Unveiling fungal zooflagellates as members of

freshwater picoeukaryotes: evidence from a molecular

diversity study in a deep meromictic lake

Lefèvre et al., 2007

Etude de la biodiversité de picoeucaryotes

basée sur des méthodes moléculaires au Lac Pavin

Exposé présenté par:HAMOUDA Amine

Lojou Vincent

Etudiants en Master I – COM

U33: Diversité des Organismes Marins

Lac PavinGéographiquement:

Il est né d'une explosion volcanique qui creusa le flanc du puy

de Montchal.

De forme presque circulaire, surface de 44ha, profondeur max

est de 92m, enchâssé dans une forêt, et influence anthropique

relativement faible.

Lac Pavin

Procédé expérimental

Filtration: On n’a gardé que les organismes de taille <5µm

L’échantillonnage à des profondeurs variables:

5m (épilimnion)

9-10m (métalimnion)

56-59 m (oxycline)

30 m (hypolimnion)

Procédé expérimental

Extraction d’ADN + Amplification par PCR

Construction de l’arbre phylogénique

Détection des ADNr 18S

Détermination des affiliations phylogéniques, calcul des distances et alignement par des méthodes Bioinformatiques.

Profil vertical de température, d'oxygène et de Chlorphylle a mesurés le 310804 au Lac Pavin

Profil vertical de température, d'oxygène et de Chlorophylle a mesurés le 061004 au Lac Pavin

T(°C), O2 (mg l–1) T(°C), O2 (mg l–1)

Chl a (μg l–1) Chl a (μg l–1)

Arbre Phylogénétique

Nouveau clade 1: Asteronella formosa un Diatomée parasité par un Rhizophydium

Nouveau clade 4 est frère des Euglypha rotunda

Euglypha spEuglypha rotunda

Nouveau clade 5 fait parti des Perkinsea, ici une espèce qui parasite un bivalve: philippinarum

Courbes de raréfaction

Sont obtenus par extrapolation des valeurs d’OTU en fonction du nombre de clones, via des outils informatiques.

Le palier est synonymes de biodiversité maximale atteinte.

Zone oxique 061004

Zone oxique du 310804

Zone oxycline 061004

Zone oxycline 310804

Courbes de raréfaction

Nombre de clones

% O

TU

Courbes de raréfaction

Biodiversité maximale atteinte:

310804: en oxycline (50-60 m)

061004: en zone oxique( 0-60 m)

Abondance relative310804

Abo

ndan

ce e

n %

Zone oxique

Oxycline

061004Abondance relative

Abo

ndan

ce e

n %

Zone oxique

Oxycline

Conclusion

La communauté du lac Pavin est unique:

Meromictie

Biodiversité découverte avec 5 nouveaux clades

Le parasitisme est important dans la communauté des picoeucaryotes, et influence sur les producteurs primaires.

Conclusion

Diversité très variable en fonction de la saison.

2 écosystèmes dans le lac Pavin: Oxycline

La zone oxique

Les populations sont différentes en comparaison avec d’autres études sur des lacs.

Une grande diversité des picoeucaryotes est à découvrir.

Conclusion

Critiques

Les valeurs de Bootstrap sont parfois illisibles, ceci ne nous permet pas de discuter la solidité de l’arbre.

Critiques

Certains graphiques sont difficilement lisibles.

La méthode est basée uniquement sur les phylogénies moléculaires

Utilisation d’autres marqueurs moléculaires pour renforcer la phylogénie.

L’écosystème des nouveaux clades découverts?

Critiques

FIN

Bibliographie

http://www.env.sci.toho-u.ac.jp/topics/009204.html

http://commons.wikimedia.org/wiki/Image:Euglypha_sp.jpg

http://www.pac.dfo-mpo.gc.ca/sci/shelldis/pages/perkincc_e.htm

Olive P., BoulègueJ. ;étude biogéochimique d'un lac méromictique :le lac Pavin, France;Géomorphologie : relief, processus, environnement, 2004, n° 4, p. 305-316.

http://protist.i.hosei.ac.jp/PDB6/PCD0222/htmls/35.html

http://www.com.univ-mrs.fr/~boudouresque