vtec husec helgenomsekvensering (wgs) erfaringer 2015-16 · konklusion •snp analyser af identiske...
TRANSCRIPT
![Page 1: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/1.jpg)
Flemming Scheutz
WHO Collaborating Centre forReference and Research on
Escherichia and Klebsiella
Fødevarebårne infektioner
Mikrobiologi & InfektionskontrolSTATENS SERUM INSTITUT
VTEC – HUSEC
Helgenomsekvensering
(WGS) erfaringer 2015-16
![Page 2: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/2.jpg)
DEC i Danmark 2005 - 2016
![Page 3: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/3.jpg)
![Page 4: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/4.jpg)
![Page 5: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/5.jpg)
Enteropatogene bakterier:
Udviklingen i Danmark 1980- 2015
= Diarréfremkaldende E. coli
![Page 6: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/6.jpg)
Enteropatogene bakterier:
Udviklingen i Danmark 1980- 2015DEC = Diarréfremkaldende E. coli
![Page 7: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/8.jpg)
10. september 2015
![Page 9: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/9.jpg)
![Page 10: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/10.jpg)
Real-Time overvågning af
VTEC vhs WGS
![Page 11: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/11.jpg)
![Page 12: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/12.jpg)
![Page 13: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/13.jpg)
![Page 14: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/14.jpg)
Atsushi’s tre relevante mPCR
til O gruppering = 53% af VTEC
![Page 15: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/15.jpg)
Første testkørsel med enkeltprimere
DNA O145 O121 O26 O157 O111 O103 O146 O91 neg DNA
![Page 16: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/16.jpg)
Sidste testkørsel med mPCR
O111
O26
O145
O157
O121
Mangler:
O103
O146
og
O91
![Page 17: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/17.jpg)
Nye muligheder for O gruppering
Hvis I kun har DNA
– dvs ingen dyrkning –
kan I indsende DNA
Det kan:
• vtx subtypes
• O grupperes for de mest
almindelige O grupper
![Page 18: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/18.jpg)
Workflow – udbrudsdetektion
MiSeq data
MLST
SNP analyse
Udbruds
undersøgelse
QC
QC
QC
MLST
nomenklatur
1
3 2
5
4
6 7
10
0
90
80
70
klynge?
Genetisk klynge?
ssi-snp-pipeline at
github.com/PHWGS
![Page 19: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/19.jpg)
Multi Locus Sequence Typing
= MLST typer (>10 med serotype)
![Page 20: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/20.jpg)
VTEC udbrud med SNP i 2015
10 “genom klynger”!! (Genomic clusters)• 2-3 personer i hvert udbrud
• 4 institutionsudbrud
• 2 familieudbrud
• 4 spredt over tid og stedAlle interviewet
Ingen kilder (1 tilfælde dog relateret til kebab udbruddet
Serotyper:
• O157:H7 (5)
• O103:H2 (2)
• O26:H11 (2)
• O128:H2 (1)
![Page 21: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/21.jpg)
VTEC er løbende O:H serotypet
i hele 2015116 isolater typet:
• 33 uden fænotype; kun WGS
• 8 kun fænotype
• ~85 både fænotype og WGS
Diskrepanser:
• 1 H
• 2 O
• 29 ubevægelige har fået en H type
Ny viden:
• O91:H14 (ST 33)
• Nye varianter af O40
![Page 22: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/22.jpg)
STATUS per i går
![Page 23: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/23.jpg)
VTEC serotypning
• 249 isolater WGS’et
• Heraf var 31 sekundære isolater
8 Oru isolater kunne O grupperes:
O 43:H 2 2
O 91:H14 4
O128:H 2 1
O174:H 8 1
3 Oru isolater kunne ikke O grupperes:
O-:H 4 1
O-:H 7 2
38 H- (ubevægelige) har fået en H type
![Page 24: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/24.jpg)
VTEC genotypning
100 isolater WGS’et & dot blottet
![Page 25: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/25.jpg)
VTEC genotypning
99 isolater WGS’et & fænotypet
![Page 26: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/26.jpg)
VTEC genotypning
118 isolater eae (100%) og tir = LEE gener
![Page 27: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/27.jpg)
Konklusion
• SNP analyser af identiske MLST typer
finder små (og flere) genetiske klynger,
som undersøges ved interview
• Disse ser ofte ud til at repræsentere
person-til person smitte
• I kombination med andre WGS-typnings
værktøjer, kan E. coli O:H serotypes
udelukkende vha WGS-data
• WGS er billigere, (hurtigere) og bedre
end konventionel typning
![Page 28: VTEC HUSEC Helgenomsekvensering (WGS) erfaringer 2015-16 · Konklusion •SNP analyser af identiske MLST typer finder små (og flere) genetiske klynger, som undersøges ved interview](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022042005/5e6f9a7508ce203fdf476575/html5/thumbnails/28.jpg)
TAK !
Eva Møller Nielsen
(The boss)
Katrine G. Joensen
(The hard work)
Anna Maria Malberg Tetzschner
(more hard work)
Susanne Pia Møller Christian Vråby
Jespersen Hansen Pedersen
Flemming Scheutz
”The lab”
SPECIEL TAK TIL:
CDC, Atlanta, USA
Atsushi Iguchi
Miyazaki University
Japan
Eva Litrup
(BioNumerics)