bases de datos en biología...

Paulino Gomez-Puertas Bioinformática

INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA

2012

Bases de datos en Biología Molecular

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genes

interactions

Consequences of the use of high throughput techniques

Gene expression

polimorphisms

Information

Databases

The new tools: Clustering

Feature extraction

Multiple correlation

Datamining

Information

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genes

interactions

Consequences of the use of high throughput techniques

Gene expression

polimorphisms

Information

Databases

The new tools: Clustering

Feature extraction

Multiple correlation

Datamining

Information

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt

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similitud

similitud

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En 2012 tiene 1380 bases de datos:

http://www3.oup.co.uk/nar/database/c/

http://www3.oup.co.uk/nar/database/a/

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(Unidas actualmente en la base de datos UniprotKB).

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- En Abril de 2012 había:

151,824,421 entradas de secuencia

139,266,481,398 pares de bases

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http://www.insdc.org

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El 22 de Agosto de 2005 se alcanzó la cifra de 100 Gigabases en

las bases de datos de DNA y RNA disponibles públicamente.

April 15 2012: 139,266,481,398 bases, from 151,824,421 reported sequences

(source: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt)

nucleotides entries

Crecimiento de DDBJ, EMBL, GenBank

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The International Nucleotide Sequence Database

Collaboration (INSDC) Feature Table Definition Document:

http://www.insdc.org/files/feature_table.html

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>sequence_name

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Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase?

¿Cuál es el aminoácido número 61 de la proteína humana:

Ejercicio:

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....

Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase?

¿Cuál es el aminoácido número 61 de la proteína humana:

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Cuestiones…