ud5. na2 tipus de microorganismes. taxonomia
TRANSCRIPT
UD5.NA2TIPUSDEMICROORGANISMES.
TAXONOMIA
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 2
9.Taxonomia 9.1 Taxonomia
Taxonomia: ciència de la classificació biològica. Agrupa ordenadament els organismes vius partint de les seves propietats més generales a
las més específiques.
La taxonomia es descompon en tres parts independents però interelacionades:
• Classificació
• Nomenclatura
• Identificació
La classificació és l’estructuració dels organismes en grups o taxons en funció de
semblances mútues o del parentesc evolutiu.
La nomenclatura es la branca de la taxonomia que s’ocupa de l’assignació de noms a
grups taxonòmics de conformitat amb normes publicades.
La identificació constitueix el costat pràctic de la taxonomia, el procés de determinar que
un determinat organisme pertany a un taxó reconegut.
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 3
Criteris de classificació: basats en las característiques anatòmiques, morfològiques, citològiques, fisiològiques, genètiques i altres dels organismes, donant origen a diferents grups o taxons de característiques més o menys similars.
Taxó: grup d’organismes, considerat como una unitat en qualsevol rang del
sistema classificatori.
En BIOLOGIA, la unitat bàsica de la classificació és l’espècie:
grup d’organismes capaços d’encreuar-se i de produir descendència fèrtil.
La classificació taxonòmica dels organismes, des del més general fins
l’espècie, respon als següents nivells:
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 4
* Regne. Els organismes es classifiquen (tradicionalment) en cinc grans regnes:
Els virus no són assignats a cap regne ja que són microorganismes acel·lulars
que comparteixen només unes poques característiques d’éssers vius.
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 5
*Divisió o Phylum. Per als vegetals és anomenada “Divisió vegetal” i per
als animals Phylum animal (Filo o Filum).
*Classe. Es el tercer nivell de classificació i compren diversos ordres.
*Ordre. Compren un conjunt de famílies amb certs caràcters comuns.
*Família. És el cinquè nivell. Compren els gèneres afins.
*Gènere. Un conjunt d’espècies molt properes entre sí.
*Espècie. Individus que no sols s’hi semblen molt entre sí externament, sinó
que el seu material genètic és tan similar que permet, en aquells organismes
que se reprodueixen sexualment, que la seva descendència sigui fèrtil.
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 6
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 7
Antecedents
Fins mitjans del segle XIX només es consideraven dos regnes: animal i vegetal.
Després de conèixer l’existència de microorganismes, en 1866, Ernst Kaeckel va crear un tercer regne
que va anomenar els Protists.
El desenvolupament del microscopi possibilità el reconeixement de les cèl·lules eucariotes i procariotes
i això va conduir a ubicar els bacteris en un regne separat de microorganismes sense nucli al que se li
va donar el nom Procariotae (Robert G. E. Murray, 1968). En 1969, R. H. Whittaker va proposar un sistema de classificació en cinc regnes.
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 8
Noves tècniques de biologia molecular que s’utilitzen per estudiar la composició de l’ARN ribosòmic han demostrat que realment hi ha dos tipus de cèl·lules procariotes (arquees i bacteris) i un tipus de cèl·lules eucariotes. En 1978, Carl R. Woese va proposar elevar els tres tipus de cèl·lules a un nivell per sobre del regne, anomenat Domini i d’aquí sorgeix el sistema de classificació de tres dominis que es coneix a l’actualitat, que compren:
• Bacteri (procariotes unicel·lulars la paret cel·lular dels quals conté peptidoglicà)
• Arquea (procariotes unicel·lulars la paret cel·lular dels quals no conté peptidoglicà)
• Eukarya (tots els eucariotes)
Això condueix a la inclusió d’un nou regne: arqueobacteris CONTROVERSIES
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 9
Árbol Filogenético Universal (Olsen y Woese, 1993)
• Termofilia representada en los grupos mas profundos de Archaea y Bacteria• Muchos de los linajes profundos son anerobios o microaerofílicos• Fotosíntesis basada en clorofilas: distribuida en varios linajes de Bacteria
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 10
Nomenclatura Els noms científics dels éssers vius s’escriuen (generalment) amb dues paraules: el gènere i l’espècie, en llatí, en cursiva o lletra normal subratllada. Aquest sistema per anomenar els organismes és el sistema binomial (Linneo, s.
XVIII) EX: Pinus pinea L. Phantera tigris (anomenada per Linneo Felis tigris). Felis silvestris catus (gat domèstic) (Nomenclatura trinomial que inclou la subespècie)
Codis de Nomenclatura Animals (Código Internacional de Nomenclatura Zoológica) Plantes (Código Internacional de Nomenclatura Botánica), inclou fongs icianobacteris Bacteris (Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias) Virus (Código Internacional de Nomenclatura de Virus). Les normes dels codis de Nomenclatura varien d’uns als altres .
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 11
9.2 Taxonomia bacteriana
En microbiologia la unitat taxonòmica bàsica és l’espècie
Espècie: Grup de soques que té un grau de similitud alt en les seves propietats i que
difereixen de forma significativa d’altres grups de soques.
Soca o clon: població de cèl·lules genèticament idèntiques derivades de la divisió
successiva d’una sola cèl·lula (clon)
Un grup de soques que té la majoria o totes les característiques en comú serà classificat
como una ESPÈCIE, i les espècies relacionades es classifiquen en el mateix GÈNERE.
Rangs dels grups taxonòmics:
Un grup taxonòmic és un grup de microorganismes tractats com un grup amb nom en una
taxonomia formal.
Las categories taxonòmiques que es donen a continuació estan col·locades en rang
taxonòmic descendent:
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 12
Estructura Jerarquica en Taxonomía
α-proteobacteria ß-proteobacteria
Chromatiales Thiotrichales Legionellales Pseudomonadales Vibrionales
Escherichia Klebsiella Proteus Salmonella Serratia
S. flexneri S. soneei
Shigella Yersinia
Enterobacteriaceae
Enterobacteriales Pasteurellales
γ-proteobacteria δ-proteobacteria ε−proteobacteria
Proteobacteria
EubacteriaMONERA
Domini Phylum Classe Ordre Família Tribu Gènere Espècie Subespècie
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 13
Exemple:
Domini Bacteria
Regne Monera
Phylum Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria
Ordre Enterobacteriales
Família Enterobacteriaceae
Gènere Escherichia
Espècie Coli
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 14
El nom del grup taxonòmic entre el ordre i el gènere es forma afegint el sufix
corresponent a l’arrel del nom del gènere tipus. Grup taxonòmic Sufix Exemple Ordre -ALES Pseudomonadales Família -ACEAE Pseudomonadaceae Tribu -EAE Pseudomonadeae Gènere Pseudomones
Per anomenar els bacteris s’usa l’esquema binomial en el qual el nom del bacteri està
constituït per 2 paraules; la primera és una paraula en llatí o llatinitzada, que s’escriu amb
la primera lletra en majúscula i indica el GÈNERE. Usualment aquesta paraula prové del
nom del descobridor o un altre científic relacionat o descriu la morfologia del
microorganisme. La segona paraula indica l‘ESPÈCIE, s’escriu amb minúscula, i és
usualment descriptiu referint-se al color, origen, patogenicitat, etc.
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 15
Exemple: Bacillus subtilis
Gènere Espècie
Els noms científics dels bacteris s’han d’escriure en lletra cursiva
(itàlica) o cada paraula ha d’estar subratllada.
Les regles i mètodes del sistema de Nomenclatura Bacteriana es
troben en el Código Internacional de Nomenclatura Bacteriana.
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 16
MANUAL BERGEY DE BACTERIOLOGÍA SISTEMÁTICA
Per a la classificació, identificació i nomenclatura dels bacteris, la millor
referència que existeix és el Bergey's Manual of Sistematic Bacteriology,
conegut com el Manual Bergey.
L’edició més recent està constituïda por 5 volums, en ella estan incloses
totes les espècies de bacteris conegudes fins la data de publicació i, a
diferència de la anterior que tenia un enfocament que emfatitzava en las
característiques fenotípiques, aquesta edició té un anàlisis filogenètic basat
en la seqüenciació del ARN r, del ADN i de les proteïnes.
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 17
Família Gènere Pseudomonadaceae Pseudomones
Acetobacteriaceae Gluconobacter, acetobacter
Enterobacteriaceae
Escherichia Citrobacter Salmonella Shigella Klebsiella Enterobacter Serratia
Micrococaceae Micrococcus Staphylococcus
Estreptococaceae Estreptococcus Leuconostococaceae Leuconostoc Bacillaceae Bacillus Clostridiaceae Clostridium
Lactobacillaceae Lactobacillus Pediococcus
Micobacteriaceae Mycobacterium Estreptomicetaceae Streptomyces
Classificació dels bacteris més importants en aigües i aliments segons el Bergey’s Manual
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 18
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition
Published by Springer, New York The second edition is being published in 5 volumes Volume 1 (2001) The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria Editor-in-Chief: George M. Garrity Editors: David R. Boone and Richard W. Castenholz ISBN 0-387-98771-1 Volume 2 (2005) The Proteobacteria Editor-in-Chief: George M. Garrity Editors: Don J. Brenner, Noel R. Krieg and James T. Staley ISBN 0-387-95040-0 Volume 3 (2009) The Firmicutes Editors: Paul De Vos, George Garrity, Dorothy Jones, Noel R. Krieg, Wolfgang Ludwig, Fred A. Rainey, Karl-Heinz Schleifer and William B. Whitman ISBN 0-387-95041-9 Volume 4 (2010) The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes Editors: Noel R. Krieg, James T. Staley, Daniel R. Brown, Brian P. Hedlund, Bruce J. Paster, Naomi L. Ward, Wolfgang Ludwig and William B. Whitman ISBN 0-387-95042-6 Volume 5 (2011) The Actinobacteria Editors: Michael Goodfellow, Peter Kämpfer, Hans-Jürgen Busse, Martha E. Trujillo, Ken-ichiro Suzuki, Wolfgang Ludwig and William B. Whitman ISBN 0-387-95042-7
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 19
CLASSIFICACIÓ DELS FONGS
Identificació i classificació dels fongs filamentosos: basada principalment en els seus trets estructurals i morfològics. Alguns fongs tenen un aspecte tan característic que poden ser identificats fàcilment, però en la majoria dels casos es requereix observar una preparació del fong al microscopi i estudiar les seves característiques tals com: • Morfologia de las hifes • Presència o absència de septes • Ramificacions • Tipus d’espores • Característiques de les colònies, las que se estudien macroscòpicament.
La classificació dels fongs ha evolucionat molt en les darreres dècades. La X edició del Dictionary of the Fungi (2008) classifica el regne dels fongs en 5 Divisions (o filum)
• F. Chytridiomycota. • F. Zygomycota. • F. Ascomycota. • F. Basidiomycota. • F. Glomeromycota
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 20
CLASSIFICACIÓ DELS VIRUS
Els virus es classifiquen sobre la base de la seva morfologia, composició química i manera
de replicació. Els virus que infecten humans sovint s'agrupen en 21 famílies. Nomenclatura
En alguns casos s’anomenen segons la malaltia que produeixen, per exemple el virus
pòlio es diu així perquè produeix la poliomielitis.
En altres casos es dóna el nom dels descobridors com el virus de Epstein-Barr, o s’utilitzen
característiques estructurals dels virus com els coronavirus.
Alguns tenen un nom derivat del lloc on se'ls va trobar per primera vegada, (virus Coxsackie
o Norwalk)
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 21
El ICTV (International Committee on taxonomy of viruses) ha proposat un
sistema universal de classificació viral. El sistema utilitza una sèrie de tàxons
com s'indica a continuació:
Ordre (-virals) Família (-viridae) Subfamília (-virinae) Gènere (-virus)
Espècie ()
Per exemple, el virus de l’Ebola de Kikwit es classifica de la manera següent: - Ordre: Mononegavirales
- Família :Filoviridae
- Gènere: Filovirus
- Espècie: Ebola virus Zaire
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 22
VIRUS ADN Familia Género Ejemplo
Herpesviridae Alphaherpes-virinae
Herpes simplex virus type 1 (aka
HHV-1)
Encefalitis, estomatitis aguda, llaga labial del resfriado.
Herpes simplex virus tipo 2 (aka
HHV-2) Herpes genital, encefalitis
Varicella zoster virus (aka HHV-3) Varicela, Herpes Zóster
Gammaherpes-virinae
Epstein Barr virus (aka HHV-4)
Mononucleosis hepatitis, tumores (BL, NPC)
Sarcoma de Kaposi, asociado al herpesvirus,
KSHV (aka Human
herpesvirus 8)
Probablemente: tumores, Sarcoma de Kaposi (KS) y algunos linfomas de células
B
Institut La Romànica CFGS QUÍMICA AMBIENTAL C4 UD5 23
VIRUS ARN
Familia Género Ejemplo
Paramyxoviridae Paramyxo-virus Parainfluenza viruses
4 tipos; Resfriado común, bronquiolitis, neumonía
Rubula-virus Virus de las Paperas
Paperas: parotitis, meningitis aséptica (raro: orquitis, encefalitis)
Morbilli-virus Virus del sarampión
Sarampión: fiebre, exantema (raro: encefalitis, SSPE)
Pneumo-virus Virus
Sincitial respiratorio
Resfríado común(adultos), bronquiolitis, neumonia (niños)
Orthomyxoviridae Influenza-virus A
Influenza virus A
Gripe: fiebre, mialgias, malestar general, tos, neumonia
Influenza-virus B
Influenza virus B
Gripe: fiebre, mialgias, malestar general, tos, neumonia