introduccio conceptual a les bases de dades en medicina

T9 INTRODUCCIÓ CONCEPTUAL A LES BASES DE DADES EN

MEDICINA

Joan Marc Carbó i Arnaujmcarbo@imim.es

Sistemes d’informació

T9 Bases de dades T11,12 Imatges

T14,15 SeguretatT20 Especificació i

test

P5 BD pressió arterial Zotero

P8 Captura i manipulació d’imatges

P14 Aplicació web

QUÈ ENTENEM PER INFORMACIÓ?

Definició informació basada en la semiòtica1:

• Dades (Data): conjunt de signes i les seves regles sintàctiques

• Informació (Information): dades amb una semàntica associada

• Coneixement (Knowledge): informació associada a patrons d’actuació

1 Ackoff RL. From Data to Wisdom. Journal of Applied Systems Analysis. 1989 ;16(1):3-9.

EXEMPLE DADES-INFO-CONEIXEMENT

• Dades: voltatges capturats de les 12 derivacions electrocardiogràfiques

• Informació: elevació segment ST

• Coneixement: possible isquèmia o necrosi cardiaca

MÓN MOLT COMPLEXE

• Per predir la trajectòria del sisè impacte en una taula de billar americà cal tenir en compte tots els àtoms de l’univers. Problemes NP-complete

• Hi ha malalts no pas malalties

• L’efecte placebo

• Primum non nocere

EL NOSTRE CERVELL

• La capacitat d’emmagatzemament del cervell humà: millons de petabytes (Von Newmann), milers de megabytes (Landauer)1

• Modelem per sobreviure: el cervell és una gran màquina associativa: com més associacions tinguin les dades a emmagatzemar més fàcil serà recuperar-les

• La informació intoxica

• Dreyfus: novici, aprenent, competent, avançat, expert2

1.Dreyfus HL, Dreyfus SE. Mind over machine: The power of human intuition and expertise in the era of the computer. Free Press; 1986.

2. Landauer TK, Landauer,Thomas K. How much do people remember? Some estimates of the quantity of learned information in long-term memory. Cognitive Science: A Multidisciplinary Journal. 1986 ;10(4):477–493.

PLATÒNICS, EMPÍRICS, ESCÈPTICS

Plató Averroes Descartes C. Bernard Von Bertalanffy

Hume Cochrane

Sixtus empiricus AlGhazali Popper

Teoria general de sistemes

Medicina basada en l’evidència

Teoria de la falsació

Fonamentalisme islàmic

Dr. House

PAPER O DIGITAL

• Obsolescència digital1,2

• Els articles científics s’elaboren sobre paper i es publiquen electrònicament3

• Les àrees cerebrals que fem servir quan utilitzem l’ordinador o quan dibuixem un gràfic no són les mateixes

1. Digital obsolescence - Wikipedia, the free encyclopedia [Internet]. [cited 2009 Feb 3 ] Available from: http://en.wikipedia.org/wiki/Digital_obsolescence.

2. Sustainability of Digital Formats: Planning for Library of Congress Collections [Internet]. [cited 2009 Feb 3 ] Available from: http://www.digitalpreservation.gov/formats/

3. Sellen AJ, Harper RHR. The Myth of the Paperless Office. 1st ed. The MIT Press; 2001.

SGBD1

• Sistema d’informació: captura, emmagatzema, recupera, analitza i presenta informació

• Sistema gestor de base de dades (SGBD): emmagatzema i recupera fonamentalment

• ACID: Atomicity, Consistency, Isolation, Durability

• Clau primària

1. Berman JJ. Ruby Programming for Medicine and Biology (Jones and Bartlett Series in Biomedical Informatics). 1st ed. Jones and Bartlett Publishers, Inc; 2007..

TIPUS SGBD

• Segons la ubicació: local, distribuïda, federada.

• Segons l’estructura de la informació: relacional, jeràrquica, documental, orientada a objectes, ...

• Segons l’ús: OLTP (online transaction processing), OLAP (online analytical processing)

UML: UNIFIED MODELING LANGUAGE

• 12 tipus de diagrames

• Visió estàtica: diagrama de classes

• Visió dinàmica: diagrama d’activitat, diagrama d’estats

L’estàndard HL7 versió 3 està especificat amb UML

DIAGRAMA DE CLASSES

• Classe vs. objecte o instància

• Atributs: característiques

• Mètodes: missatges, accions, comportament

IngressarDonar alta

NHCNomCognom1Data naixement

Pacient

IngressarDonar alta

NHC: 343434Nom: PepCognom1: CienfuegosData naixement: 1/1/2001

pacient

IngressarDonar alta

NHC: 343435Nom: MariaCognom1: CarrascoData naixement: 1/12/1001

pacient

RELACIONS ENTRE CLASSES

• Herència, especialització

• Associació: cardinalitat

• Agregació i composició

Persona

Pacient

Pacient *1Visita

Departament

Metge

Persona

Organs - Teixits