利用 sas 统计软件定位 家畜群体的 qtl
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利用 SAS 统计软件定位 家畜群体的 QTL. 报告人 : 殷 宗 俊 安徽农业大学动物科技学院. 报告内容. 用于 QTL 检测定位的资源群体类型 . 家畜群体 QTL 检测定位的方法和手段 . 利用 SAS 统计分析软件进行 QTL 检测定位 . 实例分析. 一、用于 QTL 定位的资源群体. QTL 定位主要是确定其在连锁图上的位置,定位的依据是遗传标记与数量性状之间的相关性,其基本步骤为:. 资源群体构建 ( 试验设计 )→ 数据收集→构建标记连锁图谱→标记 -QTL 连锁分析或连锁不平衡分析及定位。. 资源群体类型. 近交系杂交. 分离群体. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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利用 SAS 统计软件定位家畜群体的 QTL
报告人 : 殷 宗 俊
安徽农业大学动物科技学院
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报告内容
用于 QTL 检测定位的资源群体类型 .
家畜群体 QTL 检测定位的方法和手段 .
利用 SAS 统计分析软件进行 QTL 检测定位 .
实例分析 .
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一、用于 QTL 定位的资源群体
QTL 定位主要是确定其在连锁图上的位置,定位的依据是遗传标记与数量性状之间的相关性,其基本步骤为:
资源群体构建资源群体构建 (( 试验设计试验设计 )→)→ 数据收数据收集→构建标记连锁图谱→标记集→构建标记连锁图谱→标记 -QTL-QTL连锁分析或连锁不平衡分析及定位。连锁分析或连锁不平衡分析及定位。
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资源群体类型
近交系杂交 分离群体
BC设计
TC设计
F2设计
重组近交
FS设计
HS设计
孙女设计
动物模型
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二、家畜群体 QTL 定位的方法和手段1. 现状 目前,用于分离群体 QTL 区间定位的统计
方法主要有最大似然法和贝叶斯方法等,不同的方法也都形成了很多相应的分析软件,但从现有软件的使用情况来看,在使用上存在许多不便:专用性太强;对分子与表型数据的录入要求十分严格;输出的结果不易被完全理解,使用起来有一定的难度。
u
2u
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SAS 统计软件的强大功能SAS 统计分析软件具有强大的计算分析功能,并具有易编程和直观易懂等优点。
1) Proc mixed;
2) Proc nlin;
3) Proc ilm;
4) SAS Macro
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三、回交群体的 QTL 分析
Proc Nlin;R=0.30; /* Recombination fraction from the linkage map */parms a=1 r1=.15 mu=0;bounds 0 <= r1 <= R;r2=(R-r1)/(1-2*r1);if M=1 and N=1 then x=r1*r2/(1-R);if M=2 and N=2 then x=1-r1*r2/(1-R);if M=1 and N=2 then x=r1*(1-r2)/R;if M=2 and N=1 then x=r2*(1-r1)/R;model y=mu-a*x;run;
1 、 SAS 程序(最小二乘分析)
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运行结果Gauss-Newton Iterative phase
Iter r1 a Squares
0 0 1.0000 2069.6
1 2.0540 1.5945 1489.4
… … … …
8 0.2550 3.6547 89.1923
9 0.2619 3.5742 89.0796
10 0.2618 3.5755 89.0796
11 0.2619 3.5755 89.0796
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标准差与置信区间Approx
Parameter Estimate Std Error CI(95%)
r1 0.2619 0.0683 0.2115 0.3122
a 3.5755 0.5627 1.7279 5.5866
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四、半同胞群体的 QTL 分析
分析模型:
通用 SAS 程序编制 程序中考虑了双侧翼标记单个区间的
情况,但对于多标记的情况程序也是适用的,只要在原程序的基础上进行适当的扩展即可。 QTL 区间定位的分析方法采用常规的最大似然法。
sjksjssjk eZSY 1
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混合模型过程的最大似然求解proc mixed data=sire method=ml;class sire;model y=sire;run;
proc mixed data=sirel method=ml;by l1;class sire;model y=sire;random z1*sire;run;
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运行结果
Obs L0 interval L1 LA LRT
1 24062.46 1 0.0001 24028.12 34.3348
2 24062.46 1 0.0101 24024.96 37.4966
3 24062.46 1 0.0201 24021.91 40.5500
4 24062.46 1 0.0301 24019.07 43.3876
5 24062.46 1 0.0401 24016.56 45.8991
6 24062.46 1 0.0501 24014.48 47.9816
7 24062.46 1 0.0601 24012.91 49.5503
8 24062.46 1 0.0701 24011.91 50.5477
9 24062.46 1 0.0801 24011.51 50.9498
10 24062.46 1 0.0901 24011.69 50.7674
11 24062.46 1 0.1001 24012.42 50.0430
12 24062.46 1 0.1101 24013.62 48.8440
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LRT 剖面图
30
35
40
45
50
55
0.0001
0.0101
0.0201
0.0301
0.0401
0.0501
0.0601
0.0701
0.0801
0.0901
0.1001
0.1101
重组率
LRT
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五、应用总结
SAS 软件能进行一般群体的 QTL 定位研究。
Proc iml 和 SAS 宏能解决极复杂计算过程。
可以在统计基因组学的多个方面扩展应用。
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谢谢大家!