ulrike wittig biologische datenbanken. einteilung der datenbanken klassifizierung der datenbanken...
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Ulrike Wittig
Biologische Datenbanken
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Einteilung der Datenbanken
Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes
viele verschiedene sehr spezielle Datenbanken
Verknüpfungen zwischen den meisten Datenbanken
fast ausschließlich in englischer Sprache
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Verknüpfung der Datenbanken
Chemische DatenbankenGenomdatenbanken
Literatur-datenbanken
Stoffwechseldatenbanken
Enzymdatenbanken
Proteindatenbanken
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Genomdatenbanken
Nukleinsäuresequenzen Komplette Erbinformation eines
Organismus Funktionen der Gene
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Genomdatenbanken
GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
EMBL Database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html
DDBJ - DataBank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp/
Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.
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Proteindatenbanken Informationen über Proteine Funktionen und Eigenschaften der
Proteine Proteinsequenzen Struktur der Proteine (Aktive
Zentren, 3D Struktur)
SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot/index.html
PDB - Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/
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SwissProt
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Enzymdatenbanken Sequenzen und Eigenschaften von
Proteinen mit enzymatischer Activität
Informationen über Gene, die die Enzyme codieren
Anwesenheit der Enzyme in Stoffwechselwegen
ExPASy–ENZYME http://www.expasy.ch/enzyme/
BRENDA http://www.brenda.uni-koeln.de/
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Stoffwechseldatenbanken
graphische Darstellung von Stoffwechselwegen
Eigenschaften von Reaktionspartnern (chemische Verbindungen, Enzyme, Gene)
Beziehungen zwischen Genen, Proteinen/Enzymen und Reaktionen
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Stoffwechseldatenbanken
KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html
EcoCyc /MetaCyc http://ecocyc.pangeasystems.com/ecocyc/
ExPASy-Biochemical Pathways http://expasy.proteome.org.au/cgi-bin/search-biochem-index
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KEGG
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Chemische Datenbanken
Eigenschaften von chemischen Verbindungen
Struktur, Molekulargewicht etc.
Beilstein http://www.chemweb.com/databases/beilstein/
ChemFinder http://www.chemfinder.com/
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Literaturdatenbanken
Informationen über wissenschaftliche Literatur
Verknüpfung zu den original Zeitschriften
Medline /PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
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SRS (Sequence Retrieval System)
Abfrage von mehreren Datenbanken gleichzeitig möglich
SRS http://srs6.ebi.ac.uk
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SRS
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BioBrowser
am EML entwickeltes Datenbanksystem zur Analyse und Darstellung von Stoffwechselwegen
Möglichkeit, komplexe Abfragen an die Datenbank zu stellen
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BioBrowser