seuranta

Pikkunisäkkään suolistoloisyhteisön seuranta

Tuomas Aivelo (@aivelo)Helsingin yliopisto

Suomen nisäkästieteellisen seuran kokous, 31.3.2015

Suolistoloisyhteisöt

• Isäntäeläin on dynaaminen elinympäristö• Loisyhteisöjen sukkessio • Loislajien keskinäisten vuorovaikutusten

ymmärtäminen– Virulenssi, prevalenssi– Resistenssi, toleranssi

Infrayhteisön seuraaminen

• Perinteisesti keskitytty loisten seuraamiseen isäntäpopulaation tasolla, koska helpompaa

• Infrapopulaatioita seurattu harvoin

Photo: St. Kilda Soay Sheep Project / Arpat Ozgul

• Miten loisyhteisöt kehittyvät

• Minkälainen on komponentti- ja infrayhteisöjen suhde toisiinsa?

Hiirimakit• Ruskohiirimaki

(Microcebus rufus)• Merkintä-

jälleenpyynti 3 vuoden ajan Ranomafanassa, Kaakkois-Madagaskarilla

• 634 näytettä 78 eri yksilöstä

…mutta

• N tuhatta sukkulamatolajia

• Ei aikuisia yksilöitä• Barcoding 18S-geenin

avulla pyrosekvenoinnilla

Aivelo et al., submitted

Medlar et al. 2014., BMC Evolutionary Biology

2011vs.

2012

Putative species 1

Strongyloides

Putative species 2

Rhabditidae

Putative species 3

Strongylida

Putative species 4

Chromadorea

Putative species 5

Enterobius

Putative species 6

Panagrellus

Aivelo et al. 2015. Parasitology, in press

Ensimmäiset näytteet usein loisettomia

Harvinaiset lajit esiintyvät vain lyhyen aikaa

Myös vaihtumista yleisissä lajeissa

Infracommunities

Aivelo et al. 2015. Parasitology, in press

Rafalinirina et al.,submitted

Model n r PCRT index vs lice score 120 -0.19 0.04

CRT index vs nematode abundance 119 -0.00 0.98

CRT index vs cestode abundance 120 -0.14 0.13

CRT index vs parasite richness 120 -0.19 0.03

n = sample size, r = correlation coefficient of spearman, P = probability

Pähkinänkuoressa Sekvenointi mahdollistaa tehokkaan näytteiden

analysoinnin Isäntäpopulaation tasolla loisyhteisö suht vakaa,

mutta yksittäisissä isännissä suuri vaihtelu Tartuntareittien vaikutus Horrostamisen vaikutus?

Seuraavaksi?

Mikrobiomin ja makrobiomin vertailu Hiirimakien sekvenointiprojekti