alineamientos múltiples y...
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¿Qué es un alineamiento múltiple?
Manguel M, Samaniego F.J., Abraham Wald’s Work on Aircraft Suvivability, J. American Statistical Association. 79, 259-270, (1984)
tomado de Cédric Notredame
¿Qué es un alineamiento múltiple?
Elegir las secuencias apropiadas (I)
Elegir las secuencias apropiadas (II)
O podemos usar Uniref70!
Elegir las secuencias apropiadas (III)
¿Podemos decir que es homóloga a las otras?
Elegir las secuencias apropiadas (IV)
¿Podemos decir que es homóloga a las otras?
Secuencias completas o fragmentos?
Dominios
� Unidad evolutiva básica
� Frecuentemente: entidad estructural y funcional propias
� Descartes: “Dividir cada una de las dificultades que examinare en tantas partes como fuera posible y en cuantas requiriese su mejor solución”.
¿Cómo identificar los dominios?
� BLAST
� PFam
� Alineamiento múltiple
� No existen reglas fijas, a veces en lugar de un dominio podemos elegir un motivo conservado
tomado de Cédric Notredame: Bioinformatics for Dummies
Progressive Alignment
Feng and Dolittle, 1988; Taylor 1989
Clustering
tomado de Cédric Notredame
Dynamic Programming Using A Substitution Matrix
Progressive Alignment (CLUSTAL)
tomado de Cédric Notredame
Problemas alin. progresivo
� Los errores iniciales se acumulan
� Alternativas a Clustal: � Muscle
� T-coffee � Mafft � Probcons
Visualización e interpretación de alineamientos
� JalView � Visualización � Realineamiento � “árboles” � grupos � 3D � redundancia � limpiar
� Demo
Práctica
� Alineamiento múltiple de una serie de secuencias
� Visualización del alineamiento
� Interpretación evolutiva