alineamiento múltiple de secuencias psi-blast. alineamiento múltiple de secuencias resumen de...
TRANSCRIPT
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST
Alineamiento múltiple de secuencias
Resumen de cómo se utiliza PSI-BLAST
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (1)PSI-BLAST: manual de instrucciones (1)
1.- Se va a la página de BLASTP,
se introduce una proteína problema,
se selecciona la base de datos (BD)
y se marca la opción PSI-BLAST.
Introduce la secuencia problema
Selecciona la base de datos
Selecciona PSI-BLAST
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (2)
Resultados de la búsqueda inicial (en forma gráfica)
2.- En primer lugar, PSI-BLAST utiliza BLAST (con
huecos) para buscar en la BD las secuencias parecidas a la
secuencia problema.
Alineamiento múltiple de secuenciasResultados de la búsqueda inicial (listado)
PSI-BLAST: manual de instrucciones (3)
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (4)
3.- A continuación, PSI-BLAST hace un
AMS que incluye todas las secuencias cuyo parecido con la secuencia problema
ha obtenido una puntuación
estadísticamente significativa.
Selecciona las secuencias que se van a usar para hacer el AMS y construir un perfil
Nueva ronda de PSI-BLAST
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (5)
4.- Este AMS se utiliza para construir
un perfil, que se utilizará para volver a
buscar en la BD otras secuencias que
se ajusten a él.
Selecciona las nuevas secuencias que se van a usar
para hacer un nuevo perfil
Nueva ronda de PSI-BLAST
Nuevas secuencias (encontradas al
buscar con el perfil)
Secuencias que ya están en el perfil
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (6)
5.- PSI-BLAST selecciona las nuevas
secuencias que se ajustan al perfil
(porque han obtenido una puntuación
significativa) y las añade a las anteriores. Vuelve a construir el
perfil e inicia una nueva ronda de
búsqueda en la BD. (Este es el mecanismo
iterativo)
Selecciona la nueva secuencia, que se va a usar
para hacer un nuevo perfil
Nueva ronda de PSI-BLAST
Nueva secuencia (encontrada al buscar con el nuevo perfil)
Secuencias que ya están en el perfil
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (7)
6.- PSI-BLAST se detiene cuando ya no encuentra nuevas secuencias que añadir al perfil o cuando ha realizado el número
determinado de iteraciones marcadas por el usuario (normalmente,
entre 3 y 5)
No se han encontrado secuencias nuevas que añadir al perfil. Puedo
dar el proceso por terminado.
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (8)
Resultado final de la búsqueda (en forma gráfica)
Otras opciones para ver los resultados
Guardar los resultados (en
varios formatos)
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (9)
Resultado final de la búsqueda (en forma de árbol de distancias)
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (10)
Resultado final de la búsqueda (alineamiento múltiple de secuencias)
Alineamiento múltiple de secuencias
PSI-BLAST: manual de instrucciones (11)
Puedes guardar los resultados de la
búsqueda de diversas maneras