bases de datos en biología...

Paulino Gomez-Puertas Bioinformática

INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA

2012

Bases de datos en Biología Molecular


genes

interactions

Consequences of the use of high throughput techniques

Gene expression

polimorphisms

Information

Databases

The new tools: Clustering

Feature extraction

Multiple correlation

Datamining

Information


genes

interactions

Consequences of the use of high throughput techniques

Gene expression

polimorphisms

Information

Databases

The new tools: Clustering

Feature extraction

Multiple correlation

Datamining

Information

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt


similitud

similitud


En 2012 tiene 1380 bases de datos:

http://www3.oup.co.uk/nar/database/c/

http://www3.oup.co.uk/nar/database/a/


(Unidas actualmente en la base de datos UniprotKB).


- En Abril de 2012 había:

151,824,421 entradas de secuencia

139,266,481,398 pares de bases


http://www.insdc.org


El 22 de Agosto de 2005 se alcanzó la cifra de 100 Gigabases en

las bases de datos de DNA y RNA disponibles públicamente.

April 15 2012: 139,266,481,398 bases, from 151,824,421 reported sequences

(source: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt)

nucleotides entries

Crecimiento de DDBJ, EMBL, GenBank


The International Nucleotide Sequence Database

Collaboration (INSDC) Feature Table Definition Document:

http://www.insdc.org/files/feature_table.html


>sequence_name


Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase?

¿Cuál es el aminoácido número 61 de la proteína humana:

Ejercicio:


....

Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase?

¿Cuál es el aminoácido número 61 de la proteína humana:


Cuestiones…

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